Məlumat

TCGA -da (xərçəng genomu atlası) radiasiya müalicəsi olan nümunələri/xəstələri necə tapa bilərəm?

TCGA -da (xərçəng genomu atlası) radiasiya müalicəsi olan nümunələri/xəstələri necə tapa bilərəm?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Bir genin ifadəsini (KRAS geninin nümunəsi üçün) sağ qalma ilə əlaqələndirmək istəyirəm və əgər xəstə hər hansı uyğun TCGA (xərçəng genomu atlası) verilənlər bazasından istifadə edərək radiasiya müalicəsi almışsa. Ancaq indiyə qədər hansı xəstələrin şüa terapiyası aldığını anlaya bilməmişəm.

Hər hansı bir təklif?


Proses bir az ağrılıdır, amma bunu necə edəcəyiniz burada. UCSC Xena-a gedin, sonra brauzeri işə salın, Visualize sekmesini vurun, maraq dairənizi seçin, sonra növbəti menyuda fenotip seçin, sonra qutuya radioterapiya yazın və istədiyiniz radioterapiya ilə bağlı sütunları seçin. Sonra, annotasiya çubuğunu yüklədikdən sonra, siz yükləmə düyməsini vura bilərsiniz və endirilmiş cədvəldə TCGA barkodları ilə birlikdə bu məlumat olacaq. Klinik məlumatlara gəlincə, https://www.synapse.org/#!Synapse:syn7343873/wiki/412112 çox yaxşı panxeroloji mənbəyidir.


Obyektiv

Yerli olaraq inkişaf etmiş oral skuamöz hüceyrəli karsinoma (OSCC) qəti kemoradioterapiyadan sonra qırtlaq və faringeal skuamöz hüceyrəli karsinoma (L/P-SCC) ilə müqayisədə daha aşağı lokal-regional nəzarət və xəstəliyə spesifik sağ qalma nisbətlərini göstərir. Klinik amillərə baxmayaraq, bu, kemoradioterapiya cavab dərəcələrinə təsir edə biləcək fərqli bir şiş biologiyasına işarə edə bilər. Bu, OSCC-nin mutasiyalı profillərini L/P-SCC ilə müqayisə etməyə sövq etdi.

Metodlar

111 HPV-mənfi HNSCC nümunəsində (NKİ məlumat dəsti), 55 oral və 56 qırtlaq/udlaqda hədəf tutma DNT ardıcıllığını həyata keçirdik və müəyyən edilmiş somatik nöqtə mutasiyaları və surət sayı aberrasiyaları. Ardından analizimizi Xərçəng Genomu Atlasından (TCGA məlumat bazası) 276 OSCC və 134 L/P-SCC nümunə məlumatı ilə genişləndirdik. Təhlillərimizi HNSCC-də tez-tez mutasiyaya uğrayan genlərə yönəltdik.

Nəticələr

OSCC və L/P-SCC-nin mutasiya profilləri bir çox oxşarlıqlar göstərdi. Bununla birlikdə, OSCC əhəmiyyətli dərəcədə zənginləşdirildi CASP8 (NKI: 15% vs 0% TCGA: 17% vs 2%) və HRAS (TCGA: 10% vs 1%) mutasiyalar. LAMA2 (TCGA: 5% vs 19%) və NSD1 (TCGA: 7% vs 25%) mutasiyaları L/P-SCC ilə zənginləşdirilmişdir. Ümumiyyətlə, OSCC-nin L/P-SCC-dən daha az somatik nöqtə mutasiyalarına və nüsxə sayı aberasyonlarına malik olduğunu görürük. Maraqlıdır ki, L/P-SCC homolog rekombinasiya DNT təmiri qüsurları ilə əlaqəli mutasiya və genomik çapıq imzalarında daha yüksək nəticə göstərmişdir.

Nəticə

Bənzər bir mutasiya profilini göstərməsinə baxmayaraq, müqayisəli genom analizimiz OSCC və L/P-SCC-də fərqli xüsusiyyətlər ortaya qoydu. Bu genlərin və hüceyrə proseslərinin bəziləri radiasiyaya və ya sisplatinə hüceyrə reaksiyasına təsir göstərə bilər. Genomik xüsusiyyətlər gələcəkdə fərdi müalicəyə istiqamət verə bilər və ya imkan verə bilər.


Fon

Prostat xərçəngi (PCa) ikinci ən çox yayılmış bədxassəli xəstəlikdir və kişilərdə xərçənglə əlaqəli ölümlərin beşinci səbəbidir [1]. GLOBOCAN hesablamalarına əsasən, 2018-ci ildə təqribən 1,3 milyon yeni vəziyyətə PCa diaqnozu qoyulmuşdur ki, bu da dünyada təxminən 359,000 PCa ilə əlaqəli ölümə səbəb olmuşdur [1]. Radikal prostatektomiya və radioterapiya daxil olmaqla bir neçə terapevtik strategiya, erkən mərhələdə PCa olan xəstələr üçün daha yaxşı klinik nəticə göstərmişdir [2, 3]. Bunun əksinə olaraq, inkişaf etmiş PCa olan xəstələrdə uzaq metastazlar olur və nəticədə effektiv müalicə variantlarının olmaması səbəbindən daha pis proqnozlar olur [4, 5]. Buna görə PCa xəstələrinin proqnozunu yaxşılaşdırmaq üçün yeni bir molekulyar biomarker tələb olunur.

Xərçəng kök hüceyrələri (CSCs) şişlər içərisində kiçik hüceyrələr qrupudur və özünü yeniləmək, nəzarətsiz diferensiallaşma və şiş törətməkdən məsuldur [6, 7]. CSC-lər xərçəngin inkişafına, irəliləməsinə və metastazına kömək edir [8,9,10]. Bir membran qlikoproteini olan epiteli spesifik antijen (ESA) və ya CD326 olaraq bilinən epiteliya hüceyrə yapışma molekulu (EpCAM) Ca2+ müstəqil hemofilik hüceyrədən hüceyrəyə yapışmada, hüceyrə siqnalında, miqrasiyada, yayılmasında və fərqlənməsində mühüm rol oynayır [11. , 12]. PCa-da CSC-lərin olması qismən xərçəngin inkişafında, metastazda və kimyəvi müqavimətdə rol oynaya bilər [13, 14]. EpCAM, CSC marker və xərçəng üçün potensial terapevtik hədəf olaraq təyin olunur [15]. EpCAM, döş xərçəngi, mədə xərçəngi və kolorektal xərçəng kimi bir çox insan xərçəngində ifadə edilir [16,17,18]. Son araşdırmalar, yüksək EpCAM ifadəsinin, döş xərçəngi [19], yumurtalıq karsinomu [20] və hepatosellüler karsinomada [21] pis klinik nəticəni proqnozlaşdıra biləcəyini də göstərdi. Bəzi tədqiqatlar EpCAM-ın tez-tez ifadə edildiyini və PCa olan xəstələrin daha pis proqnozu ilə əlaqəli olduğunu bildirdi [22, 23].

PCa-nın inkişafı normal epitelin xoşxassəli prostat vəzinin epitelinə keçməsini və bir neçə ardıcıllıqla bədxassəli karsinomaya keçməsini əhatə edir [24,25,26]. PCC inkişafında və inkişafında EpCAM ifadəsinin rolu mübahisəli olaraq qalır. Ni 2013 və s. PCA və benign prostat toxuma nümunələrində EpCAM ifadəsinin tezliyinin oxşar olduğunu bildirdi [22]. Bunun əksinə olaraq, Li et al. göstərir ki, EpCAM ifadəsi PCa -da yaxşı prostat toxuması nümunələrinə nisbətən daha yüksəkdir [27]. Beləliklə, bu tədqiqatın əsas məqsədi PCA inkişaf riskini təyin etməkdə EpCAM -ın rolunu müəyyən etmək idi. İkinci dərəcəli məqsəd PCa-da EpCAM-ın klinikopatoloji və proqnostik dəyərini qiymətləndirmək üçün meta-analiz aparmaq idi.


Xərçəng Genomu Atlası, Yeni Müalicə Strategiyalarına səbəb ola biləcək Ölümcül Beyin Xərçənginin Fərqli Alt Tiplərini müəyyən edir.

Xərçəng Genomu Atlası (TCGA) Araşdırma Şəbəkəsi tərəfindən edilən bir araşdırmaya görə, yetkinlərdə ən çox yayılmış bədxassəli beyin xərçəngi forması olan glioblastoma multiforme (GBM) tək bir xəstəlik deyil, dörd fərqli molekulyar alt tip kimi görünür. Bu tədqiqatın tədqiqatçıları həmçinin aqressiv kemoterapiya və radiasiyaya reaksiyanın alt tipə görə fərqləndiyini aşkar ediblər. Bu strategiya ilə müalicə olunan bir alt növü olan xəstələr, daha az aqressiv terapiya alan xəstələrə nisbətən təxminən 50 faiz daha yavaş bir şəkildə xəstəliklərinə təslim olurlar. Bu təsir iki alt tipdə daha az dərəcədə müşahidə edildi, dördüncü alt tipdə isə ümumiyyətlə yox idi.

Tapıntılar mövcud klinik praktikaya təsir etməsə də, tədqiqatçılar nəticələrin GBM xəstələrinin qruplarının genomik dəyişikliklərinə əsaslanaraq daha fərdi yanaşmalara səbəb ola biləcəyini söylədilər. 19 yanvar 2010-cu ildə Xərçəng Hüceyrəsində nəşr olunan tədqiqat bu xərçəngin demək olar ki, eyni dərəcədə ölümcül proqnozunu yaxşılaşdıra biləcək hədəflənmiş müalicələrin tədqiqi üçün möhkəm bir çərçivə təqdim edir. TCGA üçün araşdırma qrupu, Milli Sağlamlıq İnstitutlarının hər iki hissəsi olan Milli Xərçəng İnstitutu (NCI) və Milli İnsan Genomu Araşdırma İnstitutu (NHGRI) tərəfindən maliyyələşdirilən birgə səydir.

NIH direktoru Francis Collins, "TCGA, xərçəngin daha sürətli aşkarlanması və müalicəsində yeni strategiyalar tapmaq üçün bütün xərçəng cəmiyyətini səfərbər edir" dedi. "Bu tapıntılar, önümüzdəki bir neçə il ərzində TCGA tərəfindən yaradılan hərtərəfli məlumatlardan nə gözlədiyimizi göstərir."

GBM çox sürətlə böyüyən şiş növüdür. Son illərdə, hər 100.000 amerikalıdan 3 -ü, bədxassəli beyin şişləri arasında ən yüksək insidans nisbətini ifadə edən GBM diaqnozu qoyulmuşdur. GBM olan xəstələrin çoxu diaqnozdan təxminən 14 ay sonra xəstəlikdən ölür.

NCI direktoru John E. Niederhuber, "Bu yeni tapıntılar xəstələrin xəstəliklərinin unikal molekulyar xüsusiyyətlərinə əsaslanaraq təbəqələşməyə dair tənqidi fikirlər təklif edir" dedi. "Xərçəngin genetik əsasları haqqında getdikcə daha çox məlumat əldə etdikcə, bütün xərçənglər üçün oxşar bir molekulyar anlayışa nail olmağı və nəticədə hər bir xəstəyə özünəməxsus şəkildə uyğun gələn yüksək hədəfli müalicələrin reseptlərini yaratmağı ümid edirik."

TCGA tədqiqatçıları GBM-nin fərqli alt qruplarını müəyyən etmək üçün bir vasitə kimi gen ifadəsi profilini quran əvvəlki tədqiqatları genişləndirdilər.

"Biz birmənalı olaraq demək olar ki, yalnız bir alt tip daxilində baş verən bir sıra hadisələri kəşf etdik" dedi aparıcı müəllif D. Neil Hayes, Şimali Karolina Universitetinin Chapel Hill. "Bunlar şişin inkişafı və yayılması tarixində kritik hadisələrdir və şişlərin ilkin formalaşması ilə əlaqəli ola biləcəyinə dair sübutlar artır."

TCGA tədqiqatçıları, bu hadisələrin təbiətinin, hər bir alt tipin altında yatan patologiyanın fərqli növ hüceyrələrdən başlaya biləcəyini göstərdiyini bildirdi. Bu, hansı hüceyrə növlərinin nəticədə ilkin xərçəng əmələ gəlməsinə səbəb olan dəyişikliklərə məruz qaldığını daha yaxşı başa düşməyi təmin edə bilər. Bu tapıntı potensial klinik əhəmiyyətə malikdir, çünki GBM əmələ gətirən hüceyrə növlərinin təyin edilməsi effektiv müalicə rejimlərinin qurulması üçün çox vacibdir. Təcavüzkar kimyaterapiya və radiasiyaya reaksiya alt tipə görə fərqləndiyindən, bəzi dərman siniflərinin digərləri üçün deyil, bəzi şiş alt tipləri üçün işləyəcəyi gözlənilirdi.

"Dəyişdirilmiş genetik koda əsaslanaraq GBM şişlərini fərqləndirmə qabiliyyəti, bu ölümcül xərçənglə mübarizə üçün daha təsirli müalicə strategiyalarının əsasını qoyur" dedi NHGRI direktoru, doktor, Eric D. Green. "Bu tapıntılar, TCGA tərəfindən hədəf alınan müxtəlif xərçəng növlərində meydana gələn molekulyar dəyişiklikləri açmaq üçün bir xərçəng genomundan istifadə etməyin gücünü nümayiş etdirir. Mən bu cür biliklərin nə vaxtsa inkişaf etmiş fərdi müalicələrə və xərçəng xəstələrinə qayğı göstərəcəyinə inanıram."

Yeni tapıntılar TCGA-nın 2008-ci ilin oktyabrında Təbiətdə bildirilən GBM genomik dəyişikliklərinə dair təfərrüatlı görünüşünə əsaslanır. 2006-cı ildə istifadəyə verilmiş TCGA genom analizi texnologiyalarının, o cümlədən geniş diaqnostika texnologiyalarının tətbiqi vasitəsilə xərçəngin molekulyar əsaslarının başa düşülməsini sürətləndirmək üçün hərtərəfli və əlaqələndirilmiş səydir. -miqyaslı genom sıralaması.


Xərçəng Genomu Atlası, Yeni Müalicə Strategiyalarına səbəb ola biləcək Ölümcül Beyin Xərçənginin Fərqli Alt Tiplərini müəyyən edir.

BETHESDA, Md., Çərşənbə axşamı, 19 Yanvar, 2010 - Böyüklərdə bədxassəli beyin xərçənginin ən çox yayılmış forması olan glioblastoma multiforme (GBM) tək bir xəstəlik deyil, The Cancer Genome Atlas tərəfindən aparılan araşdırmaya görə, dörd fərqli molekulyar alt tip kimi görünür. (TCGA) Araşdırma Şəbəkəsi. Bu tədqiqatın tədqiqatçıları həmçinin aqressiv kemoterapiya və radiasiyaya reaksiyanın alt tipə görə fərqləndiyini aşkar ediblər. Bu strategiya ilə müalicə olunan bir alt növü olan xəstələr, daha az aqressiv terapiya alan xəstələrə nisbətən təxminən 50 faiz daha yavaş bir şəkildə xəstəliklərinə təslim olurlar. Bu təsir daha az dərəcədə alt tiplərin ikisində görüldü, dördüncü alt tipdə isə ümumiyyətlə yox idi.

Tapıntılar mövcud klinik praktikaya təsir etməsə də, tədqiqatçılar nəticələrin GBM xəstələrinin qruplarının genomik dəyişikliklərinə əsaslanaraq daha fərdi yanaşmalara səbəb ola biləcəyini söylədilər. 19 yanvar 2010 -cu ildə nəşr olunan araşdırma Xərçəng Hüceyrəsi, bu xərçəngin ölümcül proqnozunu yaxşılaşdıra biləcək hədəfli müalicələrin araşdırılması üçün möhkəm bir çərçivə təmin edir. TCGA üçün araşdırma qrupu, Milli Sağlamlıq İnstitutlarının hər iki hissəsi olan Milli Xərçəng İnstitutu (NCI) və Milli İnsan Genomu Araşdırma İnstitutu (NHGRI) tərəfindən maliyyələşdirilən birgə səydir.

NIH direktoru Francis Collins, "TCGA, xərçəngin daha sürətli aşkarlanması və müalicəsində yeni strategiyalar tapmaq üçün bütün xərçəng cəmiyyətini səfərbər edir" dedi. "Bu tapıntılar, önümüzdəki bir neçə il ərzində TCGA tərəfindən yaradılan hərtərəfli məlumatlardan nə gözlədiyimizi göstərir."

GBM çox sürətlə böyüyən bir şiş növüdür. Son illərdə, hər 100.000 amerikalıdan üçünə GBM diaqnozu qoyulmuşdur ki, bu da bədxassəli beyin şişləri arasında ən yüksək insidans nisbətidir. GBM olan xəstələrin çoxu diaqnozdan təxminən 14 ay sonra xəstəlikdən ölür.

NCI direktoru John E. Niederhuber, "Bu yeni tapıntılar xəstələrin xəstəliklərinin unikal molekulyar xüsusiyyətlərinə əsaslanaraq təbəqələşməyə dair tənqidi fikirlər təklif edir" dedi. "Xərçəngin genetik əsasları haqqında getdikcə daha çox məlumat əldə etdikcə, bütün xərçənglər üçün oxşar bir molekulyar anlayışa nail olmağı və nəticədə hər bir xəstəyə özünəməxsus şəkildə uyğun gələn yüksək hədəfli müalicələrin reseptlərini yaratmağı ümid edirik."

TCGA tədqiqatçıları GBM-nin fərqli alt qruplarını müəyyən etmək üçün bir vasitə kimi gen ifadəsi profilini quran əvvəlki tədqiqatları genişləndirdilər.

"Biz birmənalı olaraq demək olar ki, yalnız bir alt tip daxilində baş verən bir sıra hadisələri kəşf etdik" dedi aparıcı müəllif D. Neil Hayes, Şimali Karolina Universitetinin Chapel Hill. "Bunlar şişin inkişafı və yayılması tarixində kritik hadisələrdir və şişlərin ilkin formalaşması ilə əlaqəli ola biləcəyinə dair sübutlar artır."

TCGA tədqiqatçıları, bu hadisələrin təbiətinin, hər bir alt tipin altında yatan patologiyanın fərqli növ hüceyrələrdən başlaya biləcəyini göstərdiyini bildirdi. Bu, nəticədə ilkin xərçəng meydana gəlməsinə səbəb olan dəyişikliklərə məruz qalan hansı hüceyrə növlərinin daha yaxşı anlaşılmasını təmin edə bilər. Bu tapıntı potensial klinik əhəmiyyətə malikdir, çünki GBM əmələ gətirən hüceyrələrin növlərinin müəyyən edilməsi effektiv müalicə rejimlərinin yaradılması üçün çox vacibdir. Təcavüzkar kimyaterapiya və radiasiyaya reaksiya alt tipə görə fərqləndiyindən, bəzi dərman siniflərinin digərləri üçün deyil, bəzi şiş alt tipləri üçün işləyəcəyi gözlənilirdi.

"Dəyişdirilmiş genetik koda əsaslanaraq GBM şişlərini fərqləndirmə qabiliyyəti, bu ölümcül xərçənglə mübarizə üçün daha təsirli müalicə strategiyalarının əsasını qoyur" dedi NHGRI direktoru, doktor, Eric D. Green. "Bu tapıntılar TCGA-nın hədəf aldığı müxtəlif xərçəng növlərində baş verən molekulyar dəyişiklikləri açmaq üçün xərçəngin genomundan istifadənin gücünü nümayiş etdirir. Mən optimistəm ki, bu tip bilik nə vaxtsa təkmilləşdirilmiş fərdi müalicələrə və xərçəng xəstələri üçün qayğıya səbəb olacaq."

Yeni tapıntılar TCGA-nın 2008-ci ilin oktyabrında Təbiətdə bildirilən GBM genomik dəyişikliklərinə dair təfərrüatlı görünüşünə əsaslanır. 2006-cı ildə istifadəyə verilmiş TCGA genom analizi texnologiyalarının, o cümlədən geniş diaqnostika texnologiyalarının tətbiqi vasitəsilə xərçəngin molekulyar əsaslarının başa düşülməsini sürətləndirmək üçün hərtərəfli və əlaqələndirilmiş səydir. -miqyaslı genom sıralaması.


4. Müzakirə

PACA ölümcül xərçəng növüdür və gələcəkdə xərçənglə əlaqəli ölüm hallarının ikinci səbəbi olacağı proqnozlaşdırılır [11]. Beləliklə, xəstənin müalicəsini və sağ qalma nəticələrini yaxşılaşdırmaq üçün bu xəstəliklə əlaqəli yeni diaqnostik və proqnostik biomarkerlər müəyyən edilməlidir. Əvvəlki tədqiqatlar göstərir ki, PACA -da nizamsız genlər bu xərçəng növü olan xəstələr üçün proqnostik və ya diaqnostik biomarkerlər kimi dəyər verə bilər [12 �]. Plazma biomarkerləri xəstələrin diaqnozu, mərhələləri və monitorinqi üçün xüsusilə cəlbedici hədəflərdir, çünki onlar nisbətən qeyri-invaziv maye biopsiya yanaşması ilə qiymətləndirilə bilər. Hüceyrələrdən sərbəst buraxıldıqdan sonra RNT molekulları bu RNT-ləri nukleaz vasitəçiliyi ilə parçalanmadan qoruyan lipidlərlə komplekslər əmələ gətirir [17�]. Ümumiyyətlə, xərçəng xəstələri əvvəlki kohortda şiş hüceyrələrinin proliferasiyası və apoptotik ölümün yüksək nisbətlərinə görə sağlam fərdlərə nisbətən daha yüksək səviyyədə dövran edən RNT nümayiş etdirirlər [20]. Beləliklə, bu araşdırmada, PACA xəstəsinin sağ qalma nəticələrini proqnozlaşdıra bilən namizəd plazma mRNA biomarkerlərini təyin etməyə çalışdıq.

Biz bu xərçəng xəstələrində potensial proqnostik biomarkerləri aşkar etmək vasitəsi kimi TCGA verilənlər bazasında PACA ilə əlaqəli mRNA ifadə profillərini qiymətləndirmək üçün bioinformatika yanaşmasından istifadə etməyə başladıq. Bununla belə, normal toxumaların da plazma RNT profillərinə töhfə verdiyini və dövriyyədə şişdən əldə edilən mRNT siqnallarını maskalamaq potensialına malik olduğunu nəzərə alsaq, şiş toxumalarında diferensial şəkildə ifadə olunan mRNT-lərin xəstə plazma nümunələrində mütləq diferensial şəkildə ifadə oluna bilməz [21]. TCGA tapıntılarımızı PACA xəstə plazma nümunələrinin mikroarray analizinin nəticələri ilə müqayisə edərək, biz bu plazma nümunələrində yalnız üç proqnozla əlaqəli DE mRNA müəyyən etdik: PTPN6, EVL və SMAP2.

Əlavə yoxlama təcrübələri vasitəsilə biz PACA xəstə plazma nümunələrində EVL mRNA ifadəsinin sağlam nəzarət nümunələri ilə müqayisədə azaldığını təsdiq etdik. EVL mRNA ifadəsinin azalması zəif OS və şişin patoloji mərhələsi ilə əlaqəli idi və PACA xəstə proqnozunun müstəqil proqnozlaşdırıcısı idi. EVL, aktin sitoskeleton tənzimlənməsində iştirak edən bir Ena/VASP (aktiv/vazodilatator tərəfindən stimullaşdırılmış fosfoprotein) ailə üzvi bir proteindir [22, 23]. Sitoskelet quruluşundakı dəyişikliklər hüceyrə hərəkətliliyinə təsir göstərə bilər, nəticədə şiş hüceyrə istilasını və miqrasiyasını idarə edir və ya bastırır. Mouneimne və başqaları. EVL aşağı tənzimlənməsinin şiş hüceyrələrinin miqrasiyasını və in vitro və in vivo işğalını boğmağa qadir olduğunu və insan şiş hüceyrələrində EVL ifadəsinin azalmasının yüksək invaziv aktivlik, artan çıxıntı, azalmış kontraktillik və azaldılmış yapışma ilə əlaqəli olduğu göstərilmişdir [24] . Grady və başqaları. EVL -nin yuxarı axınındakı CpG metilasyonu ilə əlaqəli bir mexanizm vasitəsi ilə EVL -nin insan kolorektal xərçəngində aşağı salındığını təsbit etdi [25]. Li və başqaları. servikal xərçəngdə EVL mRNA ifadəsinin azaldığını tapdı [26]. Beləliklə, biz fərz edirik ki, PACA xəstələrində EVL aşağı tənzimləmə, şiş işğalını və metastazı idarə etməklə xəstəliyin gedişatını təşviq edir və nəticədə xəstənin pis nəticələrinə səbəb olur.


Materiallar və metodlar

TCGA məlumatlarının təsviri

İctimaiyyətə açıq olan TCGA məlumat dəstləri birbaşa https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/ ünvanından TCGA Data Portalından endirilib. TCGA məlumat strukturlarının ətraflı məlumatı https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaDataType.jsp ünvanında nəzərdən keçirilə bilər. Mikroarray və RNA-Seq təcrübələri, protokollar və istifadə olunan proqram təminatı haqqında ətraflı məlumatı https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/ ünvanında TCGA Data Portalında tapa bilərsiniz. Gen ifadəsi məlumatları üçün, təcrübələrdə xüsusi dizayn edilmiş bir mikroarray platforması olan Agilent 244K (G4502A) olan 3-cü səviyyəli mikroarray verilənlər bazasını seçdik. Mikroarray məlumatları Lowess metodu ilə normallaşdırılıb və hesablanmış Log2 nisbəti kimi təqdim edilib. Prosesdə istifadə olunan məlumatların və metodların səviyyəsi ilə bağlı əlavə məlumatı TCGA saytında tapa bilərsiniz (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/). RNT-Seq məlumat dəstləri üçün Illunima HiSeq 2000 sekvenserlərində istehsal edilmiş 3-cü səviyyəli RNT-Seq məlumatlarını seçdik. RNA-Seq gen ifadəsinin 3-cü səviyyəsi məlumatları, verilən bir genlə üst-üstə düşən oxunuş sayı olan Hesablamaları ehtiva edir. Verilmiş transkript üçün oxunanların ümumi sayı transkriptin ifadə səviyyəsinə mütənasibdir. Həm mikroarray, həm də RNA-Seq məlumat toplusu Şimali Karolina Universitetinin Chapel Hilldəki laboratoriyaları tərəfindən hazırlanmışdır. Cəmi 595 GBM və 10 normal beyin mikroarray məlumat faylı, 163 RNA-Seq məlumat faylı və müvafiq klinik məlumat faylı 27 sentyabr 2013-cü ildə TCGA saytından endirilib. GBM nümunələri üçün bu mikroarray verilənlər toplusu yükləndikdən sonra əhəmiyyətli dərəcədə dəyişməyib. verilənlər bazasında.

Verilənlərin transformasiyası və təsnifatı

TCGA-dan endirilmiş Agilent gen ifadəsi mikroarray məlumatları GBM/HuRNA və ya Normal beyin/HuRNA-nın log2 nisbəti kimi təqdim olunur. Mikroarray təcrübələrində Log2 nisbətini hesablamaq üçün ümumi istinad kimi Agilent HuRNA (İnsan universal istinad RNT-si əvvəllər Stratagene HuRNA) istifadə edilmişdir. HuRNA 10 insan xərçəng hüceyrə xəttindən yığılmış ümumi RNT-dən ibarətdir. HuRNA-nı ümumi istinad kimi istifadə edərək potensial qərəzliyi aradan qaldırmaq üçün əvvəlcə aşağıdakı düsturdan istifadə edərək GBM/HuRNA-nın Log2 nisbətinə GBM/Normal beynin orijinal Log2 nisbətini dəyişdirdik:

Burada Log2 nisbəti (normal beyin/HuRNA), 10 normal beyin məlumat faylından log2 nisbətlərinin ortalama dəyəridir. Sonra, araşdırmamızın qalan hissəsində Normal beyinlə müqayisədə GBM-nin Log2 nisbəti olan transformasiya edilmiş gen ifadə məlumatlarından istifadə etdik [26].

TCGA məlumat dəstlərində, hər bir klinik məlumat vahid bir xəstə halını təmsil edir. Sağ qalma əməliyyat tarixindən ölüm tarixinə qədər olan vaxt intervalı kimi müəyyən edilmişdir. Arasında mümkün bir korrelyasiyanı aydınlaşdırmaq üçün IL-13Ra2 gen ifadəsi və klinik nəticə, xəstənin ilkin əməliyyatdan və şüa müalicəsindən sağ çıxdığını göstərən yalnız 30 gün sağ qalan xəstələri seçdik. Klinik məlumatlara malik 428 GBM gen ifadəsi məlumat faylı sonrakı gen ifadəsi və sağ qalma təhlili üçün şərtləri təmin etdi.

Transformasiya edilmiş məlumat dəstlərindən istifadə edərək, TCGA GBM şişlərini səviyyəsinə görə üç qrupa təsnif etdik. IL-13Ra2 gen ifadəsi. Tədqiq edilmiş 428 GBM şişindən 128 hadisə (29,9%) I qrupa təsnif edildi, bu da ifadə olunmadı. IL-13Ra2 İfadə edən II qrupda 120 hadisə (28%) müəyyən edilmişdir IL-13Ra2 Log2 nisbəti ilə & gt 0 və & lt 2 və 180 hal (42.1%) olaraq təyin olunan III qrupda idi. IL-13Ra2 Log2 nisbəti ilə yüksək ifadə olunan qrup IL-13Ra2 ≥ 2 (Şəkil 1a).

Üçün TCGA məlumat bazasının ifadə analizinə əsaslanan GBM şişlərinin təsnifatı IL-13Ra2α1 mRNA: I qrup: ifadə yoxdur Qrup II: aşağıdan orta səviyyəyə qədər ifadə və III qrupa: yüksək ifadə. a IL-13Ra2 log2 nisbəti b IL-13Ra1 log2 nisbəti

Eyni təsnifat üçün istifadə edilmişdir IL-13Ra1 gen ifadəsi. Tədqiq edilmiş 428 GBM şişi arasında 33 hal (7,7%) I qrupa təsnif edildi, bu da ifadə etməyən IL-13Ra1 Dəstəklənən II qrupda 328 hadisə (76,6%) müəyyən edilmişdir IL-13Ra1 Log2 nisbəti > 0 və < 2 olan və 67 hal (15,7%) III qrupda idi və bu IL-13Ra1 Log2 nisbəti ilə yüksək ifadə olunan qrup IL-13Ra1 ≥ 2 (Şəkil 1b).

Statistik təhlillər

Müstəqil t qruplar arasındakı fərqi hesablamaq üçün test edildi. GraphPad Prism proqram təminatından (Version 5, GraphPad software Inc., San Diego, CA) istifadə etməklə müxtəlif qruplar arasında sağ qalma paylanmasını müqayisə etmək üçün Kaplan-Meier sağ qalma təhlili aparılmışdır. Müvafiq nümunə ölçüsü olan Kaplan -Meier analizinin bir sahəsi, fərqli nümunə populyasiyalarının sağ qalma müddəti, median sağ qalma müddəti və sağ qalma əyriləri arasındakı fərqin əhəmiyyəti haqqında məlumat verir.


Yeni Araşdırma istiqamətləri

Tədqiqatçıların tapıntıları 2014-cü ildə ABŞ-da 15 000-dən çox insanın ölümünə səbəb olacağı təxmin edilən sidik kisəsi xərçənginin əsas mexanizmləri haqqında mühüm fikirlər təqdim edir. TCGA Milli Xərçəng İnstitutu (NCI) və Milli İnsan Təşkilatı tərəfindən birgə dəstəklənən və idarə olunan əməkdaşlıqdır. Genom Tədqiqat İnstitutu (NHGRI), Milli Sağlamlıq İnstitutlarının hər iki hissəsi.

"TCGA Tədqiqat Şəbəkəsinin alimləri bir çox ümumi və tez-tez həll edilməyən xərçəng növlərinin genomik incəliklərini açmağa davam edir və bu tapıntılar yeni tədqiqat istiqamətlərini müəyyənləşdirir və yeni xərçəng müalicələrinin inkişafını sürətləndirir" dedi NIH direktoru, MD, Ph.D. Francis Collins.

Bu araşdırmada, 29 yanvar 2014 -cü ildə onlayn olaraq nəşr olundu Təbiət, müstəntiqlər xəstəliyin ən ölümcül forması olan sidik kisəsinin əzələsini işğal edən sidik kisəsi xərçəngini araşdırdılar. Əzələ-invaziv sidik kisəsi xərçəngi üçün mövcud standart müalicələr cərrahiyyə və kemoterapi ilə birlikdə şüalanmanı əhatə edir. Tanınmış ikinci dərəcəli müalicələr yoxdur - ilkin terapiya işləmədikdə müalicələr üçün ikinci seçimlər - və bu tip sidik kisəsi xərçəngi üçün təsdiqlənmiş hədəf agentlər yoxdur. 2014 -cü ildə ABŞ -da təxminən 72.000 yeni mesane xərçəngi diaqnozu qoyulacaq.

"Bu layihə sidik kisəsi xərçənglərinin molekulyar əsasları və onların digər xərçəng növləri ilə əlaqəsi haqqında anlayışımızı kəskin şəkildə yaxşılaşdırdı" dedi aparıcı müəllif John Weinstein, MD, Ph.D., professor və Bioinformatika və Hesablama Biologiyası Departamentinin sədri. Hyustondakı Texas Universiteti MD Anderson Xərçəng Mərkəzi. "Uzun müddətdə, müəyyən edilən potensial molekulyar hədəflər, hər bir xəstənin şişinin xüsusiyyətlərinə əsaslanaraq müalicəni fərdiləşdirməyimizə kömək edə bilər."

Hyustondakı Baylor Tibb Kollecində uroloji onkologiya üzrə professor və kafedra müdiri Seth Lerner, "Bu layihə ilə bağlı əsl həyəcan ondan ibarətdir ki, bizim indi müalicə və tədqiqat istiqamətləri menyumuz var" dedi. kağız. "Sahə, bu məlumatı, çox çətin bir müalicə olunan sidik kisəsi xərçənginin müalicəsində yeni irəliləyişlər əldə etmək üçün istifadə etməyə hazırdır."

Tədqiqat qrupu hələ kimyaterapiya, radiasiya və ya hər hansı bir müalicə növü ilə müalicə almamış xəstələrdən 131 əzələ-invaziv sidik kisəsi xərçənginin tədqiqindən əldə edilən DNT, RNT və protein məlumatlarını təhlil etdi. Elm adamları 32 gendə, o cümlədən əvvəllər əhəmiyyətli dərəcədə mutasiyaya uğradığı bilinməyən doqquz gendə təkrarlanan mutasiyalar aşkar ediblər. Mutasiyalar kəşf etdilər TP53 şiş nümunələrinin təxminən yarısında gen və şişlərin yüzdə 44 -də RTK/RAS yolundakı mutasiyalar və digər sapmalar (ümumiyyətlə xərçənglərdə təsirlənir). TP53 Hüceyrə bölünməsini tənzimləməyə kömək edən p53 şiş bastırıcı zülal yaradır. RTK/RAS, hüceyrələrin böyüməsini və inkişafını tənzimləməkdə iştirak edir.

Tədqiqatçılar, eyni zamanda, hüceyrələrin nüvəsindəki genlərin necə ifadə olunduğunu təyin edən DNT və zülalın birləşməsi olan xromatini tənzimləyən genlərin, sidik kisəsi xərçəngində bu günə qədər araşdırılmış digər ümumi xərçənglərə nisbətən daha tez -tez mutasiyaya uğradığını göstərdilər. Bu tapıntılar, xromatinin yenidən qurulmasında dəyişiklikləri hədəf alan müalicələrin inkişaf etdirilməsinin mümkünlüyünü göstərir.

Ümumilikdə, tədqiqatçılar qiymətləndirilən şişlərin yüzdə 69unda potensial dərman hədəflərini təyin etdilər. Onlarda tez-tez mutasiyalar aşkar ediblər ERBB2, və ya HER2, gen. Tədqiqatçılar həmçinin təkrarlanan mutasiyaları və digər genləri əhatə edən birləşmələri də müəyyən etdilər FGFR3 və PI3-kinase/AKT/mTOR yolunda, hüceyrə bölünməsinə və böyüməsinə nəzarət etməyə kömək edən və hədəflənmiş dərmanlar artıq mövcuddur.

Çünki HER2 gen və onun kodlaşdırılmış zülalı, HER2 - hüceyrə böyüməsini və inkişafını təsir edən - döş xərçənginin əhəmiyyətli bir hissəsində iştirak edən elm adamları, döş xərçənginə qarşı inkişaf etdirilən yeni agentlərin də mesane xərçəngi xəstələrinin alt qruplarını müalicə etməkdə təsirli olub olmadığını öyrənmək istərdilər.

Lerner, "Tibbi xidmətimizi təsirlənmiş orqan sistemi ətrafında təşkil etdik" dedi. "Bu xərçənglərin hər birinin təsirlənmiş orqana xas olan öz xüsusiyyətlərinə malik olduğunu düşündük. Getdikcə xərçənglərin fərqli orqanlara təsir edən bəzi fərdi xərçənglərin çox oxşar göründüyü molekulyar səviyyədə bu xətləri keçdiyini görürük. Preklinik və klinik inkişafdan keçin, ümid edirik ki, məmə xərçənglərinin yüzdə 10unu və ya mesane xərçənglərinin yüzdə 5ini müalicə etməkdənsə, hədəfin ifadə edildiyi yerdə birdən çox xərçəng növünü müalicə etməyin mənası olacaq. " Eyni mövzu, xərçəng davranışları və inkişafı haqqında daha qlobal bir anlayış əldə etmək məqsədi ilə, xərçəng növləri arasında genomik oxşarlıqları müəyyən etməyə yönəlmiş TCGA-nın Pan-Xərçəng layihəsindən keçir.

NHGRI Direktoru Eric D. Green, "Xərçənglər arasında gələcəkdə faydalana biləcəyimiz genomik ortaqlıqların olduğu getdikcə daha aydın görünür" dedi. "TCGA bizə yeni xərçəng müalicəsi inkişaf etdirmək üçün bir repertuar təqdim edir."

Elm adamları, həmçinin sidik kisəsi xərçəngi ilə potensial viral əlaqəni də aşkar etdilər. Məlumdur ki, heyvan papilloma virusları sidik kisəsi xərçənginə səbəb ola bilər. Az sayda hallarda, mesane şişlərində viruslardan - xüsusən də serviks xərçəngindən məsul olan virusun HPV16 -dan olan DNT -si aşkar edilmişdir. Bu, viral infeksiyanın sidik kisəsi xərçənginin inkişafına kömək edə biləcəyini göstərir.

Tütün sidik kisəsi xərçəngi üçün əsas risk faktorudur Bu araşdırmada təhlil edilən halların yüzdə 70-dən çoxu keçmiş və ya indiki siqaret çəkənlərdə baş verib. Bununla birlikdə, analiz siqaret çəkən və ya olmayan xəstələrdə inkişaf edən şişlər arasındakı əsas molekulyar fərqləri müəyyən etməmişdir.

Louis Staudt, "TCGA Şəbəkəsi tərəfindən sidik kisəsi xərçənginin qəti molekulyar portreti, bu xərçəng xəstəliyində mövcud və yeni terapevtik agentlərin fəaliyyətini araşdırmaq üçün bir plan təqdim edən bir çox perspektivli potensial terapevtik hədəflər ortaya çıxardı" dedi. ., NCI Xərçəng Genomikası Mərkəzinin direktoru.

TCGA məlumatları TCGA Data Portal vasitəsilə tədqiqat cəmiyyətinə sərbəst şəkildə təqdim olunur

Bu iş NIH -dən aşağıdakı qrantlar tərəfindən dəstəkləndi: U54HG003273, U54HG003067, U54HG003079, U24CA143799, U24CA143835, U24CA143840, U24CA143843, U24CA143845, U24CA1438, U24CA1438, U24CA1438, U24CA1438, U24CA1438

İstinad: Xərçəng Genomu Atlası Araşdırma Şəbəkəsi. Sidik kisəsi karsinomasının hərtərəfli molekulyar xarakteristikası. Təbiət. Online 29 yanvar 2014. DOI: 10.1038/nature12965.


TCGA sidik kisəsi xərçəngi araşdırması, potensial dərman hədəflərini, bir neçə xərçəngə bənzərliyini ortaya qoyur

Xərçəng Genom Atlası (TCGA) Tədqiqat Şəbəkəsinin tədqiqatçıları sidik kisəsi xərçənginin əsas forması üçün yeni potensial terapevtik hədəflər, o cümlədən xəstəlikdə pozulan mühüm genlər və yollar müəyyən ediblər. Onlar həmçinin aşkar etdilər ki, molekulyar səviyyədə, sidik kisəsi xərçənginin bəzi alt növləri - urotelial karsinoma kimi də tanınır - döş, baş və boyun və ağciyər xərçənginin alt növlərinə bənzəyir və oxşar inkişaf yollarını təklif edir.

Tədqiqatçıların tapıntıları, 2014 -cü ildə ABŞ -da 15.000 -dən çox ölümə səbəb olduğu təxmin edilən mesane xərçənginin altında yatan mexanizmlər haqqında əhəmiyyətli fikirlər verir. TCGA, Milli Xərçəng İnstitutu (NCI) və Milli İnsan tərəfindən birgə dəstəklənən və idarə olunan bir əməkdaşlıqdır. Genom Tədqiqat İnstitutu (NHGRI), Milli Sağlamlıq İnstitutunun hər iki hissəsidir.

“TCGA Araşdırma Şəbəkəsinin alimləri bir çox ümumi və tez-tez həll edilməyən xərçəng növlərinin genomik incəliklərini açmağa davam edir və bu tapıntılar yeni tədqiqat istiqamətlərini müəyyənləşdirir və yeni xərçəng müalicələrinin inkişafını sürətləndirir” dedi.

29 Yanvar 2014-cü il tarixində Nature jurnalında onlayn nəşr olunan bu araşdırmada tədqiqatçılar xəstəliyin ən ölümcül forması olan sidik kisəsinin əzələsini işğal edən sidik kisəsi xərçəngini araşdırdılar. Əzələ-invaziv mesane xərçəngi üçün mövcud standart müalicələr cərrahiyyə və kemoterapi ilə birlikdə şüalanmanı əhatə edir. Heç bir tanınmış ikinci sıra terapiya yoxdur - ilkin terapiya nəticə vermədikdə müalicə üçün ikinci seçimlər - və bu tip sidik kisəsi xərçəngi üçün təsdiqlənmiş hədəf agentlər yoxdur. 2014-cü ildə ABŞ-da təxminən 72.000 yeni sidik kisəsi xərçəngi diaqnozu qoyulacaq.

"Bu layihə sidik kisəsi xərçənginin molekulyar əsasları və onların digər xərçəng növləri ilə əlaqəsi haqqında anlayışımızı kəskin şəkildə yaxşılaşdırdı" dedi aparıcı müəllif John Weinstein, MD, Ph.D., professor və Bioinformatika və Hesablama Biologiyası Departamentinin sədri. Texas Universitetinin Hyustondakı MD Anderson Xərçəng Mərkəzi. "Uzun müddətdə müəyyən edilmiş potensial molekulyar hədəflər hər bir xəstənin şişinin xüsusiyyətlərinə əsaslanaraq terapiyanı fərdiləşdirməyə kömək edə bilər."

“The real excitement about this project is that we now have a menu of treatment and research directions to pursue,” said Seth Lerner, M.D., professor and chair in urologic oncology at Baylor College of Medicine in Houston, and one of the senior authors of the paper. “The field is poised to use this information to make new advances toward therapies for a very-difficult-to-treat form of bladder cancer.”

The research team analyzed DNA, RNA and protein data generated from the study of 131 muscle-invasive bladder cancer from patients who had not yet been treated with chemotherapy. The scientists found recurrent mutations in 32 genes, including nine that were not previously known to be significantly mutated. They discovered mutations in the TP53 gene in nearly half of the tumor samples, and mutations and other aberrations in the RTK/RAS pathway (which is commonly affected in cancers) in 44 percent of tumors. TP53 makes the p53 tumor suppressor protein, which helps regulate cell division. RTK/RAS is involved in regulating cell growth and development.

The investigators also showed that genes that regulate chromatin — a combination of DNA and protein within a cell’s nucleus that determines how genes are expressed — were more frequently mutated in bladder cancer than in any other common cancer studied to date. These findings suggest the possibility of developing therapies to target alterations in chromatin remodeling.

Overall, the researchers identified potential drug targets in 69 percent of the tumors evaluated. They found frequent mutations in the ERBB2, or HER2, gene. The researchers also identified recurring mutations as well as fusions involving other genes such as FGFR3 and in the PI3-kinase/AKT/mTOR pathway, which help control cell division and growth and for which targeted drugs already exist.

Because the HER2 gene and its encoded protein, HER2 — which affects cell growth and development — are implicated in a significant portion of breast cancers, scientists would like to find out if new agents under development against breast cancer can also be effective in treating subsets of bladder cancer patients.

“We’ve organized our medical care around the affected organ system,” Dr. Lerner said. “We have thought of each of these cancers as having its own characteristics unique to the affected organ. Increasingly, we are finding that cancers cross those lines at the molecular level, where some individual cancers affecting different organs look very similar. As targeted drug agents go through preclinical and clinical development, we hope that rather than treating 10 percent of breast cancers or 5 percent of bladder cancers, it eventually will make sense to treat multiple cancer types where the target is expressed.” The same theme runs through TCGA’s Pan-Cancer project, which is aimed at identifying genomic similarities across cancer types, with the goal of gaining a more global understanding of cancer behavior and development.

“It is increasingly evident that there are genomic commonalities among cancers that we can take advantage of in the future,” said NHGRI Director Eric D. Green, M.D., Ph.D. “TCGA is providing us with a repertoire of possibilities for developing new cancer therapeutics.”

The scientists also uncovered a potential viral connection to bladder cancer. It is known that animal papilloma viruses can cause bladder cancer. In a small number of cases, DNA from viruses — notably, from HPV16, a form of the virus responsible for cervical cancer — was found in bladder tumors. This suggests that viral infection can contribute to bladder cancer development.

Tobacco is a major risk factor for bladder cancer more than 70 percent of the cases analyzed in this study occurred in former or current smokers. However, the analysis did not identify major molecular differences between the tumors that developed in patients with or without a history of smoking.

“The definitive molecular portrait of bladder cancer by the TCGA Network has uncovered a promising array of potential therapeutic targets that provides a blueprint for investigations into the activity of existing and novel therapeutic agents in this cancer,” said Louis Staudt, M.D., Ph.D., director, NCI Center for Cancer Genomics.

TCGA data are freely available prepublication to the research community through the TCGA Data Portal and .

To date, TCGA Research Network has published analyses on these cancers:

This work was supported by the following grants from NIH: U54HG003273, U54HG003067, U54HG003079, U24CA143799, U24CA143835, U24CA143840, U24CA143843, U24CA143845, U24CA143848, U24CA143858, U24CA143866, U24CA143867, U24CA143882, U24CA143883, and U24CA144025.

The TCGA Research Network consists of more than 150 researchers at dozens of institutions across the nation. A list of participants is available at http://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview. More details about The Cancer Genome Atlas, including Quick Facts, Q&A, graphics, glossary, a brief guide to genomics and a media library of available images can be found at http://cancergenome.nih.gov.

NCI leads the National Cancer Program and the NIH effort to dramatically reduce the prevalence of cancer and improve the lives of cancer patients and their families, through research into prevention and cancer biology, the development of new interventions, and the training and mentoring of new researchers. For more information about cancer, please visit the NCI website at http://www.cancer.gov or call NCI's Cancer Information Service at 1-800-4-CANCER (1-800-422-6237).

NHGRI is one of the 27 institutes and centers at the National Institutes of Health. The NHGRI Extramural Research Program supports grants for research and training and career development at sites nationwide. Additional information about NHGRI can be found at http://www.genome.gov.

About the National Institutes of Health (NIH): NIH, the nation's medical research agency, includes 27 Institutes and Centers and is a component of the U.S. Department of Health and Human Services. NIH is the primary federal agency conducting and supporting basic, clinical, and translational medical research, and is investigating the causes, treatments, and cures for both common and rare diseases. For more information about NIH and its programs, visit www.nih.gov.

NIH&hellipTurning Discovery Into Health ®

İstinad

The Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive molecular characterization of urothelial bladder carcinoma. Təbiət. Online January 29, 2014. DOI: 10.1038/nature12965.


Nəticə

Recent advances in cancer screening and next-generation sequencing technology have set the stage for an unprecedented opportunity to characterize the genomic alterations associated with premalignant disease progression. While TCGA has provided us with a comprehensive catalog of driver genes for each tumor type, the sequence of these genomic events that characterize the progression of premalignant lesions to invasive cancer remains to be unraveled. In addition, we know little about how changes in the immune cells and premalignant microenvironment contribute to disease initiation and progression. Comprehensive profiling of genomic and microenvironment changes that occur longitudinally in premalignant lesions as they progress towards (or regress away from) invasive cancer, a “Pre-Cancer Genome Atlas (PCGA),” will provide novel targets for disease interception that can be used to both develop early detection biomarkers as well as enable personalized therapeutic approaches. Creation of this PCGA will require a multi-institutional and multidisciplinary collaborative big-data “pre-cancer moonshot” effort (consistent and aligned with the recent Obama/Biden initiative) to collect, annotate, and profile premalignant lesions across multiple tumor types. This initiative will also require development of novel high-throughput functional screens in the premalignant in vitro setting as well as in vivo models of premalignancy to test the functional role of candidate genes and immune cell types. Ultimately, the PCGA will help usher in a new era of precision medicine for cancer detection and prevention.