Məlumat

P450 xarici və yerli birləşmələri necə ayırd edə bilər?

P450 xarici və yerli birləşmələri necə ayırd edə bilər?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Anlayıram ki, P450 fermentləri normal olaraq hüceyrələrdə olan metabolik aralıqlar olan birləşmələrə zərər vermədən xaricdən hüceyrəyə daxil olan birləşmələri (məsələn, sintetik dərmanlar) parçalaya bilir. Bu fermentlərə substrat olan yad birləşmələri substrat olmayan normal metabolik aralıq maddələrdən, əgər strukturca oxşardırsa, fərqləndirmək qabiliyyətini təmin edən mexanizm nədir?


Yanlış Mənzil

Bu sualdakı yanlış müddəa son cümlənin sonundadır:

… substrat olan yad birləşmələri substrat olmayan normal metabolik ara məhsullardan ayırd etmək bacarığı, əgər onlar strukturca oxşardırlarsa

Buradakı fərziyyə, normal metabolik ara məhsullar və xarici birləşmələr arasındakı oxşarlığın ayrı-seçkiliyin baş verməsi üçün çox böyük olduğu görünür. Bunu güman etmək üçün heç bir əsas yoxdur.

İzahat

Ksenobiotikləri metabolizə edən P450 fermentlərinin substrat spesifikliyi elədir ki, onlar normal hüceyrə komponentlərini metabolizə etməyəcəklər.

Fermentlərin son dərəcə dar və ya nisbətən geniş bir substrat spesifikliyinə sahib ola biləcəyinə dair bir çox sübut var. Bu, açıq şəkildə substratın bağlanma sahəsinin quruluşundan - şəklindən və ölçüsündən və oradakı amin turşusu qalıqlarının kimyəvi xüsusiyyətlərindən asılıdır. Bu baxımdan düşünmək, müəyyən bir mövqedə tək bir substituentə malik olan substratlara qarşı ayrı -seçkilik edəcək, lakin bu çatışmazlığı olan bir çox oxşar birləşmələri metabolizə edəcək bir ferment təsəvvür edə bilər. P450 fermentlərinin təkamülünü, ətraf mühitin toksik birləşmələrinin metabolizmasına imkan verən mutasiyaların üstünlüyü ötürdüyü və seçiləcəyi, lakin normal metabolizmi pozan mutasiyaların öldürücü (və ya zərərli) olacağı və qarşı seçiləcəyi bir proses kimi təsəvvür etmək olar.

P450 fermentlərinin daha geniş konteksti

Sual, P450 fermentlərinin yeganə funksiyasının ksenobiotikləri aradan qaldırmaq olduğunu və bəlkə də onların yalnız yüksək orqanizmlərin bir xüsusiyyəti olduğunu düşünə biləcək şərtlərlə qoyulur. Əslində bunların heç biri doğru deyil. Onların bakteriyalarda baş verməsi ilə bağlı təfərrüatlar Vikipediya məqaləsində tapıla bilər. Bununla belə, qeyri-mütəxəssis kimi bu baxımdan maraqlı hesab etdiyim bir məqalə Kawashima və Satta tərəfindən 2014-cü ildə PLOS ONE-da nəşr olundu. Bu, P450 genlərinin iki sinfinin olduğunu göstərir - normal hüceyrə biosintezində iştirak edənlər ( məsələn steroidlər, xolesterol, D3 vitamini və safra turşuları) və ksenobiotiklərə qarşı aktiv olanlar (məsələn bitki alkaloidləri, aromatik birləşmələr və yağ turşuları). Müxtəlif (əsasən) onurğalılardakı genlərin müqayisəsi, ksenobiotiklərin metabolizmasında iştirak edənlərin normal hüceyrə metabolizmasında iştirak edənlərdən əmələ gəldiyini və belə detoksifikasiya genlərinin bir dəfə deyil, bir neçə dəfə meydana gəldiyini bildirir.


Tənqidi Düşüncə Sualları

Amazon Associate olaraq biz uyğun alışlardan qazanırıq.

Bu kitaba istinad etmək, paylaşmaq və ya dəyişdirmək istəyirsiniz? Bu kitab Creative Commons Attribution License 4.0 -dir və OpenStax -ı əlaqələndirməlisiniz.

    Bu kitabın hamısını və ya bir hissəsini çap formatında yenidən paylayırsınızsa, hər bir fiziki səhifəyə aşağıdakı atributları daxil etməlisiniz:

  • Sitat yaratmaq üçün aşağıdakı məlumatdan istifadə edin. Bunun kimi sitat alətindən istifadə etməyi məsləhət görürük.
    • Müəlliflər: Julianne Zedalis, John Eggebrecht
    • Nəşriyyat/veb saytı: OpenStax
    • Kitabın adı: AP® Kursları üçün Biologiya
    • Yayımlanma tarixi: 8 Mart 2018
    • Yer: Houston, Texas
    • Kitabın ünvanı: https://openstax.org/books/biology-ap-courses/pages/1-introduction
    • Bölmə URL'si: https://openstax.org/books/biology-ap-courses/pages/38-critical-thinking-questions

    © 12 yanvar 2021 OpenStax. OpenStax tərəfindən hazırlanan dərslik məzmunu Creative Commons Attribution License 4.0 lisenziyası ilə lisenziyalaşdırılmışdır. OpenStax adı, OpenStax loqotipi, OpenStax kitab örtükləri, OpenStax CNX adı və OpenStax CNX loqotipi Creative Commons lisenziyasına tabe deyil və Rice Universitetinin əvvəlcədən və açıq yazılı razılığı olmadan təkrar istehsal edilə bilməz.


    Fer, M., Dreano, Y., Lucas, D., Corcos, L., Salaun, J. P., Berthou, F., et al. (2008). P450 rekombinant insan sitokromları ilə eikosapentaenoik və dokosaheksaenoik turşuların metabolizmi. Biokimya və Biofizika Arxivləri, 471, 116–125.

    VanRollins, M., Baker, R.C., Sprecher, H.W., & amp; Murphy, R.C. (1984). Siçovul qaraciyər mikrosomları ilə dokosaheksaenoik turşunun oksidləşməsi. Bioloji Kimya Jurnalı, 259, 5776–5783.

    Barbosa-Sicard, E., Markovic, M., Honeck, H., Christ, B., Muller, D. N., & amp; Schunck, W. H. (2005). CYP2C alt ailəsinin sitoxrom P450 fermentləri ilə eikosapentaenoik turşunun metabolizmi. Biokimyəvi və Biofiziki Araşdırma Əlaqələri, 329, 1275–1281.

    Konkel, A. və Schunck, W.H. (2011). Çoxlu doymamış yağ turşularının bioaktivasiyasında sitokrom P450 fermentlərinin rolu. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteinlər və Proteomika, 1814, 210–222.

    Lauterbach, B., Barbosa-Sicard, E., Wang, M. H., Honeck, H., Kargel, E., Theuer, J., et al. (2002). Sitokrom P450-dən asılı eikosapentaenoik turşu metabolitləri yeni BK kanal aktivatorlarıdır. Hipertoniya, 39, 609–613.

    Ye, D., Zhang, D., Oltman, C., Dellsperger, K., Lee, H. C., & VanRollins, M. (2002). Dokosaheksaenoatın sitoxrom P450 epoksigenaz metabolitləri böyük keçiricilikli kalsiumla aktivləşdirilmiş kalium kanallarını aktivləşdirməklə koronar arteriolları güclü şəkildə genişləndirir. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika jurnalı, 303, 768–776.

    Morin, C., Sirois, M., Echave, V., Rizcallah, E., & Rousseau, E. (2009). 17(18)-EpETE-nin insan ağciyərində arterial və hava yollarının hamar əzələlərinə rahatlaşdırıcı təsiri. Amerika Fiziologiya Jurnalı. Ağciyər Hüceyrə və Molekulyar Fiziologiya, 296, L130–L139.

    Liclican, E. L. və amp Gronert, K. (2010). Gözdə həll olunan molekulyar sxemlər. Scientific World Journal, 10, 1029–1047.

    Tian, ​​H., Lu, Y., Shah, S. P., & Hong, S. (2010). Roman 14S, 21-dihidroksi-dokosaheksaenoik turşusu, kəskin etanol intoksikasiyası/məruz qalması nəticəsində yaraların sağalmasını və əlaqədar angiogenezi xilas edir. Hüceyrə Biyokimyası Jurnalı, 111, 266–273.

    McLennan, P., Howe, P., Abeywardena, M., Muggli, R., Raederstorff, D., Mano, M., et al. (1996). Docosahexaenoic turşusunun ürək -damar qoruyucu rolu. Avropa Farmakologiya Jurnalı, 300, 83–89.

    Hashimoto, M., Shinozuka, K., Gamoh, S., Tanabe, Y., Hossain, M. S., Kwon, Y. M., et al. (1999). Dokosaheksaenoik turşunun hipotenziv təsiri yaşlı siçovulların kaudal arteriyasından ATP-nin gücləndirilmiş sərbəst buraxılması ilə əlaqələndirilir. Qidalanma jurnalı, 129, 70–76.

    Frenoux, J. M., Prost, E. D., Belleville, J. L., və Prost, J. L. (2001). Çoxlu doymamış yağ turşusu diyeti, təzyiqi aşağı salır və spontan hipertansif siçovullarda antioksidan vəziyyətini yaxşılaşdırır. Qidalanma jurnalı, 131, 39–45.

    Oliw, E. H., Bylund, J., & Herman, C. (1996). Sitokrom P450 ilə poli doymamış yağ turşularının bisalillik hidroksilasiyası və epoksidləşməsi. Lipidlər, 31, 1003–1021.

    Bylund, J., Kunz, T., Valmsen, K. və amp Oliw, E. H. (1998). İnsan rekombinant fermentləri və insan və siçovul qaraciyər mikrosomları ilə tədqiq edilmiş araxidon və linoleik turşular üzərində bisalillik hidroksilləşmə aktivliyi olan P450 sitokromları. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika jurnalı, 284, 51–60.

    Bylund, J., Ericsson, J., & amp Oliw, E. H. (1998). İon tələ MS ilə maye xromatoqrafiya - kütlə spektrometriyası ilə arakidonik və linoleik turşuların sitokrom P450 metabolitlərinin təhlili. Analitik Biokimya, 265, 55–68.

    Campbell, W. B., & amp; Fleming, I. (2010). Epoksyeikosatrienoik turşular və endotelə bağlı reaksiyalar. Pflügers Archiv - Avropa Farmakologiya Jurnalı, 459, 881–895.

    Beetham, J. K., Tian, ​​T., & Hammock, B. D. (1993). cDNA klonlanması və insan qaraciyərindən həll olunan bir epoksid hidrolazanın ifadəsi. Biokimya və Biofizika Arxivi, 305, 197–201.

    Newman, J. W., Morisseau, C., Harris, T. R., & amp; Hammock, B. D. (2003). EPXH2 ilə kodlanan həll olunan epoksid hidrolazası, yeni lipid fosfat fosfataza aktivliyi olan iki funksiyalı bir fermentdir. Amerika Birləşmiş Ştatları Milli Elmlər Akademiyasının əsərləri, 100, 1558–1563.

    Cronin, A., Mowbray, S., Durk, H., Homburg, S., Fleming, I., Fisslthaler, B., et al. (2003). Məməlilərdə həll olunan epoksid hidrolazanın N-terminal sahəsi fosfatazdır. Amerika Birləşmiş Ştatları Milli Elmlər Akademiyasının əsərləri, 100, 1552–1557.

    Enayetallah, A.E., Luria, A., Luo, B., Tsai, H. J., Sura, P., Hamak, B. D., et al. (2008). Çözünür epoksid hidrolazanın fosfataz və hidrolaz sahələri ilə xolesterol səviyyəsinin tənzimlənməsinin əksinədir. Bioloji Kimya Jurnalı, 283, 36592–36598.

    Sinal, C. J., Miyata, M., Tohkin, M., Nagata, K., Bend, J. R., & amp Gonzalez, F. J. (2000). Həll olunan epoksid hidrolazanın hədəflənmiş pozulması qan təzyiqinin tənzimlənməsində rol oynayır. Bioloji Kimya Jurnalı, 275, 40504–40510.

    Luria, A., Morisseau, C., Tsai, H. J., Yang, J., İnceoğlu, B., De Taeye, B., et al. (2009). Eriyən epoksid hidrolazası olmayan kişi siçanlarda plazma testosteron səviyyəsində dəyişiklik. Amerika Fiziologiya, Endokrinologiya və Metabolizm Jurnalı, 297, E375 -E383.

    Enayetallah, A. E., & Grant, D. F. (2006). İnsanda həll olunan epoksid hidrolaz polimorfizmlərinin izoprenoid fosfat hidrolizinə təsiri. Biokimyəvi və Biyofiziki Araşdırma Əlaqələri, 341, 254–260.

    Tran, K. L., Aronov, P. A., Tanaka, H., Newman, J. W., Hammock, B. D., & amp; Morisseau, C. (2005). Lipid sulfatlar və sulfonatlar məməlilərdə həll olunan epoksid hidrolazanın N-terminal fosfataz fəaliyyətinin allosterik rəqabətli inhibitorlarıdır. Biokimya, 44, 12179–12187.

    Kovacs, W. J., Olivier, L. M. & amp Krisans, S. K. (2002). İzoprenoid biosintezdə peroksisomların mərkəzi rolu. Lipid Tədqiqatında Tərəqqi, 41, 369–391.

    Przybyla-Zawislak, B. D., Srivastava, P. K., Vazquez-Matias, J., Mohrenweiser, H. W., Maxwell, J. E., Hammock, B. D., et al. (2003). İnsanda həll olunan epoksid hidrolazada polimorfizmlər. Molekulyar Farmakologiya, 64, 482–490.

    Keserü, B., Barbosa-Sicard, E., Schermuly, R. T., Tanaka, H., Hammock, B. D., Weissmann, N., et al. (2010). Hipoksiya səbəb olan ağciyər hipertenziyası: həll olunan epoksid hidrolaz silinməsinin müqayisəsi vs. inhibe. Ürək -damar tədqiqatları, 85, 232–240.

    Campbell, W. B., Gebremedhin, D., Pratt, P. F., & amp Harder, D. R. (1996). Epoksiikosatrienoik turşuların endoteldən qaynaqlanan hiperpolarizasiya faktorları kimi müəyyən edilməsi. Sirkulyasiya Tədqiqatı, 78, 415–423.

    Fisslthaler, B., Popp, R., Kiss, L., Potente, M., Harder, D. R., Fleming, I., et al. (1999). Sitokrom P450 2C, koronar arteriyalarda bir EDHF sintazdır. Təbiət, 401, 493–497.

    Bauersachs, J., Popp, R., Hecker, M., Sauer, E., Fleming, I., & amp Busse, R. (1996). Azot oksidi endoteliumdan əmələ gələn hiperpolarizasiya faktorunun salınmasını zəiflədir. Tiraj, 94, 3341–3347.

    Khojasteh, S., Prabhu, S., Kenny, J., Halladay, J., & Lu, A. (2011). İnsan qaraciyər mikrosomlarında sitokrom P450 izoformlarının kimyəvi inhibitorları: P450 izoform seçiciliyinin yenidən qiymətləndirilməsi. Avropa Dərman Metabolizması və Farmakokinetikası Jurnalı, 36, 1–16.

    Passauer, J., Büssemaker, E., Lassig, G., Pistrosch, F., Fauler, J., Gross, P., et al. (2003). İnsan qolundakı əsas qan axını və bradikinin səbəb olduğu vazodilatator reaksiyaları CYP 2C9 inhibitoru sulfafenazola qarşı həssas deyildir. Klinik Elm (London, İngiltərə), 105, 513–518.

    Passauer, J., Pistrosch, F., Lässig, G., Herbrig, K., Büssemaker, E., Gross, P., et al. (2005). Azot oksidi və EDHF-in vasitəçiliyi ilə yaranan arteriolar ton, damar sitokromu P450 2C9-un selektiv inhibisyonundan təsirlənmir. Böyrək Beynəlxalq, 67, 1907–1912.

    Fichtlscheer, S., Dimmeler, S., Breuer, S., Busse, R., Zeiher, A. M., & Fleming, I. (2004). Sitokrom P450 2C9 inhibisyonu, koronar arter xəstəliyi olan xəstələrdə endotelə bağlı, nitrik oksidlə əlaqəli vazodilatasiyanı yaxşılaşdırır. Tiraj, 109, 178–183.

    Hillig, T., Krustrup, P., Fleming, I., Osada, T., Saltin, B., & Hellsten, Y. (2003). Sitokrom P450 2C9, insanlarda məşq nəticəsində yaranan skelet əzələlərinin qan axını və oksigen alımının tənzimlənməsində əhəmiyyətli rol oynayır. Fiziologiya jurnalı (London), 546, 307–314.

    Bellien, J., Iacob, M., Gutierrez, L., Isabelle, M., Lahary, A., Thuillez, C., et al. (2006). NO və endoteliumdan qaynaqlanan hiperpolarizasiya faktorunun insan davamlı kanal arteriyasının axınının vasitəçiliyi ilə genişlənməsində mühüm rolu. Hipertoniya, 48, 1088–1094.

    Bellien, J., Joannides, R., Iacob, M., Arnaud, P., & amp Thuillez, C. (2006). İnsanlarda radial arteriyada sitoxromla əlaqəli endoteldən qaynaqlanan hiperpolarizasiya faktorunun bazal sərbəst buraxılmasına dair sübutlar. American Journal of Physiology — Heart and Circulation Physiology, 290, H1347 -H1352.

    Fischer, D., Landmesser, U., Spiekermann, S., Hilfiker-Kleiner, D., Hospely, M., Muller, M., et al. (2007). Sitokrom P450 2C9, sağlam insanlarda və xroniki ürək çatışmazlığı olan xəstələrdə periferik kanal damarlarının axına bağlı damar genişlənməsində iştirak edir. Avropa ürək çatışmazlığı jurnalı, 9, 770–775.

    Ozkor, M. A., Murrow, J. R., Rahman, A. M., Kavtaradze, N., Lin, J., Manatunga, A., et al. (2011). Endoteldən qaynaqlanan hiperpolarizasiya faktoru, sağlamlıqda və xəstəlikdə istirahət və stimullaşdırılmış qolun vazodilatator tonunu təyin edir. Tiraj, 123, 2244–2253.

    Snyder, G. D., Krishna, U. M., Falck, J. R., & Spector, A. A. (2002). Damarların hamar əzələlərində aromatazın ifadəsi üçün 14,15-EET üçün bir membran fəaliyyət sahəsinə dair sübutlar. American Journal of Physiology — Heart and Circulation Physiology, 283, H1936 -H1942.

    Wong, P. Y., Lin, K. T., Yan, Y. T., Ahern, D., Iles, J., Shen, S. Y., et al. (1993). Qvineya donuz mononükleer hüceyrə membranlarında 14 (R), 15 (S) -epoksyeikosatrienoik turşu (14 (R), 15 (S) -EET) reseptoru. Lipid Vasitəçiləri Jurnalı, 6, 199–208.

    Wong, P. Y., Lai, P. S., & Falck, J. R. (2000). Qvineya donuzu monositlərində 14 (R), 15 (S) -epoksyeikosatrienoik turşunun (14,15-EET) bağlanmasının mexanizmi və siqnal ötürülməsi. Prostaqlandinlər və Digər Lipid Vasitəçiləri, 62, 321–333.

    Wong, P. Y., Lai, P. S., Shen, S. Y., Belosludtsev, Y. Y., & Falck, J. R. (1997). Post-reseptor siqnal ötürülməsi və U-937 hüceyrələrində 14(R),15(S)-epoksieikosatrienoik turşu (14,15-EET) bağlanmasının tənzimlənməsi. Lipid Vasitəçiləri və Hüceyrə Siqnalizasiyası Jurnalı, 16, 155–169.

    Yang, W., Tuniki, V. R., Anjaiah, S., Falck, J. R., Hillard, C. J., & amp Campbell, W. B. (2008). 20-95 I-14,15-epoxyeicosa-8 yeni radioaktiv etiketli agonistdən istifadə edərək U937 membranlarındakı epoksyeikosatrienoik turşu bağlama sahəsinin xarakteristikasıZ) -enoik turşusu. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika Jurnalı, 324, 1019–1027.

    Chen, Y., Falck, J. R., Tuniki, V. R., & Campbell, W. B. (2009). 20- 125 Iodo-14,15-epoxyeicosa-5Z-enoik turşu: Epoksiikosatrienoik turşu antaqonistinin bağlanma yerini xarakterizə etmək üçün istifadə olunan yüksək yaxınlıqlı radioliqand. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika Jurnalı, 331, 1137–1145.

    Spector, A. A., & amp; Norris, A.W. (2007). Epoksiikosatrienoik turşuların hüceyrə funksiyasına təsiri. Amerika Fiziologiya Jurnalı. Hüceyrə Fiziologiyası, 292, C996–C1012.

    Abukhashim, M., Wiebe, G., & Seubert, J. (2011). HEK293 hüceyrələrində araxidon turşusunun sitoxrom P450 epoksigenaza metabolitləri ilə forskolin səbəb olduğu cAMP istehsalının tənzimlənməsi. Hüceyrə Biologiyası və Toksikologiya, 27, 321–332.

    Medhora, M., Daniels, J., Mundey, K., Fisslthaler, B., Busse, R., Jacobs, E. R., et al. (2003). İnsan ağciyər mikrovaskulyar endotel hüceyrələrində epoksigenaza əsaslanan angiogenez. American Journal of Physiology — Heart and Circulation Physiology, 284, H215 -H224.

    Yang, C., Kwan, Y. W., Au, A. L.-S., Poon, C. C.-W., Zhang, Q., Chan, S. W., et al. (2010). 14,15-Epoxyeicosatrienoic turşusu siçovulların mezenterik arteriyasında prostaglandin EP2 reseptorları vasitəsilə vasor relaksasiyaya səbəb olur. Prostaglandinlər və digər lipid vasitəçiləri, 93, 44–51.

    Behm, D. J., Ogbonna, A., Wu, C., Burns-Kurtis, C. L., & amp Douglas, S. A. (2008). Epoksiikosatrienoik turşular yerli tromboksan reseptorlarının seçici, endogen antaqonistləri kimi fəaliyyət göstərir: Vazodilatasiyanın yeni mexanizminin müəyyən edilməsi. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika Jurnalı, 328, 231–239.

    Busse, R., Edwards, G., Feletou, M., Fleming, I., Vanhoutte, P. M., & amp Weston, A. H. (2002). EDHF: Konseptləri bir araya gətirmək. Farmakoloji Elmlərdə Trendlər, 23, 374–380.

    Alonso, M.T., Alvarez, J., Montero, M., Sanchez, A., & amp Garcia-Sancho, J. (1991). Aqonistlərin yaratdığı Ca 2+ insan trombositlərinə daxil olması hüceyrədaxili Ca 2+ anbarlarının boşaldılması ilə ikinci dərəcəlidir. Biochemistry Journal, 280, 783–789.

    Sargeant, P., Clarkson, W. D., Sage, S. O., & amp Heemskerk, J. W. M. (1992). İnsan trombositlərində Ca 2+ ehtiyatının tükənməsi nəticəsində yaranan kalsium axını, reseptor vasitəsilə kalsiumun daxil olması ilə müqayisədə sitoxrom P-450 inhibitorlarına daha həssasdır. Hüceyrə Kalsium, 13, 553–564.

    Michaelis, U. R. və Fleming, I. (2006). Endoteldən əmələ gələn hiperpolarizasiya faktorundan (EDHF) angiogenezə: epoksyeikosatrienoik turşular (EET) və hüceyrə siqnalizasiyası. Farmakologiya və Terapevtika, 111, 584–595.

    Vatanabe, H., Vriens, J., Prenen, J., Droogmans, G., Voets, T., & Nilius, B. (2003). Anandamid və arakidon turşusu TRPV4 kanallarını aktivləşdirmək üçün epoksyeikosatrienoik turşulardan istifadə edir. Təbiət, 424, 434–438.

    Vriens, J., Owsianik, G., Fisslthaler, B., Suzuki, M., Janssens, A., Voets, T., et al. (2005). Damar endoteliyində sitokrom P450 epoksigenazlar tərəfindən Ca 2+ keçirici kation kanalının TRPV4 modulyasiyası. Sirkulyasiya Araşdırması, 97, 908–915.

    Loot, A. E., Popp, R., Fisslthaler, B., Vriens, J., Nilius, B., & amp Fleming, I. (2008). Sitokrom P450-dən asılı olan keçici reseptor potensialının V4 aktivləşdirilməsinin axının səbəb olduğu vazodilatasiyada rolu. Ürək-damar tədqiqatları, 80, 445–452.

    Fleming, I., Rueben, A., Popp, R., Fisslthaler, B., Schrodt, S., Sander, A., et al. (2007). Epoksieikosatrienoik turşular endotel hüceyrələrində Trp kanalından asılı Ca 2+ siqnalını və hiperpolyarizasiyasını tənzimləyir. Arterioskleroz, Tromboz və Damar Biologiyası, 27, 2612–2618.

    Inoue, R., Jensen, L. J., Jian, Z., Shi, J., Hai, L., Lurie, A. I., et al. (2009). Damar TRPC6 kanalının reseptorla sinerjik aktivləşdirilməsi və fosfolipaz C/diasilqliserol və fosfolipaz A vasitəsilə mexaniki stimullaşdırılması2/w-hidroksilaza/20-HETE yolları. Sirkulyasiya Tədqiqatı, 104, 1399–1409.

    Earley, S., Heppner, T. J., Nelson, M. T., & amp; Brayden, J. E. (2005).TRPV4 rianodin reseptorları və BK ilə yeni Ca 2+ siqnal kompleksi əmələ gətirir.Ca kanallar. Sirkulyasiya Araşdırması, 97, 1270–1279.

    Nilius, B., Vriens, J., Prenen, J., Droogmans, G., & Voets, T. (2004). TRPV4 kalsium giriş kanalı: Müxtəlifliyə giriş üçün paradiqma. Amerika Fiziologiya Jurnalı. Hüceyrə Fiziologiyası, 286, C195 -C205.

    Spector, A. A., Fang, X., Snyder, G. D., & amp; Weintraub, N. L. (2004). Epoksieikosatrienoik turşular (EETs): Metabolizm və biokimyəvi funksiya. Lipid Tədqiqatında Tərəqqi, 43, 55–90.

    Widstrom, R. L., Norris, A. W., Van Der Veer, J., & amp Spector, A. A. (2003). Yağ turşularını bağlayan zülallar, epoksiikosatrienoik turşuların həll olunan epoksid hidrolaz ilə nəmlənməsini maneə törədir. Biokimya, 42, 11762–11767.

    Liu, Y., Zhang, Y., Schmelzer, K., Lee, T. S., Fang, X., Zhu, Y., et al. (2005). Laminar axının antiinflamatuar təsiri: PPARg, epoksieikosatrienoik turşular və həll olunan epoksid hidrolazın rolu. Amerika Birləşmiş Ştatları Milli Elmlər Akademiyasının əsərləri, 102, 16747–16752.

    Cowart, L. A., Wei, S., Hsu, M. H., Johnson, E. F., Krishna, M. U., Falck, J. R., et al. (2002). CYP4A, yüksək affinity peroksisome proliferatorla aktivləşdirilmiş reseptor ligandları yaratmaq üçün hidroksilat epoksyeikosatrienoik turşuları izoform edir. Bioloji Kimya Jurnalı, 277, 35105–35112.

    Fang, X., Hu, S., Watanabe, T., Weintraub, N. L., Snyder, G. D., Yao, J., et al. (2005). Peroksisom proliferatorla aktivləşdirilmiş reseptor a-nın karbamiddən alınan həll olunan epoksid hidrolaz inhibitorları ilə aktivləşdirilməsi. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika Jurnalı, 314, 260–270.

    Fang, X., Hu, S., Xu, B., Snyder, G., Harmon, S., Yao, J., et al. (2006). 14,15-Dihydroxyeicosatrienoic acid peroksizom proliferator aktivləşdirilmiş reseptor alfa aktivləşdirir. American Journal of Physiology — Heart and Circulation Physiology, 290, 55–63.

    Potente, M., Fisslthaler, B., Busse, R., & amp; Fleming, I. (2003). 11,12-Epoksyeikosatrienoik turşunun səbəb olduğu FOXO faktorlarının inhibe edilməsi, p27 Kip1-in aşağı tənzimlənməsi ilə endotelin yayılmasına kömək edir. Bioloji Kimya Jurnalı, 278, 29619–29625.

    Wang, D., Hirase, T., Nitto, T., Soma, M., & amp Node, K. (2009). Eicosapentaenoic turşusu, endotel hüceyrələrində peroksisom proliferatorla aktivləşdirilmiş reseptor g vasitəsilə sitokrom P-450 2J2 gen ifadəsini və epoksyeikosatrienoik turşu istehsalını artırır. Kardiologiya jurnalı, 54, 368–374.

    Hoebel, B.G. & amp Graier, W.F. (1998). 11,12-Epoksyeikosatrienoik turşu, donuz aort endotel hüceyrələrində tirozin kinaz aktivliyini stimullaşdırır. Avropa Farmakologiya Jurnalı, 346, 115–117.

    Fleming, I., Fisslthaler, B., Michaelis, U. R., Kiss, L., Popp, R., & amp; Busse, R. (2001). Koroner endoteldən qaynaqlanan hiperpolarizasiya faktoru (EDHF) damar hüceyrələrində çoxlu siqnal yollarını və yayılmasını stimullaşdırır. Pflügers Archiv - Avropa Fiziologiya Dergisi, 442, 511–518.

    Potente, M., Michaelis, U. R., Fisslthaler, B., Busse, R., & Fleming, I. (2002). Sitokrom P450 2C9 ilə əlaqəli endotel hüceyrə proliferasiyası mitogenlə aktivləşdirilmiş protein (MAP) kinaz fosfataz-1-in induksiyasını, c-Jun N-terminal kinazın inhibə edilməsini və siklin D1-in tənzimlənməsini əhatə edir. Bioloji Kimya Jurnalı, 277, 15671–15676.

    Node, K., Huo, Y., Ruan, X., Yang, B., Spiecker, M., Ley, K., et al. (1999). Sitokrom P450 epoksigenaza əsaslanan eikosanoidlərin antiinflamatuar xüsusiyyətləri. Elm, 285, 1276–1279.

    Deng, Y., Edin, M. L., Theken, K. N., Schuck, R. N., Flake, G. P., Kannon, M. A., et al. (2011). Endotel CYP epoksigenazın həddindən artıq ifadəsi və həll olunan epoksid hidrolazanın pozulması siçanlarda kəskin damar iltihablı reaksiyalarını zəiflədir. FASEB jurnalı, 25, 703–713.

    Fleming, I., Michaelis, U. R., Bredenkötter, D., Fisslthaler, B., Dehghani, F., Brandes, R. P., et al. (2001). Endoteldən qaynaqlanan hiperpolarizasiya faktoru sintazı (sitokrom P450 2C9) koronar arteriyalarda reaktiv oksigen növlərinin funksional cəhətdən əhəmiyyətli bir mənbəyidir. Sirkulyasiya Tədqiqatı, 88, 44–51.

    Wu, S., Moomaw, C. R., Tomer, K. B., Falck, J. R., & amp; Zeldin, D. C. (1996). Ürəkdə yüksək şəkildə ifadə olunan insan sitoxromu P450 araxidon turşusu epoksigenazı olan CYP2J2-nin molekulyar klonlaşdırılması və ifadəsi. Bioloji Kimya Jurnalı, 271, 3460–3468.

    Seubert, J., Yang, B., Bradbury, J. A., Graves, J., Degraff, L. M., Gabel, S., et al. (2004). CYP2J2 transgenik ürəklərdə inkişaf etmiş postishemik funksional bərpa mitokondrial ATP-həssas K + kanallarını və p42/p44 MAPK yolunu əhatə edir. Sirkulyasiya Tədqiqatı, 95, 506–514.

    Yang, B., Graham, L., Dikalov, S., Mason, R. P., Falck, J. R., Liao, J. K., et al. (2001). Sitokrom P450 CYP2J2 -nin həddindən artıq ifadəsi, kultivasiya edilmiş iribuynuzlu aort endotel hüceyrələrində hipoksi -oksigenləşmə zədələnməsindən qoruyur. Molekulyar Farmakologiya, 60, 310–320.

    Zeldin, D. C., Foley, J., Ma, J., Boyle, J. E., Pascual, J. M., Moomaw, C. R., et al. (1996). Ağciyərdə CYP2J alt ailəsi P450s: İfadə, lokalizasiya və potensial funksional əhəmiyyət. Molekulyar Farmakologiya, 50, 1111–1117.

    Keserü, B., Barbosa-Sicard, E., Popp, R., Fisslthaler, B., Dietrich, A., Gudermann, T., et al. (2008). Epoksiikosatrienoik turşular və həll olunan epoksid hidrolaza ağciyər arteriya təzyiqinin və kəskin hipoksik ağciyər vazokonstriktor reaksiyasının təyinediciləridir. FASEB jurnalı, 22, 4306–4315.

    Bonnet, S. və amp Archer, S. L. (2007). Ağciyər arteriyalarında və ağciyər damarlarında kalium kanalının müxtəlifliyi: Sağlamlıq və ağciyər hipertenziyası zamanı ağciyər damarlarının tənzimlənməsinə təsirləri. Farmakologiya və Terapevt, 115, 56–69.

    Zhu, D., Zhang, C., Medhora, M., & amp Jacobs, E. R. (2002). Siçovulların ağciyərlərində CYP4A mRNA, zülal və məhsul: Damar endotelində yeni lokalizasiya. Tətbiqi Fiziologiya jurnalı, 93, 330–337.

    Bodiga, S., Gruenloh, S. K., Gao, Y., Manthati, V. L., Dubasi, N., Falck, J. R., et al. (2010). Ağciyər arteriyasının endotel hüceyrələrində 20-HETE tərəfindən törədilən azot oksidi istehsalı NADPH oksidaz, H vasitəsi ilə həyata keçirilir.2O2və PI3-kinaz/Akt. Amerika Fiziologiya Jurnalı. Ağciyər Hüceyrə və Molekulyar Fiziologiya, 298, L564–L574.

    Zhu, D., Birks, E. K., Dawson, C. A., Patel, M., Falck, J. R., Presberg, K., et al. (2000). Hipoksik ağciyər damarlarının daralması P-450 metabolitləri ilə dəyişdirilir. Amerika Fiziologiya Jurnalı - Ürək və Qan dövranı Fiziologiyası, 279, H1526 -H1533.

    Kiss, L., Roder, Y., Bier, J., Weissmann, N., Seeger, W., & Grimminger, F. (2008). İkili onlayn fotodiod massivi və tandem kütlə-spektrometrik aşkarlama ilə kapilyar maye xromatoqrafiyası vasitəsilə hərtərəfli analiz yolu ilə hipoksik ağciyərin birbaşa eikosanoid profili. Analitik və Bioanalitik Kimya, 390, 697–714.

    Stephenson, A.H., Sprague, R. S. & amp Lonigro, A.J (1998). 5,6-Epoxyeicosatrienoic turşusu itdə pulmoner damar müqavimətində artımı azaldır. American Journal of Physiology, 275, H100 -H109.

    Stephenson, A. H., Sprague, R. S., Losapio, J. L., & amp Lonigro, A. J. (2003). Dovşanda seqmentar ağciyər vazoaktivliyinə 5,6-EET-in diferensial təsirləri. American Journal of Physiology — Heart and Circulation Physiology, 284, H2153 -H2161.

    Miller, M. A., və Hales, C. A. (1979). İtlərdə alveolyar hipoksik ağciyər damar daralmasında sitokrom P-450-nin rolu. Klinik Tədqiqat Jurnalı, 64, 666–673.

    Pokreisz, P., Fleming, I., Kiss, L., Barbosa-Sicard, E., Fisslthaler, B., Falck, J. R., et al. (2006). Sitokrom P450 epoksigenaz geni hipoksik ağciyər vazokonstriksiyasında və ağciyər damarlarının yenidən qurulmasında işləyir. Hipertoniya, 47, 762–770.

    Zhu, D., Bousamra, M., Zeldin, D. C., Falck, J. R., Townsley, M., Harder, D. R., et al. (2000). Epoksiikosatrienoik turşular təcrid olunmuş təzyiqli dovşan ağciyər arteriyalarını sıxır. Amerika Fiziologiya Jurnalı. Ağciyər Hüceyrə və Molekulyar Fiziologiya, 278, L335 -L343.

    Weissmann, N., Dietrich, A., Fuchs, B., Kalwa, H., Ay, M., Dumitrascu, R., et al. (2006). Klassik keçici reseptor potensialı kanalı 6 (TRPC6) hipoksik ağciyər damarlarının daralması və alveolyar qaz mübadiləsi üçün vacibdir. Amerika Birləşmiş Ştatlarının Milli Elmlər Akademiyasının Materialları, 103, 19093–19098.

    Fagan, K. A., Oka, M., Bauer, N. R., Gebb, S. A., Ivy, D. D., Morris, K. G., və s. (2004). Rho-kinazın inhibe edilməsi ilə siçanlarda kəskin hipoksik ağciyər vazokonstriksiyasının və hipoksik ağciyər hipertenziyasının zəifləməsi. Amerika Fiziologiya Jurnalı. Ağciyər Hüceyrə və Molekulyar Fiziologiya, 287, L656–L664.

    Singh, I., Knezevic, N., Ahmed, G. U., Kini, V., Malik, A. B., & amp Mehta, D. (2007). Gaq-TRPC6 vasitəçiliyi ilə Ca 2+ girişi RhoA aktivasiyasına səbəb olur və nəticədə trombinə cavab olaraq endotel hüceyrə forması dəyişir. Bioloji Kimya Jurnalı, 282, 7833–7843.

    Chen, J. K., Falck, J. R., Reddy, K. M., Capdevila, J., & Harris, R. C. (1998). Epoksyeikosatrienoik turşular və onların sülfonimid törəmələri tirozin fosforiliyasını stimullaşdırır və böyrək epiteliya hüceyrələrində mitogenezə səbəb olur. Bioloji Kimya Jurnalı, 273, 29254–29261.

    Chen, J.K., Wang, D.-W., Falck, J.R., Capdevila, J., & Harris, R.C. (1999). Aktiv bir sitokrom P450 arakidon turşusu epoksigenazın transfeksiyası, 14,15-epoksyeikosatrienoik turşunun epidermal böyümə faktoruna cavab olaraq hüceyrədaxili bir peyğəmbər kimi fəaliyyət göstərdiyini göstərir. Bioloji Kimya Jurnalı, 274, 4764–4769.

    Munzenmaier, D.H. & amp Harder, D.R. (2000). Serebral mikrovaskulyar endotel hüceyrə borusu meydana gəlməsi: Astrositik epoksyeikosatrienoik turşunun salınmasının rolu. Amerika Fiziologiya Jurnalı - Ürək və Qan dövranı Fiziologiyası, 278, H1163–H1167.

    Wang, Y., Wei, X., Xiao, X., Hui, R., Card, J. W., Carey, M. A., et al. (2005). Arachidonic acid epoxygenase metabolites, mitogen aktivləşdirilmiş protein kinaz və fosfatidilinositol 3-kinaz/Akt siqnal yolları vasitəsilə endotel hüceyrə böyüməsini və angiogenezi stimullaşdırır. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika Jurnalı, 314, 522–532.

    Chen, J.-K., Capdevila, J. və Harris, R. C. (2002). Heparin bağlayan EGF kimi böyümə faktoru, P450 arakidonat epoksigenaz metabolitlərinin epiteliya hüceyrələrinə bioloji təsirinə vasitəçilik edir. Amerika Birləşmiş Ştatları Milli Elmlər Akademiyasının Materialları, 99, 6029–6034.

    Michaelis, U. R., Fisslthaler, B., Medhora, M., Harder, D., Fleming, I., & Busse, R. (2003). Sitokrom P450 2C9 mənşəli epoksyeikosatrienoik turşular, epidermal böyümə faktoru reseptoru (EGFR) ilə söhbət edərək angiogenezə səbəb olur. FASEB jurnalı, 17, 770–772.

    Pozzi, A., Macias-Perez, I., Abair, T., Wey, S., Su, Y., Zent, ​​R., et al. (2005). 5,6 və 8,9-epoksyeikosatrienoik turşuların (5,6- və 8,9-EET) təsirli olması in vivo angiogen lipidlər. Bioloji Kimya Jurnalı, 280, 27138–27146.

    Park, H. S., Kim, M. S., Huh, S. H., Park, J., Chung, J., Kang, S. S., et al. (2002). Akt (protein kinaz B) protein fosforlaşması vasitəsi ilə SEK1-i mənfi tənzimləyir. Bioloji Kimya Jurnalı, 277, 2573–2578.

    Levy, R.H. (1995). Sitokrom P450 izozimləri və antiepileptik dərman qarşılıqlı təsirləri. Epilepsiya, 36(Əlavə 5), S8 -S13.

    Michaelis, U. R., Fisslthaler, B., Barbosa-Sicard, E., Falck, J. R., Fleming, I., & amp; Busse, R. (2005). Sitokrom P450 epoksigenazlar 2C8 və 2C9, hipoksiyadan qaynaqlanan endotel hüceyrə miqrasiyası və angiogenezdə iştirak edir. Cell Science Journal, 118, 5489–5498.

    Webler, A. C., Michaelis, U. R., Popp, R., Barbosa-Sicard, E., Murugan, A., Falck, J. R., et al. (2008). Epoksyeikosatrienoik turşular, angiogenezə səbəb olan VEGF-in aktivləşdirilmiş siqnal kaskadının bir hissəsidir. Amerika Fiziologiya Jurnalı. Hüceyrə Fiziologiyası, 295, C1292–C1301.

    Yang, S., Wei, S., Pozzi, A., & amp Capdevila, J. H. (2009). Araxidon turşusu epoksigenazı VEGF ilə stimullaşdırılan angiogenezdən məsul olan siqnal mexanizmlərinin tərkib hissəsidir. Biokimya və Biofizika Arxivləri, 489, 82–91.

    Cheranov, S. Y., Karpurapu, M., Wang, D., Zhang, B., Venema, R. C., & amp; Rao, G. N. (2008). 14,15-EET-in səbəb olduğu VEGF ifadəsi və angiogenezdə SRC ilə aktivləşdirilmiş STAT-3 üçün vacib rol. Qan, 111, 5581–5591.

    Oguro, A., Sakamoto, K., Suzuki, S., & amp Imaoka, S. (2009). Çözünən epoksid hidrolazdakı hidrolaz və fosfataz sahələrinin damar endotelial böyümə faktoru ifadəsinə və hüceyrə böyüməsinə qatqısı. Bioloji və Əczaçılıq Bülleteni, 32, 1962–1967.

    Gerety, S. S., Wang, H. U., Chen, Z. F., & Anderson, D. J. (1999). Ürək-damar inkişafında EphB4 reseptorunun simmetrik mutant fenotipləri və spesifik transmembran ligand ephrin-B2. Molekulyar hüceyrə, 4, 403–414.

    Shin, D., Garcia-Cardena, G., Hayashi, S., Gerety, S., Asahara, T., Stavrakis, G., et al. (2001). EphrinB2 ifadəsi arterial və venoz damarların hamar əzələləri ilə endotel hüceyrələri arasında sabit bir genetik fərqi müəyyən edir və yetkinlərin neovaskülarizasiya yerlərində mikro damarların alt qruplarını qeyd edir. İnkişaf Biologiyası, 230, 139–150.

    Webler, A. C., Popp, R., Korff, T., Michaelis, U. R., Urbich, C., Busse, R., et al. (2008). Sitokrom P450 2C9 səbəb olan angiogenez EphB4-dən asılıdır. Arterioskleroz, Tromboz və Damar Biologiyası, 28, 1123–1129.

    Amaral, S. L., Maier, K. G., Schippers, D. N., Roman, R. J., & amp Greene, A. S. (2003). Arakidon turşusu və VEGF -in CYP4A metabolitləri skelet əzələlərinin angiogenezinin vasitəçiləridir. American Journal of Physiology — Heart and Circulation Physiology, 284, H1528 -H1535.

    Jiang, M., Mezentsev, A., Kemp, R., Byun, K., Falck, J. R., Miano, J. M., et al. (2004). CYP4A1-in hamar əzələ spesifik ifadəsi böyrək arterial mikrodamarlarında endotel cücərməsinə səbəb olur. Sirkulyasiya Tədqiqatı, 94, 167–174.

    Chen, P., Guo, M., Wygle, D., Edwards, P. A., Falck, J. R., Roman, R. J., et al. (2005). Sitokrom P450 4A inhibitorları angiogen reaksiyaları boğur. Amerika Patoloji Dergisi, 166, 615–624.

    Guo, A. M., Arbab, A. S., Falck, J. R., Chen, P., Edwards, P. A., Roman, R. J., et al. (2007). Reaktiv oksigen növləri vasitəsilə vaskulyar endotel böyümə faktorunun aktivləşdirilməsi 20-hidroksieikosatetraenoik turşunun səbəb olduğu endotel hüceyrə proliferasiyasına vasitəçilik edir. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika jurnalı, 321, 18–27.

    Sun, J., Sui, X. X., Bradbury, A., Zeldin, D. C., Conte, M. S., & Liao, J. K. (2002). Sitokrom P450 epoksigenazdan əldə edilən eikosanoidlər tərəfindən damar hamar əzələ hüceyrələrinin miqrasiyasının qarşısının alınması. Sirkulyasiya Tədqiqatı, 90, 1020–1027.

    Ng, V. Y., Huang, Y., Reddy, L. M., Falck, J. R., Lin, E. T., & amp Kroetz, D. L. (2007). Sitokrom P450 eikosanoidləri, peroksisom proliferatoru ilə aktivləşdirilmiş α reseptorunun aktivatorlarıdır. Dərman Metabolizmi və İstehsal, 35, 1126–1134.

    Davis, B. B., Thompson, D. A., Howard, L. L., Morisseau, C., Hammock, B. D., & Weiss, R. H. (2002). Çözünən epoksid hidrolazanın inhibitorları damarların hamar əzələ hüceyrələrinin yayılmasını zəiflədir. Amerika Birləşmiş Ştatları Milli Elmlər Akademiyasının əsərləri, 99, 2222–2227.

    Davis, B. B., Morisseau, C., Newman, J. W., Pedersen, T. L., Hammock, B. D., & amp; Weiss, R. H. (2006). Damar hamar əzələ hüceyrələrinin 1-sikloheksil-3-dodesil üre ilə zəifləməsi, həll olunan epoksid hidrolaz inhibisyonundan asılı deyil. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika jurnalı, 316, 815–821.

    Revermann, M., Schloss, M., Barbosa-Sicard, E., Mieth, A., Liebner, S., Morisseau, C., et al. (2010). Çözünən epoksid hidrolaz çatışmazlığı hiperlipidemik siçanların femur manşet modelində neointima əmələ gəlməsini zəiflədir. Arterioskleroz, Tromboz və Damar Biologiyası, 30, 909–914.

    Simpkins, A. N., Rudic, R. D., Roy, S., Tsai, H. J., Hammock, B. D., & Imig, J. D. (2009). Həll olunan epoksid hidrolazın inhibisyonu damarların yenidən qurulmasını modullaşdırır. American Journal of Physiology — Heart and Circulation Physiology, 298, H795 -H806.

    Jung, O., Brandes, R. P., Kim, I. H., Schweda, F., Schmidt, R., Hammock, B. D., et al. (2005). Çözünən epoksid hidrolaz, angiotensin II ilə əlaqəli hipertansiyonun əsas təsir edicisidir. Hipertoniya, 45, 759–765.

    Vafeas, C., Mieyal, P. A., Urbano, F., Falck, J. R., Chauhan, K., Berman, M., et al. (1998). Hipoksiya dovşan buynuz qişasının epitelində sitoxrom P450-dən əldə edilən iltihablı eikosanoidlərin sintezini stimullaşdırır. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika jurnalı, 287, 903–910.

    Yamaura, K., Gebremedhin, D., Zhang, C., Narayanan, J., Hoefert, K., Jacobs, E. R., et al. (2006). Becərilmiş siçovulların hipokampal astrositlərində Ca 2+ aktivləşdirilmiş K+ kanal cərəyanının hipoksiya səbəb olduğu aktivləşdirilməsinə epoksieikosatrienoik turşuların töhfəsi. Nevrologiya, 143, 703–716.

    Suzuki, H., Kimura, K., Shirai, H., Eguchi, K., Higuchi, S., Hinoki, A., et al. (2009). Endotel nitrik oksid sintazı G -ni inhibə edir12/13 və angiotensin II tip-1 reseptoru tərəfindən aktivləşdirilmiş Rho-kinase: Damar miqrasiyasında təsiri. Arterioskleroz, Tromboz və Damar Biologiyası, 29, 217–224.

    Schultze, A. E. və Roth, R. A. (1998). Xroniki ağciyər hipertansiyonu - Monokotalin modeli və hemostatik sistemin iştirakı. Toksikologiya və Ətraf Mühitin Sağlamlığı Jurnalı B, 1, 271–346.

    Revermann, M., Barbosa-Sicard, E., Dony, E., Schermuly, R. T., Morisseau, C., Geisslinger, G., et al. (2009). Çözünən epoksid hidrolazanın inhibisyonu siçovullarda monokotalinin yaratdığı pulmoner hipertenziyanı zəiflədir. Hipertoniya jurnalı, 27, 322–331.

    Zheng, C., Wang, L., Li, R., Ma, B., Tu, L., Xu, X., et al. (2010). Sitokrom P450 epoksigenazın gen çatdırılması siçovullarda monokotalinin yaratdığı pulmoner arter hipertansiyonunu yaxşılaşdırır. American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology, 43, 740–749.

    Yokose, T., Doy, M., Taniguchi, Y., Shimada, T., Kakiki, M., Horie, T., et al. (1999). İnsan qeyri-neoplastik və neoplastik toxumalarda P450 2C və 3A sitokromunun immunohistokimyəvi tədqiqatı. Virchows Arxivi, 434, 401–411.

    Jiang, J. G., Chen, C. L., Card, J. W., Yang, S., Chen, J. X., Fu, X. N., et al. (2005). Sitokrom P450 2J2, karsinoma hüceyrələrinin neoplastik fenotipini təşviq edir və insan şişlərində tənzimlənir. Xərçəng Araşdırması, 65, 4707–4715.

    Xu, X., Zhang, X. A., & Wang, D. W. (2011). Ürək-damar və bədxassəli xəstəliklərdə CYP450 epoksigenazlarının və metabolitlərinin, epoksieikosatrienoik turşuların rolu. Qabaqcıl Dərman Çatdırılma Rəyləri, 63, 597–609.

    Chen, C., Li, G., Liao, W., Wu, J., Liu, L., Ma, D., et al. (2009). Terfenadinlə əlaqəli selektiv CYP2J2 inhibitorları insan xərçənginə qarşı güclü aktivlik nümayiş etdirir in vitroin vivo. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika Jurnalı, 329, 908–918.

    Enayetallah, A. E., French, R. A., & Grant, D. F. (2006). İnsanın bədxassəli yenitörəmələrində həll olunan epoksid hidrolaza, sitoxrom P450 2C8, 2C9 və 2J2-nin paylanması. Molekulyar Histologiya jurnalı, 37, 133–141.

    Schmelzle, M., Dizdar, L., Matthaei, H., Baldus, S. E., Wolters, J., Lindenlauf, N., et al. (2011). Özofagus xərçənginin yayılmasına sitokrom P450 2C9 (CYP2C9) vasitəçilik edir. Prostaglandinlər və digər lipid vasitəçiləri, 94, 25–33.

    Jiang, J. G., Ning, Y. G., Chen, C., Ma, D., Liu, Z. J., Yang, S., et al. (2007).Sitokrom P450 epoksigenaz insan xərçəngi metastazını təşviq edir. Xərçəng Araşdırması, 67, 6665–6674.

    Chen, C., Wei, X., Rao, X., Wu, J., Yang, S., Chen, F., et al. (2011). Sitokrom P450 2J2, hematoloji bədxassəli xəstəliklərdə çox ifadə olunur və şiş hüceyrələrinin böyüməsini təşviq edir. Farmakologiya və Eksperimental Terapevtika jurnalı, 336, 344–355.

    Mitra, R., Guo, Z., Milani, M., Mesaros, C., Rodriguez, M., Nguyen, J., et al. (2011). CYP3A4, (±) -14,15-epoksyeikosatrienoik turşusunun (EET) biosintezi yolu ilə fosfo-Stat3-ün nüvə translokasiyasını induksiya etməklə, estrogen reseptoru pozitiv döş xərçəngi hüceyrələrinin artımına vasitəçilik edir. Bioloji Kimya Jurnalı, 286, 17543–17559.

    Jung, O., Jansen, F., Mieth, A., Barbosa-Sicard, E., Pliquett, R. U., Babelova, A., et al. (2010). Çözünən epoksid hidrolazanın inhibisyonu, mütərəqqi böyrək xəstəliyi olan siçanlarda albuminuriyanı təşviq edir. PLOS One, 5, e11979.

    Liu, J. Y., Yang, J., Inceoglu, B., Qiu, H., Ulu, A., Hwang, S. H., et al. (2010). Çözünən epoksid hidrolazanın inhibisyonu, siçan modelində aspirin və 5-lipoksigenaz aktivləşdirmə zülal inhibitorunun iltihab əleyhinə təsirini artırır. Biokimyəvi Farmakologiya, 79, 880–887.

    Certikova Chabova, V., Walkowska, A., Kompanowska-Jezierska, E., Sadowski, J., Kujal, P., Vernerova, Z., et al. (2010). 20-hidroksieikosatetraenoik turşunun əmələ gəlməsinin və epoksieikosatrienoik turşuların deqradasiyasının birgə inhibəsi Ren-2 transgenik siçovullarda hipertoniya və hipertenziya ilə induksiya olunan son orqan zədələnməsini zəiflədir. Klinik Elm, 118, 617–632.

    Chun, Y. J., & amp; Kim, S. (2003). Sitokrom P450 1B1 inhibitorlarının yeni perspektivli anti-xərçəng agentləri kimi kəşfi. Medicinal Research Reviews, 23, 657–668.

    Stearns, V., Johnson, M. D., Rae, J. M., Morocho, A., Novielli, A., Bhargava, P., et al. (2003). Tamoksifen və selektiv serotonin geri alım inhibitoru paroksetinin eyni vaxtda tətbiqindən sonra aktiv tamoksifen metabolitinin plazma konsentrasiyası. Milli Xərçəng İnstitutunun jurnalı, 95, 1758–1764.

    Coller, J. K. (2003). Tamoxifen'in sitokrom P450 izoformları ilə Z-4-hidroksi-tamoksifenə oksidləşdirici metabolizması: Bir qiymətləndirmə in vitro tədqiqatlar. Klinik və Eksperimental Farmakologiya və Fiziologiya, 30, 845–848.

    Panigrahy, D., Kaipainen, A., Greene, E., & Huang, S. (2010). Sitokrom P450-dən əldə edilən eikosanoidlər: Xərçəngdə laqeyd yol. Xərçəng və Metastaz Baxışları, 29, 723–735.

    Park, S.W., Heo, D.S. & Sung, M.W. (2011). Araxidon turşusu metabolizmasının 5-lipoksigenaza və sitokrom p450 epoksigenaza çevrilməsi, baş və boyun xərçəng hüceyrələrində siklooksigenaz-2 inhibisyonunun xərçəng əleyhinə təsirini azaldır. Hüceyrə Onkologiyası 1–8. doi: 10.1007/s13402-011-0051-7.

    Serhan, C. N. (2011). İltihabın həlli: Kolbada və detallarda şeytan. FASEB jurnalı, 25, 1441–1448.

    Diaz Encarnacion, M. M., Warner, G. M., Cheng, J., Gray, C. E., Nath, K. A., & Grande, J. P. (2011). n-3 Yağ turşuları siçovul mezangial hüceyrələrində TNF-a-stimullaşdırılmış MCP-1 ifadəsini bloklayır. Amerika Fiziologiya Jurnalı. Böyrək fiziologiyası, 300, F1142–F1151.

    Kitamura, K., Shibata, R., Tsuji, Y., Shimano, M., Inden, Y., & Murohara, T. (2011). Eikosapentaenoik turşu dovşan modelində ürək çatışmazlığı ilə əlaqəli atrial fibrilasiyanın qarşısını alır. American Journal of Physiology — Heart and Circulation Physiology, 300, H1814–H1821.

    Finzi, A. A., Latini, R., Barlera, S., Rossi, M. G., Ruggeri, A., Mezzani, A., et al. (2011). təsirləri nXroniki ürək çatışmazlığı və implantasiya edilə bilən kardioverter-defibrilatorları olan xəstələrdə bədxassəli ventrikulyar aritmiyalarda -3 poli doymamış yağ turşuları: Gruppo Italiano per lo Studio della Sopravvivenza nell'Insufficienza Cardiaca (GISSI-HF) sınağının alt tədqiqatı. American Heart Journal, 161, 338–343.

    Arnold, C., Markovic, M., Blossey, K., Wallukat, G., Fischer, R., Dechend, R., et al. (2010). Arachidonic acid-metabolize sitokrom P450 fermentləri w-3 yağ turşularının hədəfləridir. Bioloji Kimya Jurnalı, 285, 32723–32733.

    Egert, S., & Stehle, P. (2011). təsiri n-3 endotel funksiyası ilə bağlı yağ turşuları: insan müdaxiləsi tədqiqatlarının nəticələri. Klinik Qidalanma və Metabolik Baxımda Mövcud Rəy, 14, 121–131.

    Madden, J., Williams, C. M., Calder, P. C., Lietz, G., Miles, E. A., Cordell, H., et al. (2011). Ümumi gen variantlarının ürək -damar xəstəliyi (KVH) riskinin biomarkerlərinin balıq yağı yağ turşularının artımına reaksiyasına təsiri. Qidalanmanın İllik İcmalı, 31, 203–234.

    Bazan, H. A., Lu, Y., Thoppil, D., Fitzgerald, T. N., Hong, S., & amp Dardik, A. (2009). Azalmış omeqa-3 yağ turşuları nevroloji simptomatik xəstələrin karotid lövhələri ilə əlaqələndirilir: Karotid müdaxilələri üçün təsirlər. Damar farmakologiyası, 51, 331–336.

    Heinze, V. M., & amp; Actis, A. B. (2011). Pəhriz konjuge linoleik turşusu və uzun zəncirli nSüd və prostat xərçənginin qorunmasında 3 yağ turşusu: Bir baxış. Beynəlxalq Qida Elmləri və Qidalanma Jurnalı. doi: 10.3109/09637486.2011.598849.


    Tövsiyə olunan məqalələr (6)

    Polen böcəyinin Avropa populyasiyalarında piretroidlərə müqavimət göstərən sitokrom P450 olan CYP6BQ23 -ün molekulyar və funksional xarakteristikası, Meligethes aeneus

    Polen böcəyi (Meligethes aeneus F.) Avropanın bir çox ölkələrində yayılmışdır, burada coleopteran yağlı kolza zərərvericisi (Brassica napus). Mübarizə üçün sintetik insektisidlərə, xüsusən də piretroid sinfinə etibar yüksək müqavimət səviyyəsinə malik olan populyasiyaların inkişafına səbəb olmuşdur. Piretroidlərə qarşı müqavimət indi bütün Avropada geniş yayılmışdır və sitokrom P450ś ilə detoksifikasiyanın gücləndirilməsi və/və ya piretroid hədəf sahəsinin, gərginlikli qapalı natrium kanalının mutasiyası ilə əlaqəli olduğu düşünülür. Bununla birlikdə, sitokrom P450 vasitəsi ilə detoksifikasiya halında, iştirak edən spesifik ferment (lər) hələ müəyyən edilməmişdir. Bu tədqiqatda polen böcəyindən on qismən P450 gen ardıcıllığını müəyyən etmək üçün degenerativ PCR yanaşmasından istifadə edilmişdir. Daha sonra bioanalizlərdə piretroidlərə fərqli müqavimət səviyyələri göstərən polen böcəyi populyasiyalarında bu genlərin ifadə səviyyəsini yoxlamaq üçün kəmiyyət PCR istifadə edilmişdir. Tədqiqat tək bir P450 geni aşkar etdi, CYP6BQ23yetkinlərdə və piretroidə davamlı suşların sürfələrində həssas suşlarla müqayisədə əhəmiyyətli dərəcədə və həddindən artıq çox (∼900 qata qədər) ifadə olunur. CYP6BQ23 Həddindən artıq ifadə bu populyasiyaların mikrosomal preparatlarında həm müqavimət səviyyəsi, həm də deltametrinin metabolizm sürəti ilə əhəmiyyətli dərəcədə əlaqələndirilir. Bir böcək (Sf9) hüceyrə xəttində sitokrom P450 redüktaz ilə birlikdə CYP6BQ23-in tam uzunluğunun funksional rekombinant ifadəsi, deltametrini 4-hidroksi deltametrinə səmərəli şəkildə metabolizə edə bildiyini göstərdi. Bundan əlavə, 4-hidroksi aşkar edərək nümayiş etdirdik tauCYP6BQ23 funksional olaraq ifadə olunan ESI-TOF MS/MS istifadə edərək fluvalinat da metabolizə edir. tau-fluvalinat. Bir zülal modeli yaradıldı və sonrakı dok simulyasiyaları həm deltametrinin, həm də substratın proqnozlaşdırılan bağlanma rejimini ortaya qoydu. tau-CYP6BQ23 -ə fluvalinat. Bu nəticələr birlikdə götürüldükdə, CYP6BQ23 -ün həddindən artıq ifadesinin Avropanın bir çox yerində polen böcəyi populyasiyalarında piretroid müqavimətini göstərən əsas mexanizm olduğunu göstərir.

    A cis- ağcaqanadlarda metabolik insektisid müqavimətini idarə edən tənzimləyici ardıcıllıq: Funksional xarakteristikası və seçim imzaları

    Sitokrom P450 (CYP450) fermentləri, insektisidlərə qarşı davamlı ağcaqanadlarda tez-tez tənzimlənsə də, bu ifadə fərqlərini vəhşi populyasiyalarla əlaqəli tənzimləyici motivlər müəyyən edilməmişdir. Transposable elementlər (TE -lər) tez -tez insektisid müqavimətində iştirak edən CYP450 -lərin yuxarı hissəsində zənginləşdirilir və bu da müqavimət fenotipinin əsasını təşkil edən tənzimləyici motivlərə töhfə verir. Qismən CURE1 (Culeks Repitiv Eelement 1) köçürülə bilən element birbaşa yuxarı axınında tapılır CYP9M10, əvvəllər ISOP450 suşunda permethrinə qarşı larva müqavimətini göstərən sitokrom P450 Culex quinquefasciatus, lakin həssas ştammın ekvivalent genomik bölgəsində yoxdur. Vasitəsilə CYP9M10 ifadəsi Escherichia coli biz indi zamandan və NADPH-dən asılı olan permetrin metabolizmini, metabolik müqavimətdə rolun təsdiqi üçün ilkin şərtləri nümayiş etdirdik və qPCR vasitəsilə göstərdik ki, CYP9M10 həssas gərginliklə müqayisədə ISOP450-də >20 dəfə artıq ifadə edilir. Floresan müxbiri ilə yuxarıdakı bölgəni təhlil edin CYP9M10 ISOP450-dən ekvivalent bölgə ilə müqayisədə 10 × ifadə sürdü (çatışmır CuRE1) həssas suşdan. Qıvrım dəyişikliyi ilə ifadə edilən gen ifadəsi ilə yaxın yazışmalar, yuxarı bölgəni də əhatə edir CuRE1 kimi cis-müqavimətdə iştirak edən tənzimləyici element. Yalnız bir dənə CuRE1 ilə eyni olan daşıyıcı allel CURE1 müqavimətli suşda daşıyıcı allel, Sahara Sahara Afrikanın hər yerində rast gəlinir.CURE1 allellər. Bu, bir mənşəyi və seçmə üstünlüyü səbəbindən sonrakı yayılmasını göstərir. CuRE1 sadə diaqnostikadan istifadə etməklə aşkar edilə bilər. Tətbiq edildikdə C. quinquefasciatus Qana sürfələri, biz bir çox sahə sahələrində permetrin müqaviməti ilə əhəmiyyətli bir əlaqə nümayiş etdirdik (ortalama Odds Nisbəti = 3.86), bu markerin vektor ağcaqanadlarının təbii populyasiyaları ilə əlaqəli olduğunu göstərir. Bununla belə, nə vaxt CURE1 füzyon PCR vasitəsilə reportyor analizində istifadə edilən alleldən çıxarıldı, ifadə təsirlənmədi, bu TE-nin müqavimətdə birbaşa rolunun olmadığını göstərir və buna görə də CURE1 assosiasiya analizində hələ müəyyən edilməmiş bir tənzimləyici motivin işarəsi kimi çıxış edir. Bu, TE-lərin gen ifadəsində iştirak edən tənzimləyici motivlərə töhfə verdiyi fərziyyəsinin yenidən qiymətləndirilməsinin zəruri ola biləcəyini göstərir.


    OMEGA OKSİDASYON: QARACİYƏR MİKROSOMAL P450 TƏRKİBİ OLAN ENZİM SİSTEMİNİN HƏLLİNƏ VƏ YENİDƏN YARALANMASINA Aparan İZ

    Əksər bioloji oksidləşmələr məlum kimyəvi prinsiplərin proqnozlarına əsasən baş versə də, olmayanlar tez-tez əvvəllər şübhə altına alınmamış metallar və ya üzvi koenzimlər kimi xüsusilə maraqlı kofaktorları əhatə edir. Digər hallarda, fermentlərdəki amin turşusu qalıqlarının yeni funksiyaları kəşf edilir və beləliklə bioloji kataliz anlayışlarımızı dəyişdirir. Leysinin yan zəncirinin asetoasetata çevrilməsində (yuxarıda təsvir olunduğu kimi) zəif həll olunan lipidlərin anabolizmi və katabolizmi, terpenoidlər kimi təbii məhsulların parçalanması və onların çevrilməsi kimi funksionallaşdırılmamış alkil qruplarının çətin oksidləşməsi çoxdan məni maraqlandırırdı. dərman vasitələri, həlledicilər və pestisidlər kimi kimyəvi cəhətdən reaksiya verməyən bəzi "xarici" maddələr, prekursorlarından daha çox və ya daha az zəhərli ola biləcək məhsullara. Neftdəki yüksək inert alkanların belə uzun illərdir mikrob oksidləşməsinə məruz qaldıqları bilinir.

    1950-ci illərin sonlarında mən belə çətin oksidləşmələr üçün bir model kimi hücumun ən az reaktiv mövqedə, terminal metil qrupunda baş verdiyi yağ turşusu ω-oksidləşməni seçdim. 1932 -ci ildə Verkade et al. (9) Hollandiyada bu zəncirvari uzunluqdakı yağ turşularını itlərə və insan könüllülərinə verdikdə və nəticədə sidik dikarboksilik turşuları təcrid etdikdə bu gözlənilməz çevrilməni kəşf etmişdilər. Laboratoriyamın aspirantı Halina Den, 14 C etiketli bir α, α-dimetil ilə əvəz edilmiş yağ turşusunun qaraciyər toxumasında terminal oksidləşməyə məruz qaldığını göstərə bildi (10), lakin ferment sisteminin qeyri-sabitliyi və həll olunmaması daha da qarşısını aldı irəliləyiş.

    Daha sonra daha da inert substratlar olaraq karbohidrogenlərin mikrob oksidləşməsinə müraciət etdik. İllinoys ştatından olan postdoktorluq əməkdaşı Ceyms Baptist torpaq nümunələrindən bir ştammı təcrid etdi. Pseudomonas oleovorans, heksan kimi alkanlarda yaxşı inkişaf edən həmkarlarımız tərəfindən "benzin böcəyi" adlandırıldı. Tezliklə oktanın oktanola aerobik çevrilməsi üçün NADH tələb edən hücrəsiz ekstraktlar əldə edildi (11, 12) və xüsusilə maraq doğuran, Yapon turistləri Masamichi Kusunose və həyat yoldaşı Emi tərəfindən göstərildiyi kimi yağ turşularının ω-oksidləşməsidir ( 13). Enzim sisteminin Bill Peterson (14) tərəfindən üç enzim fraksiyasına müvəffəqiyyətlə həll edilməsindən sonra, komponentlər nəticədə təmizləndi və əvvəllər yalnız anaerob bakteriyalarda FAD və Tetsufumi (Ted) Ueda (16, 17) və demək olar ki, rəngsiz bir protein olan agg-hidroksilaza ilə xarakterizə olunan NADH-rubredoksin redüktaz kimi fəaliyyət göstərir və dəmir ionlarının əlavə edilməsi ilə aktivləşir (18, 19). Bakterial hidroksilazanın xassələri onu sonrakı mexaniki tədqiqatlar üçün çətin bir namizəd etdi, lakin onun tərkibində hem olmayan diiron çoxluğu olduğunu müəyyən edən başqaları tərəfindən araşdırılmağa davam edildi (20).

    Bakteriyalarla bağlı tapıntılarımızın məməlilərin metabolizminə tətbiq oluna biləcəyi ümidi ilə, təxminən on il əvvəl tərk etdiyimiz qaraciyər sisteminə qayıtdıq. Xoşbəxtlikdən, Anthony Lu, 1966 -cı ildə Şimali Karolina Universitetində biokimya üzrə aspirantura təhsilini bitirdikdən sonra doktorluq dissertantı olaraq mənim tədqiqat qrupuma qoşuldu. Mənim dərhal təəssüratım belə oldu ki, bu son dərəcə bacarıqlı gənc alimə uyğun olaraq çətin bir problem verilməyə layiqdir. Mən qaraciyərin mikrosomal sisteminin nə qədər çətin olacağını aydınlaşdırdığımdan şübhələnirəm, lakin ona psevdomonada ilə uğur qazanmış üsullarla başlamağı tövsiyə etdim. Bu yanaşmanın uğur qazanmaması heç birimizi ruhdan salmadı, o zamanlar membrana bağlı fermentlər haqqında məlumatın azlığı da bizi ruhdan salmadı. İki ildən artıq müddətdə Anthony-nin xüsusi səyləri nəticədə ferment denaturasiyasının qarşısını almaq üçün qliserin və digər agentlərlə müxtəlif yuyucu vasitələrdən istifadə etməklə katalitik aktiv dovşan qaraciyərinin mikrosomal ω-hidroksilləşmə sisteminin həll edilməsi ilə nəticələndi. İndi məlum olduğu kimi, ion mübadiləsi sütun xromatoqrafiyası sistemi üç komponentə ayırdı ki, bu da idarə olunan şəraitdə rekombinasiya edildikdə 14 C işarəli laurik turşusunun ω-hidroksillənməsini kataliz etdi (21, 22). Şəkil 1-də göstərildiyi kimi, bunlara ditionitin azaldılmasından sonra karbonmonoksit ilə reaksiya verdikdə spektral dəyişikliyə görə sitokrom P450 olaraq təəccübləndirdiyimiz və xeyli sevindirdiyimiz qırmızı-qəhvəyi fraksiya və NADPH-sitokrom P450 ehtiva edən sarı bir fraksiya daxildir. NH -də hidrofobik peptidin itirilməsi ilə proteaz müalicəsi ilə həll edildikdən sonra başqaları tərəfindən təcrid olunmuş preparatlardan fərqli olaraq P450 -yə elektron transferində tam aktiv olan redüktaz2-sonsuzluq. Üçüncü fraksiya rəngsiz, istiliyə davamlı və üzvi həlledicilər tərəfindən ekstrakte edilə bilən aktiv komponentdən ibarət idi. Bu, daha sonra Şimali Karolinadan olan başqa bir istedadlı postdoktora əməkdaşı Henry Strobel tərəfindən tapıldı, tərkibində mikrosomal fosfolipidlər var ki, bunlardan ən təsirlisi fosfatidilkolin idi (23). Beləliklə, əlimizdə iştirak edən fermentləri təmizləməyimizə və xarakterizə etməyimizə imkan verən həll edilmiş, yenidən qurulmuş bir ferment sistemi var idi. Aminopirin, benzfetamin, heksobarbital, etilmorfin, norkodein və səh-nitroanisolun da yenidən qurulmuş sistem tərəfindən oksidləşdiyi aşkar edildi (24) və çox maraq doğuran Robert Kaşnits (25) və Wilfried Duppel və Jean-Michel Lebeault (26) dovşan qaraciyərində istifadə edilən eyni üsulların uğurlu olduğunu tapdılar. insan qaraciyəri ilə və Candida tropicalismüvafiq olaraq. Tapıntılarımız naməlum funksiyaya malik (27-29) mikrosomal CO-bağlayıcı piqmentin bir kimi səciyyələndiyinə dair əvvəlki biliklərə böyük kömək etdi. b Omura & amp Sato tərəfindən yazılan sitokrom (30). Bundan əlavə, Omura və digərlərinin qabaqcıl fotokimyəvi təsir spektroskopik təcrübələrində müəyyən edildiyi kimi, qaraciyər mikrosomlarındakı bu katalizatorun bir neçə steroid və dərmanın hidroksilləşməsində iştirak etdiyi məlum idi. 1965 -ci ildə (31).

    Anthony Lu (32) Bernard Brodie Mükafatı Dərsində, ilk günlərdə membrana bağlı fermentlər haqqında məhdud biliklərimizi və məməlilər sitokromu P450 üzərində çalışmağın çətinliyini də şərh etdi. O dövrdə qalan bir çox vacib sualları ifadə etmək üçün 1968 -ci ildə Merilend ştatının Bethesda şəhərində keçirilmiş Mikrosomlar və Dərman Oksidləşmələri üzrə ilk Simpoziumun işlərinin qısa xülasəsi qaydasındadır (33). Bu fikir Milli Elmlər Akademiyasının Dərman Təhlükəsizliyi Komitəsi, Dərman Araşdırma Şurası tərəfindən irəli sürüldü. Biokimyəvi farmakologiya üzrə mütəxəssis James Gillette və Allan Conney, George Cosmides, Ronald Estabrook, James Fouts və Gilbert Mannering də daxil olmaqla digər görkəmli elm adamları tərəfindən təşkil edilən proqrama dünyanın hər yerindən gələn mütəxəssislərin mikrosomal morfologiya və nə ilə bağlı 27 mühazirəsi daxil idi. narkotik maddələr mübadiləsi haqqında məlumdur. (Afişalar hələ icad edilməmişdir.) Endoplazmik retikulumun xüsusiyyətləri təsvir edilmiş və bir neçə dərman, steroid və karbohidrogenləri, həmçinin yağ turşularını (34) əhatə edən təxminən 20 birləşmənin qaraciyər mikrosomlarında oksidləşməyə məruz qaldığına dair sübutlar təqdim edilmişdir. eksperimental heyvanlardan. Dərman daxil olmaqla hidroksilasyon N.-demetilasyon, düşünülən tək reaksiya idi. Karbon monoksit və SKF-525A qeyd olunan inhibitorlar, fenobarbital və 3-metilxolantren isə iki əsas induktor idi. P450-nin neçə "formasının" mövcud olduğu, bir düşərgənin yalnız bir fermentə inanması ilə bağlı mübahisələr başladı. Maraqlı təklif, həmçinin iki növ CO-bağlayıcı piqmentlər və ya tək sitokromun bir-birinə çevrilə bilən iki forması üçün müalicə olunan heyvanlardan təcrid olunmuş qaraciyər mikrosomlarının fəaliyyətinə və spektrlərinə induktorların təsiri əsasında hazırlanmışdır. P450 tərəfindən istehsal olunan aktiv oksidanla əlaqədar olaraq peroksidazların I birləşməsinə bənzər oksen təklif edilmişdir. İştirak edənlərin hamısı narkotik maddələr mübadiləsinin çox maraqlı sahəsinin böyük irəliləyişin astanasında olması ilə razılaşdılar.

    Bu hazırlıq fəsli, laboratoriyamızı dərman metabolizmasının biokimyəvi aspektlərini öyrənməyə sövq edən tədqiqat maraqlarımla əlaqədardır və nəhəng bir səy sahəsinə çevrilənlərin ümumi nəzərdən keçirilməsi üçün heç bir cəhd edilmir. Bununla birlikdə, kamfur oksidləşməsinə xas olan membran olmayan bir sitokrom olan bakterial P450cam ilə Gunsalus laboratoriyasının böyük töhfələrindən bəhs edilməlidir (35, 36) və çox yönlü, lakin daha az traktiki məməlilər P450s üçün bir model olaraq xidmət etmişdir.İllərdir bu sahədə baş verən hadisələrlə maraqlanan oxucular, hamısının təməl elmə vurğu etdiyi bir sıra beynəlxalq görüşlərin işinə istinad edirlər: Mikrokomlar və Dərman Oksidləşmələri Simpoziumu, yuxarıda qeyd edildiyi kimi, Sitokrom P450 Biokimya və Biyofizikası Konfransları ( 37), 1976-cı ildə, İkinci Dünya Müharibəsinin sonundan bəri Şərqi və Qərbi Avropanı bölən maneələri aşmaq üçün Berlin-Buchda çalışan və bu işdə göstərdiyi cəsarətli səyləri dünya tərəfindən dəstəklənən Sinisi tərəfindən qəbul edilən Klaus Ruckpaul tərəfindən yaradılmışdır. Ruckpaul-un Berlin-Buxdakı həmkarı Hans-Georg Mueller və Beynəlxalq Cəmiyyətin toplantıları ilə əlaqədar olaraq, mikrob və bitki sistemlərinə vurğu edərək, Sitokrom P450 Müxtəlifliyi (37) mövzusunda ilk konfransın (38) görüşlərinin təşkilatçısı Maricic. Bruce Migdaloff tərəfindən Fred DiCarlo, John Baer və Ina Snow ilə müzakirələrdə başlayan Ksenobiotiklərin Tədqiqi üçün 1980-ci ildə Narkotiklərlə Mübarizə üzrə Qordon Konfransında ləğv edildi və növbəti il ​​başladı. Bəlkə də təəccüblüdür ki, bütün bu və digər əlaqəli görüşləri müntəzəm olaraq əsaslandırmaq üçün dünya üzrə laboratoriyalardan kifayət qədər yeni nəticələr əldə edilir. Mən uzun illər Mikrosomlar və Dərman Oksidləşmələri simpoziumlarına və P450 konfranslarına nəzarəti təmin edən komitələrə sədrlik etməkdən həzz aldım. Şübhəsiz ki, bu cür beynəlxalq görüşlərdən yaranan əməkdaşlıq və dostluqlar bu geniş sahənin sürətli inkişafına, o cümlədən dərmanların dizaynına və inkişafına tətbiqinə əsas stimul oldu.


    MƏLUMAT BAZASI

    SuperCYP veb-saytı tədqiqatçılar və səhiyyə mütəxəssisləri üçün istifadəçi dostu platforma kimi hazırlanmışdır. Sol tərəfdəki naviqasiya çubuğu, ilk dəfə istifadə edənlər üçün 'FAQ' və ya Tez-tez Verilən Suallar təqdim edir.

    "Dərman axtarışı" istifadəçiyə dərmanı axtarmağa və onun metabolizmi haqqında məlumat tapmağa imkan verir. "Məlumat əldə et" dərmanın metabolizmində iştirak edən CYP-lərin siyahısını təqdim edir. Burada mümkün nəticələrin də təsviri var və nəticələr səhifəsində dərman adını tıkladıqdan sonra 'Dərman axtarışı' istifadəçiyə CAS nömrəsi və ya adı vasitəsi ilə birləşmələr haqqında məlumat almağa imkan verir.

    'ATC ağacı', dərmanları anatomik təsir sahəsinə, müalicəvi təsirinə və kimyəvi quruluşuna görə fərqli qruplara ayıran ÜST təsnifat sistemidir. Dərman alternativ dərman tövsiyələri üçün əsasdır. Java proqramında istifadəçi əsas və kiçik təsnifat budaqları olan açılan ağac tapır. Kiçik bir şöbəyə bağlı olan bütün dərmanlar bir cədvəldə verilmişdir və CYP metabolizması haqqında məlumat verilir.

    "Dərman -dərman qarşılıqlılığı" verilənlər bazasının əsas xüsusiyyətidir. İstifadəçilərə müxtəlif dərmanların adlarını daxil etməyə və bu dərmanlar arasındakı qarşılıqlı əlaqəni yoxlamağa imkan verir, lakin alternativ dərman seçimləri də alırlar.

    Məsələn, bir proton pompası inhibitoru olan Omeprazol və beta-bloker Nebivolol CYP səviyyəsində qarşılıqlı təsir göstərir. Dərman seçildikdən sonra verilənlər bazası dərman strukturları və ATC qrupu və CAS nömrələri haqqında ətraflı məlumat verir (Şəkil 2).

    İki nümunə dərman vasitəsi ilə 'Dərman-dərman-qarşılıqlı təsir' seçiminin müxtəlif imkanlarını izah edən SuperCyp veb-interfeysinin sorğuları və nəticələri: Omeprazol və Nebivolol.

    İki nümunə dərman vasitəsi ilə 'Dərman-dərman-qarşılıqlı təsir' seçiminin müxtəlif imkanlarını izah edən SuperCyp veb-interfeysinin sorğuları və nəticələri: Omeprazol və Nebivolol.

    Ardıcıl "nəticələr" səhifəsi, Omeprazolun CYP 2D6 üzərində inhibitor təsir göstərdiyini, Nebivolol isə bir substrat olduğunu xəbərdar edir. Cədvəlin rəngli fonu CYP metabolizmasının iki tərəfli istifadəsini göstərir. Bunun qarşısını almaq və dərman tərkibini optimallaşdırmaq üçün Omeprazol, eyni ATC qrupundan olan digər dərmanlarla əvəz edilə bilər, məsələn Pantoprazol, bənzər bir təsirə nail olur, ancaq başqa bir yol istifadə edir.

    Pantoprazolun təklifi, CYP 2D6 ilə qarşılıqlı əlaqədə olmadığı fərziyyəsindən irəli gəlir. Təklif olunan dərmanlar haqqında bütün məlumatlar verilir və müvafiq nəşrlərə istinad edilir.

    'CYP-Dərman-qarşılıqlı təsir' istifadəçilərə müəyyən CYP-nin substratlarını, induksiyalarını və inhibitorlarını nəzərdən keçirməyə imkan verir (Şəkil 3).

    "CYP-dərman qarşılıqlılığı" cədvəlinin funksionallığını izah edən CYP 2D6 üçün SuperCyp veb-interfeysinin nəticələri.

    "CYP-dərman qarşılıqlılığı" cədvəlinin funksionallığını izah edən CYP 2D6 üçün SuperCyp veb-interfeysinin nəticələri.

    İstifadəçi tapşırıq menyusundan bir CYP seçdikdən sonra dərmanlarla bilinən bütün əlaqələr bir cədvəldə verilmişdir. Sonra istifadəçilər əlaqəni təyin edə və substratlara, induktorlara və ya inhibitorlara diqqət yetirə bilərlər. Müvafiq dərmanlar bir cədvəldə verilir və xüsusi dərman və bütün CYP qarşılıqlı təsirləri haqqında əlavə məlumatlarla birləşdirilir. İstinadlar PubMed və digər elmi saytlara və ya məqalələrə bağlıdır. 'Dərman Məlumatı' düyməsi, xüsusi dərman haqqında çox sayda daha spesifik məlumat verən SuperDrug Database (27) ilə əlaqələndirilir.

    "Polimorfizm" müəyyən bir CYP üçün tək nukleotid polimorfizmlərini göstərir. Bütün məlum allellər (15, 28) göstərilir və aktivlik və ya ifadədə azalma və ya artım varsa, bu məlumatlar verilir. Nukleotid dəyişiklikləri və onların təsirləri, həmçinin ferment aktivliyi və analiz növü müvafiq istinadlarla verilmişdir. Bəzi mutasiya girişləri, birbaşa olaraq protein səviyyəsinə aiddir, bu hallarda SNP -lər haqqında məlumatlar itkin ola bilər. Bununla birlikdə, zülal məlumatlarının daxil edilməsi arzu edilir, çünki onlar struktur-funksiya əlaqələrinə dəyərli fikirlər verir.

    Nümunə: Aldosteron sintaza fermentini (P450aldo) kodlayan CYP11B2 üçün açar söz axtarışları vasitəsilə heç bir SNP əldə edilmədi. Bununla belə, bizim mutasiya/gen assosiasiyası mətn mədən sistemimiz 41 PubMed abstraktında 54 protein mutasiyasını tapdı və daha sonra verilənlər bazasına əlavə edildi. Bunlar arasında, yüksək konservləşdirilmiş argininin 384-cü mövqedə prolinin əvəz edilməsi, kişi Qafqazlılarda otozomal resesif irsi pozğunluq CMO-I çatışmazlığının bir hissəsi olaraq bu fermentin funksiyasının tamamilə itməsinə səbəb oldu.

    “Alignments” bütün CYP-lərin amin turşusu ardıcıllığına uyğunlaşmaq üçün struktur əsaslı uyğunlaşdırma proqramından istifadə edir. İstənilən sayda ardıcıllıqdan çoxsaylı ardıcıl düzülmə yaratmaq və ya faylı yükləmək və ya FASTA formatında ardıcıllığı daxil etməklə onları xarici ardıcıllıqla uyğunlaşdırmaq mümkündür. İstifadəçilər həmçinin Jalview ilə rahat çıxış hazırlaya bilərlər.

    'Üç ölçülü quruluşlar' insan CYP-lərinin protein quruluşlarını göstərir. Mövcud strukturlar PDB -dən çıxarılıb. Nəzəri modellər İsveçrə Modeli (29) ilə yaradılmış və ya əl ilə qurulmuşdur. Bütün strukturları PDB-faylları kimi yükləmək olar və CYP haqqında daha çox məlumat sağ tərəfdəki qutuda verilmişdir.

    'Gözdən keçir' düyməsini basmaq, bütün CYP-lərin əsas ailələr və alt ailələr tərəfindən sifariş verilmiş açılan bir ağacda siyahıya alındığı bir Java tətbiqetməsinə gətirib çıxarır. Hər CYP bir model olaraq baxıla bilər və qarşılıqlı əlaqələri haqqında əlavə məlumat verilir.


    Şəkil 4

    Şəkil 4. Kristal strukturlarda və molekulyar simulyasiyalarda WT və variant GcoA-da aromatik liqandların bağlanma rejimi. (A) WT GcoA (5NCB) aktiv yerində bağlanmış guaiakolun kristal quruluşu.(25) (B) WT GcoA strukturu ilə kompleks p-vanillin (5OMR). (25) (C) ilə kompleksdə GcoA T296S variantı səh-vanilin (6CYM). Həmçinin 296 -cı mövqedəki serin qalıqlarının ikili doluluğu göstərilir. WT GcoA üçün MD -dən guaiacol (D) ilə bağlanmış, WT ilə bağlı səh-vanillin (E) və T296S ilə bağlıdır səh-vanillin (F). D -F -də, T296 və ya S296 (həmçinin R298) yan zəncirinin mövqeyi 240 ns MD simulyasiyası zamanı hər 2 saniyədə bir göstərilir. WT/guaiacol sistemində (G) T296 ilə heme propionat qrupu arasında, W2/vanillin sistemində (H) T296 ilə heme və ya vanillin arasında, T296S/vanillində S296 ilə heme və ya vanillin arasındakı hidrogen bağ məsafəsinin ehtimal paylanmaları sistem (I) göstərir ki, WT -də T296 ya guaiacol bağlandıqda heme (A, D, G) ya da ligandı sabitləşdirir. səh-vanillin bağlanır (B, E, H), T296S qalıqları həm hemi, həm də sabitləşdirir səh-vanilin (C, F, I).

    Vivo -da Ölçmələr P. putida Təkmilləşdirilmiş dövriyyəni nümayiş etdirin səh-GcoA-T296S tərəfindən vanilin


    Bağlayıcı Doku Laboratoriyası

    Epiteliyadan fərqli olaraq, birləşdirici toxuma hüceyrələr tərəfindən seyrək məskunlaşmışdır və zülal lifləri, qlikoproteinlər və proteoglikanlardan ibarət geniş hüceyrədaxili matrisdən ibarətdir. Bu tip toxumaların vəzifəsi digər toxumalara struktur və mexaniki dəstək vermək, qan dövranı və digər toxumalar arasında qida və tullantıların mübadiləsinə vasitəçilik etməkdir. Bu toxumaların iki əsas komponenti var, hüceyrədənkənar matris və müxtəlif dəstəkləyici hüceyrələr. Bu iki komponent bu laboratoriyanın diqqət mərkəzində olacaq.

    Ən tez -tez, müxtəlif növ birləşdirici toxumalar üç fərqli hüceyrədaxili lifdən ibarətdir: kollagen liflər, elastik liflər və retikulyar liflər.

    Kollagen Lifləri

    Kollagen liflər I, II və ya III tip kollagendən ibarətdir və bütün növ birləşdirici toxumalarda mövcuddur. Kollagen bağlayıcı toxuma, kollagen liflərinin torpaq maddəsinə nisbətinə görə iki növə bölünür. Torpaq maddəsi birləşdirici toxumanın hüceyrə və fibrilyar elementləri arasındakı boşluğu tutan qlikoproteinlərin və proteoqlikanların sulu gelidir.

    • Gevşek (areolar birləşdirici toxuma) kollagen bağlayıcı toxumanın ən bol formasıdır. Kütləvi maddə olan bölgələrlə ayrılmış kiçik, uzun paketlərdə meydana gəlir.
    • Sıx birləşdirici toxuma az miqdarda torpaq maddəsi olan kollagen lifləri ilə zənginləşdirilmişdir. Yaxından qablaşdırılmış lif dəstələri bir istiqamətdə yerləşirsə, birdən çox istiqamətə yönəldilsə nizamlı adlanır, buna nizamsız deyilir. Müntəzəm sıx birləşdirici toxuma nümunəsi tendonların nümunəsidir, nizamsız sıx birləşdirici toxuma dermisin nümunəsidir.

    Retikulyar Liflər

    Retikulyar liflər III tip kollagendən ibarətdir. Qalın və qaba kollagen liflərdən fərqli olaraq, retikulyar liflər nazik retikulyar şəbəkə əmələ gətirir. Bu cür şəbəkələr müxtəlif toxumalar arasında geniş yayılmışdır və qaraciyərdə, lenfoid orqanlarda, kapilyar endoteldə və əzələ liflərində dəstəkləyici çərçivələr əmələ gətirir.

    Elastik liflər

    Elastik liflər, protein fibrillin ilə birlikdə polimerləşən elastin proteinini ehtiva edir. Bu liflər, damarların divarlarında olduğu kimi, tez -tez lamel təbəqələr şəklində təşkil edilir. Sıx, nizamlı, elastik toxuma bağları xarakterizə edir. Elastik liflər normal olaraq nizamsız olduqları üçün uzanır - bu liflərin uzanması onları mütəşəkkil bir quruluşa sahib edir.

    Bağlayıcı Doku Hüceyrələri

    Fibroblast

    Fibroblastlar birləşdirici toxumanın ən çox yayılmış yerli hüceyrə növüdür. Fibroblast hüceyrədənkənar matrisin kollagen və torpaq maddəsini sintez edir. Bu hüceyrələr birləşdirici toxuma qatını qurmaq üçün ifraz etdikləri çox miqdarda protein əmələ gətirirlər. Bəzi fibroblastların büzülmə funksiyası vardır, buna miofibroblastlar deyilir.

    Makrofaq

    Makrofaq retikuloendotelial və ya mononüvəli faqosit sisteminin birləşdirici toxumasını təmsil edir. Bu sistem monositlərdən əmələ gələn bir sıra toxuma spesifik, mobil, faqositik hüceyrələrdən ibarətdir - bunlara qaraciyərin Kupfer hüceyrələri, ağciyərin alveolyar makrofaqları, mərkəzi sinir sisteminin mikroqliyaları və ağciyərin retikulyar hüceyrələri daxildir. dalaq. Kursda bunların hər biriylə sonradan qarşılaşacaqsınız, hamısının monositlərdən gəldiyini və makrofajın birləşdirici toxuma versiyası olduğunu qəbul etdiyinizə əmin olun. Makrofajlar fibroblastlardan fərqlənmir, lakin boyalar və ya karbon hissəcikləri kimi çoxlu miqdarda görünən izləyici maddələr içəri daxil edildikdə tanına bilər. Makrofajlar, bağ doku qatında xarici materialı faqositləşdirir və eyni zamanda İmmunobiologiyada daha çox öyrənəcəyiniz bir funksiya olan antigen təqdim edən hüceyrələr kimi əhəmiyyətli bir rol oynayır.

    Mast Hüceyrəsi

    Mast hüceyrələri ümumiyyətlə birləşdirici toxumada olan dənəvər hüceyrələrdir. Bu hüceyrələr xarici hissəciklərə qarşı immun cavab verir. Xüsusilə, antijenin tanınmasına cavab olaraq çox miqdarda histamin və ferment buraxırlar. Bu degranulyasiya prosesi xarici orqanizmlər bədənə girəndə qoruyucudur, eyni zamanda bir çox allergik reaksiyanın səbəbidir.

    Ağ Yağ Hüceyrəsi

    Ağ yağ hüceyrələri və ya adipositlər trigliseridlərin saxlanması üçün ixtisaslaşmışdır və tək -tək və ya boş birləşdirici toxuma yayılmış kiçik qruplarda meydana gəlir. Onlar xüsusilə kiçik qan damarlarında yaygındır. Yağ hüceyrələri hüceyrə və lifli elementləri sıxışdırdıqları və ya əvəz etdikləri qədər yığıldıqda, yığılmağa yağ toxuması deyilir. Bu hüceyrələr 100 mikrona qədər böyüyə bilər və adətən bir dəfə mərkəzdə yerləşən lipid vakuolunu ehtiva edir - sitoplazma bu vakuolun ətrafında dairəvi halqa əmələ gətirir və nüvə sıxılır və yan tərəfə köçürülür. Ağ yağın funksiyası enerji mənbəyi və istilik izolyatoru kimi xidmət etməkdir.

    Qəhvəyi Yağ Hüceyrəsi

    Qəhvəyi yağ hüceyrələri temperatur tənzimlənməsi üçün çox ixtisaslaşmışdır. Bu hüceyrələr yeni doğulmuşlarda və qış yuxusuna gedən məməlilərdə çox olur, lakin böyüklərdə nadir hallarda olur. Onların çoxlu, daha kiçik lipid damcıları və sitoxromları toxumanın qəhvəyi rəngini verən çoxlu sayda mitoxondri var. Bu mitokondriyaların elektron daşıyıcı zənciri, bağlanmayan bir protein ilə pozulur və bu, mitokondrial hidrogen ion qradiyentinin ATP istehsalı olmadan dağılmasına səbəb olur. Bu istilik əmələ gətirir.

    Qığırdaq

    Qığırdaq, xondrositlər adlanan fərqli fibroblasta bənzər hüceyrələr tərəfindən istehsal olunan xüsusi bir bağ toxuması formasıdır. Jelə bənzər bir matrisə yerləşdirilmiş müxtəlif nisbətdə birləşdirici toxuma liflərindən ibarət görkəmli bir hüceyrədənkənar matris ilə xarakterizə olunur. Xondrositlər öz ətrafında qurduqları matrisdə lakunaların içərisində yerləşirlər. Fərdi lakunalar ümumi bir atadan törəyən çoxlu hüceyrələrdən ibarət ola bilər. Lakunalar kondrositlərin ifrazat fəaliyyəti nəticəsində bir -birindən ayrılır. Müəyyən liflərin bolluğuna və onların matrisinin xüsusiyyətlərinə görə üç növ qığırdaq təsnif edilir.

    Hiyalin qığırdaq

    Hialin qığırdaq II tip kollagen və xondromukoproteindən ibarət matrisə malikdir, xondroitin sulfat A və C-nin zülallı kopolimeridir. Mənfi yüklü sulfat qruplarının yüksək konsentrasiyası onu H&E altında intensiv bazofil göstərir. Bu qığırdaq burunda, trakeal halqalarda və qabırğaların sternuma birləşdiyi yerlərdə olur.

    Fibroqığırdaq

    Fibroqığırdaq I tip kollagen liflərinin yüksək tərkibi və nizamlı düzülüşü ilə seçilir. Tipik olaraq tendonların sümüklərə, intervertebral disklərə və pubik simfizlərə bağlandığı bölgələrdə yerləşir.

    Elastik qığırdaq

    Elastik qığırdaq bol elastik liflərin olması ilə xarakterizə olunur və kifayət qədər hüceyrəlidir. II tip kollagendən ibarətdir və qulağın qulaqcıqlarında və epiqlotta yerləşir.


    Giriş

    Dağ şamı böcəyi (MPB Dendroctonus ponderosae), Şimali Amerikanın qərbində şam meşələrinə hücum edən bir meşə zərərvericisidir [1]. Həyat dövrünün bir hissəsi olaraq, əsasən müxtəlif çamlarının phloemində (Pinus) ev sahibləri, MPB ağacın oleoresin müdafiəsinə məruz qalır. Oleoresin əsasən monoterpen və diterpen qatran turşularından (DRA) ibarətdir [2]. MPB və host terpenoidləri arasındakı əlaqə geniş şəkildə tədqiq edilmişdir, çünki bu birləşmələr təkcə müdafiə kimyəvi maddələri kimi deyil, həm də MPB-nin uyğun hostları müəyyən edən uçucu siqnal molekulları və MPB feromon prekursorları kimi kimyəvi-ekoloji rola malikdir [3]. Bəzi monoterpenlər MPB üçün zəhərli olsa da [4], MPB və onun mikrobik yoldaşları oleoresin metabolitlərinin bir hissəsini [5-10] detoksifikasiya edə bilərlər. MPB ilə əlaqəli göbələklər, xüsusi olaraq (+)-(4) oleoresin terpenlərindən istifadə edə bilərlərR)-limonen, karbon mənbəyi kimi [7]. Qadın MPB aqreqasiya feromonu istehsal edir transşam oleoresinində bol olan ev sahibi monoterpen α-pinendən verbenol [11-13].

    MPB genomu 86 fərqli sitokrom P450 genini [14] ehtiva edir və bu P450 -lərdən üçünün əvvəllər MPB -də terpenoid metabolizmasında və ya terpenoid feromon biosintezində işlədiyi göstərilmişdir [13,15,16]. Ən azı yeddi müxtəlif MPB P450 monoterpenlərin və DRA-ların metabolizmasının baş vermə ehtimalı olan orqan və ya toxumalarda, xüsusən qoxu alma antenalarında, həmçinin detoksifikasiya və feromon əmələ gəlməsi üçün həzm kanalında və piy orqanında diferensial şəkildə ifadə edilir [13,17, 18]. Bu yeddi P450-dən CYP345E2 monoterpenləri (+)-3-karen, (-)-kamfen və α-pinen, β-pinen və limonenin hər iki enantiomerlərini metabolizə edir və CYP6DE1 (+)-3-karen oksidləşdirir, və hər iki α-pinen, β-pinen və çevrilmiş (-)-α-pinen enantiomerləri (-)-trans-verbenol, qadın MPB tərəfindən buraxılan bir yığma feromon [13]. Bu yeddi gen dəsti arasında, transkriptləri CYP6DJ1CYP6BW3 olarkən antenalarda çox bol idi CYP6BW1 orta bağırsaqda çox bol idi [17]. CYP6BW1CYP6BW3 % 96 amin turşusu eyniliyinə sahibdirlər ki, bu da genlərin təkrarlanmasından əmələ gəlir. Fərqli toxumalarda onların ifadəsi fərqli bioloji funksiyaları göstərir. Fərqli həyat mərhələlərində, xüsusən də 3-cü dövr sürfələri, pupalar və böyüyən və kolonizasiya edən yetkinlərdəki erkək və qadın MPB-də transkript bolluğunun təhlili də bu P450-lərin ifadəsində cinsə xas fərqləri aşkar etdi [17]. Transkript bolluğu CYP6DJ1 qadınların kolonizasiyasında kişilərin kolonizasiyası ilə müqayisədə xeyli yüksək, transkript bolluğu isə CYP6BW3 kişilərin kolonizasiyasında daha yüksək idi. CYP6BW1 ifadədə cinsə xas fərqliliklər göstərməmişdir.

    Burada biz CYP6DJ1, CYP6BW1 və CYP6BW3-ün biokimyəvi funksiyalarını bir sıra heteroloji şəkildə ifadə olunan üç P450-nin hər birini sınaqdan keçirərək araşdırdıq. in vitro substrat kimi on müxtəlif monoterpen və altı DRA ilə analizlər. Substratlar ümumi MPB hostlarının əsas oleorezin birləşmələrini daxil etmək üçün seçilmişdir. P450-nin monoterpen oksidləşmə məhsullarını müqayisə etdik in vitro əmələ gələn məhsullarla analizlər in vivo monoterpenlərə məruz qalan qadın MPB tərəfindən.


    Metodlar

    İstinad H. armigera genom məlumatları və məclisləri

    DNT, GR laboratoriya koloniyasının tək bir cütünün nəslindən çıxarıldı H. armigera Kanberrada saxlanılır. Koloniya, 1980 -ci illərdə Avstraliyanın Yeni Cənubi Uelsdəki Namoi Vadisindəki pambıq tarlalarından toplanmışdır və o vaxtdan bəri uyğun bir laboratoriya pəhrizində saxlanılır.DNT -nin çıxarılması standart fenol xloroform protokolu ilə bütün mərhələlərdə, son mərhələdə olan pupalardan həyata keçirilmişdir.

    Kitabxananın qurulması və ardıcıllığı Beylor Tibb Kollecində, İnsan Genomu Sıralama Mərkəzində (BCM HGSC), Hyuston, TX, ABŞ-da həyata keçirilib. Bir neçə müxtəlif növ ardıcıllıq kitabxanası yaradıldı – bir neçəsi 454 ardıcıllıq platforması üçün, lakin çoxu Illumina platforması üçün. Aşağı keyfiyyətli oxunuşları və əsasları aradan qaldırmaq üçün xam məlumatlar əvvəlcədən işlənmişdir.

    AllpathsLG [91] Illumina məlumatlarının toplusu (180 bp qoşalaşmış uclu (PE) və 3 kb, 6 kb və 8 kb cüt cüt (MP) kitabxanalarından) və istehsal olunan 20 kb MP 454 kitabxanası iskele N50 1 Mb. Csiro4b adlanan bu qurğu, Əlavə fayl 4: Bölmə 13 -də təsvir edildiyi kimi, son genomun dondurulmasının əsasını təşkil etdi. Əlavə AllpathsLG məclisləri, mövcud məlumatların fərqli birləşmələrini və alt qruplarını giriş olaraq istifadə etdi (Əlavə fayl 4: Cədvəl S26). Ən yaxşı üst -üstə düşmə qrafiki (CABOG) [92] olan bir Celera Assembler, seçilmiş 454 və Illumina məlumatlarından istifadə edilərək yığılmışdır. Bu digər qurğular, aşağıda təsvir edilən annotasiya prosesi zamanı gen modellərinin təsdiqində və ya təmirində istifadə edilmişdir. Daha sonra csiro4b montajı 100 yerdə düzəldildi və yamaqlanmış genom dondurulmuş csiro4bp yaratmaq üçün digər birləşmələrdən düzgün gen modelləri və ya transkriptom məlumatlarını verən ardıcıllıqla müəyyən edildi. GR koloniyası, sıralanma məlumatları və montaj üsulları haqqında əlavə məlumatlar Əlavə 4: Bölmə 13 -də verilmişdir.

    H. armigera transkriptomika

    GR koloniyasından olan material, iki əsas transkriptomik təcrübədə, ya bütün orqanizmlərdə, ya da toxuma/inkişaf transkriptomu atlası üçün parçalanmış toxumalarda (bax: Əlavə fayl 4: Cədvəl S8) və pəhrizin təsirini araşdıran təcrübə üçün dördüncü gənc sürfələrdə istifadə edilmişdir. (aşağıya baxın). Bütün nümunələrdən ümumi RNT, materialı 'RLT' həllində üyütməklə çıxarıldı və hər bir nümunədən 30 mq toxumaya bərabər olan RNT daha sonra bir RNeasy mini dəsti (Qiagen, Victoria, Avstraliya) ilə təmizləndi. RNT minimum məhsuldarlığı 40 μg olmaqla suda yuyuldu. Hər bir nümunənin alikotunda RNT keyfiyyəti və kəmiyyəti Agilent 2100 Bioanalyser (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, ABŞ) çip sistemində elektroforez və NanoDrop spektrofotometri ND-1000 (ThermoFisher Scientific, Waltham, MA) üzərində UV udma yolu ilə müəyyən edilmişdir. , ABŞ). Hər bir nümunədən qalan RNT etanol və natrium asetat ilə çökdürüldü və -80 ° C -də saxlanıldı. BCM HGSC-də kitabxananın tikintisi və RNT ardıcıllığı aparılmışdır.

    Hər iki transkriptomika təcrübəsindən bütün RNA-seq oxunuşlarını istifadə edən ilkin hərtərəfli bir transkriptom toplusu TopHat və Cufflinks istifadə edərək yaradıldı [93, 94]. FASTX-Toolkit (http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit) istifadə edərək PE oxunuşlarının (100 b) 80 b-ə qədər kəsilməsindən sonra ikinci montaj daha sonra Kanostda ətraflı təsvir edildiyi kimi Trinity [95] istifadə edərək yaradıldı. və s. [40].

    MikroRNT-lər birinci instar sürfələrdən, dördüncü dövr sürfələrinin orta bağırsağından və pupalardan, yenə hamısı GR koloniyasından yığılmış ümumi RNT-dən ardıcıllıqla tərtib edilmişdir. Fenol/xloroform çıxarılmasından və etanol çöküntüsündən sonra, ümumi RNT dietil pirokarbonat (DEPC) ilə işlənmiş MQ suyunda yenidən dayandırıldı, NanoDrop Spektrofotometr ND-1000 və keyfiyyəti Agilent 2100 Bioanalizatorda yoxlandı. Təxminən 100 ng ümumi RNT 70 °C-də 1 dəqiqə ərzində denatürasiya edildi, ardınca buz üzərində soyutma və Illumina ardıcıllığı (Geneworks, Adelaide, Avstraliya) aparıldı.

    Şərh H. armigera genom

    Bu addım, MAKER və Spliced ​​Alignments Montaj Proqramı (PASA2) ilə avtomatlaşdırılmış annotasiyanı əhatə edir. Avtomatlaşdırılmış csiro4b annotasiyamızda ilk addım MAKER boru kəmərini əhatə edirdi [96]. Augustus [97], Yarı HMM əsaslı Nükleik Asit Ayrıştırıcısı (SNAP) [98] və GeneMark [99] ab MAKER-ə daxil edilmiş gen proqnozlaşdırma vasitələri əllə hazırlanmış genlər dəsti (aşağıya baxın) istifadə edərək öyrədilmişdir. Əlavə fayl 4: Bölmə 13-də təfərrüatlı şəkildə göstərildiyi kimi, proses RNT seq birləşmələri və digər həşərat genomlarından proqnozlaşdırılan gen dəstlərindən ibarət əlavə sübut verilənlər bazası daxil edilməklə bir neçə dəfə təkrarlandı. OrthoMCL [100] və CD-HIT [101] boru kəmərlərindən istifadə edərək xüsusi bir metod daha sonra doqquz MAKER qaçışının hər birindən proqnozlaşdırılan genlərin keyfiyyətini qiymətləndirmək və müxtəlif MAKER qaçışlarından olan genləri konsensus dəstinə birləşdirmək üçün istifadə edildi ( Əlavə fayl 4: Bölmə 13). Doqquz MAKER çalışır və OrthoMCL + CD-HIT yanaşması birlikdə 18.636 fərqli zülal istehsal etdi.

    MAKER tərəfindən istehsal olunan bir çox zülal modeli, bitişik dublikat genlərinin birləşmələri nəticəsində meydana gəlmişdir. Bununla birlikdə, bu problemlər JAMg (http://jamg.sourceforge.net) istifadə edərək Papanicolaou et al. [102]. Qısaca olaraq, MAKER, protein sahəsindəki dəlillər, Kassiopeia [103], GeneMark, RNA-seq əhatə dairəsi, intronadək cDNA oxunuşları və əvvəllər əllə hazırlanmış genlər Augustus de novo gen proqnozlaşdırıcısının çəkisi artan bir sübut olaraq təqdim edildi. Bu çoxqatlı çıxış daha sonra EVidenceModeler [104] istifadə edərək uzlaşdırıldı və tərcümə olunmamış bölgələr (UTRs) və RNT seq məlumatları və PASA2 [104, 105] istifadə edərək alternativ transkripsiya üçün şərh edildi və 22,818 transkript modeli əldə etdi. Rəsmi gen dəsti 1 (OGS1 Əlavə fayl 4: Bölmə 13) adlandırılan istinad unigen dəsti (yəni, hər bir lokus üçün bir zülal modeli olan) bundan əldə edilmişdir. Nəhayət, xüsusi gen ailələri üçün 1088 əl ilə qeyd edilmiş gen modelləri (aşağıya baxın) OGS2 verərək müvafiq avtomatik gen modellərini əvəz etdi. Scipio [106] əl ilə şərh edilmiş gen modelləri üçün genom yeri koordinatlarını əldə etmək üçün istifadə edilmişdir.

    Əsas ailələrdə gen modellərinin funksional annotasiyası

    Əsas detoksifikasiya, həzm və kimyosensor gen ailələri üçün avtomatik olaraq yaradılan gen modelləri, bütün mövcud ardıcıllıqlar, cDNAlar və gen modelləri istifadə olunmaqla yoxlanılmış və əllə qurulmuşdur. Detoksifikasiya və həzm ailələri üçün bura xüsusi olaraq hazırlanmış bir gen tapma və uyğunlaşdırma boru kəmərinin istifadəsi (Əlavə fayl 4: Bölmə 13) daxil edilir, burada istehsal olunan modellər son yığıncaqlardan fərqlənir, ikincisi daha sonra müvafiq şəkildə yamaqlanır. Ətraflı ailə annotasiya cədvəlində (Əlavə fayl 2: Cədvəl S2) sadalanan digər ailələr, xüsusi motifli zülalları (məsələn, kəsikli zülalları) müəyyən etmək üçün xüsusi perl skriptlərinin istifadəsinə və ya Basic Local-ın yarı avtomatlaşdırılmış seçiminə əsaslanaraq qeyd edilmişdir. Alignment Axtarış Aləti (BLAST)-dan əldə edilən annotasiyalar.

    Bütün genomun funksional qeydləri

    OGS2 zülal ardıcıllıqları GO [108], Pfam [109], PROSITE [110] və Sadə Modullu Arxitektura Araşdırma Aləti (SMART) [111] daxil olmaqla InterProScan boru kəmərinin [107] xüsusi bir versiyası istifadə edərək təhlil edildi. Bu təhlillərlə müəyyən edilmiş müvafiq sahələri daşıyan zülallar, müəyyən gen ailələrinin üzvləri olaraq təsdiqlənmək üçün qeyd edildi. GO müddətli tapşırıqlar, GO verilənlər bazası üzərində qurulmuş xüsusi boru kəmərlərində və Cytoscape [113] üçün Bioloji Şəbəkələr Gen Ontologiyası vasitəsi (BiNGO) [112] geniş istifadə edilmişdir. Xüsusi gen dəstlərindəki funksional zənginliyi təhlil etmək üçün GO terminləri semantik oxşarlıq süzgəci vasitəsi ilə ümumiləşdirilmiş və REVIGO [114] istifadə edərək görüntülənmişdir.

    Təkrarlar və mikroRNTlər

    Genomdakı təkrar ardıcıllıqları RepeatModeler [115] istifadə edərək müəyyən edilmişdir. Əvvəllər müəyyən edilmiş bütün lepidopteran təkrarları əvvəlcə RepBase -dən alınmış və sorğuda istifadə edilmişdir H. armigera genom. Bu təkrarlar daha sonra RepeatScout və rmblast istifadə edərək RepeatModeler qaçışlarının 10 iterasiyası üçün məlum təkrar kitabxanaları kimi istifadə edildi. Tapılan təkrarlar daha sonra maskada gizləndi H. armigera RepeatMasker istifadə edərək genom. miRNA analizi üçün RNT ardıcıllığı məlumatları əvvəlcə xüsusi perl skriptlərindən istifadə etməklə işlənmiş, sonra miRDeep2 [116] istifadə edərək miRNA-lar proqnozlaşdırılmışdır. MiRBase19 [117] istifadə edərək digər həşəratlardan bilinən miRNA -ya qarşı əlavə analizlər aparılmışdır.

    İstinad H. zea genom və transkriptom birləşmələri və annotasiya

    Üçün genom ardıcıllığı H. zea transgen Bt bitkilərinin verilməsindən əvvəl qurulmuş və ən az 25 il ərzində vəhşi böcəklər vermədən saxlanılan bir laboratoriya koloniyasının kuklalarından çıxarılan DNT [118]. Bu laboratoriya koloniyası vəhşilərlə müqayisədə bütün Bt toksinlərinə çox həssas idi H. zea [118,119,120]. Bakirə kişi və dişi, üç nəsil cüt cütləşmə yolu ilə həşəratları qohumlaşdırmaq üçün istifadə edilmişdir. Illumina sıralama kitabxanalarını hazırlamaq üçün yüksək molekulyar ağırlıqlı genomik DNT əldə etmək üçün son nəslin kişi pupalarından istifadə edilmişdir. Kitabxanalar quruldu və ardıcıllıqla quruldu H. armigera yuxarıda.

    Illumina məlumatlarının AllpathsLG yığımı 196 kb (Əlavə fayl 4-də Hz-csiro5: Cədvəl S27) N50 istehsal etdi. Yenə bir sıra əlavə AllpathsLG montajları Əlavə fayl 4: Cədvəl S27-də sadalanan daxiletmə məlumatlarının müxtəlif kombinasiyalarından və alt dəstlərindən istifadə etdi. Final çıxarmaq üçün Hz-csiro5-in düzəldilməsi və yamaqlanması H. zea genomun dondurulması (hz5p5) Əlavə fayl 4: Bölmə 13-də təsvir edilmişdir. H. zea koloniya və istifadə olunan ardıcıllıq məlumatları və montaj üsulları.

    Annotasiyada istifadə edilən transkriptom məlumatları H. zea genomu, 454 və Illumina RNA-seq məlumatlarının ilkin montajını ehtiva edir. 454 məlumatın hamısı 24-48 saatlıq embrionlardan başlayaraq, bütün sürfə mərhələlərində, bala və yetkin kişi və qadınlarda başlayan bir RNT havuzundan əldə edilmişdir. Illumina RNT-seq məlumatları 24-48 saatlıq embrionlara və üçüncü instar sürfələrə aiddir. Sürfələr, normal olaraq ifadə olunmayan ksenobiotik deqradasiyada iştirak edən genləri induksiya etmək üçün ölümcül Cry1Ac, novaluron, sipermetrin və Orthene dozaları ilə müalicə edilmişdir. 454 kitabxana normallaşdırıldı. RNA ardıcıllığı məlumatları, yuxarıdakı kimi genomun idarə etdiyi və de novo montaj metodlarından istifadə edərək Trinity (trinityrnaseq_r20140413p1 versiyası) ilə toplandı. H. armigera.

    The H. zea genomları yoxlanılır H. armigera OGS2 gen modeli protein ardıcıllığı və Scipio [106] üçün mümkün olan ən yaxşı gen modellərini müəyyən etmək üçün H. zea. Ətraflı məlumat üçün Əlavə fayl 4: Bölmə 13 -ə baxın.

    Hədəf gen ailələrinin ortologiyası və təkamül təhlili

    Detoksifikasiya və həzmlə əlaqəli gen ailələri üçün gen modelləri H. armigeraH. zea yuxarıda göstərildiyi kimi alındı. Cədvəl 2-də təhlil edilən digər növlər üçün, avtomatik olaraq yaradılan gen modelləri və rəsmi gen dəstləri, EXONERATE-ə əsaslanan xüsusi boru kəməri tərəfindən yaradılan mövcud ardıcıllıqlar, cDNAlar və gen modelləri istifadə edərək sahə mütəxəssisləri tərəfindən yoxlanılmış və əllə qurulmuşdur. Mövcud annotasiyalar B. moriM. sexta bu ailələrin üzvləri çarpaz yoxlanılmış və bəzi hallarda oxşar prosedurla yenidən işlənmişdir, baxmayaraq ki, bu halda genom yığıncağındakılardan fərqli olan bir neçə model həmin məclisdə yamaqlanmamışdır. Üç növ üçün bu ailələr üçün bütün son gen modellərimiz Əlavə fayl 6-da ümumiləşdirilmişdir: Cədvəl S5. Gen modelləri bu cədvəldə sadalanan digər maraq ailələri müəyyən motifli zülalları (məsələn, kəsikli zülalları) yoxlamaq üçün xüsusi perl skriptlərindən istifadə etməklə və ya BLAST-dən alınan annotasiyaların yarı avtomatlaşdırılmış taranması ilə müəyyən edilmiş və şərh edilmişdir.

    Əksər gen ailələrində fəaliyyət göstərən təkamül proseslərini təhlil etmək üçün istifadə edilən filogenetik üsullar Kanost və başqalarının Əlavə Şəkillər üçün Metodlar 19-21-də təsvir edildiyi kimi idi. [40]. Qısaca olaraq, biz çox ardıcıl düzülmə etmək üçün linsi seçimi ilə çoxlu ardıcıl düzləşdirmə proqramından (MAFFT) [121] istifadə etdik, daha sonra 50%-dən çox boşluq və ya qeyri-müəyyən simvollar olan saytlar üçün maskaladıq. Daha sonra filogenetik təhlillər ultra sürətli yükləmə metodunu [123] tətbiq edən IQ-TREE [122] və filogenetik qiymətləndirmələrin dəqiqliyini xeyli yaxşılaşdıran yeni model seçimi metodu olan ModelFinder [124] istifadə edərək həyata keçirildi. Hər bir ailə üçün ən yaxşı modeli tapdıqdan sonra, IQ-TREE istifadə edərək ən çox ehtimal olunan ağacı, son dərəcə önyükleme metodundan istifadə edərək çəkmə skorlarını hesabladıq. Bir neçə məlumat dəsti üçün digər iki filogenetik metoddan istifadə edilmişdir. PhyML [125] bəzi kiçik məlumat dəstləri üçün istifadə edildi və daha aşağı keyfiyyətli GR məlumat dəstəsi üçün Randomize Axelerated Maksimum Likelihood (RAxML) [126] istifadə edildi. Ağaclar R paketi ggtree [127] istifadə edərək təsvir edilmişdir.

    BEAST v2.4.3 -də Bayesian MCMC metodundan istifadə edən müxtəlif növlər və ya xətlər daxilində və ya daxilində olan gen ailələrinin alt qrupları arasında fikir ayrılığı təhlilləri [55]. Filogenetik analizlər üçün yuxarıda təsvir edildiyi kimi MAFFT ilə uyğunlaşdırılmış zülal sekansları, xüsusi bir perl skriptindən istifadə edərək nukleotid ardıcıllığının birləşməsini məlumatlandırmaq üçün istifadə edilmişdir. Zəruri hallarda, hər bir lokusda fərqli təkamül nisbətlərini təmin etmək üçün sayt modellərinin əlaqəsi kəsildi (yuxarıdakı IQ-TREE-də təyin olunduğu kimi), ancaq saat və ağac modelləri lokus arakəsmələri arasında fərqlənməyəcək şəkildə əlaqələndirildi. BEAUti v2.4.3 istifadə edərək BEAST v2.4.3 üçün bir XML giriş faylı yaradıldı. Əvvəlki üçün t MRCA (Ən Ən Son Ümumi Əcdad üçün vaxt) və kök hündürlüyü orta ln (1,5) və 0,01 standart sapma ilə lognormal paylanma ilə müəyyən edilmişdir. Üçün təyin olunan mutasiya nisbətindən istifadə edərək vahid paylama ilə sərt bir molekulyar saat tətbiq edildi H. melpomen hər nəsil üçün 2.9 × 10–9 (95% etibarlılıq aralığı, 1.3 × 10-9 - 5.5 × 10-9) arasında dəyişmə [128]. Bəzi təhlillər üçün Fitt [67] tərəfindən subtropik və mülayim bölgələr üçün müəyyən edilmiş orta diapazona uyğun gələn 0,25 illik nəsil müddətindən istifadə edilmişdir. Ağaclar TreeAnnotator v2.4.3 [129]-da şərh edilib və FigTree v1.4.2-də [130] vizuallaşdırılıb.

    Nisbi nisbət testləri H. armigera genlər Əlavə fayl 4-də hər bir ailə üçün filogenetik ağaclarda göstərilən ən yaxın paraloqlardan istifadə etdi: Bölmə 1-8. Filogenetik analizlər üçün yuxarıda təsvir olunduğu kimi MAFFT-dən istifadə edərək uyğunlaşdırılmış zülal ardıcıllıqları xüsusi perl skripti ilə nukleotid ardıcıllıqlarının uyğunlaşdırılmasını məlumatlandırmaq üçün istifadə edilmişdir. Tajima'nın nisbi nisbət testləri [131] Molekulyar Təkamül Genetik Analizi (MEGA) proqramında [132] edildi.

    Toxuma/inkişaf transkriptomik atlası

    Bu analiz üçün standart pəhriz əsasında yetişdirilmiş 31 GR nümunəsi, dördü xüsusi həyat mərhələlərinin bütün orqanizmlərindən və 27-si beşinci dövr sürfələri və ya yetkinləri qidalandıran toxuma və ya bədən hissələrindən toplanmışdır. Nümunələrin təfərrüatları Əlavə fayl 4-də verilmişdir: Cədvəl S8. RNT və kitabxananın hazırlanması və ardıcıllığı yuxarıda təsvir edildiyi kimi idi.

    Pəhriz transkriptomikası təcrübəsi

    Fərqli ev sahibi bitkilərdə yetişdirilən sürfələr arasında gen ifadəsinin nümunələri müqayisə edildi. Bitkilər müşahidə edilə biləcək reaksiyaların müxtəlifliyini maksimum dərəcədə artırmaq üçün seçilmişdir [64]. Dəst bir monokot, qarğıdalı, Zea Mays (larva RNT kitabxanaları M-3, GenBank BioSamples 6608687-9) və dörd ikiotaqlı bitkilər ailəsindən bitkilər: Malvaceae, pambıq, Gossypium hirsutum (larva RNT kitabxanaları Ct1-3, GenBank BioSamples 6608702-4) Brassicaceae, thale cress, Arabidopsis thaliana (larva RNT kitabxanaları AR1-3, GenBank BioSamples 6608666-8) Fabaceae, yaşıl lobya, Phaseolus vulgaris (larva RNT kitabxanaları GB1-3, GenBank BioSamples 6608675-7) və Solanaceae, tütün, Nicotiana tabacum (larva RNT kitabxanaları Tb1-3, GenBank BioSamples 6608696-8), pomidor, Lycopersicon esculentum (larva RNT kitabxanaları TM1-3, GenBank BioSamples 6608699-701) və acı bibər, Bibər frutescens (larva RNT kitabxanaları Hp1-3, GenBank BioSamples 6608678-80). İstinad üçün, sürfələr standart laboratoriya pəhrizində də böyüdülürdü [133, 134] (larva RNT kitabxanaları Sd1-3, GenBank BioSamples 6608693-5).

    GR koloniyasından təxminən 10 sürfə yumurtadan çıxdıqdan sonra 24 saat ərzində və hər hansı əvvəlki pəhrizə məruz qalmadan üç nüsxədə bitkilərə və ya laboratoriya pəhrizinə köçürüldü. Hər bir replika, daha böyük növlər üçün tək bir bitki və ya kiçik növlər üçün bir neçə bitki olan bir qazandan ibarət idi. Sürfələr çiçəklər əmələ gəlməyə başlayanda, lakin meyvədən əvvəl bitkilərə köçürülürdü. Bitkilər eyni glasshouse şəraitində yetişdirildi və hər üç replikanın hər biri laboratoriya mədəniyyətinin fərqli bir qrupundan sürfələr istifadə etdi. Başqalarının qeyd etdiyi kimi [64, 135], belə bir ev sahibi-cavab təcrübəsindən əvvəl süni bir pəhriz üzərində yetişdirilən sürfələr, hər hansı bir bitki sahibi üçün astarlanmamağın üstünlüyünü təklif edir.

    Ev sahibi bitkidən asılı olmayaraq, bütün inkişaf mərhələlərində bütün sürfələri yığmaq üçün, dördüncü mərhələyə keçdikdən bir gün sonra qidalanmağa qayıtdıqdan sonra bitkilərdən hər bir təkrardan altı larva toplanmışdır. Bu mərhələyə çatmaq üçün lazım olan vaxt qeyd edildi və sürfələr çəkildi, sonra dərhal kəsici qayçı ilə üç və ya dörd hissəyə kəsildi. Parçaları dərhal RNAlater məhluluna (Ambion, Austin, TX, ABŞ) atmaqla onların RNT-si qorunub saxlanıldı ki, bu məhlulun toxumaya yayılmasına imkan vermək üçün əvvəlcə buz üzərində saxlanıldı və sonra -80 °C-də donduruldu.

    Ümumi RNT yuxarıda təsvir edilən üsullara uyğun olaraq hər bir təkrardan ibarət altı sürfədən hazırlanmışdır, istisna olmaqla, ardıcıllıq üçün kitabxanalar Birləşmiş Ştatların Kənd Təsərrüfatı-Kənd Təsərrüfatı Tədqiqat Xidmətində (USDA-ARS, Stoneville, MS, ABŞ) hazırlanmışdır. RNT ardıcıllığı yuxarıdakı kimi BCM HGSC-də edildi.

    Paralel pəhriz transkriptomik təcrübələri aparmaq mümkün olmadı H. zea Avstraliyada tapılmadığı və buna görə də ciddi biotəhlükəsizlik karantin qadağalarına tabe olduğu üçün bu araşdırmada. Buna görə də, belə bir təqib tədqiqatı hər iki növün yaşadığı məlum olan ölkədə aparılmalıdır.

    Transkriptom analizləri

    Ardıcıllıq oxunuşları, adapter ardıcıllığını və keyfiyyətsiz oxunuşları aradan qaldırmaq üçün Trimmomatic [136] istifadə edərək təmizləndi. Keçən oxunuşlar hizalanmışdır H. armigera Rsubread paketində həyata keçirilən subread aligner ilə csiro4bp montajı [137]. Hizalamada maksimum üç uyğunsuzluğa icazə verildi və hər oxunuş üçün ən yaxşı qol uyğunluğu bildirildi. Yuxarıda təsvir edilən proqnozlaşdırılan transkriptlər ilə üst -üstə düşən kitabxana başına oxunuşların sayı, xüsusiyyət səviyyələri ilə [138] gen səviyyəsində ümumiləşdirilmişdir. Əlavə təhlil üçün nəzərdən keçirilmək üçün üç kitabxanada milyon başına minimum beş oxunuş səviyyəsi tələb olunurdu. İnkişaf/toxuma atlası vəziyyətində, ən azı bir kitabxanada milyon başına ən az 20 oxunuşa alternativ daxil olma meyarına yalnız bir həyat mərhələsində və ya nümunə götürülmüş toxumada ifadə oluna bilən genləri tutmağa icazə verildi. Bu meyarlar, iki məlumat dəsti üzrə cəmi 13,689 unikal gen ilə, müvafiq olaraq, inkişaf/toxuma atlası və ev sahibi istifadəsi təhlilində ifadə edilmiş 13,099 və 11,213 genin nəzərə alınması ilə nəticələndi.

    Kəsilmiş ortalamadan istifadə edərək nümunələr arasında oxunma sayı normallaşdırıldı M-values ​​metodu [139] və voom-limma boru kəməri ilə əlaqəli keyfiyyət çəkiləri ilə milyon dəyər başına log2 sayına (log2cpm) çevrildi [140]. Ev sahibinin istifadəsi təcrübəsi üçün, gen ifadəsi sadəcə sürfələrin böyüdüldüyü pəhriz faktoru kimi modelləşdirilmişdir. Sürfə pəhrizi ilə əlaqəsi olmayan gizli dəyişənlər səbəbiylə istenmeyen dəyişmənin təsirlərini aradan qaldırmaq üçün məlumatlardan üç əvəzedici dəyişən [141, 142] hesablanmış və ifadə modelinə daxil edilmişdir. Nəzarət pəhrizinə nisbətən ifadədə əhəmiyyətli fərqi olan genlər (yanlış kəşf nisbəti düzəldildi səh dəyər 0,05-dən az) və ifadədə 1,5-dən çox log2 qat dəyişiklik pəhrizə cavab verən hesab edilmişdir.

    Gen ifadəsinin daha geniş təhlili üçün, əlaqəli ifadə profillərini göstərən gen dəstlərini müəyyən etmək üçün ifadə məlumatlarımızdan gen birgə ifadə şəbəkələri qurduq. Şəbəkə quruluşunda yalnız müəyyən səviyyədə ifadə dəyişikliyi göstərən genlərin nəzərə alınmasını təmin etmək üçün əlavə filtrləmə meyarlarından istifadə edilmişdir. Daxil olma meyarları, log2cpm ifadəsinin ortalama dəyərinin 1 -dən çox olması və dəyərin standart sapmasının 0,5 -dən çox olması idi. Əvvəlki süzmə addımına bənzər olaraq, az sayda kitabxanada ifadə edilən genlərin daxil edilməsinə icazə vermək üçün toxuma məlumat dəsti üçün əlavə bir qəbul meyarı da daxil edildi. Bu məlumat dəsti üçün əlavə meyar standart sapması 2-dən çox olan istənilən genin daxil olması idi. İmzasız, çəkili korrelyasiya şəbəkələri, R paketi ağırlıqlı korrelyasiya şəbəkəsi təhlili (WGCNA) ilə həm pəhriz, həm də toxuma/inkişaf məlumatları dəstlərindən [143] istehsal edilmişdir. Hər bir şəbəkə üçün istifadə olunan güc parametri müvafiq olaraq 11 və 8 idi, miqyassız topologiyaya uyğun ən aşağı dəyər olaraq seçildi. R kvadrat 0.85 -dən çoxdur. Gen ifadə modulları topoloji üst-üstə düşmə matrisindən təyin olundu və yüksək korrelyasiyalı öz gen ifadə nümunələri (>0.85) olan modullar birləşdirildi.

    Təcrübələrin və təhlillərin təkrarlanması

    Üç əlavə H. armigera biri Afrikadan, ikisi Çindən və dörd əlavə xətt H. zea Hamısı ABŞ-dan olan fərdlər müxtəlif populyasiya genomik analizləri üçün verilənlər bazası kimi sıralanmışdır. Afrikalı H. armigera SCD, 1970 -ci illərdə Fil Dişi Sahili mənşəli və DNT hazırlanmasından əvvəl 130 -dan çox nəsil kütləvi cütləşmə üçün insektisidlərə və ya Bt toksinlərinə məruz qalmadan laboratoriyada saxlanılmışdır. Bir Çin xətti, SW, 2012 -ci ildə Sincan Uyğur Muxtar Bölgəsindəki Shawandan pambıq tarlalarında toplanan 150 güvə üzərində quruldu. SW, DNT hazırlanmasından əvvəl insektisidlərə və ya Bt toksinlərinə məruz qalmadan laboratoriyada 17 kütləvi cütləşən nəsillər üçün yetişdirildi. Digər Çin xətti AY, 2011 -ci ildə Henan əyalətindəki Anyangdan toplanan bir cüt güvə ilə başladı [79]. 1 μg/sm 2 diaqnostik Cry1Ac konsentrasiyasından sağ çıxan AY, DNT hazırlanmasından əvvəl 30-dan çox nəsil yetişdirildi. Bu SCD, SW və AY xətləri üçün H. armigera, DNT ayrı -ayrı kişi pupalardan hazırlanmışdır. DNA daha sonra standart ev protokollarından istifadə edərək Pekin Genomika İnstitutunda (BGI, Shenzhen, Çin) Illumina HiSeq2000 platformasında kəmiyyətlənmiş və ardıcıllıqla yığılmış 500b PE kitabxanalarının inşasında istifadə edilmişdir.

    Dörd H. zea fərdlər, Missisipi ştatının Bolivar dairəsindəki yabanı ev bitkilərindən sürfə olaraq toplanmışdı. DNT, yetkinlik yaşına çatdıqda torbalarından hazırlanmış və Illumina Nextera kitabxana tikinti dəstindən istifadə edərək ardıcıllıq kitabxanaları qurmaq üçün istifadə edilmişdir. Genomik DNT kitabxanaları 550 ± 20 b fraqmentlər əldə etmək üçün (Sage Science Inc., Beverly, MA, ABŞ) Pippin Prep alətində fraksiyaya bölündü (daxili ölçü 400-450 b) və KAPA kitabxana kəmiyyət dəsti (KAPA Biosystems, Wilmington, MA, ABŞ). Dörd kitabxananın ekvimolyar hovuzu USDA-ARS Genomika və Bioinformatika Tədqiqat Bölməsində, Stoneville, MS, ABŞ-da Illumina HiSeq2500 alətində ardıcıllıqla tərtib edilmişdir.

    Hər bir sətirdən və ya fərddən oxunan ardıcıllıq səhvləri Blue [144] istifadə edərək düzəldildi və sıraya uyğunlaşdırıldı H. armigera Genomik Qısa Oxunan Nukleotid Alignment Proqramı (GSNAP) [145] ilə istinad genomu. İstinad genomunun seçiminin bizim nəticələrimizə təsir etməməsini təmin etmək üçün bütün xətlərin və ya fərdlərin qarşılıqlı düzülüşünə qarşı H. zea istinad genomu da həyata keçirilmişdir. Genom Analizi Toolkitindən (GATK) [146] istifadə edərək, GATK Best Practices tövsiyələrinə uyğun olaraq standart sərt süzgəc parametrlərindən istifadə edərək SNP genotipinin ardınca indellər ətrafında dublikat çıxarılması və lokal yenidən düzəliş tətbiq etdik [147, 148]. İki növün ardıcıllığını daha yaxşı müqayisə etməyimizə imkan verən əlavə bir addım olaraq, analizimizə daxil edilmək üçün bir variantın bütün ardıcıl xətlər və ya fərdlər arasında genotipləşdirilməsinin lazım olduğunu əlavə filtrasiya meyarını tətbiq etdik.

    Aralarındakı genetik əlaqələr H. armigeraH. zea hər ikisi də daxil olmaqla, məlumat dəstimizdəki bütün ardıcıllıqlar üçün yaradılan SNP məlumat fayllarında MDS istifadə edərək araşdırıldı H. armigeraH. zea istinad ardıcıllığı.

    Coalescence analizi bütün lokalizasiyalarda mövcud olan genləri təmsil edən 16 lokusda (bax: Əlavə fayl 3: Şəkil S5 Əlavə fayllar 11 və 12) həyata keçirilmişdir. H. armigeraH. zea nümunələr, həm istinad ardıcıllığı, həm də qrupda H. punctigera (yəni n = hər yer üçün 10). Bu təhlil üçün seçilmiş lokuslar dəsti bütün nümunələr üzrə tək-tək ortoloqlar idi, verilmiş lokusda saytların yalnız 1%-ə qədəri yumşaq maskalı (yəni əhatə dairəsinin <10× ardıcıllığı üçün) və ya heterozigot idi. Bu meyarlar, BEAST v2.4.3 [149] -də birləşmə analizində sonradan istifadə edilən bu 10 nümunə arasında yaxşı qorunan bir sıra lokuslarla nəticələndi. Bütün lokuslar əvvəlcə MAFFT v7.182 [121]-də linsi variantından istifadə edərək müstəqil şəkildə düzəldilmişdir. IQ-TREE v1.4.1 [122] daha sonra -m TESTNEWONLY seçimi ilə hər bir lokus üçün ən uyğun təkamül dərəcəsi modelini təyin etmək üçün istifadə edildi. BEAUti v2.4.3 (StarBeast şablonu), BEAST XML giriş faylı yaratmaq, IQ-TREE-də müəyyən edildiyi kimi hər bir lokus üçün fərdi nisbət modelləri təyin etmək və ağac modellərini ayırmaq üçün istifadə edilmişdir. BEAST giriş faylını yaratmaq üçün seçilən parametrlər çox növ birləşən üçün Yule prosesi və "sabit köklü xətti" populyasiya ölçüsündən əvvəl seçilmiş parametrlər idi. Ağac ehtimallarının yaxınlaşmasına nail olmaq və təsirli nümunə ölçüsü (ESS) dəyərləri & gt200 əldə etmək üçün & gt100 × 10 6 MCMC zəncirləri üçün analiz aparıldı (Tracer v1.6.0 [150]). BEAST analizi, ümumi bir növ ağacı istehsal etdi H. armigera, H. zeaH. punctigera, həmçinin hər bir lokus üçün fərdi gen ağacları. Topologiyanın ümumi növ ağacına uyğun olub-olmadığını yoxlamaq üçün sonuncular DensiTree v2.2.2 [55] ilə qidalanır. Gen və növ ağacları arasında ziddiyyət yarandıqda, aralarındakı natamam nəsil çeşidlənməsi üçün dəlil tapa biləcəyimizi qiymətləndirmək üçün sözügedən lokusları araşdırdıq. H. armigeraH. zea.

    Tarixi təsirli əhali sayı və onların zamanla dəyişməsi təxmin edildi H. armigeraH. zea BEAST v1.8.2 [151] -də tətbiq olunduğu kimi Bayes siluetinin süjet metodundan istifadə etməklə. İstifadə olunan məlumat dəstləri, aşağıdakı nümunələrin hər biri üçün ayrıca adlandırılan genom genişliyindəki SNP-lər idi: for H. armigera, qarşı AY, SW və SCD xətləri H. armigera istinad genomu və üçün H. zea, yuxarıda təsvir edilən dörd şəxsə qarşı H. zea istinad genomu. İki nümunə dəsti də nəzarət olaraq digər növlərin genomuna qarşı çağırıldı. MCMC nümunələri 10 8 nəslə əsaslanaraq, hər 1000 addımdan bir girişə girdi və ilk 10 7 nəsil yanma olaraq atıldı. Biz hissə-hissə xətti səma xətti modelindən, HKY əvəzetmə modelindən və müəyyən edilmiş orta əvəzetmə sürətinə malik ciddi saatdan istifadə etdik. H. melpomen nəsil başına sayt başına 2.9 × 10–9 (95% etibarlılıq aralığı, 1.3 × 10–9 ilə 5.5 × 10–9) arasında dəyişmə [128].

    İki növ arasındakı sinonim və qeyri-sinonim müxtəlifliyi araşdırmaq üçün nüvəotid müxtəlifliyini (pi) təhlil etdik. H. armigeraH. zea nümunələr (yəni istinad suşları istisna olmaqla). Biz bütün polimorfik saytları (yəni.

    8.2 genom üzrə çağırılan M SNP). Müxtəliflik ölçmələri yalnız 10 kb genom pəncərəsi üçün minimum 10 SNP olan pəncərələri saydı.


    Videoya baxın: Cytochrom P450 inhibitory, aktywatory rola w interakcjach (Noyabr 2022).