Məlumat

3.5: Zülal ardıcıllığı, Peptid Xəritəçəkmə, Sintetik Genlər - Biologiya

3.5: Zülal ardıcıllığı, Peptid Xəritəçəkmə, Sintetik Genlər - Biologiya


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Tarixən bəzi mühüm xəstəlik hallarının səbəb olduğu müəyyən edilmişdir çatışmazlığı əhəmiyyətli bir proteinvə ya zülalın disfunksional mutasiyaya uğramış formasının olması.

  • Misal üçün, diabet, növləri cırtdanlıqhemofiliya nöqsanlarla əlaqədar olduğu müəyyən edilmişdir insulin, artım hormonlaxtalanma faktoru VIII, müvafiq olaraq.

Bu xəstəlikləri inyeksiya yolu ilə müalicə etmək olar əlavə bu zülalların təmizlənmiş və ya qismən təmizlənmiş preparatlarının dozaları.

  • Bu zülallar təbii materiallardan, məs. donuz (insulin), insan meyiti hipofiz vəziləri (insan böyümə hormonu) və ya normal donorlardan yığılmış qan fraksiyaları (faktor VIII).
  • Əksər hallarda, zülal nisbətən bol ehtiyatda tapılsa belə, istehsalın maya dəyəri əhəmiyyətli idi.

Çox vaxt maraqlı bioaktiv xüsusiyyətlər yalnız təcrid oluna bilən zülallarla əlaqələndirilirdi dəqiqə kəmiyyətləri(məsələn, qan laxtasını həll edən protein toxuma plazminogen aktivatoru).

Həmçinin, qeyri-insan zülalları adətən ortaya çıxır immun cavab insanlara inyeksiya edildikdə, beləliklə insan forması zülalın yeganə faydalı forması idi.

  • Əgər zülal qandan və ya sidikdən asanlıqla əldə olunmasaydı, onu əldə etmək qeyri-mümkün olardı adekvat başlanğıc materialistehsal üçün.
  • Təəssüf ki, əgər material insan mənbələrindən əldə edilmişdisə, yayılma ehtimalı var idi. insan xəstəliyi (məsələn, hepatit və QİÇS virusu).

Bu zülallar üçün genetik məlumat təcrid olunsa və sonra asanlıqla miqyaslana bilən bioloji sistemdə transkripsiya oluna və tərcümə oluna bilsəydi, potensial olaraq böyük miqdarda protein əldə edilə bilər - və ümid edirəm ki, nisbətən ucuz.

"Molekulyar biologiya"nın inkişafı ilə, yəni.

  • DNT quruluşu,
  • genetik kodun aydınlaşdırılması,
  • transkripsiya promotorlarının və ribosomların bağlanma yerlərinin müəyyən edilməsi,
  • məhdudlaşdırıcı endonuklazların izolyasiyası,
  • DNT replikasiyasının mənşəyinin müəyyən edilməsi
  • seçilə bilən markerlərlə plazmidlərin inkişafı və
  • -nin becərilməsi E. coli,

1970-ci illərin ortalarında bunların hamısını bir araya gətirmək və nisbətən böyük miqdarda istehsal etmək imkanı var idi. hər hansı bir insan zülalı terapevtik istifadə üçün.

Böyük miqdarda bəzi vacib insan zülalının istehsalı prosesini necə gedərdiniz? (yəni protein təmizlənməsi)

Başlanğıc nöqtəsi adətən olur maraq doğuran funksionallıq üçün analiz. Məsələn, qanı laxtalanmayan hemofiliyalı xəstə ola bilərik. Bununla belə, görürük ki, onun qanından nümunə götürsək və ona “normal” bir insandan az miqdarda qan əlavə etsək, hemofiliyanın qanı indi laxtalanacaq. Bu, bizim üçün əsas olacaq analiz.

Bu analizdən istifadə edərək, müxtəlif vasitələrdən istifadə edərək normal qanı fraksiyalaşdıracağıq - kimyəvi çöküntü (etanol və ya ammonium sulfat ilə), sonra isə müxtəlif maye xromatoqrafiya mərhələləri və s.

  • Yol boyu laxtalanma fəaliyyətimizin hara getdiyini izləyəcəyik.
  • Ümid edirik ki, nə vaxtsa biz onu daha da fraksiyalaşdıra bilməyəcəyik və buna sahib olacağıq təmiz protein.

Təmiz bir zülal əldə etdikdən sonra onu onun xüsusiyyətləri ilə xarakterizə etməyə başlaya bilərik amin turşusu ardıcıllığı. Oradan nəticədə zülal üçün geni əldə edə və onu ifadə edə bilərik.

Şəkil 3.5.1: Protein istehsalı

N-terminal peptid ardıcıllığının təhlili

Polipeptidlər onların amin-terminalından avtomatlaşdırılmış prosedurlarla ardıcıllıqla sıralana bilər. Edmanın deqradasiyası reaksiya:

Şəkil 3.5.2: Edmanın deqradasiyası

  • Qeyd edək ki, Edman kimyası ilə yalnız N-terminal qalığı bağlanır və çıxarılır, polipeptidin qalan hissəsi reaksiyadan sonra toxunulmaz qalır.
  • Yeni amin terminal qrupu (əvvəllər polipeptid zəncirindəki ikinci amin turşusu) indi başqa bir reaksiya mərhələsi üçün mövcuddur. Beləliklə, üsul ola bilər avtomatlaşdırılmış.
  • Feniltiohidantoin törəməsinin amin turşusu yan zənciri maye xromatoqrafiyasından istifadə etməklə müəyyən edilə bilər. Müasir amin turşusu sıralayıcıları, ehtimal ki, bir polipeptidin iki-üç onlarla dövrü (amin turşuları) sırasına görə ardıcıllıqla sıralaya bilər..
  • Nəzərə alın ki, reaksiya zülalın N-terminalında sərbəst amin qrupunu tələb edir. Əgər amin-terminal qalığı metilləşərsə və ya formilləşərsə, reaksiya davam etməyəcək (və polipeptidin "bloklanmış" N-terminalı olduğu deyilir).

C-terminal peptid ardıcıllığının təhlili

C-terminal peptid ardıcıllığının təhlili amin terminal analizi kimi yaxşı inkişaf etməmişdir.

  • Metod adətən istifadə edir qeyri-spesifik karboksipeptidazalar.
  • Karboksipeptidazlar olacaq ardıcıl olaraq polipeptidləri hidroliz edir karboksi-terminal son. Sərbəst buraxılan amin turşusu maye xromatoqrafik üsullarla müəyyən edilə bilər, qalan polipeptid isə sonrakı reaksiyalar üçün mövcuddur.
  • Müxtəlif karboksipeptidazalar mövcuddur, adətən onlar tamamilə qeyri-spesifik deyillər (yəni onların müəyyən üstünlükləri var):

ad

Mənbə

Spesifiklik

Karboksipeptidaza A

Mal-qara mədəaltı vəzi

Aromatik, alifatik (hidrofobik)

Karboksipeptidaza B

Donuz mədəaltı vəzi

Arginin, Lizin, Ornitin

Karboksipeptidaza P

Penicillium

Ümumiyyətlə qeyri-spesifik

Karboksipeptidaza Y

Maya

Aromatik, alifatik

Bəzən hansı karboksipeptidazın istifadə ediləcəyi seçimi gözlənilən ardıcıllıq məlumatlarına əsaslanır. Bu cür təcrübələrdə:

  1. nümunələr həzm zamanı müxtəlif vaxt nöqtələrində götürülür
  2. sərbəst amin turşuları polipeptidlərdən ayrılır
  3. sərbəst buraxılan amin turşuları amin turşusu analizi (maye xromatoqrafiyası) ilə müəyyən edilir.

C-terminal analizi adətən polipeptiddə son yarım onlarla qalığın və ya daha çoxunun müəyyən edilməsi üçün dəqiqdir.

Peptid Xəritəçəkmə

Zülal ardıcıllığı ilə bağlı aşkar problemlərdən biri odur ki, N-terminal “bloklanmasa” belə, bütöv bir polipeptiddən yalnız məhdud ardıcıllıq məlumatı əldə edilə bilər (yəni N-terminaldan cəmi iki onlarla və C-dən yarım onlarla) -terminal).

Bütün polipeptid üçün ardıcıllıq məlumatını necə əldə etmək olar?

Bir üsul odur peptid xəritələşdirilməsi. Peptid Xəritəçəkmə istifadə edir proteolitik parçalanmalar polipeptiddən daha kiçik polipeptidlər əmələ gətirir. Bu kiçik polipeptidlər daha sonra bir-birindən təcrid oluna və ardıcıllıq təhlilinə məruz qala bilər.

Əldə etdiyimiz müxtəlif ardıcıllığı necə sifariş edirik?

Ən asan yollardan biri təcrübəni təkrarlamaqdır, lakin fərqli spesifikliyə malik bir proteaz ilə və bu yolla əldə etmək üst-üstə düşən ardıcıllıq məlumatları.

ad

Mənbə

Spesifiklik

Ximotripsin

Mal-qara mədəaltı vəzi

Tyr, Phe və Trp-dən sonra parçalanma; Leu, Met və Aladan sonra bəzi parçalanmalar

Bromelain

ananas

Lys, Ala və Tyr-dən sonra parçalanma

Tripsin

Mal-qara mədəaltı vəzi

Argdan sonra parçalanma, Lysdən sonra daha az

V8 proteaz

Staphylococcus aureus

Glu-dan sonra parçalanma, Asp-dan sonra daha az

Şəkil 3.5.3: Üst-üstə düşən dekolte məhsulları

Üst-üstə düşən ardıcıllıq məlumatları peptidləri düzgün ardıcıllıqla hizalamağa və orijinal böyük polipeptidin (yəni zülal) ardıcıllığını təyin etməyə imkan verə bilər.

Yarana biləcək bir problemlə məşğul olur Sistein qalıqları və hər hansı bir təbiəti kovalent disulfid körpüləri proteində.

  • Reduksiyaedici (məsələn, b-ME) ilə müalicədən sonra iki kiçik peptidə bölünən hər hansı "peptid" hərəkətliliyi (maye xromatoqrafiya və ya PAGE analizlərində) bir sistein vasitəçiliyi ilə disulfid bağının mövcudluğunu göstərir.
  • Bu peptidlərin ardıcıllığına görə hər birində sistein qalığı olmalıdır. Hər bir peptiddə yalnız bir sistein varsa, disulfid bağı təyinatı birmənalı deyil.

Şəkil 3.5.4: Parçalanma məhsullarında sistein qalıqları

Müvafiq genetik məlumat

Qismən və ya tam peptid ardıcıllığı haqqında məlumat əldə etdikdən sonra müvafiq peptidləri müəyyən etməyə və təcrid etməyə başlaya bilərik. genetik məlumatlar. Əsas məqsəd budur. Müvafiq genetik məlumatımız olduqdan sonra, arzu olunan polipeptidin nisbətən böyük miqdarını istehsal etmək mümkün ola bilər.

Geri tərcümə

Genetik kodu bildiyimiz üçün istənilən polipeptid ardıcıllığını müvafiq genetik ardıcıllığa çevirə bilərik.

  • Beləliklə, amin turşusu ardıcıllığından bir sintez edə bildik süni gen maraq zülalını kodlayacaq.
  • Bir çox amin turşusu birdən çox kodonla kodlandığı üçün potensial var qeyri-müəyyənlik orijinal dəqiq genetik ardıcıllıqla bağlı.

Amin turşusu

Kodonların sayı

Met, Trp

1

Phe, Tyr, His, Gln, Asn, Lys, Asp, Glu, Cys

2

Ile

3

Val, Pro, Thr, Ala, Gly

4

Leu, Arg, Ser

6

Bununla belə, orijinal genetik ardıcıllığı sədaqətlə təkrarlayacaq şəkildə geri tərcümə etdiyimizə əmin olmaq kritik olmaya bilər - düzgün protein ardıcıllığı ümumi məqsəddir.

Əslində, əgər zülalı başqa bir orqanizmdə ifadə etməyə çalışırıqsa (məsələn, bakterial sistemdə məməli genini ifadə edirik) kodon meyli üçün uyğundur ifadə sahibi orqanizm.

Kiçik zülallar üçün sintetik genlər davam etmək üçün ağlabatan bir yoldur; bu bir yoldur insan insulini bakterial sistemlərdə ifadə edilmişdir.

  • Bununla belə, DNT oliqonukleotidlərinin avtomatlaşdırılmış sintezi təxminən 60-90 əsas və ya daha az (təxminən 20-30 amin turşusu) olan polimer uzunluğu üçün praktikdir.
  • Bundan əlavə, sintetik genlərin qurulması üsulu adətən üst-üstə düşən tamamlayıcı oliqonukleotidləri tələb edir (bir dupleks DNT geni "kasetinə" bağlanmalıdır).

Beləliklə, hətta kiçik bir sintetik gen üçün çoxlu oliqonukleotidlər tələb olunur.

Şəkil 3.5.5: Sintetik gen quruluşu

Sintetik gen qurulmasının yuxarıdakı üsulunu təkmilləşdirməyin bir yolu a birbaşa PCR yanaşma. Bu üsul ligazadan, hətta birləşən oliqonukleotidlərdən istifadə etmir. Bunun əvəzinə, bu üsulla bir çox (~100) müxtəlif üst-üstə düşən oliqonukleotidlər PCR reaksiyasında eyni vaxtda istifadə olunur. Onların ardıcıl tamamlayıcılığı aşağıdakı kimi təqdim edilə bilər:

Oliqonukleotidlərin bütün dəsti bütün geni vermək üçün düzülməyə bilər, amma bu yaxşıdır. Biz bu fikirlə bir çox PCR raundunu edəcəyik bəziləri tamamlayıcı oliqolar yumşalacaq və genişlənəcək və tədricən bitişik sintetik genin qurulmasına səbəb olacaq:

Növbəti PCR dövründə bu uzadılmış fraqmentlərin bəziləri digərləri ilə birləşdiriləcək:

Bunlar PCR vasitəsilə uzadılacaq və digər böyük PCR fraqmentləri ilə bağlanmağa davam edə bilər. Nəhayət, bütün gen qurulacaq. Bununla belə, tam uzunluqlu genin qurulmasının səmərəliliyi çox güman ki, o qədər də yaxşı olmayacaq, buna görə tam uzunluqlu geni (xarici primerlərdən istifadə etməklə) gücləndirmək üçün sonrakı PCR təcrübəsini aparmalıyıq. Bu metodun əsas xüsusiyyətləri aşağıdakı kimi ümumiləşdirilir:

  • Bir çox (1-2 yüzə qədər) üst-üstə düşən oliqolar tək bir PCR reaksiyasında birləşdirilir.
  • Oliqoslar məhdud üst-üstə düşmə (~20 əsas) ilə mümkün qədər uzun (~100mers) olmaq üçün nəzərdə tutulmuşdur.
  • Tam uzunluqlu gen ilkin (aşağı məhsuldar) PCR təcrübəsində qurulur
  • Bu tam uzunluqlu gen xarici primerlərdən istifadə edərək sonrakı tipik PCR təcrübəsi ilə gücləndirilir.

3.5: Zülal ardıcıllığı, Peptid Xəritəçəkmə, Sintetik Genlər - Biologiya

ZÜLAL KİMYASI

MƏLUMAT: Siz Robert Russelin Struktur Proqnozlaşdırma Bələdçisi ilə məsləhətləşmək istəyə bilərsiniz. Amin turşularının biokimyəvi xassələri üçün PROWL, Amin turşusunun hidrofobikliyi və amin turşularının qrafiki və istinad cədvəlinə (GenScript) baxın. Xüsusilə antikorlarla maraqlanırsınızsa, "The Antikor Resurs Səhifəsini" ziyarət etməyinizi tövsiyə edərdim.

Amin turşusu tərkibi və kütləsi &ndash ProtParam (ExPASy, İsveçrə)
İzoelektrik nöqtə - pI/Mw hesablama aləti (ExPASy, İsveçrə). Şarj və pH arasındakı əlaqənin planını istəyirsinizsə, ProteinChemist istifadə edin (ProteinChemist.com) və ya JVirGel Proteomik Alətləri (PRODORIC Net, Almaniya).
Kütləsi, pI, tərkibi və mol% asidik, əsas, aromatik, polar və s. amin turşuları - PEPSTATS (RƏHMƏT). Biokimya-onlayn (Vitalonik, Rusiya) bir% tərkibi, molekulyar çəkisi, pI və istənilən istənilən pH-da yük verir.

Peptid Molekulyar Çəki Kalkulyatoru (GenScript) - onlayn kalkulyator maraqlandığınız peptidinizin kimyəvi formulu və molekulyar çəkisini müəyyən edir. Daha dəqiq nəticələr əldə etmək üçün N- və C- terminal modifikasiyaları və disulfid körpülərinin yerləşdirilməsi kimi post-tərcümə modifikasiyalarını da təyin edə bilərsiniz.

İzoelektrik Nöqtə Kalkulyatoru 2.0 (IPC 2.0) - a izoelektrik nöqtələrin proqnozlaşdırılması üçün server və sKa dərin öyrənmə və dəstək vektor reqressiya modellərinin qarışığından istifadə edərək dəyərlər. Zülallar və peptidlər üçün IPC 2.0-ın proqnozlaşdırma dəqiqliyi (RMSD) əvvəlki alqoritmləri üstələyir. (İstinad: Kozlowski LP (2021) Nucl. Acids Res. Web Server məsələsi).

Tərkibinin/Molekulyar Çəkinin Hesablanması (Georgetown Universiteti Tibb Mərkəzi, ABŞ) - bu saytla bağlı yeganə problem odur ki, toplu rejimdə işləyərkən ardıcıllığı adla müəyyən etmir, sadəcə ardıcıl nömrə

Protein kalkulyatoru (C. Putnam, The Scripps Research Institute, ABŞ) - verilmiş pH-da kütlə, pI, yükü hesablayır, amin turşusu qalıqlarını hesablayır və s.

Tm Predictor (P.C. Lyu Laboratoriyası, Milli Tsing-Hua Universiteti, Tayvan) - zülalların nəzəri ərimə temperaturunu hesablayır.

Antigenlik və allergenlik: Başlamaq üçün yaxşı yer İmmun Epitop Database (IEDB) olardı.

Abie Pro Peptid Antikor Dizaynı (Chang Bioscience)

Allergenlik serverləri: AllerTOP ( İstinad : Dimitrov, I. et al. 2013. BMC Bioinformatics 14(Əlavə 6): S4), AlgPred - allergen zülalların proqnozlaşdırılması və IgE epitoplarının xəritələşdirilməsi (İstinad: Saha, S. və Raghava, G.P.S. 2006. Nuklein turşularının tədqiqatı 34: W202-W209.), və SDAP - Allergen Zülalların Struktur Məlumat Bazası (İstinad: Ivanciuc, O. et al. 2003. Nucleic Acids Res. 31: 359-362).

EpiToolKit - vaksin dizaynına diqqət yetirməklə immunoloji suallar üçün virtual iş dəzgahıdır. O, MHC genotiplənməsini, epitop və neo-epitop proqnozunu, peyvəndin dizaynı üçün epitop seçimini və epitop yığımını əhatə edən bir sıra immunoinformatika vasitələri təklif edir. Bu yaxınlarda yenidən həyata keçirilən 2.0 versiyasında EpiToolKit bir sıra yeni funksionallıq təmin edir və ilk dəfə olaraq alətləri mürəkkəb iş axınlarında birləşdirməyə imkan verir. Təcrübəsiz istifadəçilər üçün o, mürəkkəb immunoloji məlumat dəstlərinin təhlili vasitəsilə istifadəçilərə rəhbərlik etmək üçün sadələşdirilmiş interfeyslər təklif edir. (İstinad: Schubert S et al. (2015) Bioinformatika 31(13): 2211&ndash2213).

skripka - Vacsin Itəhqiqat və OnLine Iməlumat Network - müxtəlif insan patogenləri arasında peyvəndlə əlaqəli tədqiqat məlumatlarını asan kurasiya, müqayisə və təhlil etməyə imkan verir VIOLIN peyvənd məlumatının mərkəzləşdirilmiş mənbəyinə çevrilməsi və fundamental və klinik elmlər üzrə tədqiqatçıları peyvəndin tədqiqatı və inkişafı üçün seçilmiş məlumatlar və bioinformatika vasitələri ilə təmin etməsi gözlənilir . VBLAST: Peyvənd Tədqiqatı üçün Fərdi BLAST Axtarışı 34 patogenin 77 genomuna qarşı müxtəlif axtarış strategiyalarına imkan verir. (İstinad: He, Y. et al. 2014. Nucleic Acids Res. 42 (Məlumat bazası məsələsi): D1124-32).

SVMTriP - IEDB verilənlər bazasından ən son ardıcıllıqla daxil olan antigenik epitopu proqnozlaşdırmaq üçün yeni bir üsuldur. Bizim metodumuzda daha yaxşı proqnozlaşdırma performansına nail olmaq üçün Tri-peptid oxşarlığı və Meyil skorlarını (SVMTriP) birləşdirərək Dəstək Vektor Maşınından (SVM) istifadə edilmişdir. Bundan əlavə, SVMTriP insan zülal ardıcıllığı fonundan viral peptidləri tanımağa qadirdir. (İstinad: Yao B et al. (2012) PLoS One 7(9): e45152).

Həllolma və kristallaşma qabiliyyəti:

EnzymeMiner - müxtəlif strukturlara, katalitik xüsusiyyətlərə və stabilliyə malik həll olunan fermentlərin avtomatlaşdırılmış şəkildə çıxarılmasını təklif edir. Çözünürlük proqnozu maşın öyrənməsi ilə hazırlanmış daxili SoluProt proqnozlaşdırıcısından istifadə edir.( İstinad: Hon J et al. 2020. Nucl Acids Res. 48 (W1): W104&ndashW109).

ESPRESSO (EStimasiyası PRotein ExpreSsion və BELƏ Kİlubility) - üç müxtəlif zülal ifadə sistemi üçün zülal ifadəsini və həllolma qabiliyyətini qiymətləndirmək üçün ardıcıl əsaslı proqnozlaşdırıcıdır: in vivo Escherichia coli, Brevibacillus, və buğda rüşeym hüceyrəsi yoxdur. (İstinad: Hirose S, & Noguchi T. 2013. Proteomika. 13:1444-1456).

SABLE - Nisbi Solvent AccessiBiLitiEs, ikinci dərəcəli strukturlar və naməlum strukturun zülalları üçün transmembran domenlərinin dəqiq ardıcıllıqla proqnozlaşdırılması. (İstinad: Adamczak R et al. 2004. Proteinlər 56:753-767).

SPred (Soluble Protein proqnozu) (Bioinformatika Mərkəzi, Mikrob Texnologiyaları İnstitutu, Çandiqarh, Hindistan) - zülalın həddindən artıq ifadədə həllolma qabiliyyətini proqnozlaşdırmaq üçün veb-serverdir E.coli. Proqnoz 'nr' zülal verilənlər bazası və parçalanmış amin turşusu tərkibinin PSI-BLAST axtarışı ilə yaradılan PSSM profilində öyrədilmiş SVM modelinin hibridi ilə həyata keçirilir.

Protein&ndashSol - zülalın həllolma qabiliyyətini proqnozlaşdırmaq üçün veb serverdir. Hüceyrəsiz ifadə sistemində Escherichia coli zülalının həlli üçün mövcud məlumatlardan istifadə edərək, 35 ardıcıl əsaslı xüsusiyyət hesablanır. Xüsusiyyət çəkiləri aşağı və yüksək həlledici alt qrupların ayrılması ilə müəyyən edilir. Model proqnozlaşdırılan həllolma qabiliyyətini və orta dəyərlərdən ən çox kənara çıxan xüsusiyyətlərin göstəricisini qaytarır. (İstinad: Hebditch M et al. 2017. Bioinformatika 33(19): 3098&ndash3100).

CamSol - həllolma qabiliyyəti artırılmış protein variantlarının rasional dizaynı üçün. Metod, doğma vəziyyətini və bioloji aktivliyini qoruyarkən hədəf zülalın həll qabiliyyətinə ən çox təsir edənləri müəyyən etmək üçün on minlərlə mutasiyaların sürətli hesablama skrininqini həyata keçirməklə işləyir. (İstinad: Sormanni P və digərləri (2015) J Molec Biol 427(2): 478-490). N.B. Qeydiyyat tələb edir.

Süz Entropiya Rtəhsil səh rediction (SERp) - bu kəşfiyyat vasitəsi Səth Entropiyasının Azaldılması yanaşması ilə kristallaşma qabiliyyətini artırmaq üçün nəzərdə tutulmuş mutasiya üçün ən uyğun olan sahələrin müəyyən edilməsinə kömək etmək məqsədi daşıyır. (İstinad: Goldschmidt L. et al. 2007. Protein Science. 16:1569-1576)

CRYSTALP2 - üçün silisium içində zülalın kristallaşma meylinin proqnozlaşdırılması. (İstinad: Kurqan L, et al. 2009. BMC Structural Biology 9: 50) və, PPCpred - difraksiya keyfiyyətli kristalların istehsalına, kristalların istehsalına, protein materialının təmizlənməsinə və istehsalına meylin ardıcıllıqla proqnozlaşdırılması.( İstinad: M.J. Mizianty & L. Kurqan. 2011. Bioinformatika 27: i24-i33).

Antimikrobiyal peptidlər, vaksinlər və toksinlər:

APD (Amikrob əleyhinə Pepidid Database) (İstinad: Wang, Z. and Wang, G 2004. Nucl. Acids Res.32: D590-D592)

Tip III ifrazat sistemi (T3SS) infeksiya prosesində host-patogen qarşılıqlı əlaqə üçün vacib mexanizmdir. Bir çox qram-mənfi bakteriyaların T3SSmachinery vasitəsilə ifraz olunan zülallar T3SS effektorları (T3SEs) kimi tanınır. Bunlar ya hostda hüceyrəaltı lokallaşdırıla bilər, ya da digər effektorları hədəf hüceyrəyə gətirmək üçün birbaşa ana membranla qarşılıqlı əlaqədə olan T3SS-nin iynə ucunun bir hissəsi ola bilər. T3SEdb, bütün eksperimental olaraq müəyyən edilmiş və ehtimal edilən T3SE-lərin hərtərəfli məlumat bazasını veb-saytda toplamaq üçün belə bir səyi təmsil edir. BLAST axtarışı mövcuddur. (İstinad: Tay DM et al. 2010. BMC Bioinformatika. 11 Əlavə 7:S4).

Effektiv (Vyana Universiteti, Avstriya və Münhen Texniki Universiteti, Almaniya) - Bakterial zülal ifrazı simbiotik və patogen bakteriyaların əsas virulent mexanizmidir. Beləliklə, effektor zülallar bakteriya sitozolundan hüceyrədənkənar mühitə və ya birbaşa eukaryotik ev sahibi hüceyrəyə daşınır. Effektiv portal bütün ictimaiyyətə açıq olan patogen və simbiontik genomlarda bakterial effektorlar üzrə əvvəlcədən hesablanmış proqnozlar, habelə istifadəçinin öz protein ardıcıllığı məlumatlarında effektorları proqnozlaşdırmaq imkanını təmin edir.

Vaxign, əks vaksinologiya strategiyasından istifadə edərək, genom ardıcıllığına əsaslanan vaksin hədəflərini proqnozlaşdıran ilk veb-əsaslı vaksin dizayn sistemidir. Vaxign boru kəmərində proqnozlaşdırılan xüsusiyyətlərə zülalın hüceyrəaltı yerləşməsi, transmembran spiralları, adhezin ehtimalı, insan və/və ya siçan zülallarına qorunma, patogen olmayan ştam(lar)ın genom(lar)ından ardıcıllıqla xaric edilməsi və epitopun MHC sinif I və sinif II ilə bağlanması daxildir. . Əvvəlcədən hesablanmış Vaxign verilənlər bazası >350 genomları üçün vaksin hədəflərinin proqnozunu ehtiva edir. (İstinad: He Y et al. 2010. J Biomed Biotechnol. 2010: 297505). Vaxign 2 Beta-nın daha yeni versiyası burada mövcuddur.

VacTarBac bir neçə patogen bakteriyalara qarşı peyvənd namizədlərini saxlayan bir platformadır. Peyvənd epitop kimi fəaliyyət göstərmə ehtimalı əsasında hazırlanmışdır, beləliklə, immunitet sisteminin bir neçə qolundan hər hansı birini induksiya etmək potensialına malikdir. Bu epitoplar 14 bakteriya növünün virulentlik faktoruna və essentail genlərinə qarşı proqnozlaşdırılıb. (İstinad: Nagpal G et al. (2018) Front Immunol. 9: 2280).

Abpred - bir Fv üçün bir amin turşusu ardıcıllığını götürəcək və proqnozlaşdırılan performansı hesablayacaq 12 biofiziki platformalar ( İstinad: Hebditch M & J Warwicker (2019) PeerJ. 7: e8199).

T3SE - Tip III sekresiya sisteminin effektor proqnozu (İstinad: Löwer M, & Schneider G. 2009. PLoS One. 4:e5917. Səhv: PLoS One. 20094(7).

SIEVE Server III növ ifraz olunan effektorların proqnozlaşdırılması üçün ictimai veb alətdir. SIEVE Server məlum ifraz olunan zülallardan öyrənilmiş modeldən istifadə edərək III tip sekresiya sistemləri ilə bakterial patogenlərin genomlarından potensial ifraz olunmuş effektorları qiymətləndirir. SIEVE Server yalnız zülalların zülal ardıcıllığının yoxlanılmasını tələb edir və hər bir giriş zülalının III tip ifraz olunmuş effektor olması ilə bağlı konservativ ehtimalı qaytarır. (İstinad: McDermott JE et al. 2011. Infect Immun. 79:23-32).

Dairəvi dikroizm:

Dairəvi dikroizm (Birkbeck Kolleci, Kristaloqrafiya Məktəbi, İngiltərə) DICHROWEB, Dairəvi Dikroizm spektroskopiyası təcrübələrindən əldə edilən məlumatların dekonvolyutsiyasına imkan verən interaktiv veb saytdır. O, bir sıra dekonvolyutsiya alqoritmləri (CONTINLL, SELCON3, CDSSTR, VARSLC, K2D) üçün interfeys təklif edir.

K2D2: CD spektrlərindən zülalın ikincil strukturunun faizlərinin proqnozlaşdırılması - 200 nm-dən 240 nm-ə qədər dəyişən 41 CD spektr məlumat nöqtəsini və ya 190-240 nm diapazonu üçün 51 məlumat nöqtəsini təhlil etməyə imkan verir (İstinad: Perez-Iratxeta C & Andrade- Navarro MA. 2008. BMC Struktur Biologiya 2008, 8:25)

K2D3 zülalın dairəvi dikroizm spektrindən spiral və ß zəncirinin tərkibini qiymətləndirmək üçün veb serverdir. K2D3 Dichrocalc ilə əldə edilmiş nəzəri spektrlərin verilənlər bazasından istifadə edir (İstinad: Louis-Jeune C et al. 2012. Proteinlər: Structure, Function, & Bioinformatika 80: 374&ndash381)

Sistein qalıqları:

DiANNA - sisteinin oksidləşmə vəziyyətini (76% dəqiqlik), sistein cütlərini (81% dəqiqlik) və disulfid bağının əlaqəsini (86% dəqiqlik) proqnozlaşdıracaq. (İstinad: Nucl. Acids Res. 33: W230-W232).

CYSREDOX (Rokfeller Universiteti, ABŞ) və KISPRED (CIRB Biocomputing Group, Bolonya Universiteti, İtaliya) zülallarda sistein qalıqlarının redoks vəziyyətini hesablayın.

Hidrofobiklik Plotter ( Yenilikçi ) - və Protein Hidroplotter - Alətlər altında seçin (ProteinLounge, San Dieqo, CA ).

Proteoliz və Kütləvi Spektrometriya:

Proteoliz - peptid kəsici (ExPASy, İsveçrə) bu da fermentlərin və kimyəvi maddələrin parçalanma yerlərini proqnozlaşdırır. Alternativ proteoliz sahəsi Mobility_plot 4.1-dir (Advanced Proteolytic Fingerprinting, IGH, Fransa).
Kütləvi spektroskopiyanı əhatə edən daha mürəkkəb zülal analizi üçün ExPasy peptidlərdə potensial zülal post-translational modifikasiyalarını proqnozlaşdırmaq üçün FindMod və eksperimental olaraq müəyyən edilmiş kütlələrdən zülallarda baş verə biləcək mümkün oliqosakkarid strukturlarını proqnozlaşdıra bilən GlycoMod-u təqdim etdi.

ProFound - peptid xəritələrinin kütləvi spektrlərindən məlumatlardan istifadə edərək zülal ardıcıllığı verilənlər bazasını axtarmaq üçün bir vasitədir. Verilənlər bazasındakı zülal ardıcıllıqlarını peptid xəritəsini yaratmaq ehtimalına görə sıralamaq üçün Bayes alqoritmi istifadə olunur. Sadələşdirilmiş versiyaya buradan daxil olmaq olar (Rokfeller Universiteti, Nyu-York, ABŞ) . İnsan öz protein bazasından istifadə edə bilməz.

Protein Prospektoru (Kaliforniya Universiteti) - zülal kütlə spektroskopisti üçün geniş çeşidli alətlər təklif edir (məsələn, MS-Fit, MS-Tag, MS-Seq, MS-Pattern, MS-Homology).

Zülal ardıcıllığında təkrarlar Radardan istifadə etməklə aşkar edilə bilər ( R apid A avtomatik D eteksiya və A nin ligmenti R təkrar edir, Avropa Bioinformatika İnstitutu) və ya REPRO (İstinad: George RA. & Heringa J. 2000. Trends Biochem. Sci. 25: 515-517).

REPPER (REPyeyir və onların PERyodicities) - zülallarda qısa boşluqsuz təkrarlanan bölgələri aşkar edir və təhlil edir. Fourier Transform (FTwin) və daxili oxşarlıq təhlili (REPwin) ilə dövrilikləri tapır. FTwin müəyyən xassələri, məsələn, hidrofobikliyi əks etdirən amin turşularına ədədi dəyərlər təyin edir və müvafiq dövrlər haqqında məlumat verir. REPwin özünü uyğunlaşdırmalardan istifadə edir və əhəmiyyətli daxili oxşarlıqları aşkar edən təkrarları göstərir. Onlar serveri lifli zülallar üçün faydalı analitik alət halına gətirən PSIPRED və qıvrımlı rulonların proqnozlaşdırılması (COILS) ilə tamamlanır. (İstinad: M. Gruber et al. 2005. Nucl. Acids Res. 33: W239-W243).

İki ölçülü gellər:

JVirGel virtual ikiölçülü protein gellərinin hesablanması - eukariotların və prokaryotların (və ya fərdi zülalın) böyük siyahısından virtual 2D proteomlar yaradır. İki versiya: html (məhdud) və Java tətbiqetməsi (inanılmazdır, lakin Java Runtime Environment-i quraşdırmalısınız. ( İstinad: K. Hiller et al. 2003. Nucl. Acids Res. 31: 3862-3865).

Virtual İki Ölçülü Protein Gelləri çəkin (PRODORIC Net, Almaniya) - öz protein ardıcıllığı məlumatlarınızdan və ya müxtəlif orqanizmlər üçün istifadə edərək.

Scratch Protein Predictor - (Genomika və Bioinformatika İnstitutu, Kaliforniya Universiteti, İrvine) - proqramlara daxildir: ACCpro: zülal qalıqlarının nisbi həlledici əlçatanlığı CMAPpro: Amin turşusu ilə əlaqə xəritələrinin proqnozlaşdırılması COBEpro: Davamlı B-hüceyrə epitoplarının proqnozlaşdırılması CONpro: zülaldakı hər bir qalığın kontaktlarının sayının orta səviyyədən yuxarı və ya aşağı olmasını proqnozlaşdırır həmin qalıq üçün DIpro: Disulfid körpülərinin proqnozu DISpro: Tənzimlənmiş bölgələrin proqnozu DOMpro: Domenlərin proqnozu SSpro: Zülalın ikincil strukturunun proqnozlaşdırılması SVMcon: Dəstək Vektor Maşınlarından istifadə edərək amin turşusu ilə əlaqə xəritələrinin proqnozlaşdırılması və, 3Dpro: Protein üçüncü strukturunun proqnozu (Ab) başlanğıc).

Mutagenez:

Gen mutagenez dizayneri (GenScript) gen mutasiyasını asanlaşdırmaq üçün nöqtə DNT mutagenez dizaynınızı sadə etmək üçün hazırlanmışdır. Vəhşi növdən DNT mutagenezini həyata keçirmək üçün sadəcə olaraq aşağıdakı sahəyə vəhşi tipli genin başlanğıc ardıcıllığını daxil edin və sonra maraq doğuran amin turşularını(lar)ı seçmək üçün &ldquofrom seçim&rdquo düyməsini klikləyin. Nəticə etibarilə, mutasiyaya uğramış zülalı kodlayan yeni gen ardıcıllığı &ldquosubmit&rdquo klikindən sonra yaradılacaq. Siz bir sıra ifadə sistemlərini seçə bilərsiniz.

I-Mutant2.0: mutasiya zamanı zülal sabitliyinin dəyişməsinin proqnozlaşdırıcısı - ya PDB istinad nömrəsini seçin, ya da öz zülalınızı yapışdırın. Cavab (e-poçtla) zülalın daha çox və ya daha az sabit olub-olmadığını göstərir, bu, "daha yaxşı" zülalların dizaynında istifadə edilə bilər. (İstinad: E. Capriotti və başqaları. 2005. Nucl. Acids Res. 33: W306-W310).

SIFT - The Sorting Idözümsüz fROM Tolerant (SIFT) alqoritmi kodlaşdırma variantlarının zülal funksiyasına təsirini proqnozlaşdırır, yəni amin turşularının əvəzlənməsinin ardıcıllıq homologiyasına və amin turşularının fiziki xassələrinə əsaslanaraq zülal funksiyasına təsir edib-etmədiyini proqnozlaşdırır. SIFT təbii olaraq baş verən qeyri-sinonim polimorfizmlərə və laboratoriya tərəfindən induksiya edilən səhv mutasiyalara tətbiq edilə bilər. (İstinad: N-L Sim et al. 2012. Nucleic Acids Research 40(1): W452&ndashW457).

mCSM-membran - mutasiyaların transmembran zülallarına təsirini proqnozlaşdırır. (İstinad: Pires DEV et al. 2020. Nucl Acids Res 48 (W1): W147&ndashW153).


3.5: Zülal ardıcıllığı, Peptid Xəritəçəkmə, Sintetik Genlər - Biologiya

cDNA klonlanması və ifadəsi in vitro və insan oynaq qığırdaqından təcrid olunmuş yeni zülalın eukaryotik hüceyrələrində qığırdaq ara qat zülalı (CILP) təsvir edilmişdir. İnsan oynaq qığırdaqlarında aşkar edilən tək 4,2 kilobazalı mRNT 132,5 kDa hesablanmış molekulyar kütləsi olan 1184 amin turşusundan ibarət polipeptidi kodlaşdırır. Protein 21 amin turşusundan ibarət ehtimal siqnal peptidinə malikdir və iki polipeptidin proformudur. Amin-terminal yarısı CILP-ə uyğundur (tərcümə sonrası modifikasiyalar nəzərə alınmadan molekulyar kütləsi 78,5 kDa) və karboksil-terminal yarısı isə donuz nukleotidi pirofosfohidrolazası ilə homoloq olan zülala uyğundur, NTPPHaz (molekulyar kütləsi 51,8 kDa daxil olmaqla). -tərcümə dəyişiklikləri). CILP-də 30 sistein və altı ehtimal var N- qlikozilləşmə yerləri. Burada təsvir edilən donuz NTPPHazının insan homoloqunda 10 sistein qalığı və iki ehtimal N- qlikozilləşmə yerləri. Prekursor zülalında NTPPHase bölgəsindən dərhal əvvəl furin proteinazın parçalanma konsensus ardıcıllığına uyğun gələn tetrapeptid durur. Hüceyrəsiz tərcümə sistemində və COS-7 və ya EBNA hüceyrələrində tam uzunluqlu cDNA-nın ifadəsi onu göstərir ki, prekursor zülal tək polipeptid zənciri kimi sintez olunur və ehtimal ki, furinəbənzər proteaz tərəfindən iki polipeptidə çevrilir. və ya əvvəlki sekresiya.

Bu iş İsveç Tibbi Tədqiqatlar Şurası, Konung Gustaf V's 80-årsfond, Greta, Johan Kock's stiftelser, Axel və Margaret Ax:son Johnsons stiftelse, AlfredÖsterlund's Stiftelse və Lund Universiteti Tibb Fakültəsi tərəfindən dəstəkləndi. bu məqalənin nəşri ilə bağlı xərclər səhifə haqlarının ödənilməsi hesabına qismən ödənilmişdir. Buna görə də məqalə burada qeyd edilməlidirreklam” 18 U.S.C. 1734-cü maddə yalnız bu faktı göstərmək üçün.

Bu sənəddə bildirilmiş nukleotid ardıcıllığı(lar)ı AF035408 qoşulma nömrə(ləri) ilə GenBank™/EMBL Məlumat Bankına təqdim edilmişdir.


3.5: Zülal ardıcıllığı, Peptid Xəritəçəkmə, Sintetik Genlər - Biologiya

Qabaqcıl laboratoriyalar və qurğular kollecin qabaqcıl tədqiqat proqramları üçün vacibdir. Aşağıdakı kollecin əsas imkanlarını araşdırın.

Əsas Obyektlər

Kimya Obyektləri

Ostindəki Texas Universitetinin kimya və əlaqəli sahələrdə tədqiqatçılarına dəstək verən bir sıra obyektlər var.

Biotibbi tədqiqat obyektləri

Ostindəki Texas Universitetində hüceyrə və molekulyar biologiya tədqiqatını və hesablama biologiyasını dəstəkləyən bir sıra obyektlər var. Əsasən Kollecin Biotibbi Tədqiqatlara Dəstək Mərkəzinin tərkibində yerləşmiş bu obyektlər nuklein turşusu və zülal ardıcıllığı, peptid sintezi, kütləvi spektrometriya, zülalların təmizlənməsi və analizi, DNT mikroarrayları, rentgen xristaloqrafiyası və transgen-nokaut siçanları üzrə tam xidmətlər spektrini təklif edir. . Bu obyektlərə aşağıdakılar daxildir:

Araşdırma İstixanası

Norman Hackerman Binasının (NHB) damında yerləşən NHB Tədqiqat İstixanası universitet boyu bitki tədqiqatçıları üçün geniş istixana otaqları, eləcə də giriş və daxil olmaq üçün böyümə otaqları təqdim edir.

Təsvir Araşdırması

Biotibbi Görüntüləmə Mərkəzində (BIC) yüksək sahəli (3 Tesla) MRT, görüntü analizi kompüter dəsti, sınaq otaqları, tam təchiz olunmuş elektronika və maşın sexləri, ofislər və konfrans/sinif otağı var.

Nanotexnologiyanın Əsas Obyektləri

Texas Materiallar İnstitutu əvvəllər Nano və Molekulyar Elm və Texnologiyalar Mərkəzinin evidir. Obyektlərə skan edən zond mikroskopiyası, nano cihaz istehsalı və sınaqları, elektron və vibrasiya spektroskopiyası daxildir.

  • Nano İstehsal və Xarakterləşdirmə Mexanizmi
  • Mikroelektron Tədqiqat Qurumu
  • X-ray Analiz Qurumu
  • Səthi Analiz Qurumu
  • Elektron və Skanlayıcı Zond Mikroskopiyası
  • Polimer Xarakteristika Mexanizmi
  • Cryo-EM

Maşın sexi

RL Moore-da yerləşən Fizika Maşın Mağazası kampus daxilində tədqiqat laboratoriyaları üçün xüsusi tədqiqat avadanlıqları və alətləri layihələndirir və istehsal edir. Fizika Maşın Dükanı həmçinin Kriogenlər Mağazasını idarə edir.


LC-MS/MS Services tərəfindən Peptid Xəritəçəkmə

Nümunələrin sayından və nümunənin hazırlanması müddətindən asılı olaraq quraşdırma haqqı tətbiq oluna bilər. Yuxarıda göstərilən qiymətlər antikorların və zülalların əksəriyyəti üçün işlədiyi sübut edilmiş standart üsullarımızdan istifadə edərək təhlilə əsaslanır. Metod inkişaf variantları unikal xassələri olan atipik zülallar üçün lazım ola bilər.

Qiymət/mövcudluq/spesifikasiyalar xəbərdarlıq edilmədən dəyişdirilə bilər. Başqa cür göstərilmədiyi təqdirdə, kataloqumuz və fərdi məhsullarımız yalnız tədqiqat məqsədləri üçün nəzərdə tutulub və insan və ya heyvanların diaqnostikası və ya terapevtik istifadəsi üçün nəzərdə tutulmayıb.

Oflayn sifariş edin

Və ya rəsmi satınalma ilə bir mesaj buraxın

Peptid xəritəsindən istifadə edərək, zülalın və ya antikorun ilkin strukturunda zülalın aktivliyinə və ya bağlanma yaxınlığına təsir edə biləcək incə dəyişikliklər müəyyən edilə bilər. LC-MS/MS ilə peptid xəritələşdirilməsi zülalların və ya antikorların ilkin ardıcıllığını təsdiq etmək üçün ən güclü keyfiyyət analizlərindən biridir. Bu xidmət eyni zülalların, antikorların və ya biooxşarların müxtəlif lotlarını müqayisə etmək üçün istifadə edilə bilər.

LC-MS/MS ilə peptid xəritələmə analizi xidmətinə daxildir:

A. Maraqlanan antikor/protein LysC və ya tripsin kimi proteolitik fermentlə denatürasiya olunur, reduksiya edilir və həzm olunur.
B. Könüllü: ikinci proteolitik ferment zülalın ardıcıl örtülməsini artırmaq üçün istifadə olunur.
C. Nəticədə peptid qarışıqları tərs fazalı HPLC-də ayrılır. UV udma xromatoqrafı UV 214 nm-də yaradılır.
D. HPLC ayrıldıqdan sonra əlavə analiz yüksək ayırdetməli kütlə spektrometriyası (Thermo Fisher Orbitrap Velos və ya Fusion) ilə həyata keçirilir.
E. A peptide map of the protein is generated for comparison with a reference protein.
F. The peaks are analyzed to the primary sequence.
G. Optional (two or more samples): a comparability evaluation is performed to assess lot-to-lot variation between proteins or to compare biosimilars.

Deliverable information:
- Confirmation of primary sequences (sequence coverage: 60-90% using one enzyme > 98% using two or more enzymes).
- Glycoprofiling of N-linked oligosaccharides (heterogeneity of glycoforms & approximation of site occupancy).
- Identification & approx quantification of PTMs such as deamidation, oxidation, N-term pyroglutamate formation and C-term Lys processing (modified amino acid position and % modification can be detected).
- Similarity assessment between different lots.
- Comparability assessment for biosimilars.

Sample treatment: Denaturation, reduction/alkylation and enzymatic digestion followed by LC-MS or LC-MS/MS.


3.5: Protein Sequencing, Peptide Mapping, Synthetic Genes - Biology

Molekulyar Biologiya Xidmətləri

Sangon Biotech have developed particular technology for obtain DNA fragments ("gene") with specific functions either by cloning from natural existing organism or by chemical gene synthesis. Cloning is usually more convenient than gene synthesis, but cloning is also time-consuming and sometimes can be difficult. Sangon Biotech not only help you to obtain the desired gene, but also help you to subcloning the desired gene into any vectors to save your time and money.

  • Direct gene cloning with known sequence from known source
  • Norvel gene cloning using RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) technology

Gene expression is the process by which information from a gene is used in the synthesis of a functional gene product (either proteins or non-protein coding genes such as miRNA). The regulation of gene expression process was strictly controlled in a complicated network in vivo. Gene expression profiling indicates the role of a particular gene and the changes in gene expression is associated with many biological process such as disease developing. So monitor the changes in gene expression becoming an more and more important method to monitor the "action" of particular genes.

Real-time PCR analysis is the gold standard for quantifying gene expression. We have developed methods for sensitive, accurate quantification of mRNA or microRNA using real-time PCR. Both TaqMan probe-based analysis and SYBR Green dye-based analysis are available. Individual samples or 96 or 384 well plates can be analyzed.

  • mRNA Real Time Fluorescent Quantitative RT-PCR
  • microRNA Real Time Fluorescent Quantitative RT-PCR

Microsatellite (STR) Genotyping

Microsatellites, also known as short tandem repeats (STR), are widely used molecular markers in genetics. Sangon Biotech offers a complete microsatellite (MS) genotyping service.

Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Genotying

SNPs are one of the most common types of genetic variation which is associated with many diseases. SNP genotyping is the measurement of genetic variations of single nucleotide polymorphisms (SNPs) between members of a species. Sangon Biotech have developed several SNP genotyping platforms for different requirement including:

  • Direct Sequencing
  • Restricted Fragment Length Polymorphisms (RFLP)
  • TaqMan Probe
  • Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS)

cDNA library construction is a powful tool for gene expression, gene function research, norvel gene characterization, and many other applications. But obtain high-quality cDNA libraries is time-consuming and can be very challenging. Sangon Biotech has over 10 years of experience in generating cDNA libraries from various of samples. Thanks to our comprehensive sequencing platform. cDNA libraries with ESTs (expressed sequence tag) can also be sequenced and analysized here.

  • Identification of Bacteria or Fungi
  • PCR-DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) analysis for the identification of microbial populations of Bacteria
  • Microbial Population Analyzing

SNP service content price and procedure

SNP testing service platform

  • Direct sequencing
  • Restricted fragment length polymorphisms (RLFP)
  • TaqMan Probe
  • MALDI-TOF MS
  • Illumina beadchip SNP genotyping
  • Illumina beadchip methylation
  • Illumina beadchip gene expression profiles
  • Illumina beadchip microRNA expression profiles

Xidmətlər Price ($) Turnaround Time Qeydlər
Known gene cloning from Prokaryotic or eukaryotic genome Minimum charge at $80 (
Növ Stil Saytlar Price(dollar /case) samples/ chip
Human genome SNP genotyping chip Human Omni5-Quad (new) 5000,000 2,000 4 samples
Human Omni2.5-8 2500,000 1333.5 8 samples
Human Omni1-Quad 1140,000 916.7 4 samples
Human OmniZhongHua-8 (new) 900,000 750 8 samples
Human OmniExpress-12 700,000 666.7 12 samples
Human CytoSNP-12 300,000 583.5 12 samples
Human Exome-12(new) 250,000 366.7 12 samples
Human Linkage-24 6056 533.5 24 samples
Animal plant genome SNP genotyping chip Cow HD chip 70 800 8 samples
Cow SNP50 chip 50,000 666.7 24 samples
Cow LD chain chip 6000 366.7 24 samples
Dog HD chip 170,000 800 12 samples
Sheep SNP50 chip 50,000 666.7 12 samples
Horse SNP50 chip 50,000 666.7 12 samples
Pig SNP60 chip 60,000 666.7 12 samples
Corn SNP50 chip 50,000 666.7 24 samples
Methylation detection chip Human Methylation 27K 27,578 833.5 12 samples
Human Methylation 450K 480,000 1133.5 12 samples
Microarray HumanHT-12 V4 47,231 633.5 12 samples
MouseWG-6 45,281 700 6 samples
Custom SNP chip(more than 480 samples)
Saytlar 96 144 192 384 768 1,152 1536
Price($) 4167 5,000 6700 11670 15300 20834 2250
Custom methylation chip(more than 480 samples)
Saytlar 96 methylation sites 384 methylation sites başqa
Price($) 41700 100000 inquriy

Bisulfite modification and sequencing method (BSP)

Frommer et al (1992) proposed methods of DNA methylation analysis, this method is reliable and precise. procedures:

  • Prepare genomic DNA of Sample
  • Bisulfite treatment (including purification and de-sulfosalicylic reaction) to convert unmethylated cytosine to uracil, while methylated cytosine remains unchanged.
  • Using methylation primer design software to design primers at the both ends of methylated regions.
  • Fragment amplification and PCR product recovery.
  • PCR products were sequenced directly or after cloned (quantitative analysis), analysis of each CpG island methylation.
  • Data Statistics. unmethylated DNA samples are used as a control.

Methylation specific PCR method (Methylation-Specific PCR, MS-PCR)

Herman et al (1996) in the use of bisulfite treatment on the basis of the new methods. High sensitivity of this method is mainly used for qualitative research. Prosedurlar:

  • Prepare genomic DNA of Sample
  • Bisulfite treatment (including the purification and de-sulfosalicylic reaction).
  • Using methylation primer design software design methylation specific primers (primer 1) or non-methylated primers in methylated regions (primer 2) 2 pairs.
  • For specific PCR amplification, only the fragments fully combinate with methylated or non-methylation specific primers can amplify the product.
  • Detection of MSP amplification, if DNA methylation for the treatment chain primers amplified fragments, it shows that the detected methylation sites exist if used for the treatment of non-methylated DNA chain The primers amplified fragments, then the detected methylation sites does not exist.

Xidmətlər Kəmiyyət Unit price ($) Zaman qrafiki Kəmiyyət Price
Bisulfite modification and sequencing method 50 Inquire
$165/sample/gene
(offer sequencing results of 10 clones)
20 to 25 business days >50 Inquire
methylation specific PCR method 100 Inquire
Combined Bisulfite Restriction Analysis 100 Inquire
High Resolution Melting method 200 Inquire
Pyrosequencing 200 Inquire
Methylation detection chip Sites of the amount of information Unit price /sample ($) The number of samples / chip Zaman qrafiki
Human Methylation 450K 480000 $1,135 12 samples 4 həftə
Customized methylation chip 96 methylation sites Inquire 15 weeks
384 methylation sites Inquire 20 həftə

Lab report (experimental steps, including the BSP method statistical results of 5 clones), PCR electrophoresis photographs, sequencing trace files.

10.1 Adenovirus packaging services

10.2 Lentiviral packaging services

Xidmətlər Kəmiyyət nəticələr Price($) Velosiped
Vector construction ShRNA vector of the target gene 1 Hesabat 166.7 1 to 2 weeks
Target gene shRNA vector Subscription 5 Report(4 object +1 negative contrast) 666.7 2 to 3 weeks
siRNA lentiviral screening Buy cell recovery and training 1 Cell state Image 83.5 2 working days
Slow virus infection experiments 1 The infection efficiency images and analysis 83.5 3 working days
shRNA design 3 Target information Pulsuz 1 working days
shRNA vector construction 4 Vector Construction Report 666.7 2 to 3 weeks
Lentiviral packaging
(10e8TU/ml)
5 The virus liquid and the titer test report 1333.5 2 to 3 weeks
The slower virus infection ( interference filter) 4 Picture 333.5 1 to 2 weeks
qRT-PCR primer design and verification 2 Primer sequences ( containing an internal reference ) 33.5 1 weeks
qRT-PCR detect 3*5 Experimental data and analysis 300 1 to 2 weeks
Western Blot detect 5 Experimental data and analysis ( primary antibody ) 333.5 1 to 2 weeks
Total price / / 3500 7 to 10 weeks
Establish stable Filter cell lines The effective siRNA lentiviral repeated infection ( positive + negative ) 2 Picture 266.7 1 to 2 weeks
Stable cell strain was amplified ( positive + negative ) 2 Cell picture 333.5 3 to 4 weeks
qRT-PCR detect 3*2 Experimental data and analysis 200 1 to 2 weeks
Western Blot detect 3*2 To provide an anti- experimental data analysis (customer ) 200 1 to 2 weeks
Infected cells (25T flasks , positive ( two kinds ) + negative , each bottle ) Cells and photo 333.5 1 to 2 weeks
Total price / / 1333.5 6 to 9 weeks

11.RNA Interference Service

Xidmətlər Kəmiyyət Nəticələr Price ($) Zaman qrafiki
shRNA vector construction Gene specific shRNA sequence is designed according to the target gene and cloned to shRNA expression vector 1 Hesabat $165 1 to 2 weeks
Gene specific shRNA vector set 5 Report(4 gene specific shRNA vector +1 negative contrast) $665 2 to 3 weeks
siRNA lentiviral screening Cell culture 1 Image of cultured cells $85 2 business days
Lentiviral infection 1 Infection efficiency images and analysis $85 3 business days
shRNA design 3 Target information Pulsuz 1 business days
shRNA vector construction 4 Vector Construction Report $665 2 to 3 weeks
Lentiviral packaging
(10e8TU/ml)
5 The virus liquid and the titer test report $1330 2 to 3 weeks
The Lentiviral infection ( interference filter) 4 Picture $330 1 to 2 weeks
qRT-PCR primer design and verification 2 Primer sequences ( containing an internal reference ) $30 1 weeks
qRT-PCR detection 3*5 Experimental data and analysis $300 1 to 2 weeks
Western Blot detection 5 Experimental data and analysis ( primary antibody ) $330 1 to 2 weeks
Total price / / $3,500 7 to 10 weeks
Establish stable cell lines The effective siRNA lentiviral repeated infection ( positive + negative control) 2 Picture $265 1 to 2 weeks
Stable cell strain was amplified ( positive + negative control) 2 Cell picture $330 3 to 4 weeks
qRT-PCR detection 3*2 Experimental data and analysis $200 1 to 2 weeks
Western Blot detection 3*2 To provide an anti- experimental data analysis (customer ) $200 1 to 2 weeks
Infected cells (25T flasks , positive ( two kinds ) + negative , each bottle ) Cells and photo $330 1 to 2 weeks
Total price / / $1,330 6 to 9 weeks

Reports include: siRNA sequences, construct vectors sequencing report, quantitative PCR test report, Western Blot image and all the experimental data and detailed experimental procedures


3.5: Protein Sequencing, Peptide Mapping, Synthetic Genes - Biology

One of the Largest Professionals in Oligo Synthesis

  • Worldwide Services
  • One of the Largest and the Most Experienced Suppliers
  • Wide Range Product Lines
  • All Oligos Passed QC by Mass Spectrometry Analysis
  • One of the Largest and the Most Experienced Suppliers
  • Highest Purity at Lowest Price
  • Specializing in HAP* (High Affinity Purification) and PAGE Purification (No Purification Charges)
  • Fast Services: Synthesis Completed within 24 or 36 Hours (for HAP* or PAGE)
  • All oligos with modified base are purified by HPLC (WAVE system)

Oligonucleotide synthesis is the chemical synthesis of short nucleic acids chains with desired sequence . The capability of "create" nucleic acids from building blocks (2'-deoxynucleosides, ribonucleosides, or chemically modified nucleosides, e.g. Florescence labeled deoxynucleosides.) has speeded up research in molecular biology. Oligonucleotides are widely used in most laboratory and it is extremely useful in various applications in molecular biology and medicine.

The development of oligonucleotide synthesis technology started in the early 1950s. The most widely used technique for oligonucleotide synthesis currently is the solid-phase synthesis using phosphoramidite modified nucleosides as primary elements. The synthesis of DNA and RNA is carried our in 3'-5'direction, on the opposite of the natural 5'-3' direction. The synthesis process has been used since the late 1970s and become more and more automated during the past 30 years. Now the major steps of oligonucleotide synthesis are performed by automated synthesizers. The limits for the length of oligonucleotide being synthesized and the purity of oligonucleotides also increases.

As the world's leading supplier of custom oligonucleotides, Sangon Biotech have over 15 years of experience perfecting the process of making oligos. The process of oligonucleotide synthesis in Sangon Biotech was fully automated and integrated and now we have a capacity of 10,000 oligos per day, with a length limit up to 130-bp and 3 kinds of purification methods (HAP, PAGE and HPLC). We also able to successfully synthesize difficult and unusual oligonucleotides. A complicated quality assurance system was established to ensure the process was carried under strict control.

Frequently Asked Questions and Answers

Q: What's the storage condition of oligonucleotide ?

Synthesized oligonucleotides are provided in lyophilized powder. Oligonucleotides in the form of lyophilized powder are relatively stable, it can be transported at ambient temperature and stored at room temperature for a couple of days. Oligos in lyophilized powder is stable for years when stored at -20℃. After reception, oligonucleotides are recommended to be dissolved in TE buffer to 100 ?M and stored at -20℃. It is stable for several months and freeze-thraw cycles should be avoided. A work solution in 10 ?M is always stable for several days if stored at 2-8℃.

Q: How do I measure the amount of oligonucleotides ?

An OD reading is a quick way of estimating how much DNA is contained in the solution, by measuring the absorbance at 260 nm. 1 OD is approximately 33 ?g of crude oligo DNA. It should be noted that, for especially desalted oligos, the OD reading is a measurement of the total amount of nucleic acid which includes both the full-length and failed sequences.

Q: What is HAP purification and how do I choose it ?

High Affinity Purification (HAP) is a patented, novel purification method for custom oligos developed by Sangon Biotech. DMT-ON-Oligo in the crude oligo mixture is first selectively absorbed on a high affinity resin in HAP column while incomplete oligos pass through. Final products is obtained by removing the protection group of DMT under mild acidic conditions. HAP method provides two major advantages, high purity superior to De-Salted method (Purity of a standard 20 bases-HAP is >85%, 30 bases-HAP > 80% etc. ), and low cost compare to PAGE or HPLC methods. Oligos produced by the HAP method has such high purity that they can be directly used for any downstream experiments such as PCR, DNA Sequencing, Gene Synthesis, and Mutagenesis. At present, the most economic method to produce oligos is the De-Salted method, which however, yields products poor in purity. For example, the purity of 20-mer, 40-mer and 60-mer is approximately 68%, 45% and 30% respectively. This is calculated based on the 4 steps in DNA synthesis: De-DMT, Coupling, Oxidation and Capping. The average yield of each cycle is about 98%. The purity of 20-mer is therefore (0.98)20-1 = 68% of 40-mer = (0.98)40-1 = 45% and of 60-mer = (0.98)60-1 = 30%. Most laboratories use De-Salted oligos despite of their inferior purity because higher quality oligos produced by alternative methods such as PAGE, HPLC, and OPC are too costly. HAP presents the perfect alternative for high purity oligos at lowest prices. In fact, price is even lower than those of De-Salted method in some cases.

Q: What are the various purification options ?

During the synthesis of oligonucleotides, the crude products contain undesired oligos caused by side reaction as well as full-length oligos. Purification procedures are required to remove these undesired products and/or other component such as salts. Sangon Biotech offer 3 kinds of purification options for oligonucleotides.
HAP (High Affinity Purification): As described above.
PAGE polyacrylamide gel electrophoresis ) : Oligos purified by (PAGE) are run on a gel and the full-length product is excised and recovered by electroelution. Resolution of 1 base differences are possible. PAGE pure oligos are generally 96 to 99% pure.

Reverse Phase HPLC: This method also uses the 5' trityl protecting group as a means of binding to the column. This method works well for oligos up to 55 bases and generally 90 to 95% pure.


Protein identification in the post-genome era: the rapid rise of proteomics

Most advances in biology can usually be traced back to the development of a new technique: the recent explosion in sequence information in the databases arose from the pioneering work on separation methods by Frederick Sanger which paved the way for the development of protein (Sanger, 1945) and DNA/RNA (Maxam & Gilbert, 1977 Sanger, 1981) sequencing and culminated in the receipt of two Nobel prizes by Sanger. The initial phase of sequence database expansion was slow due to the tedious and slow nature of protein sequencing. Peptide sequencing was carried out manually and the complete analysis of a protein was tiresome, requiring the isolation of sufficient peptides from several digests of the target protein using proteases of different specialities to collect an overlapping set of fragments which cover the whole sequence. Protein sequencing gained momentum when the phenylisothiocyanate sequencing chemistry developed by Edman in 1949 was automated (Edman & Begg, 1967) and a commercial instrument requiring lower amounts (nanomoles) of sample was put on the market. Further technical advances such as novel valves to deal with small volumes of aggressive chemicals, the introduction of high pressure liquid chromatography (HPLC), and novel supports for sample immobilization, were all combined in the first gas phase sequencers, greatly increasing the sensitivity and allowing automated data collection (Hewick et al . 1981) and analysis. The new instruments with a sensitivity in the low picomole range appeared as rapid advances in DNA technology such as the development of restriction mapping (Danna et al . 1973), cloning (Cohen et al . 1973) and the dideoxynucleotide sequencing chemistry were threatening to make protein chemistry a relic of the past (Malcolm, 1978).


Manual sequence workflows

Using the tools within the Bio Tool Kit, users can “walk” up or down an MS/MS spectrum to determine the sequence of a peptide (Figure 3). This process is straightforward and is accomplished by following these steps:

  1. Highlight a fragment ion as the starting point for manual sequencing.
  2. Double-click on the caption for the next peak to consider in the sequence.
  3. Continue selecting peaks until finished. The final result shows the peptide sequence ladder.

Peptide sequences can also be matched to MS/MS data with the peptide fragment pane. Here, a table of theoretical fragment ions from the proposed sequence is matched to ions found in the data. All matches are highlighted within the table and labeled in the MS/MS spectrum. The tool considers multiple different fragment ion types and will also find and highlight modifications (Figure 4).

Figure 3. Manual peptide sequencing. The peak with nominal mass 1092 was highlighted as the starting point for sequencing the peptide from the MS/MS data. The next peaks were then selected for consideration, one after another, with the final sequence shown above the spectrum.

× Close

Figure 4: Peptide fragment pane. The theoretical fragment ions from the proposed sequence are matched to the fragment ions found in the MS/MS data. All matches are highlighted in the table and annotated in the spectrum.

× Close

3.5: Protein Sequencing, Peptide Mapping, Synthetic Genes - Biology

Below is a list of core facilities and advanced laboratories in the college.

DEPARTMENT OF CHEMISTRY

Interdisciplinary Life Sciences Graduate Programs

The ILS core facilities support cellular and molecular biology research at The University of Texas at Austin. The facilities offer a full range of services in nucleic acid and protein sequencing, peptide synthesis, mass spectrometry, protein purification and analysis, DNA microarrays, x-ray chrystallography, and transgenic - knockout mice. The ICMB core facilities include:

IMAGING RESEARCH CENTER

The Imaging Research Center is home to a high-field (3 Tesla) MRIt, an image analysis computer suite, test rooms, fully outfitted electronics & machine shops, offices, and a conference/classroom area.

NANOTECHNOLOGY CORE FACILITIES

The Center for Nano and Molecular Science and Technology facilities located in the FNT building features a variety of facilities that support state-of-the-art teaching activities and high-level scientific research.

  • Nano/Micro Fabrication and Inspection
  • Electronic and Optoelectronic Testing
  • Spectroscopy
  • Electron and Scanning Probe Microscopy

PHYSICS DEPARTMENT

The Department of Physics provides a number of facilities and services for use by faculty, staff, and students within the Department. Many facilities are also available for use by other university-affiliated students and staff.

    Mechanical Section is located on the third floor (first basement level) of the Physics, Math and Astronomy Building (PMA) and comprises four groups—the Machine Shop, the Student Machine Shop, the Cryogenics Shop, and the Electronics Shop. is a cross-college collaborative laboratory aiming to advance the fundamental understanding of new materials, particularly complex oxides.

PLANT RESOURCES CENTER

The Plant Resources Center (TEX-LL) with over 1,000,000 specimens is the largest herbarium in the southwestern United States and ranks fifth among U.S. university herbaria and twelfth across the nation. TEX-LL, with about a quarter of its specimens from Texas, has the largest holdings of Texas plants in the world. Nearly one half of the specimens at TEX-LL are from Latin America, with an especially strong representation of Mexico and northern Central America. Presently the number of vascular plant collections inserted in the herbarium is growing at an approximate rate of 16,400 specimens per year.

TEXAS PETAWATT LASER

The college is currently home to the highest power laser in the world, the Texas Petawatt Laser, which, when turned on, has the power output of more than 2,000 times the output of all power plants in the United States. (A petawatt is one quadrillion watts.) The laser is brighter than sunlight on the surface of the sun, but it only lasts for an instant, a 10th of a trillionth of a second (0.0000000000001 second).

TEXAS NATURAL SCIENCE CENTER

With many facilities at the J.J. Pickle research campus in North Austin, the Texas Natural Science Center is home to some of the most extensive collections of invertebrate and vertebrate fossils and natural history collections in the country. A high-resolution X-ray CT (Computed Tomography) scanner is available at the Vertebrate Paleontology Lab.

UTEX CULTURE COLLECTION OF ALGAE

The Culture Collection includes approximately 3,000 different strains of living algae, representing most major algal taxa. The primary function of UTEX is to provide algal cultures at modest cost to a user community. Cultures in the Collection are used for research, teaching, biotechnology development, and various other projects throughout the world.


Videoya baxın: DNT (Noyabr 2022).