Məlumat

11.11: DNT-nin strukturu - Biologiya

11.11: DNT-nin strukturu - Biologiya


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

DNT-nin tikinti blokları nukleotidlərdir. Urasil (U) həm də pirimidindir (Şəkil 1-də göründüyü kimi), lakin o, yalnız RNT-də olur, bundan sonra daha ətraflı danışacağıq.

Purinlər, beş üzvlü bir halqa ilə birləşən altı üzvlü bir üzük ilə ikiqat halqa quruluşuna malikdir. Pirimidinlər daha kiçik ölçülüdür; onlar tək altı üzvlü halqa quruluşuna malikdirlər. Beş karbonlu şəkərin karbon atomları 1′, 2′, 3′, 4′ və 5′ nömrələnir (1′ “bir əsas” kimi oxunur). Nukleotidlər bir-biri ilə fosfodiester bağları və ya bağlar kimi tanınan kovalent bağlarla birləşirlər. Fosfat qalığı bir nukleotidin bir şəkərinin 5′ karbonunun hidroksil qrupuna və növbəti nukleotidin şəkərinin 3′ karbonunun hidroksil qrupuna bağlanır və bununla da 5′-3′ fosfodiester bağı əmələ gətirir.

1950-ci illərdə Francis Crick və James Watson İngiltərənin Kembric Universitetində DNT-nin strukturunu müəyyən etmək üçün birlikdə çalışdılar. Linus Pauling və Maurice Wilkins kimi digər elm adamları da bu sahəni fəal şəkildə araşdırırdılar. Pauling rentgen kristalloqrafiyasından istifadə edərək zülalların ikincil quruluşunu kəşf etdi. Wilkins laboratoriyasında tədqiqatçı Rosalind Franklin DNT-nin strukturunu anlamaq üçün rentgen şüalarının difraksiya metodlarından istifadə edirdi. Watson və Crick Franklinin məlumatları əsasında DNT molekulunun tapmacasını birləşdirə bildilər, çünki Krik rentgen şüalarının difraksiyasını da öyrənmişdi (Şəkil 2). 1962-ci ildə James Watson, Frencis Crick və Moris Wilkins tibb üzrə Nobel mükafatına layiq görüldülər. Təəssüf ki, o vaxta qədər Franklin öldü və Nobel mükafatları ölümündən sonra verilmir.

Watson və Crick, DNT-nin sağ əlli bir sarmal yaratmaq üçün bir-birinin ətrafında bükülmüş iki zəncirdən ibarət olduğunu təklif etdi. Baza cütləşməsi purin və pirimidin arasında baş verir; yəni C ilə T və G cütləri olan A cütləri. Adenin və timin tamamlayıcı əsas cütlərdir, sitozin və quanin də tamamlayıcı əsas cütlərdir. Baza cütləri hidrogen bağları ilə sabitləşir; adenin və timin iki hidrogen rabitəsi, sitozin və guanin isə üç hidrogen rabitəsi yaradır. İki tel təbiətdə anti-paraleldir; yəni bir telin 3′ ucu digər telin 5′ ucuna baxır. Nukleotidlərin şəkər və fosfatı strukturun onurğasını təşkil edir, azotlu əsaslar isə içəridə yığılır. Hər bir baza cütü digər əsas cütündən 0,34 nm məsafə ilə ayrılır və sarmalın hər dönüşü 3,4 nm ölçülür. Buna görə də, spiralın hər döngəsində on baza cütü mövcuddur. DNT ikiqat spiralının diametri 2 nm-dir və o, hər yerdə vahiddir. Yalnız purin və pirimidin arasındakı cütləşmə vahid diametri izah edə bilər. İki ipin bir-birinin ətrafında bükülməsi eyni məsafədə yerləşən əsas və kiçik yivlərin əmələ gəlməsi ilə nəticələnir (şəkil 3).


Balıq metabolik şəbəkə modelinin qurulması

Biz genom miqyaslı balıq metabolik şəbəkə modelinin, MetaFishNet-in qurulmasını və onun yüksək ötürmə qabiliyyətinə malik gen ifadə məlumatlarını təhlil etmək üçün tətbiqini bildiririk. Bu model balıq sistemlərinin biologiyasının daha geniş tətbiqləri üçün bir addımdır, məsələn, insan metabolizmi və çoxsaylı məlumat növlərinin inteqrasiyası ilə müqayisə yolu ilə tədqiqat dizaynına rəhbərlik etməklə. MetaFishNet resurslarına, o cümlədən yolun zənginləşdirilməsi təhlili alətinə http://metafishnet.appspot.com ünvanında daxil olmaq mümkündür.


11.11: DNT-nin strukturu - Biologiya

DNT həyat üçün vacib bir molekuldur. Bu, bədənimizə necə inkişaf edəcəyimizi və fəaliyyət göstərəcəyimizi izah edən təlimatları ehtiva edən bir resept kimi fəaliyyət göstərir.

DNT nə deməkdir?

DNT deoksiribonuklein turşusu üçün qısadır.

Bədəndəki müxtəlif hüceyrələr

Bədənimizdə təxminən 210 müxtəlif növ hüceyrə var. Hər bir hüceyrə bədənimizin işləməsinə kömək etmək üçün fərqli bir iş görür. Əzələlərimizi meydana gətirən qan hüceyrələri, sümük hüceyrələri və hüceyrələr var.

Hüceyrələr nə edəcəyini necə bilir?

Hüceyrələr DNT-dən nə etmələri ilə bağlı göstərişlər alırlar. DNT bir növ kompüter proqramı kimi fəaliyyət göstərir. Hüceyrə kompüter və ya aparatdır, DNT isə proqram və ya koddur.

DNT kodu nukleotidlərin müxtəlif hərfləri ilə saxlanılır. Hüceyrə DNT-dəki təlimatları "oxuduqca" fərqli hərflər təlimatları təmsil edir. Hər üç hərf kodon adlanan bir sözü əmələ gətirir. Kodonlar silsiləsi belə görünə bilər:

Yalnız dörd fərqli hərf olmasına baxmayaraq, DNT molekulları minlərlə hərf uzunluğundadır. Bu, milyardlarla və milyardlarla müxtəlif birləşmələrə imkan verir.

DNT-nin hər silsiləsində gen adlanan təlimatlar dəsti var. Gen bir hüceyrəyə xüsusi bir zülalın necə hazırlanacağını söyləyir. Zülallar hüceyrə tərəfindən müəyyən funksiyaları yerinə yetirmək, böyümək və yaşamaq üçün istifadə olunur.

DNT molekulunun forması

DNT mikroskopda çox nazik uzun tel kimi görünsə də, DNT-nin müəyyən bir formaya sahib olduğu ortaya çıxır. Bu forma ikiqat sarmal adlanır. İkiqat spiralın xarici tərəfində DNT-ni bir yerdə saxlayan onurğa sümüyü var. Bir-birinə bükülmüş iki onurğa dəsti var. Onurğa sümükləri arasında A, T, C və G hərfləri ilə təmsil olunan nukleotidlər var. Fərqli bir nukleotid hər bir onurğaya bağlanır və sonra mərkəzdəki başqa bir nukleotidlə birləşir.

Yalnız müəyyən nukleotid dəstləri bir-birinə uyğunlaşa bilər. Onları tapmaca parçaları kimi düşünə bilərsiniz: A yalnız T ilə, G isə yalnız C ilə birləşir.


RNT nədir?

RNT deməkdir ribonuklein turşusu.Onun funksiyası DNT-də kodlanmış təlimatları yerinə yetirməkdir. Hər biri fərqli funksiyaya malik üç növ RNT var. Bunlar:

Messenger RNT (mRNA)– mRNT nüvədəki DNT molekullarından zülal sintezi üçün məlumat daşıyır. ribosomlar

Ribosomal RNT (rRNT)– rRNT struktur komponentidir ribosomlar(zülal sintezini həyata keçirən orqanoidlər)

Transfer RNT (tRNA)– tRNT amin turşularını ribosoma köçürür. Bu amin turşuları yenisini yığmaq üçün istifadə olunur polipeptid zənciri

RNT-dən ibarətdir ribonukleotidlər,hər birində bir fosfat qrupu, 5 karbonlu şəkər və bir nukleotid bazası var. RNT molekullarında olan dörd növ azotlu baza aşağıdakılardır:

Beləliklə, dörd növ RNT nukleotidi var:

  • Nukleotid (tərkibində adenin)
  • U nukleotid (tərkibində urasil)
  • G nukleotidi (tərkibində guanin)
  • C nukleotidi (tərkibində sitozin)

DNT molekullarında olduğu kimi, bu ribonukleotidlər də bir-birinə bağlanır fosfodiester bağlarıbir şəkərin 3' karbonu ilə digərinin 5' karbonu arasında əmələ gəlir. DNT-dən fərqli olaraq, RNT tək zəncirli molekuldur, lakin yenə də ikiqat zəncirli strukturlar yarada bilir.

The baza cütləriRNT molekullarında:


Faydalılıq və müzakirə

GSDB-dəki bütün 3D strukturları əvvəlcədən yaradılmışdır ki, 3D strukturun vizuallaşdırılması daha sürətli və asanlıqla endirilə bilsin. Verilənlər bazasında naviqasiya addımları aşağıdakı kimi beş bölməyə ayrılmışdır:

Verilənlər bazasını nəzərdən keçirin

Hi-C məlumat dəstlərinin tam siyahısını yükləmək üçün naviqasiya panelində "Gözdən keçir" menyusuna klikləyin. Alternativ olaraq, istifadəçilər ana səhifədəki “Başla” düyməsini sıxa bilərlər (Şəkil 1).

Verilənlər bazasına göz atın Əsas səhifədən verilənlər bazasına daxil olmağın iki yolunu vurğulayır. Naviqasiya sekmesinde "Gözdən keçir" menyusuna və ya əsas səhifədəki "Başla" düyməsinə klikləməklə verilənlər bazası axtarış pəncərəsi yüklənəcək.

Verilənlər bazasında axtarın

GSDB Hi-C məlumatını və ona uyğun 3D modellərini axtarmaq üçün iki yol təqdim edir:

GSDB Xülasə Bölməsi vasitəsilə verilənlər bazasında təqdim olunan məlumatların xülasəsini təqdim edir. Xülasədəki xassə/elementə klikləməklə istifadəçi verilənlər bazasında bu xassəni ehtiva edən bütün Hi-C məlumatları və onların müvafiq 3D struktur modelləri üçün axtarış edə bilər. (Şəkil 2)

İstifadəçilər fayl adı, Hi-C məlumatının başlığı, Hi-C məlumatın həlli, Hi-C məlumatının yaradıldığı layihə (məsələn, KODLAMA), layihə ID-si və GEO qoşulma nömrəsi ilə bağlı açar sözləri yazaraq verilənlər bazasında axtarış edə bilərlər. “Axtarış Paneli” (Şəkil 2).

Verilənlər bazasının axtarışı və göstərilməsi Axtarış üçün iki yanaşmadan istifadə etməklə məlumat axtarışına nümunə. Birincisi, yaşıl rənglə vurğulanmış "Xülasə Bölməsində" bir elementə klikləməklə axtarın. Şəkildə göstərilir ki, istifadəçi 100 kb rezolyusiyaya kliklədikdə, 100 kb təsvir ölçüsünə malik bütün verilənlər dəstləri siyahıya alınır. İkincisi, istifadəçi qırmızı rənglə vurğulanan “Axtarış Paneli”nə açar sözü yazmaqla axtarış edə bilər

Yüklə

İstifadəçilər 3D strukturları “3D Struktur Sütununda” “Yükləmə” linkinə klikləməklə yükləyə bilərlər (Şəkil 3). Bütün alqoritmlər üçün 3D strukturun yaradılması üçün istifadə edilən normallaşdırılmış Hi-C verilənləri də “Normallaşdırılmış Hi-C Məlumatı” sütununda “Yükləmə” linkinə klikləməklə yüklənə bilər (Şəkil 3). Strukturlar PDB, G.PDB və Spacewalk formatında endirilə bilər.

3D strukturunun göstərilməsi və endirilməsi “3D Structure” sütununda qırmızı rənglə vurğulanmış “Görünüş” linki Hi-C datası üçün 3D strukturunu nümayiş etdirir. Yaşıl rənglə vurğulanan Hi-C məlumatları üçün müxtəlif alqoritmlər tərəfindən qurulmuş 3D strukturları yükləmək üçün “Yükləmə” linkidir. “Yükləmə” linkinə basmaqla Hi-C məlumatı üçün bütün alqoritmlər üçün 3D strukturları yüklənəcək. “Normallaşdırılmış Hi-C Data” sütununda “Yükləmə” linki mavi rənglə vurğulanır. “Yükləmə” linkinə basmaqla 3D strukturun qurulması üçün istifadə olunan Normallaşdırılmış Hi-C məlumatı yüklənəcək

Fayl formatları

Üç ölçülü xromosom strukturlarının təqdim edilməsi üçün mövcud faktiki standart genomik qutuların ATOM xətləri kimi təmsil olunduğu (Protein Məlumat Bankı) PDB fayl formatıdır. Bununla belə, bu formatın çatışmazlıqları var, çünki o, digər faydalı məlumat hissələrini istisna edir: Uyğunlaşmada istifadə olunan istinad genomu, hüceyrə xətti, təmsil olunan xromosom və göstərilən qutulara uyğun genomik koordinatlar. Nəticə etibarilə biz G.PDB fayl formatını təqdim edirik ki, bu məlumat HEADER sətri və hər ATOM sətirindən sonra REMARK sətirlərinin daxil edilməsi yolu ilə daxil edilir. G.PDB faylları standart PDB fayllarından istifadə edən bütün mövcud vizuallaşdırma alətlərində istifadə edilə bilər. G.PDB faylına əlavə olaraq biz strukturları .sw (spacewalk) formatından istifadə edərək təmsil edirik ki, strukturlar SpaceWalk alətindən [58] istifadə edilərək vizuallaşdırıla bilsin.

3D strukturu və İstilik xəritəsi vizuallaşdırılması

Hi-C məlumatının təfərrüatlarına və strukturlarına baxmaq üçün “3D Struktur Sütununda” “Görünüş” linkinə klikləyin (Şəkil 3). Məlumat məlumatı və vizuallaşdırma nişanı göstəriləcək (şək. 4). 3D strukturunu göstərmək üçün alqoritmi, verilənlər toplusunu, xromosomu seçin və “Bu strukturu göstər” düyməsini basın. Struktur izləyicidə göstəriləcək. Modelləşdirmə parametrləri və yenidənqurma keyfiyyəti (məsələn, yenidən qurulan məsafələr və gözlənilən məsafələr arasında Spearmanın korrelyasiyası) izləyicinin altındakı qutuda bildirilir. Eyni anda iki strukturu müqayisə etmək üçün “Birdən çox strukturu göstər” düyməsini sıxın. Hər bir vizuallaşdırmanın 3D struktur alqoritmini və verilənlər dəstini seçmək üçün iki fərqli variantla iki struktur yan-yana göstəriləcək (Şəkil 5). 3D strukturunu yenidən qurmaq üçün istifadə olunan 2D kontakt matrisinin istilik xəritəsini görmək üçün “Kontaktın İstilik Xəritəsinə Baxın” düyməsini klikləyin.

Məlumatın vizuallaşdırılması Şəkildə istifadəçi GM12878 verilənlər bazası üçün “Baxış linki”nə kliklədikdə göstərilən çıxış göstərilir. Qırmızı vurğulanmış bölmə Hi-C məlumatları üçün mövcud olan Rezolyusiya(lar) haqqında məlumatı göstərir. Mavi vurğulanmış bölmə Hi-C məlumatları üçün mövcud olan strukturu göstərir. Yaşıl rənglə vurğulanmış bölmə Hi-C məlumatları üçün mövcud olan qiymətləndirmə nəticəsini göstərir. O, çıxış strukturu və giriş Hi-C məlumatları arasında Spearman korrelyasiyasını və əldə edilmiş digər qiymətləndirmə nəticələrini göstərir. Hər bir 3D strukturu qiymətləndirmək üçün biz Hi-C məlumat dəstlərindən əldə edilən yenidən qurulmuş məsafələr və məsafələr arasında məsafəni Spearmanın korrelyasiya əmsalı (dSCC) hesablayırıq. dSCC dəyəri − 1 ilə + 1 aralığındadır, burada daha yüksək dəyər daha yaxşıdır. Məsafə əsaslanan metodlar üçün biz IF-dən məsafəyə çevrilmə üçün istifadə edilən çevirmə əmsalını ( α ) bildiririk. Qradient yüksəliş optimallaşdırma alqoritmindən istifadə edən LorDG və 3DMax üçün biz optimallaşdırma prosesi üçün istifadə olunan öyrənmə sürətini bildiririk. 3D strukturları yaratmaq üçün hər bir metodun istifadə etdiyi parametrlər GSDB GitHub səhifəsində mövcuddur

Çoxsaylı 3D strukturun vizuallaşdırılması Rəqəmlər istifadəçi “Birdən çox strukturu göstər” düyməsini kliklədikdə göstərilən çıxışı göstərir. Çoxsaylı struktur görünüşü müxtəlif 3D struktur alqoritmləri və ya müxtəlif Hi-C əlaqə matrislərindən istifadə edərək strukturların müqayisəsinə imkan verir.

İstilik xəritəsi vizuallaşdırmanı fərdiləşdirmək üçün müxtəlif köməkçi vizuallaşdırma funksiyaları, eləcə də rəng parametrləri ilə konfiqurasiya edilə bilər (Şəkil 6). Xarici alət kosmik yürüşündə quruluşa baxmaq üçün [58] “Spacewalk-da görüntülə” düyməsini basın. İstifadəçi modelin müvafiq URL ilə yüklənə biləcəyi kosmik gəzinti veb saytına yönləndiriləcək.

İstilik xəritəsinin vizuallaşdırılması Şəkil, istifadəçi Şəkil 4-də göstərilən sarı rəngli “Kontaktın İstilik Xəritəsinə Baxın” düyməsini kliklədikdə göstərilən çıxışı göstərir. Qırmızı rənglə vurğulanmış rəqəm seçilmiş 2D xromosom kontakt xəritəsinin istilik xəritəsinin vizuallaşdırılmasını göstərir. İstilik xəritəsinin rəngi üçün mavi displey variantları ilə qeyd olunan radio düymələri. Yaşıl rəngdə qeyd olunan radio düymələri vizuallaşdırmanı yaxşılaşdırmaq üçün istilik xəritəsinin qurulmasından əvvəl xam kontakt matrisinə tətbiq oluna bilən funksiyaları göstərir. Sarı rəngdə göstərilən pəncərə 3D strukturunun vizuallaşdırılmasını göstərir

Strukturun qiymətləndirilməsi

GSDB istifadəçilərə model məsafələrini IF matrisinin və ya başqa 3D modelin gözlənilən məsafələri ilə müqayisə edərək öz 3D modellərini qiymətləndirməyə imkan verən qiymətləndirmə modulunu ehtiva edir (Şəkil 7). İki PDB faylı və ya bir PDB faylı və IF matris faylı yüklədikdən və "Müqayisə et" düyməsini kliklədikdən sonra istifadəçilərə Spearman Korrelyasiyası, Pearson Korrelyasiyası və Kök Orta Kvadrat Məsafə (RMSD) daxil olmaqla qiymətləndirmə xallarının toplusu təqdim olunur. İstifadəçilər həmçinin PDB fayllarının qəbul edildiyi hər yerdə G.PDB fayllarını yükləyə bilərlər.

Qiymətləndirmə Əgər istifadəçi “Qiymətləndirmə” tabını seçərsə, Şəkildə göstərilən pəncərə göstərilir. Bənövşəyi qutuda müqayisənin Protein Məlumat Bankı (PDB) formatında saxlanılan 2 strukturu, yoxsa PDB formatında strukturu və IF matrisini əhatə edəcəyini müəyyən edən radio düymələri göstərilir. Yaşıl qutular müqayisə ediləcək faylları seçmək üçün düymələri göstərir. Qırmızı qutu sınaq müqayisəsi üçün nümunə məlumatlarına keçidləri bildirir. Bənövşəyi qutu müqayisə işini təqdim edəcək qiymətləndirmə düyməsini göstərir

Qiymətləndirmə Şəkil, istifadəçi Şəkil 4-dən klaster Düyməni seçdiyi halda göstərilən pəncərəni göstərir. Sarı qutunun məzmunu qırmızı qutuda olan parametrlərdən istifadə etməklə seçilmiş hər bir strukturun prinsipial komponent analizi (PCA) dəyərlərinin 2D təsvirini göstərir. . Bənövşəyi qutunun məzmunu strukturların iyerarxik aqlomerativ qruplaşmasını göstərir

Alət seçimi

3D genomunun əsas həqiqət strukturu bütöv şəkildə təsdiq edilmədiyindən, proqnozlaşdıran alqoritmin hansı 3D strukturunun daha yaxşı olduğunun müəyyən edilməsi hələ də həll olunmamış problem olaraq qalır. GSDB klaster səhifəsini daxil etməklə istifadəçilərə alət seçimində təlimat verir. Bu səhifə nəzarətsiz əsas komponent analizini və müxtəlif alətlər tərəfindən proqnozlaşdırılan strukturların iyerarxik aqlomerativ klasterləşməsini göstərir (Şəkil 8). Müəyyən alətlər 3D strukturun yaradılmasında aşağı əhatə dairəsini aradan qaldırır, buna görə də biz bütün nəzarətsiz müqayisələrə yalnız eyni sayda nöqtəyə malik strukturları daxil edirik.


Polimeraza Zəncirvari Reaksiya (İnteraktiv)

Polimeraza zəncirvari reaksiya (PCR) tədqiqatçılara təxminən iki saat ərzində müəyyən bir DNT ardıcıllığının milyonlarla nüsxəsini çıxarmağa imkan verir. Bu avtomatlaşdırılmış proses DNT-ni gücləndirmək üçün bakteriyalardan istifadə ehtiyacından yan keçir.

Bu animasiya Kari Mullis ilə video müsahibələr, PCR-nin 3D molekulyar animasiyası və bir neçə laboratoriya protokolları ilə yanaşı, Polimeraza Zəncirvari Reaksiyasına dair "Spotlight Collection"da nümayiş etdirilir.

Bu animasiya VİDEO olaraq da mövcuddur.

Polimeraza zəncirvari reaksiya (PZR) tədqiqatçılara təxminən iki saat ərzində müəyyən bir DNT ardıcıllığının milyonlarla nüsxəsini çıxarmağa imkan verir. Bu avtomatlaşdırılmış proses DNT-ni gücləndirmək üçün bakteriyalardan istifadə ehtiyacından yan keçir. Bu animasiya Kari Mullis ilə video müsahibələr, PCR-nin 3D molekulyar animasiyası və bir sıra laboratoriya protokolları ilə yanaşı, Polimeraza Zəncirvari Reaksiyasına dair "Spotlight Collection"da nümayiş etdirilir.

polimeraza zəncirvari reaksiya, DNT polimeraza, DNT ardıcıllığı, avtomatlaşdırılmış proses, zəncirvari reaksiya, bakteriyalar


Biokimya Onlayn: Kimyəvi Məntiqə əsaslanan yanaşma

Kitabımı təsvir edən 3 dəqiqəlik video

Həmçinin UC Davis LibreTexts kitabxanalarının bir hissəsi olan Biology LibreText-də mövcuddur


8/6/06 tarixindən etibarən bu Məzmun səhifəsinin ziyarətçiləri

Ön söz

İnteraktivlik

İnteraktiv Mathematica qrafikləri: yüklənə bilən faylları oynamaq üçün pulsuz plagin, CDF pleyer (Wolfram) tələb olunur. Vebdə quraşdırılmış interaktiv Mathematica qrafiki artıq plaginlərə icazə verməyən əksər brauzerlər tərəfindən artıq dəstəklənir.
Mən interaktiv SageMath qrafiki: heç bir qoşulma tələb olunmur. Firefox, Chrome və Edge, IE11 üzərində işləyir.
İnteraktiv Jsmol molekulyar modelləri: plaginlərə ehtiyac yoxdur. Javascript əsasında bütün brauzerlərdə işləyir

Ev tapşırıqları problemləri

Baxış: Hüceyrə

Fəsil 1: LİPİD TRUKTURU

Ev Tapşırığı Problemləri - Ədəbiyyat Tədris Modulu:

Fəsil 2: Zülalların Strukturu

Ev Tapşırığı Problemləri - Ədəbiyyat Tədris Modulu:

Fəsil 3: KARBOHIDRATLAR/QLİKANLAR

Ev Tapşırığı Problemləri - Ədəbiyyat Tədris Modulu:

Fəsil 4: DNT VƏ BİOLOGİYANIN MƏRKƏZİ DOQMASI

Fəsil 5: MƏCBURLAMA

  1. Geri dönən bağlamaya giriş
  2. Bağlayıcı Qrafiklərin Riyazi Təhlilləri
  3. Hüceyrədaxili damcılarda Model Bağlama Sistemləri yeniləməsi
  4. Xromatin quruluşu və faza keçidləri üzrə Gen Transkripsiyasının Bağlanması və Nəzarəti
  5. Dərman İnkişafında Yeni Metodlar
  6. İmmunitet sisteminin tanınması - İltihablara dair yeni bölmə

Ev Tapşırığı Problemləri - Ədəbiyyat Tədris Modulu:

Fəsil 6: NƏQLİYYAT VƏ KİNETİKA

Ev Tapşırığı Problemləri - Ədəbiyyat Öyrənmə Modulları:

Fəsil 7: KATALİZ

Ev Tapşırığı Problemləri - Ədəbiyyat Tədris Modulu:

Fəsil 8: Oksidləşmə/FOSFORİLƏŞMƏ

  1. Dioksigen Kimyası
  2. Oksidləşdirici fermentlər
  3. Kompleks I, III, IV və ATP sintaza üçün ATP və oksidləşdirici fosforlaşma Yeni Jmo/Jsmols Kompleks III üzrə yeni bölmə
  4. Fotosintez: İşıq reaksiyası
  5. Nitrogenaz: Metal Klasterlərin Azaldıcı İstifadəsi

Ev Tapşırığı Problemləri - Ədəbiyyat Tədris Modulu:

Fəsil 9: METABOLİK VƏ SİQNAL VERİLMƏSİ

  1. Aktiv Nəqliyyat
  2. Sinir siqnalizasiyası
  3. Signaling Proteins 6/14/17 - kiçik G zülalları, GAP-lar və GEF-lər haqqında yeni bölmə
  4. mTOR və Qida Siqnalları
  5. Metabolik Nəzarət Təhlili və Sistem Biologiyası
  6. 11/16/17 (yenicə inkişaf etməyə başlayır) Siqnal Riyaziyyatı: Giriş və Çıxışların Qrafik Analizləri

Ev Tapşırığı Problemləri - Ədəbiyyat Tədris Modulu:

Fəsil 10: METABOLİK YOLLAR (MP)

Fəsil 11: HƏYATIN MƏNŞƏLİ

Əlavələr

Əlavə Veb Linklər:

  1. NCBI Biochemistry Texts - biokimya mətnlərini axtarın
  2. Biokimya, 5-ci nəşr Jeremy M Berg, John L Tymoczko və Lubert Stryer - NCBI-dan axtarıla bilər, lakin nəzərdən keçirilə bilməz.
  3. Martindeyl biokimyası
  4. Biofizika Cəmiyyəti: Milli Mühazirələr | Seçilmiş mövzular üzrə resurslar
  5. Tibbi Biokimya Biokimya dərsliklərində tapıldı!

Analitika: (yuxarı hit sayğacına baxın)

Axtarış motorları:

Biochemistry Online də aşağıdakı rəqəmsal kitabxanalarda tapıla bilər!

O, həmçinin siyahıya alınmışdır:

/>
Henry Jakubowski tərəfindən Biochemistry Online Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 Beynəlxalq Lisenziyasına əsasən lisenziyalaşdırılıb.

©Müəllif hüququ 2002 Dr. Henry Jakubowski
Zəhmət olmasa, şərhlərinizi Dr. Henri Yakubovskiyə göndərin.


PCNA: quruluş, funksiyalar və qarşılıqlı əlaqə

Proliferasiya edən hüceyrə nüvə antigeni (PCNA) replikasiya və təmir mexanizmlərinin tərkib hissəsi kimi nuklein turşusu mübadiləsində mühüm rol oynayır. Bu toroidal formalı zülal DNT-ni əhatə edir və dupleks boyunca iki istiqamətli sürüşə bilir. PCNA üçün yaxşı qurulmuş funksiyalardan biri onun DNT polimeraza deltası və epsilon üçün emal faktoru rolunu oynayır. PCNA polimeraza katalitik vahidini sürətli və emallı DNT sintezi üçün DNT şablonuna bağlayır. Son bir neçə ildə PCNA-nın DNT polimeraza aparatının bir hissəsi olmayan hüceyrə dövrünün inkişafında iştirak edən zülallarla qarşılıqlı əlaqədə olduğu aydın oldu. Bu qarşılıqlı təsirlərdən bəziləri DNT sintezinə birbaşa təsir göstərir, bir neçə digər qarşılıqlı əlaqənin rolu tam başa düşülmür. Bu icmal PCNA-nın struktur xüsusiyyətlərini ümumiləşdirir və zülalın DNT replikasiyası və təmirində oynadığı müxtəlif funksiyaları, həmçinin onun xromatin yığılmasında və gen transkripsiyasında mümkün rolunu təsvir edir. PCNA-nın müxtəlif hüceyrə zülalları ilə qarşılıqlı əlaqəsi və bu qarşılıqlı təsirlərin əhəmiyyəti də müzakirə olunur.


Bu Kolleksiya haqqında

İngilis Nobel mükafatı laureatı Frensis Krikin (1916-2004) adı 1953-cü ildə Darvinin təkamül nəzəriyyəsindən sonra biologiyanın anlaşılmasında ən mühüm irəliləyiş hesab edilən dezoksiribonuklein turşusunun (DNT) qoşa spiralının kəşfi ilə ayrılmaz şəkildə bağlıdır. Bununla belə, əlli ildən çox davam edən tədqiqat karyerası ərzində nəzəri bioloq Krik rentgen analizi vasitəsilə digər mühüm bioloji molekulların struktur tədqiqatlarına da fundamental töhfələr verib, protein sintezini başa düşmək və irsi məlumatların genetik kodun deşifrə edilməsinə kömək etmişdir. hüceyrədə və şüur ​​anlayışımızda saxlanılır və transkripsiya edilir. Şəxsiyyət və intellektin gücü ilə, məqalələrindən bu onlayn seçimdə asanlıqla aydın görünən Krik, bütün dünya alimləri üçün tənqid, fikir və məlumatların bir nəfərlik klirinq mərkəzi kimi xidmət etdi.

Londonda Tibb Tarixi və Anlayışı üçün Wellcome Kitabxanası 1915-ci ildən 2002-ci ilə qədər olan Francis Crick-in elmi məqalələrinin (kolleksiya arayışı PP/CRI) deposudur. Kolleksiyada yazışmalar, mühazirə qeydləri, fotoşəkillər, laboratoriya dəftərləri və dərc edilmiş və dərc olunmamış məqalələr. Sənədləri çoxaltmaq və ya surətlərini tələb etmək istəyən şəxslər və ya qurumlar Wellcome Trust Medical Photographic Library ilə əlaqə saxlamalıdırlar.

Elmdə Profillər layihəsinin bir hissəsi olaraq, Milli Tibb Kitabxanası Londondakı Wellcome Library for the History and Understanding of Medical Library ilə əməkdaşlıq edərək, Francis Crick Papers-in rəqəmsal seçimini onlayn olaraq təqdim etdi. Bu vebsayt Francis Crick Papers-in indi ictimaiyyətə açıq olan hissələrinə girişi təmin edir. Francis Crick Papers-in tam kolleksiyasından istifadə edərək tədqiqat aparmaqda maraqlı olan şəxslər Wellcome Library ilə əlaqə saxlamalıdırlar.

Bu Profil sizi Krikin elmi karyerasının və peşəkar həyatının müxtəlif mərhələləri ilə tanış etmək üçün hazırlanmışdır. "The Hekayə" altında naviqasiya panelindən əldə edilə bilən hekayə bölmələri Krikin həyatına və əsas elmi töhfələrinə diqqət yetirir.

Tədqiqatçılar Axtarış qutusundan istifadə edərək rəqəmsal elementləri axtara və ya naviqasiya panelindən "Kolleksiya Elementləri" seçərək kolleksiyadakı bütün Sənədlərə və Vizuallara baxa bilərlər.


11.11: DNT-nin strukturu - Biologiya

Yığılmış genomların strukturu, montaj adları və digər meta-məlumatlar, statistik hesabatlar və genomik ardıcıllıq məlumatlarına keçidlər haqqında məlumat verən verilənlər bazası.

Mədəniyyət kolleksiyaları, muzeylər, herbariya və digər təbiət tarixi kolleksiyaları üçün seçilmiş metadata toplusu. Qeydlərdə kolleksiya kodları, kolleksiyaların ev institutları haqqında məlumat və NCBI-da müvafiq məlumatlara keçidlər göstərilir.

Genomika, funksional genomika və genetika tədqiqatlarının toplusu və onların əldə edilən məlumat dəstləri ilə əlaqə. Bu resurs layihənin əhatə dairəsini, materialını və məqsədlərini təsvir edir və uyğunsuz annotasiya, çoxsaylı müstəqil təqdimatlar və tez-tez müxtəlif verilənlər bazalarında saxlanılan müxtəlif məlumat növlərinin müxtəlif təbiəti səbəbindən tapmaq çox vaxt çətin olan məlumat dəstlərini əldə etmək mexanizmini təmin edir.

BioSample verilənlər bazası eksperimental analizlərdə istifadə olunan bioloji mənbə materiallarının təsvirlərini ehtiva edir.

Ardıcıl olaraq qeyd edilən və yüksək keyfiyyətli insan və siçan zülal kodlaşdırma bölgələrinin əsas dəstini müəyyən etmək üçün birgə səy.

Tək nukleotid variasiyaları, mikrosatellitlər və kiçik miqyaslı əlavələr və silinmələr daxildir. dbSNP həm neytral variasiyalar, həm də klinik mutasiyalar üçün populyasiyaya xas tezlik və genotip məlumatlarını, eksperimental şərtləri, molekulyar kontekstləri və xəritəçəkmə məlumatlarını ehtiva edir.

NIH genetik ardıcıllıq verilənlər bazası, ictimaiyyətə açıq olan bütün DNT ardıcıllıqlarının şərh edilmiş toplusu. GenBank, Yaponiyanın DNT DataBankı (DDBJ), Avropa Molekulyar Biologiya Laboratoriyası (EMBL) və NCBI-da GenBankdan ibarət Beynəlxalq Nukleotid Ardıcıllığı Verilənlər Bazasının Əməkdaşlığının bir hissəsidir. Bu üç təşkilat gündəlik olaraq məlumat mübadiləsi aparır. GenBank bir neçə bölmədən ibarətdir və onların əksəriyyətinə Nukleotid verilənlər bazası vasitəsilə daxil olmaq olar. İstisnalar müvafiq olaraq Nucleotide EST və Nucleotide GSS verilənlər bazası vasitəsilə əldə edilən EST və GSS bölmələridir.

NIAID Qrip Genomu Sequencing Layihəsi və GenBank-dan məlumatların toplusu. O, qripin ardıcıllığının təhlili, annotasiya və GenBank-a təqdim edilməsi üçün alətlər təqdim edir. Bu resursda həmçinin digər qrip ardıcıllığı resurslarına, qrip virusları haqqında nəşrlərə və ümumi məlumatlara keçidlər var.

Qida, ətraf mühit və xəstə təcridlərindən yaranan bakterial patogen genomik ardıcıllıqların toplanması və təhlilini əhatə edən layihə. Hal-hazırda avtomatlaşdırılmış boru kəməri qida yoluxucu xəstəliklərin epidemiyalarının araşdırılmasına kömək etmək və qida çirklənməsinin potensial mənbələrini aşkar etmək üçün ilk növbədə ictimai səhiyyə laboratoriyaları tərəfindən təmin edilən ardıcıllıqları birləşdirir və müəyyən edir.

GenBank, RefSeq, Üçüncü Tərəf Annotasiyası (TPA) verilənlər bazası və PDB daxil olmaqla bir neçə mənbədən nukleotid ardıcıllığının toplusu. Nukleotidlər Bazasının axtarışı onun komponent verilənlər bazalarının hər birindən mövcud nəticələr verəcəkdir.

Müqayisəli tədqiqatlardan yaranan əlaqəli DNT ardıcıllığının verilənlər bazası: filogenetik, populyasiya, ətraf mühit və daha az dərəcədə mutasiya. Verilənlər bazasındakı hər bir qeyd DNT ardıcıllığı toplusudur. Məsələn, populyasiya çoxluğu orqanizm daxilində genetik variasiya haqqında məlumat verir, filogenetik dəst isə bir neçə əlaqəli orqanizmdən alınmış tək genin ardıcıllığını və onların düzülməsini ehtiva edə bilər.

Reagent distribyutorları, zond effektivliyi və hesablanmış ardıcıllıq oxşarlıqları haqqında məlumatla birlikdə müxtəlif biotibbi tədqiqat proqramlarında istifadə üçün nəzərdə tutulmuş nuklein turşusu reagentlərinin ictimai reyestri.

RefSeqGene İnsan geninə xas istinad genomik ardıcıllıqlarının toplusu. RefSeq geni NCBI-nin RefSeq verilənlər bazasının alt çoxluğudur və lokalizasiyaya aid verilənlər bazası kuratorlarının və genetik test icmasının rəyi əsasında müəyyən edilir. Onlar mutasiyalar barədə məlumat vermək, ardıcıl intron və ekzon nömrələmə konvensiyalarını qurmaq və digər bioloji əhəmiyyətli variasiyaların koordinatlarını təyin etmək üçün sabit əsas yaradır. RefSeqGene Locus Reference Genomik (LRG) Əməkdaşlığının bir hissəsidir. İstinad ardıcıllığı (RefSeq)

NCBI tərəfindən hazırlanmış, seçilmiş, lazımsız genomik DNT, transkript (RNT) və zülal ardıcıllıqlarının toplusu. RefSeqs genom annotasiyası, gen identifikasiyası və xarakteristikası, mutasiya və polimorfizm təhlili, ekspressiya tədqiqatları və müqayisəli təhlillər üçün sabit istinad təmin edir. RefSeq kolleksiyasına Nukleotid və Protein verilənlər bazası vasitəsilə daxil olmaq mümkündür.

Sequence Read Arxive (SRA) Roche 454 GS System®, Illumina Genome Analyzer®, Life Technologies AB SOLiD System®, Helicos Biosciences Heliscope®, Complete Genomics® və Pacific SMRT®ence daxil olmaqla, növbəti nəsil ardıcıllıq platformalarından ardıcıllıq məlumatlarını saxlayır. .

GenBank-da mövcud ilkin ardıcıllıq məlumatlarından qurulmuş ardıcıllıqları ehtiva edən verilənlər bazası. Ardıcıllıqlar və müvafiq qeydlər eksperimental olaraq dəstəklənir və nəzərdən keçirilən elmi jurnalda dərc edilmişdir. TPA qeydləri Nukleotidlər Bazası vasitəsilə əldə edilir.

DNT ardıcıllığının xromatoqramlarının (izlərinin), əsas çağırışların və müxtəlif geniş miqyaslı ardıcıllıq layihələrindən tək keçidli oxunuşlar üçün keyfiyyət təxminlərinin deposu.

Yükləmələr

Yerli istifadə üçün BLAST icra sənədləri Solaris, LINUX, Windows və MacOSX sistemləri üçün təmin edilmişdir. Əlavə məlumat üçün ftp qovluğunda README faylına baxın. BLAST nukleotid, zülal və tərcümə edilmiş axtarışlar üçün əvvəlcədən formatlaşdırılmış verilənlər bazaları da db alt kataloqu altında yükləmək üçün mövcuddur.

Müstəqil BLAST proqramları ilə istifadə etmək üçün verilənlər bazalarını sıralayın. Bu kataloqdakı fayllar BLAST ilə istifadəyə hazır olan əvvəlcədən formatlaşdırılmış verilənlər bazalarıdır.

Müstəqil BLAST proqramları ilə istifadə üçün FASTA formatında verilənlər bazalarını sıralayın. Bu verilənlər bazaları BLAST ilə istifadə edilməzdən əvvəl formatdb istifadə edərək formatlaşdırılmalıdır.

Bu saytda standart düz fayl formatında GenBank-da bütün ardıcıllıq qeydləri üçün fayllar var. Fayllar GenBank bölməsi tərəfindən təşkil edilir və tam məzmun README.genbank faylında təsvir olunur.

Bu sayt Referans Sequence (RefSeq) kolleksiyasındakı bütün nukleotid və zülal ardıcıllığı qeydlərini ehtiva edir. Seçilmiş orqanizmlər (insan, siçan və siçovul kimi) üçün məlumatlar ayrı-ayrı kataloqlarda olduğu halda, ""release"" kataloqu tam kolleksiyanın ən son buraxılışını ehtiva edir. Məlumatlar FASTA və düz fayl formatlarında mövcuddur. Ətraflı məlumat üçün README faylına baxın.

Bu sayt təqdim edilmiş ardıcıllıq layihəsi tərəfindən təşkil edilmiş növbəti nəsil ardıcıllıq məlumatlarını ehtiva edir.

Bu sayt növlər üzrə təşkil edilmiş iz xromatoqramma məlumatlarını ehtiva edir. Məlumatlara xromatoqramma, keyfiyyət balları, avtomatik əsas zənglərdən FASTA ardıcıllıqları və nişanla ayrılmış mətndə, eləcə də XML formatlarında digər köməkçi məlumatlar daxildir. Ətraflı məlumat üçün README faylına baxın.

Bu saytda FASTA formatında UniVec və UniVec_Core verilənlər bazası var. Ətraflı məlumat üçün README.uv faylına baxın.

Bu sayt 4 rəqəmli layihə kodu ilə təşkil edilmiş bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı məlumatlarını ehtiva edir. Məlumatlara GenBank və GenPept düz faylları, keyfiyyət balları və ümumi statistika daxildir. Əlavə məlumat üçün README.genbank.wgs faylına baxın.

Təqdimatlar

Tədqiqatçılar, konsorsiumlar və təşkilatlar üçün öz BioLayihələrini qeydiyyatdan keçirmələri üçün interfeys təqdim edən onlayn forma. Bu, tədqiqat üçün genomik və genetik məlumatların təqdim edilməsi üçün başlanğıc nöqtəsi kimi xidmət edir. BioProject qeydiyyatı zamanı məlumatların təqdim edilməsinə ehtiyac yoxdur.

GenBank verilənlər bazasına bir və ya bir neçə təqdimetmə üçün veb-əsaslı ardıcıllıqla təqdimetmə vasitəsi, təqdimetmə prosesini tez və asan etmək üçün nəzərdə tutulmuşdur.

Növlərin identifikasiyasında istifadə üçün standart genetik lokusdan olan Barkod qısa nukleotid ardıcıllığının GenBank məlumat bazasına təqdim edilməsi üçün alət.

İctimai ardıcıllıq verilənlər bazalarına (GenBank, EMBL və ya DDBJ) daxiletmələrin təqdim edilməsi və yenilənməsi üçün NCBI tərəfindən hazırlanmış müstəqil proqram aləti. O, tək qısa mRNT ardıcıllığını, uzun ardıcıllıqları, çoxlu annotasiyaları, seqmentlərə bölünmüş DNT dəstlərini, həmçinin filogenetik və populyasiya tədqiqatlarının ardıcıllıqlarını düzülmə ilə ehtiva edən sadə təqdimatları idarə etməyə qadirdir. Sadə təqdim etmək üçün əvəzinə onlayn təqdimetmə aləti BankIt istifadə edin.

Sequin ilə eyni funksiyalardan istifadə edərək GenBank-a təqdim etmək üçün ardıcıllıq qeydlərinin yaradılmasını avtomatlaşdıran komanda xətti proqramı. Bu, ilk növbədə tam genomların və ardıcıllığın böyük partiyalarının təqdim edilməsi üçün istifadə olunur.

Bu link SRA məlumatlarını təqdim edənlərin öz məlumatları üçün təhlükəsiz NCBI FTP saytını necə əldə edə biləcəyini təsvir edir, həmçinin icazə verilən məlumat formatlarını və kataloq strukturlarını təsvir edir.

Təqdimatçılar üçün NCBI-da bütün məlumat təqdimetmə prosesləri ilə əlaqə yaratmaq və məlumat tapmaq üçün vahid giriş nöqtəsi. Hazırda bu, BioProjects və BioSamples-ın qeydiyyatı və WGS və GTR üçün məlumatların təqdim edilməsi üçün interfeys kimi xidmət edir. Bu sayta gələcək əlavələr planlaşdırılır.

Bu keçid iz məlumatlarını təqdim edənlərin öz məlumatları üçün təhlükəsiz NCBI FTP saytını necə əldə edə biləcəyini təsvir edir, həmçinin icazə verilən məlumat formatlarını və kataloq strukturlarını təsvir edir.

Alətlər

Bioloji ardıcıllıqlar arasında yerli oxşarlıq bölgələrini tapır. Proqram nukleotid və ya zülal ardıcıllığını ardıcıl verilənlər bazası ilə müqayisə edir və uyğunluqların statistik əhəmiyyətini hesablayır. BLAST ardıcıllıqlar arasında funksional və təkamül əlaqələri haqqında nəticə çıxarmaq, həmçinin gen ailələrinin üzvlərini müəyyən etmək üçün istifadə edilə bilər.

Nukleotid və ya Zülal verilənlər bazalarından GI və ya qoşulma nömrələri faylını və ya digər Entrez verilənlər bazalarından unikal identifikatorlar faylını yükləməklə bir çox Entrez verilənlər bazasından qeydləri əldə etməyə imkan verir. Axtarış nəticələri müxtəlif formatlarda birbaşa kompüterinizdə yerli faylda saxlanıla bilər.

Adi veb sorğu interfeysindən kənarda NCBI-nin Entrez sistemi daxilində məlumatlara çıxışı təmin edən alətlər. Onlar proqram təminatı daxilində Entrez tapşırıqlarının avtomatlaşdırılması metodunu təmin edirlər. Hər bir yardım proqramı xüsusi axtarış tapşırığını yerinə yetirir və sadəcə olaraq xüsusi formatlaşdırılmış URL yazmaqla istifadə edilə bilər.

Bu alət nukleotid və ya zülal ardıcıllığını genomik ardıcıllıq verilənlər bazası ilə müqayisə edir və Əsas Yerli Alignment Axtarış Aləti (BLAST) alqoritmindən istifadə edərək uyğunluqların statistik əhəmiyyətini hesablayır.

NCBI-nin Remap aləti istifadəçilərə annotasiya məlumatlarını layihələndirməyə və xüsusiyyətlərin yerlərini bir genomik məclisdən digərinə və ya baza analizi vasitəsilə baza vasitəsilə RefSeqGene ardıcıllığına çevirməyə imkan verir. Remappingin sərtliyini tənzimləmək üçün seçimlər təmin edilir və xülasə nəticələri veb-səhifədə göstərilir. Tam nəticələr NCBI-nin Genome Workbench qrafik görüntüləyicisində baxmaq üçün endirilə bilər və yenidən qurulmuş funksiyalar üçün annotasiya məlumatları, habelə xülasə məlumatları da yükləmək üçün mövcuddur.

Ardıcıllıq məlumatlarına baxmaq və təhlil etmək üçün inteqrasiya olunmuş proqram. Genome Workbench ilə siz NCBI-də ictimaiyyətə açıq olan ardıcıllıq verilənlər bazalarında məlumatlara baxa və bu məlumatları öz məlumatlarınızla qarışdıra bilərsiniz.

İstifadəçi ardıcıllığında və ya verilənlər bazasında olan ardıcıllıqla bütün açıq oxu çərçivələrini tapan qrafik analiz aləti. On altı müxtəlif genetik koddan istifadə edilə bilər. Çıxarılan amin turşusu ardıcıllığı müxtəlif formatlarda saxlanıla və BLAST istifadə edərək zülal verilənlər bazasında axtarıla bilər.

Primer-BLAST aləti PCR primerlərini ardıcıllıq şablonuna dizayn etmək üçün Primer3-dən istifadə edir. Potensial məhsullar daha sonra nəzərdə tutulan hədəfin spesifikliyini yoxlamaq üçün istifadəçi tərəfindən müəyyən edilmiş verilənlər bazalarına qarşı BLAST axtarışı ilə avtomatik təhlil edilir.

Zülalların genomik nukleotid ardıcıllığına uyğunlaşdırılmasının hesablanması üçün bir yardım proqramı. O, Needleman Wunsch qlobal hizalama alqoritminin dəyişikliyinə əsaslanır və xüsusilə intronlar və birləşmə siqnalları üçün hesablanır. Bu alqoritm sayəsində ProSplign birləşmə yerlərinin müəyyən edilməsində dəqiqdir və ardıcıllıq xətalarına dözümlüdür.

Nukleotid və ya zülal ardıcıllığının konfiqurasiya edilə bilən qrafik görüntüsünü və həmin ardıcıllıqla şərh edilmiş xüsusiyyətləri təmin edir. NCBI ardıcıllığı verilənlər bazası səhifələrində istifadə etməklə yanaşı, bu görüntüləyici daxil edilə bilən veb səhifə komponenti kimi mövcuddur. Təfərrüatlı sənədlər, o cümlədən API İstinad bələdçisi, izləyicini öz səhifələrində yerləşdirmək istəyən tərtibatçılar üçün mövcuddur.

cDNA-to-Genomik ardıcıllığın uyğunlaşdırılmasını hesablamaq üçün bir yardım proqramı. O, Needleman-Wunsch qlobal hizalama alqoritminin dəyişikliyinə əsaslanır və xüsusilə intronlar və birləşmə siqnalları üçün hesablanır. Bu alqoritm sayəsində Splign birləşmə yerlərinin müəyyən edilməsində dəqiqdir və ardıcıllıq səhvlərinə dözümlüdür.

Vektor mənşəli ola bilən nuklein turşusu ardıcıllığının seqmentlərini tez müəyyən etmək üçün sistem. VecScreen ixtisaslaşdırılmış qeyri-ehtiyatsız vektor verilənlər bazasında (UniVec) istənilən ardıcıllıqla uyğun gələn seqmentlər üçün sorğu ardıcıllığını axtarır.


Videoya baxın: DNT və RNT.0553909626 (Oktyabr 2022).