Məlumat

JMol "HBONDS hesablayın": hansı atom donor/qəbuledicidir?

JMol


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

JMol, "HBONDS hesablayın" skripti ilə zülallardakı Hidrogen bağlarını müəyyən etmək üçün istifadə edilə bilər. Şəbəkənin vəziyyətini çıxarmaqla, H-istiqrazlarının bir hissəsini əldə edə bilərik.

Bir nümunə çıxışından bir xətt (PDB ID nömrəsi 1a1x):

74 540 4096 0,001 -2,507 hbond;

İlk iki ədədin düzgün təfsirinə inanıram ki, 74-cü atom 540-cı atomla H-bağlıdır. (Digər nömrələrin nə demək olduğunu dəqiq bilmirəm.)

Sual: Hansı atomun donor, hansının isə qəbuledici olduğunu necə müəyyən edə bilərik?

Yuxarıdakı misalda atom 74 Azot atomudur və atom 540 Karbon atomudur, ona görə də azot atomunun donor olması ehtimal edilir. Ancaq ümumiyyətlə necə deyə bilərik?


JMol haqqında bilmirəm, lakin bunu UCSF Chimera ilə asanlıqla etmək olar.

1a1x quruluşunu yüklədim. Sonra seçildi: Alətlər> Struktur Analizi> FindHBond

Varsayılan dəyərləri saxladım və seçdimGündəliyə cavab vermək üçün məlumat yazın

Sonra tıkladıtamam

Strukturda H İstiqrazları rəngli xətt ilə müəyyən ediləcək.

Hansı donor və akseptor olduğunu görmək üçün bura keçin: Sevimlilər > Cavab jurnalı

Cavab jurnalının çıxışı aşağıda verilmişdir:

H-bağları (donor, akseptor, hidrogen, D… A dist, DH… A dist): ASP 12.AN GLU 25.A OE2 hidrogen yoxdur 3.012 N/A HIS 13.AN GLU 25.A OE1 hidrogen 3.338 N/ A HIS 13.A ND1 ASP 12.A OD2 hidrogen yox 2.835 NE A LEU 14.AN TRP 70.AO hidrogen yoxdur 2.934 N/A TRP 15.AN ARG 23.AO hidrogen yoxdur 2.866 N/A… 120 hidrogen bağları tapıldı

Gördüyünüz kimi, donor və qəbuledici başlıq xəttində müəyyən edildiyi kimi təyin edilmişdir.

İstəyirsinizsə, məlumatı seçərək fayla da yaza bilərsinizMətn sənədinə yazıniçindəFindHBondpəncərə


Eyni şeyi Jmol istifadə edərək etməliydim və bütün hbondların siyahısını necə əldə edəcəyimi anladım.

Addım 1: hbondları RASMOL metodu ilə və ya olmadan hesablayın. Bu sizə bağlıdır, məsələn,

jmolScriptWait ("hidrogen deyil, hbondsRasmol FALSE təyin edin; HBONDS hesablayın")

Addım 2: Yalnız hbondları göstərin

jmolScriptWait("ekran bağlı(hbond)")

Addım 3: Bağlama məlumatlarını JavaScript sırasına ixrac edin

jmolGetPropertyAsArray ("bondInfo")

Hər birində bu hbond və bağ uzunluğu ilə əlaqəli atomları ehtiva edən bir sıra obyektlər olacaq.


Videoya baxın: Jmol Applet Molecules for Powerpoint (Noyabr 2022).