Məlumat

Temperatur zülalların parçalanma sürətinə necə təsir edir?

Temperatur zülalların parçalanma sürətinə necə təsir edir?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Kompüter modelləşdirmə məqsədləri üçün istiliyin biyokimyəvi reaksiyalara təsir (lər) inin bəzi kəmiyyət ölçülərini axtarıram.

Sual

Xüsusilə sualım belədir:

Temperatur zülalların parçalanma sürətinə necə təsir edir?

Sualımın əhatə dairəsini azaltmaq

Sualım çox fərqli ola bilər, çünki fərqli meylləri çəkmək üçün fərqli zülalların temperatura necə reaksiya verəcəyi ilə bağlı çox fərq var. Əgər belədirsə, cavab vermək istəyən kimsə sualı transkripsiya faktoruna, Ümumi Transkripsiya Faktoruna (GTF) və ya hətta TFIIA-ya endirə bilər.


Mən axtarmıram…

Mən temperaturun bu prosesə necə təsir etdiyinə dair nəzəri izahat axtarmıram (Maksvell-Boltzman paylanmasında və Michaelis-Menten tənliyində göstərilən aktivləşmə enerjisinin əhəmiyyəti haqqında əsas anlayışım var).

Axtarıram…

Mən simulyasiya etmək istədiyim prosesə müxtəlif temperaturların təsirini daxil etmək üçün alqoritmlərimə qoşula biləcəyim funksiya axtarıram. Mən orta standart eukariotdan orta gen şəbəkəsini simulyasiya etmək istəyirəm. Başqa məqsədlə mayadan gələn parametr dəyərlərini seçdim. Kimi bir indeks Q10 çox faydalı olardı.

Oxşar artıq cavablandırılmış sual

Oxşar suallar burada və burada verilmiş və cavablandırılmışdır


Bu, əlaqəli suallarınızın üçü üçün ümumi bir cavabdır:

  • Bu bir
  • Temperatur zülal dövriyyəsinin sürətinə necə təsir edir?
  • Transkripsiya sürətinə temperatur necə təsir edir?

Madam ki, siz dediniz:

Ani bir temperatur dəyişikliyindən və ya temperatur baxımından müvəqqəti olaraq heterojen bir mühitdən sonra genetik memarlığın təkamülünü təqlid etmək istəyirəm.

Bu kağızı görməlisiniz. Böyümə sürətinin temperaturdan asılılığını araşdırdılar. Bu fərqli orqanizmlər üçün ölçüldü (bütün poikilotermlər).

Bu rəqəmə baxın:

Şəkil S1 Dell və s. 2011. PNAS

Mantarların radial artım sürətinin unimodal termal cavabı (m/(koloniya*s)). Yaşıl və qəhvəyi əyrilər, Boltzmann-Arrhenius modelinə (Eşitlik 1) görə, yüksəliş və enmə komponentləri olan məlumatların alt kümesi üçün OLS geriləmələridir. Bu komponentlər Materiallar və Metodlarda təsvir olunan alqoritmlə çıxarılmışdır. Bu xüsusi cavab üçün artım, alqoritm tərəfindən ən yüksək 4 temperaturda və ən aşağı 5 temperaturda ölçüləri çıxarmaqla əldə edildi. Mavi əyri Johnson & Lewin modelinə (SI Metodları) ən yaxşı uyğun gəlir (1). Göstərilən dəyərlər müvafiq cavab komponentləri üçün 95% etibarlılıq intervalları ilə təxmin edilən aktivləşdirmə enerjiləridir. Nöqtəli şaquli oxlar T üçün təxmin edilən temperaturlardırseçmək - əlamət dəyərinin optimal olduğu temperatur - birbaşa metoddan (qırmızı) və Johnson & Lewin modelindən (mavi) hesablanır. Ətraflı məlumat üçün SI-ə baxın. Məlumatlar Fargues et al. (9)

Gördüyünüz kimi, əyri əyridir. T əyrisinin sol tərəfiseçmək aktivasiya enerji modelini izləyir (Arrhenius/Boltzmann). Sağ tərəf, rəqəmdəki əfsanədə modelə də uyğun olduğunu söyləsələr də, mənə elə gəlir ki, fenomen bir qədər fərqlidir. Döngənin dikliyi bəlkə də fermentin aktiv sahəsinin denatürasiyası və buna görə də aktivliyin itirilməsi ilə əlaqədardır. Fərqli fermentlər üçün denatürasyon kinetiği fərqli ola bilər.

Bu yazının müəllifinə təsadüfən rast gəldim və bu şəkildə bu əsərlə tanış oldum. Doğru yarı dikliyin ferment denaturasiyası səbəbindən ola biləcəyinə razılaşdı.

Bir termofilin proteazomunun fəaliyyətinin temperaturdan asılılığından bəhs edən bu məqaləyə də nəzər salın (eyni prinsiplər mezofillər üçün də tətbiq olunur).

Məqalənin Şəkil 2:

Normallaşdırılmış Cbz-Ala-Ala-Leu-pNA (dolu kvadratlar) təmizlənmiş doğma və (dolu dairələr) 70 ° C istiliklə təmizlənmiş rekombinant (α + β) Mj proteazomunun hidroliz aktivliyi. Rekombinant aktivliyi yerli fəaliyyətə normallaşdırmaq üçün 1.92 çarpanı istifadə edilmişdir. Doğma nümunə üçün səhv çubuqları, üçlü testlər üçün bir standart sapmanı təmsil edir. Ölçülmüş temperatur xətaları ±2°C olmuşdur.

Alt xətt (Şərhlərimdən)

Fermentlərin ən optimal səviyyədə olduğunu güman edə bilərsiniz. Kimyəvi termodinamik tənliklərdən istifadə edərək, temperaturun artması (zülal denatürasiyası) nəticəsində qamma/chi kvadrat və ya eksponensial funksiya (yaxud denaturasiya kinetikasında quraşdırılmış funksiya) və aşağı temperaturun təsiri kimi fəaliyyət itkisini modelləşdirə bilərsiniz. Amma məsələ ondadır ki, biz onların optimal vəziyyətdə olub-olmadığını və ya hər birinin müxtəlif temperaturlarda necə çıxış edə biləcəyini bilmirik.


Temperaturun Hüceyrə Membranlarına Təsiri

Membranın keçiriciliyinə temperaturun təsiri də daxil olmaqla membran quruluşunu araşdırmaq.

Müstəqil dəyişən

Su banyosunda suyun temperaturu (Celsius dərəcə)

Asılı dəyişən

Nəticədə məhlul vasitəsilə işığın ötürülməsi faizi

Nəzarət Dəyişənləri

  • Hər dəfə qaynar boruları doldurmaq üçün distillə edilmiş su miqdarı - 10 sm³ distillə edilmiş su istifadə edilməlidir
  • Suda qalan vaxt - çuğunduru olan hər qaynar borunu 30 dəqiqə buraxın
  • Çuğundur parçasının ölçüsü – 1 sm uzunluğunda silindrik çuğundur parçalarını kəsmək üçün xətkeş və bıçaqdan istifadə edin
  • İstifadə olunan kolorimetr - hər dəfə eyni mavi/yaşıl rəngdə eyni udma qabiliyyətini ölçməklə eyni kolorimetr istifadə edilməlidir. Hər dəfə distillə edilmiş su ilə kalibrləmə aparılmalıdır
  • Çuğundur həllinin həcmi - hər dəfə küvetə 2 sm³ çuğundur məhlulu əlavə edilməlidir.

Niyə Beetroot istifadə etməlisiniz?

Çuğundur hüceyrələrində vakuollarında betalain adlanan piqment var. Çuğundurda temperaturun hüceyrə membranlarına təsirini bu piqmentin sızmasını müşahidə etməklə müşahidə edə bilərik ki, bu da hüceyrə membranının zəiflədiyini göstərir. Betalainlər bu vəziyyətdə tünd bənövşəyi rəngdə görünür.

Bir çuğundur hüceyrəsinin diaqramı

Avadanlıq

  • Çiy çuğundur
  • Ölçü 4 mantar delikli
  • Ağ kafel
  • Bıçaq
  • Hökmdar
  • Beher
  • Forseps
  • Pipet
  • Su hamamları
  • Qaynayan borular
  • Termometrlər
  • Küvetli kolorimetr
  • Saniyəölçən
  • Distillə edilmiş su
  • Kağız/toxuma süzün

Nəzarət

Çuğundur parçasını otaq temperaturunda 10 sm³ distillə edilmiş suda saxlamaq nəzarət nəticələrini təmin edə bilər.

Metod

  1. Ağ bir kafel üzərində 8 x 1 sm uzunluğunda çuğundur silindrini kəsmək üçün mantar dəliyi və bıçaq istifadə edin.
  2. Bütün kəsilmiş parçaları distillə edilmiş su ilə bir şüşəyə qoyun və çuğundur kəsildikdə buraxılan hər hansı bir boyanı (betalainləri) çıxarmaq üçün bir gecədə buraxın.
  3. 8 ədəd çuğunduru yuyun və qurudun (filtr kağızı və ya salfet ilə).
  4. 8 qaynar boruya hər birinə 10 sm³ distillə edilmiş su doldurun və onları müxtəlif temperaturda (məsələn, 0°C, 10°C, 20°C, 30°C, 40°C, 50°C, 60°C) 8 ayrı su hamamına qoyun. , 70°C).
  5. İstədiyiniz temperaturda bir qaynar boruya bir parça çuğundur əlavə edin və 30 dəqiqə buraxın.
  6. Çuğundur parçalarını bir cüt forseps ilə yumşaq bir şəkildə çıxarın və sonra boyanı dağıtmaq üçün borularla silkələyin.
  7. Mavi/yaşıl filtrdə udma faizi üçün kolorimetr təyin edin. Bir küveti əvvəlcədən distillə edilmiş su ilə dolduraraq kalibr edin, sonra yeni bir küvetə ilk temperaturdan 2 sm³ çuğundur məhlulu əlavə edin.
  8. Faiz absorbsiyasını oxumaq üçün bu küveti kolorimetrə qoyun. Bütün digər parçalar üçün bunu təkrarlayın.

Nəticələr və Hesablamalar

Kolorimetrdə hər bir çuğundur məhlulu üçün faiz ötürülməsini əldə etmək üçün aşağıdakı tənliyi istifadə edə bilərik:

Faiz ötürülməsi = 100 – faiz udma

Qeydlər müvafiq cədvəldə, eləcə də qrafikdə qeyd oluna bilər.

Nəticə

Temperatur artdıqca, ötürülmə faizi bir qədər çox artdığı bir nöqtəyə qədər artdı.

Betalain piqmenti çuğundur hüceyrələrinin vakuolunda idi. Hüceyrə membranı bir maneə kimi hüceyrənin tərkibini ehtiva edir. Hüceyrə membranı fosfolipid iki qatlı və zülal molekullarından ibarətdir. Bu zülallar əlaqəli amin turşularından ibarətdir. Zülal içərisində olan hidrogen bağları, 3D şəklini təyin edir. Ancaq istilik artdıqca, ayrı -ayrı atomların kinetik enerjisinin artması səbəbindən hidrogen bağları zəiflədi. Daha böyük kinetik enerji, betalainlərin sızması üçün fosfolipid iki qatında daha çox boşluq yaratdı. Müəyyən bir nöqtədə, pozulmuş hidrogen bağları zülalların formasını dəyişdirməyə və denatürasiyaya səbəb oldu - hüceyrə membranında daha böyük dəliklər buraxdı. Bu, daha çox miqdarda betalainlərin membrandan sızdığı və məhlulun daha güclü rənglənməsidir. Xülasə olaraq, temperaturun artması daha çox piqmentin diffuziya yolu ilə sızmasına imkan verən hüceyrə membranının daha da məhv edilməsinə səbəb oldu.


Giriş seçimləri

1 il ərzində jurnala tam giriş əldə edin

Bütün qiymətlər NET qiymətləridir.
ƏDV daha sonra ödəniş zamanı əlavə olunacaq.
Vergi hesablanması ödəniş zamanı yekunlaşacaq.

ReadCube -də vaxt məhdud və ya tam məqalə əldə edin.

Bütün qiymətlər NET qiymətləridir.


Proteazom

Proteazom ümumi molekulyar çəkisi təxminən 2,5 MDa 3,4 olan ən azı 33 alt bölmədən ibarət böyük silindrik hissəcikdir. Proteazomun bir qədər fərqli funksiyaları yerinə yetirən bir neçə variantı var. Məsələn, immunitet sisteminin hüceyrələri hüceyrə səthində nümayiş üçün peptidlər istehsal edən proteazomun xüsusi bir formasını ehtiva edir 5 . Biz bütün hüceyrələrdə olan və tənzimləyici zülalların spesifik deqradasiyasına və zədələnmiş zülalların çıxarılmasına cavabdeh olan proteazomun versiyasına diqqət yetirəcəyik. 26S proteazomu adlanan bu forma bir və ya hər iki ucunda 19S tənzimləyici hissəcik 3,4 ilə örtülmüş 20S əsas hissəcikdən ibarətdir (Şəkil 1a). Bakteriyalarda bir sıra ATP-dən asılı proteazlar proteazomla ümumi struktur dizaynı paylaşır və ekvivalent funksiyaları yerinə yetirir (şəkil 1b). Proteazom və bu bakterial proteazlar uzaqdan əlaqəlidir və AAA+ zülalları qrupuna aiddir (müxtəlif hüceyrə fəaliyyətləri ilə əlaqəli ATPazalar).

Eukaryotik proteazomun və bakterial ClpAP proteazının ümumi quruluşu.

İki proteaz ümumi bir quruluşa malikdir. Proteaz sahələri, proteolitik kameraya girişi tənzimləyən və ATPaz hexamerik halqa ehtiva edən tənzimləyici hissəciklərlə örtülmüş olan əsas hissəciyin daxili kamerasına basdırılır.

A: Eukaryotik 26S proteazomunun yan kəsiyi. 20S əsas hissəciyi 19S tənzimləyici hissəciklərlə əhatə olunmuşdur və proteolitik sahələr 20S əsas hissəciyinin β-halqalarında yerləşir. İskele zülalları Rpn1 və Rpn2, ubiquitin reseptorları Rpn10 və Rpn13 və ATPase halqasını əhatə edən halqalar təsvir edilmişdir. Aydınlıq üçün yalnız bir döngə dəsti göstərilmişdir.

B: ClpAP proteazının yan-on kəsiyi Escherichia coli. ClpP proteolitik sahələri ehtiva edir və hər iki ucu da ClpA ATPase halqası ilə bağlanır.

20S əsas hissəciyi, silindrik bir quruluş 3 meydana gətirmək üçün yığılmış dörd heptamerik halqadan ibarətdir. Xarici iki halqa α alt hissələrindən, daxili iki halqalar isə mərkəzi boşluqdakı proteolitik aktiv sahələri ehtiva edən β alt hissələrindən ibarətdir (Şəkil 1a). Deqradasiya kamerasına nüvə hissəciyinin uzun oxu boyunca uzanan kanal vasitəsilə çatmaq olar. Kanalın girişi dardır, təxminən 13 Å 6,7 , belə ki, qatlanmış zülallar 20S nüvə hissəciyinə köçürülməzdən və parçalanmadan əvvəl ən azı qismən açılmalıdır 8 .

19S tənzimləyici hissəcik qapaq və baza olmaqla iki alt kompleksə bölünmüş ən az 19 alt hissədən ibarətdir. Tənzimləyici hissəcik ATPase alt bölmələrini ehtiva edir, deqradasiya kanalına giriş qapılarıdır və substratın tanınmasında, açılmasında və 20S nüvəli hissəcik 4,5 -ə çevrilməsində rol oynayır (Şəkil 1a).


DOM fotodegradasiyasının kəmiyyət göstəriciləri

DOM fotodeqradasiyasının su sütunu dərəcələri (Şəkil 2) dalğa uzunluğundan asılı olan üç proseslə idarə olunur: (1) suyun səthinə çatan günəş işığının miqdarı, (2) suda CDOM ilə günəş işığının udulma dərəcəsi və (3) görünən kvant məhsuldarlığı (AQY), bu, DOM fotolabilliyini CDOM tərəfindən udulmuş fotonların hər moluna görə əmələ gələn məhsulun molları kimi kəmiyyətləndirir.

DOM fotodeqradasiyasının su sütununun sürəti iki spektrin inteqrasiya olunmuş məhsuludur: günəş işığının CDOM tərəfindən udulması (günəş işığı = UV plus fotosintetik aktiv şüalanma (PAR) şüalanma mol fotonları m −2 d −1 ), bu da suya foton axınından asılıdır. su sütununda CDOM tərəfindən udulan günəş işığının payı (işığın sönməsi, udulan ümumi işığa nisbətən CDOM uduran işığın miqdarından çoxdur, aCDOM,λ/at,λ) və müəyyən bir fotokimyəvi məhsul üçün AQY (ϕλ məsələn, mol CO2 fotomineralizasiya üçün CDOM tərəfindən əmilən hər mol foton). AQY, DOM-un “fotolanabilmə qabiliyyətinin” ölçüsüdür və ya fotokimyəvi dəyişikliyin asanlığı, məsələn, DOM-un CO-yə fotominerallaşması üçün yüksək AQY-dir.2 CO -ya çevrilmək üçün DOM -un yüksək fotolabiliyi deməkdir2 günəş işığı ilə.

Foton axını (E.0,λ)

Su sütununda fotodeqradasiyaya uğramış DOM miqdarı ümumiyyətlə günəş işığının suyun səthinə çatması ilə artır (Cory et al. 2015). Su səthindəki günəş işığı, birbaşa və diffuz fotonların spektri olaraq təmsil olunur (E.0,λ Şəkil 2-də, mol fotonlarda m −2 vaxt −1 nm −1 dalğa uzunluğu) enlikdən, tarixdən, günün vaxtından (yəni günəşin zenit bucağından), yüksəklikdən (Leifer 1988) və bulud örtüyündən (Bernhard 2011) asılıdır. . Yerdən və atmosfer tərkibindən asılı olaraq, UV və görünən işığın spektral paylanması aydın səma şəraitindən fərqlənir, çünki buludlar və ya hissəciklər mövcud olduqda aşağı enən işığın bir hissəsi diffuz olur. Xüsusilə UVB spektri üçün açıq səma şəraitindən sapmaları qiymətləndirərkən böyük qeyri -müəyyənliklər ola bilər (Bernhard 2011), çünki CDOM tərəfindən işığın udulması və DOM fotodegradasiyasının səmərəliliyi UVB diapazonunda ən yüksəkdir (White et al. 2003 Osburn et al. 2009).

Səth sularında fotonların taleyi

Su səthindən əks olunduqdan sonra, əksər fotonların taleyi CDOM tərəfindən udulmalıdır (Williamson et al. 1996). CDOM konsentrasiyası çox vaxt UV və ya ultrabənövşəyi şüaları çayın və ya gölün dibinə çatana qədər udmaq üçün kifayət qədər yüksəkdir, aşağı CDOMlu sularda isə dibə çatan işıq yenidən su sütununa əks olunur (yəni yüksələn radiasiya). İşığın udulma dərəcələri artan CDOM konsentrasiyaları ilə və digər sulu komponentlərlə müqayisədə CDOM tərəfindən udulmuş işığın payı ilə artır (aCDOM,λ/at,λ Şəkildə 2 Cory et al. 2015). Günəş işığının CDOM tərəfindən udulan hissəsi 280 nm və 400 nm arasındakı dalğa uzunluqları üçün çox vaxt ∼ 1.0 olur (Cory et al. 2014). Yerüstü mənşəli DOM-un yüksək yüklərini qəbul edən sularda CDOM görünən işığın udulmasına da əhəmiyyətli dərəcədə kömək edə bilər (Williamson et al. 1996 Cory et al. 2015). Əksinə, aşağı CDOM və ya bulanıq sularda, CDOM tərəfindən udma, xüsusilə görünən diapazonda hissəciklər tərəfindən udulmadan aşağı ola bilər (Cory et al. 2013, 2014).

CDOM tərəfindən işığın udulması fotokimyəvi reaksiyaları başlatır və fotodegradasiya dərəcələrini hesablamaq və fərqli şərtlər və ya sistemlər arasında DOM fotolabiliyini müqayisə etmək üçün kəmiyyətləndirilməlidir. DOM-un fotoşəkil qabiliyyəti, AQOM (ϕ) adlanan CDOM tərəfindən udulan bir fotondan yaranan hər hansı bir məhsulun dalğa uzunluğundan asılı olan səmərəliliyidir.λ, Şəkil 2). DOM-un fotomineralizasiyası üçün AQY-lər təxminən < 1 mmol CO arasında dəyişir2 mol -1 fotonları & gt 3 mmol CO2 350 nm-də mol −1 fotonlar (Vähätalo et al. 2000 Johannessen and Miller 2001 Osburn et al. 2009 White et al. 2010 Cory et al. 2014 Koehler et al. 2014 Vachon et al. 2016), bu reaksiya &1-dir. əmələ gələn hər bir foton üçün effektivdir.

Hər hansı bir xüsusi fotokimyəvi reaksiya üçün aşağı effektivliyə baxmayaraq, CDOM "fotoağartma" adlanan günəş işığının udulması ilə istehlak olunur. Ümumi bir səhv fikir, yalnız CDOMun işıqla pozulduğudur, ancaq CDOM tərəfindən işığın udulması xromoforun fotodegradasiyasını təşviq edir. qeyri-xromoforik DOM hovuzlarını, ehtimal ki, reaktiv oksigen növlərini (ROS) və radikal ara məhsulları əhatə edən bir sıra dolayı fotokimyəvi reaksiyalar vasitəsilə (Andrews et al. 2000 White et al. 2003, 2010 Cory et al. 2010 Page et al. 2014). İşığın udulması həm aromatik CDOM, həm də alifatik DOM-u pisləşdirə bilər (Gonsior et al. 2009 Cory et al. 2010 Stubbins et al. 2010 Ward et al. 2014 Ward and Cory 2016).


Müzakirə

Protein dövriyyəsinin əhəmiyyəti 80 il əvvəl qəbul edilmişdir (Hinkson & Elias, 2011). PSILAC təcrübələri nəticəsində əldə edilən məlumatlar (Pratt və b, 2002 Schwanhausser və b, 2009, 2011) hüceyrələrin proteostaz prosesini necə tənzimlədiyini kəşf etməyə kömək etdi (Eichelbaum & Krijgsveld, 2014 Jovanovic və b, 2015 Liu və b, 2017a). Bir hüceyrə sistemində sabit bir vəziyyətdə, sabit protein konsentrasiyası zülal sintezi ilə parçalanma arasındakı tarazlığın nəticəsidir (Dephoure və b, 2014 Döyüş və b, 2015 Liu və b, 2016). Sabit vəziyyətlər arasında nisbi bir müqayisədə, mRNA qat dəyişikliyinin transkripsiya tənzimləmə cəhdini, zülal parçalanmasının isə post-translational tənzimləmə cəhdini göstərdiyini düşünmək olar (Liu və b, 2017a, 2019 Martin-Perez & Villen, 2017). Bu səbəbdən, bu araşdırmada protein parçalanması ilə mRNA bolluqları arasındakı əlaqənin mürəkkəbliyini açmağa diqqət etdik.

Tək bir gen şablonu, məsələn, mRNA AS izoformlarının tərcüməsi ilə onlarla protein izoformuna səbəb ola bilər. Protein izoformlarının onların funksiyalarına və tənzimləmə modellərinə təsir edə biləcək kəskin şəkildə fərqli sabitliklər göstərə biləcəyi fərz edilirdi (Hinkson & Elias, 2011 Zecha). və b, 2018). Bu baxımdan, AS izoform qətnaməsi ilə korrelyasiya təhlili verdik. HeLa hüceyrələrinin istifadəsi zülal sabitliyinə təsir etdiyi bilinən SNP və fərdi genomik mutasiyalar kimi qarışıqlıq yaradan amilləri qismən aradan qaldırır (Wang & Moult, 2001 Reumers və b, 2005 Greig və b, 2015 Milenkovic və b, 2018). Zülallar demək olar ki, əksər hüceyrə funksiyalarını yerinə yetirdikləri üçün, gələcək analizlər hüceyrədə neçə və hansı alternativ transkriptin tərcümə edildiyini və sabitləşdiyini cavablandırmaqla AS izoformlarının hüceyrə rolunu əsaslandırmaq üçün son dərəcə faydalı olacaqdır (Floor & Doudna, 2016 Weatheritt və b, 2016 ).

Geniş istifadə olunan aşağıdan yuxarı MS üsullarının (Aebersold & Mann, 2016) mövcud həssaslıq səviyyəsi, təkrar istehsal olunma qabiliyyəti və iş prinsipi AS protein məhsullarını təhlil etməkdə daha az səmərəli görünür (Smith & Kelleher, 2013 Abascal və b, 2015 Tress və b, 2017b Wang və b, 2018b Chaudhary və b, 2019). Əvvəlki genişmiqyaslı proteomik təcrübələr, tez-tez az bol, müvəqqəti, qorunan və funksional annotasiyada incə olan AS formalarının yalnız qısa siyahısını müəyyən etdi (Zhu. və b, 2014 Tres və b, 2017a). Bu araşdırmada, əvvəlcə, SRM kimi oxşar bir kəmiyyət tutarlılığı təmin edən, lakin yüzlərlə peptidin aşkarlanmasının kənarında olan analitik miqyasda DIA-MS-in peptid mərkəzli analizini tətbiq etdik. və b, 2012 Rost və b, 2015 Blencowe, 2017 Bruderer və b, 2017 Tress və b, 2017b Amon və b, 2019 Mehnert və b, 2019) və layiqli həssaslıq təmin edir (yəni, əvvəlki hesabatla müqayisədə 2,5 dəfə daha çox peptid aşkar edilmişdir). İkincisi, izoform qruplarının siqnallarını müəyyən etmək və ölçmək üçün mRNA bolluğuna yönəlmiş bir yanaşmadan istifadə etdik. Bununla birlikdə, DIA-MS kimi ən çox təkrarlanan MS texnikaları ilə belə, AS izoform müxtəlifliyini proteomika ilə analiz etməyin ən böyük maneəsi hələ də həssaslıq həddidir. Məsələn, son sərtliyi istifadə etsək və yalnız bir fərqli izoformu ayırd edə bilən unikal proteotipik peptidləri qəbul etsək (yəni izoform qrupuna icazə verilmir), DIA məlumatları ilə çoxlu AS hadisələri olan cəmi 30 geni xəritəyə qoya bilərik. AS peptidlərinin transkript bolluğuna yönəldilmiş aşkarlanması ekzonları yalnız nəzərəçarpacaq oxuma sayları ilə aşkar etməyə imkan verir (Lau və b, 2019). Bundan əlavə, AS-nin transkriptinin bolluğuna yönəldilmiş kəmiyyəti daha geniş funksional annotasiyaya imkan verir.

Əhəmiyyətli olaraq, bu işdə, pSILAC analizi kimi proteomikləri etiketləməkdə DIA-MS-in tam inkişafını tətbiq etdik. Daha əvvəl göstərmişik ki, DIA-MS-in yüksək təkrarolunmazlığı (SWATH-MS ilə nümunə göstərilir) pSILAC təcrübəsinin səmərəliliyini artırdı, çünki nəbz təqib etmə vaxtı kursu müntəzəm olaraq bir neçə nümunəni əhatə edir (Rost və b, 2016 Liu və b, 2017a, 2019). Burada, pSILAC-DIA yanaşmasını daha da qurmaq üçün biz (i) ISW (ii) hər iki DİA-dan çatışmayan etiketləmə kanallarının avtomatik yaradılması ilə erkən nəbz təqibi vaxt nöqtələrində ağır izotop siqnalların aşkarlanmasını yaxşılaşdıran iş axını inkişaf etdirdik. və DDA məlumatları (iii) identifikasiyadan sonrakı xüsusiyyətin uyğunlaşdırılmasına ehtiyac olmadan uyğunlaşdırılmış H/L elüsyonu. Biz birbaşa pSILAC-DIA yanaşmasının pSILAC-MS1 (Schwanhausser) kimi alternativ metodlardan daha yaxşı kəmiyyət dəqiqliyi və zəngin kəmiyyət xüsusiyyətləri təklif etdiyini göstərdik. və b, 2011 Mathieson və b, 2018) və ya pSILAC-TMT analizi (McAlister və b, 2014 Welle və b, 2016 Savitski və b, 2018 Zecha və b, 2018 ) eləcə də diqqətəlayiq çeviklik və potensial. Gələcək pSILAC tədqiqatlarında yanaşmamızın geniş istifadə ediləcəyini gözləyirik. Daha geniş mənada, yaxın gələcəkdə DİA ölçməsinin çoxşaxəliliyinin artırılmasına ciddi ehtiyac olacağını təklif edirik (Wu və b, 2014 Di və b, 2017 Liu və b, 2017a, 2019). Nümunə edilmiş ISW və etiketli iş axınları bu ehtiyacı ödəmək üçün faydalı olacaq.

mRNT ilə bioloji əlaqəni parçaladıq kzərər iki açıdan: mütləq və nisbi (Liu və b, 2016). Mütləq əlaqənin mRNA və zülal konsentrasiyalarından çox asılı olduğunu gördük. Məsələn, mitoxondrial ribosomda və matrisdə əsas deqradasiya dərəcələrinin heterojenliyi əsasən onların gen ifadə səviyyələrinin dərəcəsi ilə izah edilə bilər. Nisbi mRNA -nı profilləşdirərək -kzərər korrelyasiya ilə, HeLa CCL2 və Kyoto hüceyrələri arasında əhəmiyyətli bir protein parçalanma fərqi olan GOBP və GOCC -ləri kəşf etdik. Əhəmiyyətli olaraq, bu proseslərdə iştirak edən bir çox genin, xüsusən də mRNA-nın yuxarı və ya aşağı tənzimlənməsi fərqli sabit vəziyyətlər arasında təyin edildikdə, "tercihen tənzimlənən" dövriyyə hadisələrini proqnozlaşdırmaq üçün bir siyahı olaraq xidmət edə biləcəyini gözləyirik. Bu, sabit protein mürəkkəbliyi, şaperon şəbəkələri və ubiquitindən asılı yollarda iştirak kimi zülal deqradasiyasının molekulyar əsaslarının qorunması ilə bağlıdır (Kembridge və b, 2011 Bhattacharyya və b, 2014 Liu və b, 2017a Martin-Perez və Villen, 2017).

Təhlilimiz suborqanel miqyasında zülalın deqradasiyasının müxtəlifliyini göstərən iki nümunəni ortaya çıxardı: 20S proteazom alt bölmələrinin tampon deqradasiyası (lakin 19S deyil) və mitoribosomun böyük alt bölmələrinə tamponlama təsiri (lakin kiçik alt bölmə deyil). Qeyd edək ki, bu əhəmiyyətli proteostaz fərqləri nisbi korrelyasiya təhlilindən əldə edilir və gen ifadə səviyyələrindən sıx şəkildə asılı olma ehtimalı azdır. Bir neçə hesabatda iki proteazom alt bölməsinin diferensial sabitliyi göstərilmişdir (Mathieson və b, 2018). Becher və b (2018) MS tərəfindən termal proteom profilləşdirmə strategiyasından istifadə etdi və bildirdi ki, hüceyrə dövrü ərzində proteazom 19S tənzimləyici alt-kompleksin zülal alt dəstində fərqli sabitlik və bolluq dəyişikliyi göstərmişdir. Bənzər bir yanaşmadan istifadə edərək, Volkening və b (2019), tənzimləyici 19S kompleksinin daha az protein ərimə temperaturuna və daha yüksək konformasiya elastikliyinə sahib olduğunu bildirdi. 19S və 20S alt vahidlərinin sabitliyi funksiyaları ilə sıx əlaqələndirilə bilər: 20S zülalının əsas alt vahidi yüksək səviyyədə qurulmuşdur, halbuki 19 tənzimləyici bazası və qapağı müxtəlif funksiyaları olan zülallardan ibarətdir, məsələn, ubiquitinin tanınması və protein daşınması (Volkening) və b, 2019). Ardıcıl olaraq, nəticəmiz, xərçəng hüceyrələri arasında 20S varyasyonunun əhəmiyyətli dərəcədə zülal parçalanması ilə tamponlandığını göstərir və bu da istilik sabitliyi profilinin nəticələrini gücləndirir. Mitoribosom mitoxondriya daxilində protein sintezini həyata keçirir (Greber & Ban, 2016). Verdiklərimiz, aşağı mRNA -ya malik olan mitoribosom kiçik alt birliyi üçün protein parçalanma nəzarətinin olmamasını irəli sürdü -kzərər korrelyasiya, daha yüksək mRNA -protein korrelyasiyası və nəticədə böyük alt vahidlə müqayisədə daha yüksək protein bolluğu varyasyonu. Proteazoma bənzər, bu, potensial olaraq sürəti məhdudlaşdıran funksiya üçün böyük subunit mitoribosome zülallarının zülal səviyyəsində sıx nəzarət edilməli olduğunu göstərə bilər. Protein parçalanma fərqi ilə sub-orqanelin bioloji funksiyası arasındakı əlaqəni mexaniki olaraq təyin etmək üçün ətraf mühitin dəyişkənliyini izləmək sonda maraqlı olacaq (Romanov və b, 2019), lakin cari tədqiqatın əhatəsindən kənara çıxır.

Həm mütləq, həm də nisbi müqayisələrə görə eyni genin fərdi proteoformları üçün diferensial ifadə səviyyələri və tənəzzül dərəcələri müşahidə edildi. Əvvəlki hesabatlara uyğundur (Abascal və b, 2015), onların bir çoxu ATPase Na + /K + - nəql edən alfa 1 (ATP1A1), 1 (SNW1) ehtiva edən SNW domeni, tropomiyozin alfa-1 zənciri (TPM1) kimi yüksək ifadə edilmiş və ya konservləşdirilmiş birləşmə variantlarıdır. alfa-4 zənciri (TPM4). TPM1 AS hadisələrinin baş və boyun xərçəngi üçün proqnostik proqnozlaşdırıcılarda məlumatverici olduğu aşkar edildi (Liang və b, 2019), dilate kardiomiopatiya (Pugh və b, 2014 Abaskal və b, 2015) və özofagus xərçəng hüceyrələrinin miqrasiyası (Huang və b, 2017), TPM1 AS izoformlarının funksional müxtəlifliyini nümayiş etdirir. Əvvəlki araşdırmalardan fərqli olaraq, əhəmiyyətli olanları da kəmiyyət olaraq təyin etdik kzərər həm əsas səviyyələrdə, həm də TPM1 AS izoform qrupları arasında nisbi CCL2-Kyoto nisbətlərində fərq. Beləliklə, TPM1 izoformunun ifadə sabitliyi HeLa hüceyrə xətləri (Liu) arasında aktin strukturlarının faktura kontrastının fenotipik dəyişkənliyi ilə əlaqələndirilə bilər. və b, 2019 ).

Əhəmiyyətli AS keçid hadisələrinə gəldikdə, intron tutma itkisinin uzunmüddətli hüceyrə keçişi boyunca müvafiq protein ifadəsini təsirli şəkildə artırdığını gördük. Rİ mRNT-nin NMD-ni tetikleye bildiyi ve ya translyasiya inhibesini tetikleye bildiyi üçün bu, müxtəlif xəstəliklər və ya stress reaksiyası ilə əlaqəli anormal AS hadisəsi kimi qəbul edilmişdir (Wong və b, 2016 Morgan və b, 2019 Parenteau və b, 2019). Nəticələrimiz, RI-kodlaşdırma izoformları üçün əhəmiyyətli bir protein parçalanma qaydası tapmadı, bu da gen RI-nin əsas təsirinin transkripsiya və ya tərcümə səviyyələrində baş verdiyini irəli sürə bilər. Rİ -də proteostazın aydın rolu xəstəlik növlərindən asılı ola bilər (Adusumalli və b, 2019) və tədqiq edilməlidir.

Nəticədə, inteqrativ bir proteomik yanaşma tətbiq etdik və insan xərçəng hüceyrə xətləri arasında izoforma xas post-transkripsiya və post-translational nəzarətin miqdarını təyin etdik. MRNA səviyyəsi, zülal bolluqları və zülalların parçalanma dərəcələri, gen mərkəzli analizdən daha yaxşı bir həll təmin edərək, izoform səviyyələrinə qədər həll edilir. Xüsusilə, müxtəlif bioloji proseslər, orqanoidlər, orqanoidlərin alt vahidləri və fərdi izoformlar arasında zülal dövriyyəsinin müxtəlifliyini aşkar etdik. Məlumatlar mRNT-nin öyrənilməsi üçün gələcəkdə daha çox sistem bioloji tədqiqatların aparılmasının zəruriliyini müdafiə edir.kzərər sağlam və xəstəlik vəziyyətləri kimi dəyişkən şərtlər arasındakı əlaqələr.


Təhlil

1. Balığın tənəffüs sürətinin temperaturla necə dəyişdiyini təsvir edin. Temperatur azaldıqca tənəffüs sürəti də azalır

2. Tənəffüsün bu şəkildə niyə dəyişdiyini izah edin. Balıqlar ektotermikdir (soyuqqanlı) və maddələr mübadiləsi xarici temperaturdan təsirlənir

3. Digər hansı amillər (temperaturdan başqa) sürətə təsir göstərə bilər? Mənbələri hərəkət etdirmək, suyu qarışdırmaq kimi balıqlara stress verin

4. &ldquoaverage&rdquo sizin balıq məlumatlarınıza bənzəyirdi? Niyə orta hesabla götürürük? ortalamalar daha geniş bir fikir verir, tək bir balıqdan daha dəqiq ola bilər

5. Laboratoriyanın əvvəlində verdiyiniz proqnoz doğru idi, yoxsa yanlış? cavablar dəyişir

6. Balığın tənəffüs sürətinin işıqdan necə təsirləndiyini sınayacaq bir təcrübə hazırlayın. Dizaynınızı izah edin. Quraşdırmanızın şəklini çəkmək istəyə bilərsiniz. Ətraf mühiti necə dəyişəcəyinizi və nə ölçəcəyinizi daxil edin.

Dizayn məntiqli olmalı, dəyişib -dəyişmədiyini görmək üçün işıqda və qaranlıqda balıqların nəfəs almasını izləməlidir.

7. Bu təcrübənin balıq əvəzinə test subyekti olaraq endotermik (isti qanlı) bir heyvandan istifadə edərək təkrarlandığını düşünsək. Temperaturun yüksəldilməsi və sonra aşağı salınması zamanı siçan üçün ürək və tənəffüs dərəcəsinə nəzarət edilir. Siçanın nəfəsi və ürək döyüntüsü dəyişəcəkmi? Niyə və ya niyə yox?

siçan dəyişməyəcək, endotermikdir

8. Qrafikdə hansı xəttin endotermik heyvanı, hansı xəttin ektotermik heyvanı təmsil edəcəyini göstərin. Bunu necə bildiyinizi izah edin. Üst xətt balıq, aşağı xətt məməli, məməlilərin tənəffüs dəyişməsi təxminən eyni qalır


İçindəkilər

Tərcümə sonrası proteolitik emal Redaktə edin

Protein sintezi zamanı və ya sonrasında bir polipeptidin məhdud proteolizi bir çox zülal üçün baş verir. Bu, N-terminal metioninin, siqnal peptidinin çıxarılmasını və/və ya qeyri-aktiv və ya qeyri-funksional zülalın aktiv birinə çevrilməsini əhatə edə bilər. Zülalın son funksional formasının xəbərçisi proprotein adlanır və bu proproteinlər əvvəlcə preprotein kimi sintez edilə bilər. Məsələn, albumin əvvəlcə preproalbumin kimi sintez olunur və təmizlənməmiş siqnal peptidini ehtiva edir. Bu, siqnal peptidi parçalandıqdan sonra proalbümini əmələ gətirir və N-terminal 6-qalıq propeptidi aradan qaldırmaq üçün əlavə işlənmə zülalın yetkin formasını verir. [1]

N-terminal metioninin çıxarılması Edit

Başlayan metionin (və prokaryotlarda fMet) yeni yaranan zülalın tərcüməsi zamanı xaric edilə bilər. Üçün E. coli, ikinci qalıq kiçik və doldurulmamışdırsa, fMet səmərəli şəkildə çıxarılır, lakin ikinci qalıq həcmli və yüklü deyilsə. [2] Həm prokaryotlarda, həm də eukaryotlarda, ifşa edilmiş N-terminal qalığı, N-end qaydasına görə zülalın yarı ömrünü təyin edə bilər.

Siqnal ardıcıllığının silinməsi Düzəliş edin

Müəyyən bir orqanoidə və ya sekresiyaya yönəldilməli olan zülallar zülalı son təyinat yerinə yönləndirən N-terminal siqnal peptidinə malikdir. Bu siqnal peptidi, membrandan nəql edildikdən sonra proteolizlə çıxarılır.

Poliproteinlərin parçalanması Redaktə edin

Bəzi zülallar və əksər ökaryotik polipeptid hormonları, ayrı -ayrı kiçik polipeptid zəncirlərinə proteolitik parçalanma tələb edən bir poliprotein olaraq bilinən böyük bir qabaqcıl polipeptid olaraq sintez olunur. Poliprotein pro-opiomelanokortin (POMC) bir çox polipeptid hormonu ehtiva edir. Bununla birlikdə, POMC -nin parçalanma modeli fərqli toxumalar arasında dəyişə bilər və eyni poliproteindən fərqli polipeptid hormon dəstləri verir.

Bir çox viruslar da öz zülallarını əvvəlcə polikistronik mRNT-dən çevrilmiş tək polipeptid zənciri kimi istehsal edirlər. Bu polipeptid sonradan fərdi polipeptid zəncirlərinə ayrılır. [1] Poliprotein üçün ümumi adlar daxildir gag (qrup spesifik antigen) retroviruslarda və ORF1ab Nidoviralesdə. Sonuncu ad, polipeptidi kodlayan mRNA -da sürüşkən bir ardıcıllığın ribozomal çərçivə dəyişikliyinə səbəb olması və iki fərqli uzunluqdakı peptidik zəncirlərə səbəb olmasıdır.aab) təxminən sabit nisbətdə.

Öncül zülalların parçalanması Edit

Bir çox zülal və hormon prekursorları - zimogenlər, proenzimlər və prehormonlar şəklində sintez olunur. Bu zülallar son aktiv quruluşlarını yaratmaq üçün ayrılır. Məsələn, insulin, siqnal peptidi parçalandıqdan sonra proinsulin verən preproinsulin kimi sintez olunur. The proinsulin is then cleaved at two positions to yield two polypeptide chains linked by two disulfide bonds. Removal of two C-terminal residues from the B-chain then yields the mature insulin. Protein folding occurs in the single-chain Proinsulin form which facilitates formation of the ultimately inter-peptide disulfide bonds, and the ultimately intra-peptide disulfide bond, found in the native structure of insulin.

Proteases in particular are synthesized in the inactive form so that they may be safely stored in cells, and ready for release in sufficient quantity when required. This is to ensure that the protease is activated only in the correct location or context, as inappropriate activation of these proteases can be very destructive for an organism. Proteolysis of the zymogen yields an active protein for example, when trypsinogen is cleaved to form trypsin, a slight rearrangement of the protein structure that completes the active site of the protease occurs, thereby activating the protein.

Proteolysis can, therefore, be a method of regulating biological processes by turning inactive proteins into active ones. A good example is the blood clotting cascade whereby an initial event triggers a cascade of sequential proteolytic activation of many specific proteases, resulting in blood coagulation. The complement system of the immune response also involves a complex sequential proteolytic activation and interaction that result in an attack on invading pathogens.

Protein degradation Edit

Protein degradation may take place intracellularly or extracellularly. In digestion of food, digestive enzymes may be released into the environment for extracellular digestion whereby proteolytic cleavage breaks proteins into smaller peptides and amino acids so that they may be absorbed and used. In animals the food may be processed extracellularly in specialized organs or guts, but in many bacteria the food may be internalized via phagocytosis. Microbial degradation of protein in the environment can be regulated by nutrient availability. For example, limitation for major elements in proteins (carbon, nitrogen, and sulfur) induces proteolytic activity in the fungus Neurospora crassa [3] as well as in of soil organism communities. [4]

Proteins in cells are broken into amino acids. This intracellular degradation of protein serves multiple functions: It removes damaged and abnormal protein and prevents their accumulation. It also serves to regulate cellular processes by removing enzymes and regulatory proteins that are no longer needed. The amino acids may then be reused for protein synthesis.

Lysosome and proteasome Edit

The intracellular degradation of protein may be achieved in two ways - proteolysis in lysosome, or a ubiquitin-dependent process that targets unwanted proteins to proteasome. The autophagy-lysosomal pathway is normally a non-selective process, but it may become selective upon starvation whereby proteins with peptide sequence KFERQ or similar are selectively broken down. The lysosome contains a large number of proteases such as cathepsins.

The ubiquitin-mediated process is selective. Proteins marked for degradation are covalently linked to ubiquitin. Many molecules of ubiquitin may be linked in tandem to a protein destined for degradation. The polyubiquinated protein is targeted to an ATP-dependent protease complex, the proteasome. The ubiquitin is released and reused, while the targeted protein is degraded.

Rate of intracellular protein degradation Edit

Different proteins are degraded at different rates. Abnormal proteins are quickly degraded, whereas the rate of degradation of normal proteins may vary widely depending on their functions. Enzymes at important metabolic control points may be degraded much faster than those enzymes whose activity is largely constant under all physiological conditions. One of the most rapidly degraded proteins is ornithine decarboxylase, which has a half-life of 11 minutes. In contrast, other proteins like actin and myosin have a half-life of a month or more, while, in essence, haemoglobin lasts for the entire life-time of an erythrocyte. [5]

The N-end rule may partially determine the half-life of a protein, and proteins with segments rich in proline, glutamic acid, serine, and threonine (the so-called PEST proteins) have short half-life. [6] Other factors suspected to affect degradation rate include the rate deamination of glutamine and asparagine and oxidation of cystein, histidine, and methionine, the absence of stabilizing ligands, the presence of attached carbohydrate or phosphate groups, the presence of free α-amino group, the negative charge of protein, and the flexibility and stability of the protein. [5] Proteins with larger degrees of intrinsic disorder also tend to have short cellular half-life, [7] with disordered segments having been proposed to facilitate efficient initiation of degradation by the proteasome. [8] [9]

The rate of proteolysis may also depend on the physiological state of the organism, such as its hormonal state as well as nutritional status. In time of starvation, the rate of protein degradation increases.

Digestion Edit

In human digestion, proteins in food are broken down into smaller peptide chains by digestive enzymes such as pepsin, trypsin, chymotrypsin, and elastase, and into amino acids by various enzymes such as carboxypeptidase, aminopeptidase, and dipeptidase. It is necessary to break down proteins into small peptides (tripeptides and dipeptides) and amino acids so they can be absorbed by the intestines, and the absorbed tripeptides and dipeptides are also further broken into amino acids intracellularly before they enter the bloodstream. [10] Different enzymes have different specificity for their substrate trypsin, for example, cleaves the peptide bond after a positively charged residue (arginine and lysine) chymotrypsin cleaves the bond after an aromatic residue (phenylalanine, tyrosine, and tryptophan) elastase cleaves the bond after a small non-polar residue such as alanine or glycine.

In order to prevent inappropriate or premature activation of the digestive enzymes (they may, for example, trigger pancreatic self-digestion causing pancreatitis), these enzymes are secreted as inactive zymogen. The precursor of pepsin, pepsinogen, is secreted by the stomach, and is activated only in the acidic environment found in stomach. The pancreas secretes the precursors of a number of proteases such as trypsin and chymotrypsin. The zymogen of trypsin is trypsinogen, which is activated by a very specific protease, enterokinase, secreted by the mucosa of the duodenum. The trypsin, once activated, can also cleave other trypsinogens as well as the precursors of other proteases such as chymotrypsin and carboxypeptidase to activate them.

In bacteria, a similar strategy of employing an inactive zymogen or prezymogen is used. Subtilisin, which is produced by Bacillus subtilis, is produced as preprosubtilisin, and is released only if the signal peptide is cleaved and autocatalytic proteolytic activation has occurred.

Cellular regulation Edit

Proteolysis is also involved in the regulation of many cellular processes by activating or deactivating enzymes, transcription factors, and receptors, for example in the biosynthesis of cholesterol, [11] or the mediation of thrombin signalling through protease-activated receptors. [12]

Some enzymes at important metabolic control points such as ornithine decarboxylase is regulated entirely by its rate of synthesis and its rate of degradation. Other rapidly degraded proteins include the protein products of proto-oncogenes, which play central roles in the regulation of cell growth.

Cell cycle regulation Edit

Cyclins are a group of proteins that activate kinases involved in cell division. The degradation of cyclins is the key step that governs the exit from mitosis and progress into the next cell cycle. [13] Cyclins accumulate in the course the cell cycle, then abruptly disappear just before the anaphase of mitosis. The cyclins are removed via a ubiquitin-mediated proteolytic pathway.

Apoptosis Edit

Caspases are an important group of proteases involved in apoptosis or programmed cell death. The precursors of caspase, procaspase, may be activated by proteolysis through its association with a protein complex that forms apoptosome, or by granzyme B, or via the death receptor pathways.

Autoproteolysis takes place in some proteins, whereby the peptide bond is cleaved in a self-catalyzed intramolecular reaction. Unlike zymogens, these autoproteolytic proteins participate in a "single turnover" reaction and do not catalyze further reactions post-cleavage. Examples include cleavage of the Asp-Pro bond in a subset of von Willebrand factor type D (VWD) domains [14] [15] and Neisseria meningitidis FrpC self-processing domain, [16] cleavage of the Asn-Pro bond in Salmonella FlhB protein, [17] Yersinia YscU protein, [18] as well as cleavage of the Gly-Ser bond in a subset of sea urchin sperm protein, enterokinase, and agrin (SEA) domains. [19] In some cases, the autoproteolytic cleavage is promoted by conformational strain of the peptide bond. [19]

Abnormal proteolytic activity is associated with many diseases. [20] In pancreatitis, leakage of proteases and their premature activation in the pancreas results in the self-digestion of the pancreas. People with diabetes mellitus may have increased lysosomal activity and the degradation of some proteins can increase significantly. Chronic inflammatory diseases such as rheumatoid arthritis may involve the release of lysosomal enzymes into extracellular space that break down surrounding tissues. Abnormal proteolysis may result in many age-related neurological diseases such as Alzheimer's due to generation and ineffective removal of peptides that aggregate in cells. [21]

Proteases may be regulated by antiproteases or protease inhibitors, and imbalance between proteases and antiproteases can result in diseases, for example, in the destruction of lung tissues in emphysema brought on by smoking tobacco. Smoking is thought to increase the neutrophils and macrophages in the lung which release excessive amount of proteolytic enzymes such as elastase, such that they can no longer be inhibited by serpins such as α1-antitrypsin, thereby resulting in the breaking down of connective tissues in the lung. Other proteases and their inhibitors may also be involved in this disease, for example matrix metalloproteinases (MMPs) and tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs). [22]

Other diseases linked to aberrant proteolysis include muscular dystrophy, degenerative skin disorders, respiratory and gastrointestinal diseases, and malignancy.

Protein backbones are very stable in water at neutral pH and room temperature, although the rate of hydrolysis of different peptide bonds can vary. The half life of a peptide bond under normal conditions can range from 7 years to 350 years, even higher for peptides protected by modified terminus or within the protein interior. [23] [24] [25] The rate of hydrolysis however can be significantly increased by extremes of pH and heat. Spontaneous cleavage of proteins may also involve catalysis by zinc on serine and threonine. [26]

Strong mineral acids can readily hydrolyse the peptide bonds in a protein (acid hydrolysis). The standard way to hydrolyze a protein or peptide into its constituent amino acids for analysis is to heat it to 105 °C for around 24 hours in 6M hydrochloric acid. [27] However, some proteins are resistant to acid hydrolysis. One well-known example is ribonuclease A, which can be purified by treating crude extracts with hot sulfuric acid so that other proteins become degraded while ribonuclease A is left intact. [28]

Certain chemicals cause proteolysis only after specific residues, and these can be used to selectively break down a protein into smaller polypeptides for laboratory analysis. [29] For example, cyanogen bromide cleaves the peptide bond after a methionine. Similar methods may be used to specifically cleave tryptophanyl, aspartyl, cysteinyl, and asparaginyl peptide bonds. Acids such as trifluoroacetic acid and formic acid may be used for cleavage.

Like other biomolecules, proteins can also be broken down by high heat alone. At 250 °C, the peptide bond may be easily hydrolyzed, with its half-life dropping to about a minute. [27] [30] Protein may also be broken down without hydrolysis through pyrolysis small heterocyclic compounds may start to form upon degradation. Above 500 °C, polycyclic aromatic hydrocarbons may also form, [31] [32] which is of interest in the study of generation of carcinogens in tobacco smoke and cooking at high heat. [33] [34]

Proteolysis is also used in research and diagnostic applications:

  • Cleavage of fusion protein so that the fusion partner and protein tag used in protein expression and purification may be removed. The proteases used have high degree of specificity, such as thrombin, enterokinase, and TEV protease, so that only the targeted sequence may be cleaved.
  • Complete inactivation of undesirable enzymatic activity or removal of unwanted proteins. For example, proteinase K, a broad-spectrum proteinase stable in urea and SDS, is often used in the preparation of nucleic acids to remove unwanted nuclease contaminants that may otherwise degrade the DNA or RNA. [35]
  • Partial inactivation, or changing the functionality, of specific protein. For example, treatment of DNA polymerase I with subtilisin yields the Klenow fragment, which retains its polymerase function but lacks 5'-exonuclease activity. [36]
  • Digestion of proteins in solution for proteome analysis by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS). This may also be done by in-gel digestion of proteins after separation by gel electrophoresis for the identification by mass spectrometry.
  • Analysis of the stability of folded domain under a wide range of conditions. [37]
  • Increasing success rate of crystallisation projects [38]
  • Production of digested protein used in growth media to culture bacteria and other organisms, e.g. tryptone in Lysogeny Broth.

Proteases may be classified according to the catalytic group involved in its active site. [39]

Venoms Edit

Certain types of venom, such as those produced by venomous snakes, can also cause proteolysis. These venoms are, in fact, complex digestive fluids that begin their work outside of the body. Proteolytic venoms cause a wide range of toxic effects, [40] including effects that are:


Signaling pathways involved in light dependent modulation of cellulase gene expression

For the presence of cellulose to be sensed in the environment, low molecular weight degradation products liberated from degradable plant material are likely signals that may be sensed by membrane bound receptors. Alternatively, an inducer synthesized outside the cell may be taken up via diffusion or a permease and initiate cellulase formation by an intracellular process. Both hypotheses are likely to describe contributions to the regulation of cellulase gene expression.

The heterotrimeric G-protein pathway

The prime candidate pathway for sensing and transmission of an extracellular cellulose related signals is the heterotrimeric G-protein pathway. Signal transduction via the heterotrimeric G-protein pathway starts with reception of a signaling compound by a G-protein coupled receptor (GPCR). Once such a ligand binds to the GPCR, the heterotrimeric G-protein complex composed of G-protein alpha, beta and gamma subunits, dissociates, GDP is exchanged for GTP on the G-alpha subunit for activation and all subunits then modulate their target pathways [37, 75, 76].

T. reesei has 50 GPCRs, 3 G-alpha subunits (GNA1, GNA2 and GNA3), one G-beta subunit (GNB1) and one G-gamma subunit (GNG1). Additionally, two phosducin like proteins (PhLP1 and PhlP2), which are assumed to act as co-chaperones for G-protein beta and gamma folding are encoded in the genome as well as 7 RGS (regulator of G-protein signaling) domain proteins [37]. The G-protein alpha subunits GNA1 and GNA3 impact cellulase gene expression and this function is dependent on light [77, 78]. Constitutive activation of GNA3 led to a strong increase in cellulase transcripts upon growth on cellulose (around tenfold), but only in light. In darkness, neither constitutive activation nor knock down altered cellulase transcript levels [77]. Interestingly, upregulation of gna3 without constitutive activation caused somewhat increased cellulase levels in light, which however did by far not reach the strong up regulation seen for the constitutive activation of GNA3. It is therefore likely that the rate of inactivation of the alpha subunit by the intrinsic GTPase of GNA3 plays a role. This function is enhanced by RGS (regulator of G-protein signaling) proteins, which are consequently assumed to be involved in cellulase regulation in T. reesei [77]. Of those, rgs1 represents a light independent regulatory target of GNB1, GNG1 and PhLP1 [53].

Lack of GNA1 causes a strong increase of cellulase gene expression in darkness and abolishment in light upon growth on cellulose. Constitutive activation of GNA1 caused—like for GNA3—an increase in cellulase transcript levels in light [78]. For both GNA1 and GNA3, constitutive activation did not enable inducer independent cellulase gene expression. Consequently, the signal for induction of cellulase gene expression is separate from that transmitted by GNA1 and GNA3 and may indeed involve intracellular detection of an inducer.

The G-protein beta and gamma subunits GNB1 and GNG1 as well as the phosducin-like protein PhLP1, which is assumed to act as a chaperone for complex formation of GNB1 and GNG1, influence regulation of several glycoside hydrolases including cbh1cbh2 [53]. Cellulase activity increases in all three mutants, while transcript abundance of several genes encoding plant cell wall degrading enzymes decreases, indicating posttranscriptional regulation [53]. However, the light dependent effects of GNB1, GNG1 and PhLP1 are considerably less pronounced than the strongly positive impact of the G-alpha subunits GNA1 and GNA3 [53]. In summary, these findings are in line with a positive effect of phosducin-like proteins on the efficiency of G-protein signaling [79].

Only recently, a new aspect was added to the function of the heterotrimeric G-protein pathway in cellulase regulation. The class XIII of G-protein coupled receptors (GPCRs) was found to have only a minor influence on cellulase transcript levels (up to 50%), but both were required for normal specific cellulase activities on lactose. In the absence of CSG1, representing one of the two class XIII GPCRs of T. reesei, secreted activity levels even decreased to basal levels upon growth on cellulose and lactose [33]. Hence it is assumed that the signal received by CSG1 is responsible for posttranscriptional regulation of cellulase gene expression, a mechanism previously not known to be involved. Based on the light dependent function of GNA1 and GNA3 it can be assumed that these downstream subunits integrate the light dependent relevance with the signal received by CSG1 to a physiological response adapted to the change of day and night.

The cAMP pathway

Cyclic adenosine monophosphate (cAMP) is one of the most important secondary messengers in living organisms. cAMP levels function as coincidence detectors due to their regulation by diverse environmental cues that are integrated to a defined level, which determines the extent of the effect on downstream pathways. Adenylate cyclase synthesizes cAMP and phosphodiestereases, which are activated by the presence of cAMP [80, 81], degrade it [82], forming a feedback cycle for adjustment of levels [80, 81]. Protein kinase A is cAMP dependent and consists of catalytic and regulatory subunits [37]. Light dependent effects on cAMP levels and adenylate cyclase activity have been shown previously for Trichoderma [83,84,85].

The cAMP dependent protein kinase A plays an important role in regulation of light responses in T. atroviride [86]. In T. reesei, the cAMP pathway is one of the targets of the heterotrimeric G-protein pathway and cAMP levels are impacted by both GNA1 and GNA3 [77, 78]. Investigation of the function of adenylate cyclase (ACY1) and the catalytic subunit 1 of protein kinase A (PKAc1) showed a light dependent effect on cellulase gene expression in both cases upon growth on lactose [87]. Silinməsi acy1pkac1 caused increased light responsiveness of cellulase genes i.e. strongly increased differences between cellulase levels in light and darkness compared to the light dependent regulation in the wild-type. Regulation of the transcript levels of the transcription factors ACE1 and ACE2 that regulate transcription of cellulase genes show a response to light, but do not correlate well with cellulase levels. Modification of transcript levels of the cellulase regulator XYR1 strongly resembles the pattern of regulation seen for cellulase genes. Hence, it is assumed that the cAMP pathway does not directly target phosphorylation of XYR1, but rather causes phosphorylation of a regulator of XYR1, which by modification of XYR1 acts on cellulase transcription [87].

In this respect it is interesting that deletion of acy1 və ya pkac1 also causes decreased levels of the photoreceptor gene env1 [87], which regulates cellulase levels [42]. Phosphorylation of the photoreceptor complex by protein kinase A was shown in N. crassa [88] and critically impacts the function of the circadian clock by establishing a negative feedback loop. A similar mechanism may be responsible for regulation of env1 səviyyələr T. reesei. In turn, strains lacking ENV1 show strongly decreased cAMP levels, which is attributed to an impact of ENV1 on the function of phosphodiesterases rather than adenylate cyclase [89]. Such a mechanism would be in agreement with a feedback mechanism for fine-tuning of the integration of light response with nutrient signaling. Only recently we could confirm the involvement of a phosphodiesterase in light dependent cellulase regulation and the connection to ENV1 (E. Stappler et al., manuscript in preparation).

Interconnections between light response machinery and nutrient signaling pathways

The finding that light and its photosensors are involved in regulation of cellulase gene expression, indicated that nutrient utilization is interrelated with light response. The findings of the influence of the light signaling pathway on carbon-compound and carbohydrate metabolism [53] further raised the question as to the interconnections between nutrient signaling and sensing light. More detailed investigation of the heterotrimeric G-protein pathway and the cAMP pathway indicated that the light signal must be integrated with the transmitted nutrient signals.

BLR1 and BLR2 do not have a major impact on the G-protein signaling pathway [49]. ENV1 negatively influences blr1blr2 transcript levels, which in turn are required for induction of env1 in light. This mutual regulation causes a steady state level of transcripts for these three genes [49]. ENV1 is required for the positive feedback cycle of GNA1, which increases gna1 transcript levels upon constitutive activation. In turn, GNA1 negatively regulates env1 transcript levels [89]. Concerning the regulation mechanism of GNA3/gna3, ENV1 is not involved in establishing the gna3 feedback cycle, but negatively regulates gna3 transcript levels in light [89]. During investigation of the mutual regulatory effects of BLR1, BLR2 and ENV1 as well as GNA1, GNA3, GNB1, GNG1 and PhLP1, a pair with regulatory interaction at early light response emerged: PhLP1 and ENV1 [49]. With its negative effect on transcript levels of phlp1, gnb1gng1, ENV1 dampens G-protein signaling during early light response, presumably to provide resources for protection from light. Thereafter, PhLP1 can exert a positive effect on complex formation of GNB1 and GNG1 and G-protein signaling in general, which is likely to be important for metabolic adaptation to light [49]. The striking overlap in regulatory targets of photoreceptors, G-protein pathway components and ACY1 suggests that this interrelationship constitutes a core function in adaptation beyond transient effects in early light response.

Surprisingly, these interconnection studies revealed that it is not the photoreceptor complex comprising the two BLR proteins, but rather ENV1 that acts in a central position as a checkpoint, which is in line with its strong effect on gene regulation in light [46]. The more prominent role of ENV1 in comparison to BLR1 and BLR2 is also obvious in the role of ENV1 in the regulation of other physiological processes such as sexual development or stress response [41].

The strikingly low cAMP levels in mutants lacking ENV1 indicated that ENV1 could exert at least part of its function via the cAMP pathway adding another link between light response and nutrient signaling (see also above). Theacy1 strain showed a striking overlap of regulated genes in light, but not in darkness [49]. These genes have in common their regulation in the presence of strongly decreased or abolished cAMP levels. Among these cAMP targets there are numerous glycoside hydrolases, auxiliary proteins of cellulose degradation as well as the cellulase and hemicellulase regulator gene xyr1 [49]. Functional category analysis of these genes showed a strong enrichment in C-compound and carbohydrate metabolism. Consequently, the regulatory function of ENV1 in targeting regulation of enzyme expression is to a considerable extent mediated by its effect on cAMP levels [49]. Interestingly, many of the genes down-regulated in ∆env1 and ∆acy1 in the light are also down-regulated on soluble carbon sources compared to the insoluble carbon source cellulose [33]. Consequently, the cAMP dependent output of the regulatory cascade triggered by ENV1 could be targeted at sensing and/or reaction to a surface of specifically to cellulose, but not to a soluble carbon source [33].

In summary, ENV1 emerged as a major checkpoint between nutrient and light signaling [41]. However, it still remains to be shown whether this interrelationship is established directly by protein–protein interaction and an influence on activity of the targeted regulators or if the influence is indirect by an impact on regulation of abundance and/or activity of signaling factors, for example kinases, which in turn target regulatory factors. The considerable impact of deletion of env1 on the transcriptome in light [46] makes the latter hypothesis more likely.


Müzakirə

When the liver is placed in hydrogen peroxide in theory it will dissociate into water and oxygen gas.[15] One way to prove that oxygen gas is in fact present is to conduct a glowing splint test this involves lighting a splint and then extinguishing the flame only to the point where the end is glowing. This splint is then placed where the oxygen is believed to be present, if there is in fact oxygen the splint will reignite. This is because oxygen readily promotes combustion.

The enzyme which catalyzed the reaction that created the oxygen appeared to work the most effectively at a concentration of 4% (Figure 1) and least effectively at 6%. This is because the 4% solution was the closest to the optimal concentration of substrate for the catalase enzyme. At 2% there was less substrate than the enzyme was capable of disassociating therefore the reaction was not completed to its full potential. At 6% and 8% there was too much substrate and the enzyme was bombarded and unable to keep up with the necessary reactions.

Having the 8% solution create more foam volume than 6% was an unexpected result and the errors listed below are most likely accountable for this anomaly. The enzyme catalase, which is found in the beef liver, is responsible for the breakdown of hydrogen peroxide. When hydrogen peroxide breaks down it forms water and oxygen gas. The oxygen and water reacted with the detergent that was added to the solution to produce the foam. The more effective and active the enzyme is the more decompositions of hydrogen peroxide it catalyzes and more oxygen is produced increasing the volume of foam.

If the liver had been boiled before the experiment it would have been effectively denatured and the catalase would no longer have been able to carry out its metabolic function. When the liver was added to the hydrogen peroxide and detergent solution a reaction would not occur because it would be unable to breakdown the compound to water and oxygen and therefore foam would not form. Although this lab is effective in determining the efficiency of catalase under different substrate concentrations it does have several possible sources of error. First, the detergent is added by means of a medicine dropper.

This poses an error because the volume of each drop is not constant. If some of the drops were larger than others this creates more detergent for the oxygen to react with and in turn, more foam creating the illusion that the enzyme is more effective at that specific substrate concentration than others. Also if there is less volume of detergent emitted the oxygen cannot for as much foam and the enzyme appears less effective. The second source of error is that the hydrogen peroxide was measured in a 10mL graduated cylinder and then transferred to a 100mL graduated cylinder, there is no way to ensure that all of the solutions were transferred from one cylinder to another.

It is inevitable that some of the hydrogen peroxide would have clung to the side of, and remained in the original cylinder the amount that remained in each trial would have been different. Not having all of the hydrogen peroxide be transferred would result in less substrate for the enzyme to breakdown and a lower foam volume for the first two concentrations (2% and 4%) and a slightly higher foam volume for the second two concentrations (6% and 8%).

The third source of error is that some pieces of the liver may have had areas of fat inside them that were not visible and therefore there was less catalase in that piece of liver. This is very likely and if it were the case there would have been fewer enzymes to catalyze the reaction and this would have resulted in a smaller volume of foam causing an inaccurate result.

The second part of the lab showed that temperature had quite an effect on the permeability of beet cells. These cells contain a red dye called betacyanin. When the cell membrane works effectively the dye will not leak out of the cell. The lab showed that at room temperature the membrane remains effective but as the temperature traveled further away from 23°C ( both warmer and colder) the dye began to leak as the membrane failed.

Increased or decreased temperatures will begin to denature the transport and carrier proteins in the cell membrane allowing the betacyanin to travel into the surrounding water. Freezing is a technique used in the preservation of food. By freezing food the function of enzymes is slowed considerably, freezing is also used for several other purposes. One example is the freezing of living tissue this is done for several reasons including organ transplants.

This is done to preserve tissues in the state they are in so that they are viable for the recipients.[16] Another example of freezing for preservation is the freezing of soil. This is done by construction companies to solidify the ground and eliminate any leakages.[17] A third example of freezing is that human reproductive cells can be frozen so that they may be used at a later date. This process has been used to create sperm and egg “banks” so people who may not have otherwise been able to can have children.[18]

Freezing is very common in the food industry and although it may preserve some aspects it does not maintain others. For example, freezing preserves the taste, shape, and texture of the food but it will not preserve the proteins. In fact, as was learned in this lab, freezing temperatures actually denature proteins.[19] Also freezing does not preserve the fat in meat and over time it may go rancid and have a sour smell and taste.[20]

Another problem with freezing food is that ice crystals can form in the food from the liquid that escaped through the denatured cell membrane. These ice crystals may be large and solid enough to damage the cell structures around them.[21] Temperature plays a key role in the efficiency of proteins.

The pH of the solution that the beetroot is placed in has a large effect on the permeability of the cell membrane. The cell leaked a considerable amount of betacyanin when placed in highly acidic solutions. The intensity of the color decreased as the pH approached neutral (Figure 3). This is because like changes in temperature, pH values that are not optimal for the protein will denature it causing it to not function and, in this case, allow betacyanin to leak through.

One source of error is that the color of intensity was judged on a scale of 0-10, the problem with this scale is that it is subjective and was not related back to a fixed sample. Each person sees the color intensity differently and therefore the results are not consistent or as reliable as they would be with a fixed source. A way to fix this error is to use a colorimeter.[22]

The second source of error is in the ripeness of the beetroot. If the beetroot used in this lab was not ripe enough yet or too ripe the proteins may not have been as fully developed or beginning to die and the acid would have been able to denature them with ease therefore the color intensity would have been greater than it should have.

The third source of error is that the betacyanin was more concentrated in some parts of the beetroot. This could be seen by just looking at the beetroot because some sections were darker than others. It is impossible to ensure that all of the beet discs have the same concentration of dye. Depending on how much betacyanin was in the cell it would be able to emit more or less, changing the color intensity that the results were based on. pH also has a large impact on the function of proteins.

In summary, the purpose of this investigation was to examine the realistic effects of increased substrate concentration, changes in temperature, and pH levels on the function of the complex protein structures. The first section proved that an enzyme is more effective in lower concentrations of substrate.

The second part showed that temperature has a large effect on the efficiency of proteins and the permeability of a cell membrane. The last section proved that a decrease in pH also denatures proteins and limits the effect of the membrane. In conclusion, these three factors as well as many others have large effects on how proteins function.

[1] Imgrund, Ryan “Factors Involving Proteins”, 2009.

[2] Di Giuseppe, et al Maurice. Nelson Biology 12. South Melbourne: Nelson Thomson Learning, 2003.

[3] Di Giuseppe, et al Maurice. Nelson Biology 12. South Melbourne: Nelson Thomson Learning, 2003.

[4] Di Giuseppe, et all Maurice. Nelson Biology 12. South Melbourne: Nelson Thomson Learning, 2003.

[5] Di Giuseppe, et alMaurice. Nelson Biology 12. South Melbourne: Nelson Thomson Learning, 2003.

[6] Di Giuseppe, et al Maurice. Nelson Biology 12. South Melbourne: Nelson Thomson Learning, 2003.

[7] Arumugam, Karthik. “Enzymatic Treatment Of Fibers For Nonwovens.” (2005): 30. Web. 2 Oct 2009. <http://www.lib.ncsu.edu/theses/available/etd-08092005-123659/unrestricted/etd.pdf>.

[8] Arumugam, Karthik. “Enzymatic Treatment Of Fibers For Nonwovens.” (2005): 30. Web. 2 Oct 2009. <http://www.lib.ncsu.edu/theses/available/etd-08092005-123659/unrestricted/etd.pdf>.

[9] Imgrund, Ryan “Factors Involving Proteins”, 2009.

[10] Imgrund, Ryan “Factors Involving Proteins”, 2009.

[11] Gamper, Denice. “Investigating Factors That Affect Cell Membrane Permeability.” Elm Müəllimləri üçün Yaz Araşdırma Proqramı. 08 Aug 2009. Web. 3 Oct 2009. <http://www.scienceteacherprogram.org/biology/DGamper09.html>.

[12] Smithson Adair, Gilbert. “The Determination Of Membrane Potentials Of potentials Of Protein Solutions and the Valance of Protien Ions.” Low Temperature Research Station and the Biochemical Laboratory, (1934): n. pag. Veb. 3 Oct 2009. <http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=1253174&blobtype=pdf>.

[13] Kundrotas, Petras. “Optimum pH for protein-protein complexes..” (2006): n. pag. Veb. 3 Oct 2009.

[14] Imgrund, Ryan “Factors Involving Proteins”, 2009

[15] Jones, Peter. “The Catalase-Hydrogen Peroxide System.” (1968): n. pag. Veb. 6 Oct 2009.

[16] Fisher, Robyn. “Cold and cryo-preservation methods for human tissue slices.” Patent Storm (1994): n. pag. Veb. 7 Oct 2009. <http://www.patentstorm.us/patents/5328821/fulltext.html>.

[17] Linde Group, The. “Freezing Soil.” Linde Industrial Gases. 2005. Web. 7 Oct 2009. <http://www.lindegas.com/international/web/lg/com/likelgcom30.nsf/DocByAlias/ind_soil>.

[18] Tucker, Michael J. “The Freezing of Human Oocytes (Eggs).” Georgia Reproductive Specialists (2007): n. pag. Veb. 7 Oct 2009. <http://www.ivf.com/freezing.html>.

[19] Da-Wen, Sun. Handbook of Frozen Food Processing and Packaging. 1st. Boca Raton, FL: Taylor and Feancis Group, 2006. Print.

[20] Zotti, Ed. “Why is refreezing food bad? What exactly is freezer burn?.” (2005): n. pag. Veb. 7 Oct 2009.

[21] Fellows, P.J. Food Processing Technology. 2nd. Boca Raton, FL: Wppdhead Publishing Limited, 2000. Print.

[22] “Colorimeter.” The Lab Depot. 2007. Red Clay Interactive, Web. 7 Oct 2009. <http://www.labdepotinc.com/c-454-colorimeter.php>.

Works Cited

Arumugam, Karthik. “Enzymatic Treatment Of Fibers For Nonwovens.” (2005): 30. Web. 2 Oct

“Colorimeter.” The Lab Depot. 2007. Red Clay Interactive, Web. 7 Oct 2009.

Da-Wen, Sun. Handbook of Frozen Food Processing and Packaging. 1st. Boca Raton, FL:

Taylor and Feancis Group, 2006. Print.

Di Giuseppe, et al Maurice. Nelson Biology 12. South Melbourne: Nelson Thomson Learning,

Fellows, P.J. Food Processing Technology. 2nd. Boca Raton, FL: Wppdhead Publishing Limited,

Fisher, Robyn. “Cold and cryo-preservation methods for human tissue slices.” Patent Storm

(1994): n. pag. Veb. 7 Oct 2009. <http://www.patentstorm.us/patents/5328821/fulltext.html>.

Gamper, Denice. “Investigating Factors That Affect Cell Membrane Permeability.” Summer

Research Program for Science Teachers. 08 Aug 2009. Web. 3 Oct 2009.

Imgrund, Ryan “Factors Involving Proteins”, 2009.

Jones, Peter. “The Catalase-Hydrogen Peroxide System.” (1968): n. pag. Veb. 6 Oct 2009.

Kundrotas, Petras. “Optimum pH for protein-protein complexes..” (2006): n. pag. Veb. 3 Oct 2009.

Linde Group, The. “Freezing Soil.” Linde Industrial Gases. 2005. Web. 7 Oct 2009.

Smithson Adair, Gilbert. “The Determination Of Membrane Potentials Of potentials Of Protein

Solutions and the Valance of Protien Ions.” Low Temperature Research Station and the Biochemical Laboratory, (1934): n. pag. Veb. 3 Oct 2009. <http://www.pubmedcentral.

Tucker, Michael J. “The Freezing of Human Oocytes (Eggs).” Georgia Reproductive Specialists

(2007): n. pag. Veb. 7 Oct 2009. <http://www.ivf.com/freezing.html>.

Zotti, Ed. “Why is refreezing food bad? What exactly is freezer burn?.” (2005): n. pag. Veb. 7 Oct 2009

Köhnə esselərinizlə onun təbəssümünü düzəltməyə kömək edin, bu, bir neçə saniyə çəkir!

-Biz əvvəlki esseləri, laboratoriya işlərini və yerinə yetirdiyiniz tapşırıqları axtarırıq!

Əlaqəli Yazılar

There are many side effects associated with the use of steroids. Some steroids lead to&hellip

What is tundra? World’s coldest and driest biomes Located at latitudes 55° to 70° North(&hellip

Proteins in the human body have a wide range of functions which include: Hormones (insulin,&hellip

The Cobra’s venom consists mainly of neutroxins, however it also contains a variety of cardiotoxic&hellip

An enzyme is described as a biological catalyst that speeds up the rate of a&hellip

Müəllif: William Anderson (Schoolworkhelper Redaksiya Qrupu)

Tərbiyəçi və sərbəst yazıçı. Elm müəllimi və yazıların sevgilisi. Son nəzərdən keçirilmiş məqalə: 2020 | St. Rosemary İnstitutu © 2010-2021 | Creative Commons 4.0


Videoya baxın: Zülallarİsmayılova Əfsanə (Oktyabr 2022).