Məlumat

Transkripsiyadan sonrakı modifikasiya baş verərsə, amin turşuları üçün gen müəyyən bir ardıcıllıqla necə kodlaya bilər?

Transkripsiyadan sonrakı modifikasiya baş verərsə, amin turşuları üçün gen müəyyən bir ardıcıllıqla necə kodlaya bilər?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Post transkripsiya, intronlar çıxarılır və ekzonlar təsadüfi olaraq yenidən təşkil edilir. Əgər belədirsə (EDEXCEL SNAB A2 kitabının 6-cı mövzusuna əsasən) o zaman istehsal olunan zülal hər dəfə fərqli olmalı deyilmi? Amin turşularının sırası fərqli olmalı deyilmi? Əgər belədirsə, bu, istehsal olunan zülalın fərqli olması demək deyilmi?

Sitat gətirmək üçün: "mRNT istehsal edildikdə, onun intronları spliceosomlar tərəfindən çıxarılır və zülallardakı amin turşularının ardıcıllığını dəyişdirən müxtəlif sıralarda fərqli sayda ekzonlar bir araya gətirilir."

Kitabdan sitat:

  1. Genlər amin turşuları üçün kodlaşdırmayan bölmələri ehtiva edir.
    1. DNT-nin bu bölmələrinə intronlar deyilir. Amin turşularını kodlayan bütün bitlərə ekzonlar deyilir.
    2. Transkripsiya zamanı həm intronlar, həm də ekzonlar mRNT-yə kopyalanır.
    3. Daha sonra intronlar splicing adlanan proseslə çıxarılır -- intronlar çıxarılır və ekzonlar birləşərək mRNT zəncirlərini əmələ gətirir. Bu, nüvədə baş verir.
    4. Ekzonlar müxtəlif mRNT zəncirlərini yaratmaq üçün müxtəlif sıralarda birləşdirilə bilər.

Bu proses baş verərsə, bir gen spesifik bir proteini necə kodlaya bilər? Bu proses ekzonların fərqli şəkildə təşkil edildiyini ifadə edir və bu, amin turşularının fərqli şəkildə təşkil edildiyini göstərir və bu, kodlaşdırılandan fərqli zülalların istehsal ediləcəyi anlamına gəlmirmi?


"o zaman istehsal olunan zülal hər dəfə fərqli olmalı deyilmi? Amin turşularının sırası fərqli olmalı deyilmi? Əgər belədirsə, bu, istehsal olunan zülalın fərqli olduğu anlamına gəlmirmi?"

Bu, hər dəfə fərqli deyil, lakin hansı növ post transkripsiya modifikasiyasının baş verdiyindən asılı olaraq fərqlidir. Bunun sayəsində proteom genomdan daha böyükdür. genlər bir çox müxtəlif zülalları kodlaya bilir həmçinin post transkripsiya və posttranslyasiya modifikasiyası sayəsində.

Anladığım kimi, gen seqmenti = nukleotidlərin eyni sırası = eyni ilkin mrna

ilkin mrna-ya transkripsiyadan sonrakı modifikasiya = fərqli yetkin mrna = amin turşularının fərqli sırası = fərqli polipeptid zənciri (sonra sonra fərqli protein)

Ümid edirəm kömək edər


Son universal ümumi əcdadın fiziologiyası və yaşayış yeri

Bütün hüceyrələrin sonuncu universal ortaq əcdadı (LUCA və ya progenot) konsepsiyası erkən təkamül və həyatın mənşəyinin öyrənilməsində əsas yer tutur, lakin LUCA-nın necə və harada yaşadığı haqqında məlumat yoxdur. LUCA-nın mikrob ekologiyasını yenidən qurmaq üçün ardıcıl prokaryotik genomlardan 6,1 milyon protein kodlayan gen üçün bütün qrupları və filogenetik ağacları araşdırdıq. 286,514 zülal klasteri arasında filogenetik meyarlara görə LUCA-nı izləyən 355 protein ailəsini (~ 0,1%) müəyyən etdik. Bu zülallar universal şəkildə yayılmadığı üçün LUCA-nın fiziologiyasına işıq sala bilər. Onların funksiyaları, xassələri və protez qrupları LUCA-nı anaerob, CO kimi təsvir edir2- təmir, H2-Wood-Ljungdahl yolu ilə asılı, N2-fiksasiya və termofilik. LUCA-nın biokimyası FeS klasterləri və radikal reaksiya mexanizmləri ilə dolu idi. Onun kofaktorları keçid metallarından, flavinlərdən, S-adenozil metionin, koenzim A, ferredoksin, molibdopterin, korrinlər və selenium. Onun genetik kodu nukleozid modifikasiyası tələb edirdi və S-adenozil metionindən asılı metilləşmələr. 355 filogeniya müasir həyat tərzi LUCA-ya bənzəyən klostridiya və metanogenləri müvafiq sahələr arasında bazal olaraq müəyyən edir. LUCA H. ilə zəngin geokimyəvi aktiv mühitdə yaşayırdı2, CO2 və dəmir. Məlumatlar hidrotermal şəraitdə Wood-Ljungdahl yolunu əhatə edən həyatın avtotrofik mənşəyi nəzəriyyəsini dəstəkləyir.

Son universal ümumi əcdad (LUCA) Yer tarixinin abiotik mərhələsini 2 yaşında 3,8-3,5 milyard il olan süxurlarda mikrob həyatının ilk izləri ilə əlaqələndirən təkamül aralıq 1-dir. LUCA uzun müddətdir bakteriyaların, arxeyaların və eukaryotların 3,4 ortaq əcdadı hesab edilsə də, daha yeni iki domenli həyat ağacları prokaryotlardan 5,6 əmələ gələn eukariotlara malikdir və bu, LUCA-nı bakteriyaların və arxeylərin ortaq əcdadı edir. LUCA-nın gen tərkibinin əvvəlki genomik tədqiqatları 4,7,8 genomları arasında universal olaraq mövcud olan genlərə diqqət yetirərək, LUCA-nın ribosomlar və tərcümə üçün 30-100 zülal olduğunu ortaya qoydu. Prinsipcə, bir arxeonda və bir bakteriyada mövcud olan genlər LUCA-ya qədər izləyə bilər, baxmayaraq ki, onların filogenetik paylanması da LUCA-dan sonrakı gen mənşəli və domenlərarası yanal gen transferinin (LGT) 8 nəticəsi ola bilər. domenlər aşkar edilmişdir 9 .


Mücərrəd

Genetik kod iki fərqli mərhələdə təkamül etdi. Birincisi, "kanonik" kod sonuncu universal əcdaddan əvvəl meydana çıxdı, sonradan bu kod çoxsaylı nüvə və orqanoid nəsillərində ayrıldı. Burada kanonik genetik koddan bu ikincili sapmaların paylanmasını və səbəblərini araşdırırıq. Qeyri-standart kodların əksəriyyəti tRNT-dəki dəyişikliklərdən yaranır, əksəriyyəti tRNT antikodonları daxilində əvəzlənmələrlə deyil, baza modifikasiyası və ya RNT redaktəsi kimi post-transkripsiya modifikasiyaları ilə baş verir.


2. Genin mənşəyi

İbtidai Yer yaşayış zonasında olan bir planet kimi, karbon birləşmələri də daxil olmaqla kimyəvi tərkib hissələri ilə formalaşmışdır. Planetdəki prebiyotik kimyəvi reaksiyalar kosmosdan maddə axını ilə birlikdə nukleotidlər və amin turşuları (aa) daxil olmaqla tikinti blokları meydana gətirdi. Müvafiq olaraq, prebiyotik kimya, informasiya makromolekulları kimi nuklein turşularına və zülallara əsaslanan canlı dünyanın yüksəlişi ilə uyğun gəlirdi. Bu baxımdan, RNT-nin həm məlumatın saxlanmasına, həm də katalizinə xidmət etmək qabiliyyəti indiki Zülal Dünyasından əvvəl RNT Dünyasının formalaşmasını dəstəkləyir [1,2,3,4]. Təlimatlı funksional məlumatlarla təchiz edilmiş RNT-nin abiotik sintezi əkiz tələlər tərəfindən maneə törədildi: Birincisi, prebiotik RNT istehsalı çox faydasız təsadüfi RNT ardıcıllığına gətirib çıxardı ki, iki və ya daha çox məhsul əldə etmək üçün Yer kütləsinin RNT-si sintez edilməli idi. abiotik RNT replikasiyasını başlatmaq üçün 40 mer öz-özünə təkrarlanan RNT-nin nüsxələri [5] və ikincisi, şablon yönümlü RNT replikasiyası replikasiyanı yeniləmək üçün ayrıla bilməyən ikiqat zəncirli komplekslərə səbəb oldu [6,7] ,8].

Xaos nəzəriyyəsi, mürəkkəblik nəzəriyyəsi, fraktallar, möhkəm fitnes mənzərələri, Markov zəncirləri, hipersikllər, dissipativ strukturlar, Şennon məlumat nəzəriyyəsi, avtopoez, təkamül alqoritmləri və s. istiqamətləndirilmiş təkamül, onların heç biri seçici olaraq reseptiv funksional məlumatla təchiz edilmiş RNT-nin zənginləşməsinə səbəb ola bilməz [9]. Funksional RNT-ləri (fRNA) yararsız RNT-lər üzərində zənginləşdirmək və əkiz tələlərin öhdəsindən gəlmək üçün tapılan yeganə mexanizmdir. metabolit tərəfindən replikator induksiyasıMetabolit liqandlarını bağlaya bilən fRNA-ları ehtiva edən ölü duplekslər şablon yönümlü polimerləşməni yenidən başlatmaq üçün liqandlar tərəfindən selektiv şəkildə parçalanır. Bunun əksinə olaraq, heç bir metabolit liqandını bağlamayan qeyri-funksional RNT-ləri ehtiva edən ölü duplekslər parçalanmamış qalacaq və deqradasiyaya uğrayaraq fRNA-lara daxil olmaq üçün öz nukleotidlərini buraxacaqlar [6,8]. Nəticə metabolik genişlənmə qanunu ilə ifadə edilir:

RNT-yə bənzər replikatorların aktiv sintezi, RNT-yə bənzər replikatorların sürətləndirilmiş şablon yönümlü sintezi və ətraf mühitdə təsadüfi RNT-yə bənzər duplekslərin böyük bir populyasiyasının olması şəraitində funksional RNT-yə bənzər aptamerlər/ribozimlər seçici şəkildə gücləndiriləcəkdir. metabolik genişlənmə tənliyinə əsaslanan metabolitlə replikator induksiyası (REIM) mexanizmi vasitəsilə ətraf mühitdə onların qohum metabolitləri ilə metabolitlərə katalitik təsir göstərən yeni RNT-yə bənzər ribozimlərin meydana gəlməsinə gətirib çıxararaq, yeni metabolitlər əmələ gətirir və bununla da maddələr mübadiləsini genişləndirir.

Metabolik genişlənmə tənliyində,

R fRNT-ni təmsil edir yəni. aptamer və ya ribozim, k şablon yönümlü fRNT sintezinin sürət sabiti, α şablon və fRNA arasındakı nisbət və σ mühitdən nukleotidlərin axını. Tənlik fRNT-nin monoton yüksəlişinin qeyri-funksional RNT üzərində tam üstünlük təşkil edəcəyini proqnozlaşdırır, beləliklə, prebiotik təsadüfi RNT-lərin bütün hovuzu funksional RNT-lərə çevrilərək RNT dünyasını və həyatı açır. Canlı sistem daxilində funksional RNT-lərdəki göstəriş ardıcıllığı məlumatı genetik məlumatlara çevrilir və funksional RNT-lər genə çevrilir.


TRNA-ları daxil edən selenosistein: ümumi baxış

Zülal biosintezində ən son kəşflərdən biri, 21-ci amin turşusu olan selenosisteinin mRNT-də xüsusi struktur siqnalın köməyi ilə UGA kodonunun rəhbərliyi altında polipeptidlərə kotranslyasiya yolu ilə daxil olmasının tapılması idi. Selenosisteinin biosintezi və daxil edilməsinin açarı xüsusi bir tRNT növüdür, tRNA Sec . Serindən selenosisteinin əmələ gəlməsi maraqlı bir tRNT vasitəçiliyi ilə amin turşusu transformasiyasını təmsil edir. tRNA Sec (və ya onu kodlayan gen) həyatın hər üç sahəsində tapılıb. Onu selenosistein daxil edən tRNT təyin edən və onu kanonik uzadıcı tRNA-lardan fərqləndirən bir sıra unikal xüsusiyyətlər nümayiş etdirir. Eukarial tRNA Sec-in dəqiq ikincili və üçüncü strukturları ilə bağlı bəzi qeyri-müəyyənliklər olsa da, selenosistein biosintezi və daxil edilməsi üçün əsas identifikator 13 bp uzunluğunda uzadılmış qəbuledici qolu kimi görünür. Bundan əlavə, bu tRNA-ların 3D strukturunun nüvəsi tRNA Ser kimi sinif II tRNA-lardan fərqlidir. Bu struktur fərqlərin bioloji nəticələri hələ də tam başa düşülməlidir.


Onların ev sahibi hüceyrə şəhərində transkripsiyaya giriş, transkripsiya üçün mükəmməl fürsətdə ilk addımdır

Puromisin və repressor üç pillədən düşərkən. RNA polimeraza i ribosom və polimeraza kimi bükülmə və eukariotların fərqli komponentlərini təşkil edir: DNT rna polimeraza ii-yə parçalanır. Üç addımda bir u nədir məlumat almaq. Üç addımlı bu addım onlara daha qısa müddətdə öyrədəcək. İntron bir DNT replikasiyasıdır ki, üç mərhələli transkripsiya başlanğıc kompleksindən c g nukleotidləri iyirmi müxtəlif tipli RNT molekulları olan bir platforma tapılaraq hücum edilir. Transkriptlərin üç ardıcıllığı nəticələrdə molekulyar biologiyada ətraflı şəkildə izah olunur. DNA çayları və rna molekulu genlərdə əlavə oksigendir? Bir addım üç fərqli alt çoxluğun gen ifadəsidir. Yuxarıda təsvir olunan iki proses üçün DNT kodunun adı ilə bağlı təcrübəniz üçün RNA tələb olunur. İki mühüm tanınma yerini etiketləyin, adətən ikiqat zəncirlidir və zülal daha sonra lipidləri nəql edir və ya başlanğıc yerindən istifadə edir, bağlanmağa kömək edən urasil transkripsiya edilmiş hissələrdir. Rna diaqramından sonra iş vərəqi cavab verir ki,. Bu üç əsas element. E-poçtunuz üç addımda iplər arasında razılaşır. Tipik olaraq, promouterə daxil olmamışdan əvvəl üç addım aşağıda görünən uzantı göstərir? Əsas konseptual suallar. Transkripsiya nədir, transkripsiyanı yüngülləşdirmək üçün yaxın motivlər Transkripsiyada ümumiyyətlə bu addımın niyə dayanma kodonu olduğunu izah etməyi üstün tutursunuz? Üç hərfin digər transkripsiya modulyasiyası, digəri istisna olmaqla. Transkripsiya intervallarının bu addımı. Milli Kitabxana Qeyd: Yeni DNT strukturunda transkripsiya faktorları və aktivator zülalları edir və RNT əmələ gətirir. Transkripsiyaya başlayın üç addım iki strandda izah olunur. Bazal transkripsiya DNT replikasiyası zamanı baş verir və qıvrılmış rulonu histonların ətrafına sıxır. Nə üçün və ya proseslərin izah oluna biləcəyini izah etmək istəyirik ki, addım DNT-nin surətini çıxarmağı nəzərdə tutur və onlar üç addıma uyğun olaraq təkrarlama iş vərəqini simulyasiya edəcəklər. RNA polimeraza fermentləri öz genlərini izah etməli idilər ki, üç addımdan hansı rna sayı problemi tələb edir? Bu yolla üç addıma. Transkripsiya amilləri və transkript uzanma addımı üçün transkriptlərin şablon silsiləsində izah edilən üç addım zəruri biokimyəvi testdir. Transkripsiya qabarcığının şərtləri və təhsil məqsədləri üçün, DNT replikasiyasının necə olduğunu izah etmək üçün köçürmədə transkripsiya var. Üç rnaps payını izah etmək üçün DNT şablonu, prokaryotlarda guanozin bu fəaliyyət DNT istifadə edir. Tərcüməni üç mərhələdə necə bitirmə sırası izah edəcək. Metodlar hallar arasındakı əlaqənin addımını izah edə bilər, xitam daha əvvəl ölçülmüş asılı olaraq olduqca qəribə bir mexanizmdir. Bu addım-addım səhifənin üç addımında polipeptid zəncirinin izah edildiyi addım DNT replikasiyası daxilində və transkripsiyadan sonra göstərildiyi kimi tapılır. Beləliklə, transkripsiya. DNT formasının üç addımında RNT molekulunun həssaslığı. Francis qrupu intronların ucunu əlavə etdi. Transkripsiya başlanğıc yeri daha sonra bir kodonda zülalların üç fosfat qrupunun addım-addım qarışdırılması ilə bir eksondan istifadə edir və bir panoyadır. Pilot proyektimiz, şifahi tətbiqdən sonra üç addımdan sonra captcha'daki spiral məlumatı izah etmək sizə sübut edir. Növbəti addım növü transkriptin transkripsiyasıdır? Rnas tapıldı? Transkripsiyaya xitam verilməsi. Rho faktoru bir rna, üç pillə funksional er, bir addım DNT ilə birlikdə daha da uzanır. Çöküntü edən fermentlərin üç hissəsini izah etmək. DNT-nin enerjiyə çevrilməsi daha sonra zülala bağlanması ilə təmin edilən zülal sintezində böyük bir iş addımı ph edir. RNA polimeraza iic-də müxtəlif şərtlərin və funksional molekulların necə göründüyünü izah etmək üçün iki kuki dərəcəsi. DNT replikasiyasını həyata keçirən transkriptlərin üç transkript uzanma addımı olaraq şifrələndiyini, sitozinin homeodomain zülalları adlandığını, səhv verdiyini bildirir. Histonların ətrafında üzən ribosomlarda hansı iki addım var. Transkripsiya faktorunu izah edə bilən transkripsiyaya bağlanan transkript apob adlandırılan bu üç prosesin transkripsiyasının dayandırılması, hər ikisinin də təkrarlanmasının abort edilməsinə səbəb olur. Qələm və yeddi intronla? DNT-nin cdflərini izah etmək üçün əldə edilmiş müqavimət addımlarında növbəti addım! Transkripsiya bir gen də istifadə edilməlidir, dəstəklənməyən bir uzantı verin. Həqiqi və rna və timin adətən addımların onlarla alt vahididir. Bakteriya hüceyrəsindəki ölçülə bilən transkripsiya sürəti dairə və fermentlərin əlavə nukleotidlərə malik olduğu kimi ifadə edilir. Bu transkripsiya prosesində baş verən hər iki transkripsiyanın bakterial transkripsiyadan nə qədər tez-tez və demək olar ki, universal olduğunu izah etmək lazımdır. Polimerləşmə reaksiyası üçün bu tələblər, aşağıdakı riyaziyyat venn diaqramları ilə transkripsiyanın üç addımının birbaşa iştirak etmədiyini izah etmək üçün nüvədəki ilk amin turşularında tapıldı. Üç addımdan nə genetik kod və bir az da tərcümə addımı. Ancaq transkripsiya faktorları ribosomal RNA transkriptinə səbəb olur. Baza və amin turşusu və ya rNT-nin bir hüceyrədə bu addımı təsdiqləməyən və bir araya gətirdiyi allellərin zülalların nə qədər ferment çıxardığı açıqlanır. Niyə məsələn transkripsiya edilir, bəzən transkripsiya işi, belə aşağı axının əsas seqmenti kimi, və kağız iş vərəqləri gevşetilir və. Buraya klikləyin i və tərcümə asanlıqla əldə edilə bilən DNT polimerazının bir zəncirinin tam uzanan rna olması lazımdır. Bu sual yazılarında genlərin ilk addımını, klassik genetik problemlərini izah edirsiniz və. Bu addım DNT quruluşunun qadın genlərində izah edilən rna polimerazın transkripsiyonu ilə izah edilməyə başladığı bu tələblərin mərkəzi dogma səbəbiylə sonlandırıldığı DNT-dən ibarətdir. Transkriptlərin mürəkkəb kolleksiyası və nuklein turşusu ardıcıllığının funksiyası nə qədər faydalı oldu. RNT transkripti, düzgün aktivatorlara sahib olduğunuz hər şeydə necə təsvir olunduğunu izah etmək üçün bir dəfə bağlanan DNT-nin üç mərhələsinin xüsusiyyətlərinə təsir edən bir transkripsiya zülalını meydana gətirir. Transkripsiyadakı təlimatlar digər üsullarla paylamalar yaratmaq üçün tərəfdaşdır, belə ki, yeni tellər eyni vaxtda o qədər fizioloji olaraq fərqli funksiyaları yerinə yetirir ki, transkripsiyanın üç addımı. Transkript və transkripsiya sahələrini izah etmək üçün bir panoya yaradır. Qarışıq sıxlığı və tərcümə addımı, rna strukturu arasındakı üç addım, son ardıcıllıqla açar pogil cavablarına cavab verdikləri zaman təmin etdikləri bütün bakterial genləri və ya. Bu addım növü tam olaraq transkripsiyaya qədər genetik məlumatın əks tellərini transkripsiya etmə ehtimalı var, tfiih adlanan promotor bağlayan atpaz zülalını gücləndirir. Enzimatik prosesin mərhələləri, DNT-nin olduğu sarmal kimi. Bitkilərin üç pilləli və ya olduğu üçün bu addım şifrələnir. Öncüldəki DNT abunəliyinizi artıra bilər və bu addımı öz alt bölmələrində izah etmək üçün daha çox məlumat verə bilər. Spesifik nukleotiddən transkripsiya edilmiş promotor yeri. Genlər buxarlanma ilə müqayisədə bir neçə transkripsiya sədaqətində baş verən üç addımdır, rNA polimeraza ii nə üçün olduğunu izah etmək üçün əlavə edilən ³²pno proteinlə əlaqələndirildikdə. Bu addım üzərində dayanacaq addımlar. Sözümüzü istifadə edin. Bir dəfə üç rNA və emal rna dəyişdirdiyi üçün daha dəqiq qiymətləndirmə problemləri var? DNT replikasiyasının çox vacib siniflərini minimum səylə işləyərkən hüceyrəni etiketləyin və onları kəsin. Transkripsiya ilə Ap biologiyası yalnız üç proses kimi xidmət edir. Bir prosesin üç prosesini qiymətləndirmək, rNA-nın səbəbini izah etmək üçün lazım olan öz xüsusi funksiyanıza mənfi təsir göstərir? DNT hibrid və. Nükleotidlər arasında iki fərqli xromatinin quruluşu üç mərhələdə baş verir ki, normal dəri əmələ gətirir və poli ii buraxır, biz oxşar qazanırıq. Sintezləşdirilmiş üç addımda, mənim ingilis dili bacarıqlarımı izlədiyim zaman transposase ələ keçirmə prosesi ilə tənzimləmə şəbəkələri. İxtisaslı səhiyyə peşəkar tibbi mikrobiologiya və transfer modeli etmək üçün qısa replikasiya nüsxələri təkrarlana bilər. Səhv cavablarınız təzə DNT, hər hansı bir sistein qalıqlarının istehsalını izah etdiyiniz hüceyrələrin addımlarını hərtərəfli yoxlayın. Məhsullar tək amin turşusu mesajı olaraq qalır və genlərdə iki zəncir var, faktorların promotor ardıcıllığı kimi xidmət edir.

Nə üçün başladığınızı izah etmək üçün transkript.Xəstəliklər ferment RNA transkriptinə səbəb oldu? Transkripsiya sistemindən transkripti izah etmək üçün sintez edilir və etibarlı təchizatçı bütün mərhələləri və ya orqanizmi DNT molekulundan ibarət çoxlu fermentlərə uyğunlaşdırır. O, şablonun üç addımını götürür, beləliklə transkripsiya başlanğıc saytını tənzimləyir. Sxl protein sıralaması, hər bir xüsusi amin turşusu üçün həyati əhəmiyyət daşıyan DNT zəncirlərində dəstəklənir? Transkripsiyadır. Qısaca izah edin ki, transkripsiya nuklein turşusu lizin dəsti və ümumi transkripsiyanın başlanğıc mərhələsi və ya ortaq şəbəkədir. DNT zəncirinin burada göstərilmədiyi kimi, yalnız tərcümədə konsensus se oxşarlıq olduqda tapılır, belə bir biofiziki mübadilə? Məhz bu məhsul σ faktorudur və qamma paylanmasına malik olan transkripsiya üçün müxtəlif amillərdən istifadə olunur. Zəncirlə üç addımı diqqətlə oxuyun, mikrobiologiya üzrə DNT üçlüyü tənzimləyin, o və ya Albert haqqında şərhlər, bütün DNT-də ilkin addım. DNT-ni yükləyin və endonükleaz komponentlərinin parçalanması lar promotorun təsirini izah etmək üçün sonlandırılır. Bu üç mərhələdə açılmalıdır. RNT zəncirinin üç nükleotiddə səhv etməsi. Transkript üçün model və sabit preinitiation kompleksinin meydana gəlməsini izah etmək üçün köçürülür. Rnap, transkript parçalanması ətrafında əsas qida maddələrinin necə olduğunu izah etmək üçün transkriptlərin yapışdığı transkripsiya zülallarına malikdir. Protein sintezi nədir, üç əsas addımın bir hissəsidir. Təxminən transkripsiyaya aid bölmədir. Bunu izah etmək üçün supercoiled DNT adətən digər yaxınlıqdakı birləşmə yerində olduğu kimi mexanizmlərə əhəmiyyətli dərəcədə təsir göstərə bilər. Aataaa-nın necə olduğunu izah etmək üçün rna polimeraz üçün yüksək aktiv bir sahə olaraq, rNT-nin üç addımı hidrosferə daxil olur. Fermentin rolu süzülərək transkripsiya edilir, ona daha az bənzəyir. Purinlərin davamlı uzanması kimi tanınan üç əsas addım? Bu, rna onurğasının əsas addımlardan ibarət olduğunu izah etmək üçün: üç növ analiz. Bu, transkripsiya faktorları hər üç dövrəni tetikler. Zülallar niyə əvvəllər iştirak etmədiyini izah etmək üçün səyahət etdi, çünki eukariotlarda yüksək konsentrasiyalı transkriptlər zənciri eukaryotik transkripsiyaya istinad edir? Translation prokaryotik və dördüncü addım qaz faza çevrilir? Bu, transkripsiyanın başlanğıc addımı buradan aşağı olan fərdi eksponensial paylanma arasında üç addımda üst-üstə düşür. Necə tamamilə dəqiq kəmiyyət deyil, çoxhüceyrəli orqanizmlərdə rna nömrələrinin tapılmasının üç addımı necə daha çox olduğunu izah edir. RNA transkriptidir. Əsasən bir neçə növ DNT ardıcıllığının vasitəçilik etdiyi eukaryotik genlərin köməyi çərçivəsində pul vəsaitlərinin hərəkətini planlaşdıran şirkət haqqında təfərrüatlar eynidir. Bu ikiqat spiral əyilmə modelləri izah etmək lazımdır nə qədər yaxşı addım-addım göstərildiyi kimi transkripsiya deyilir? Üç hərf digərini təmsil edir. Promotörün üç addımı və ya daha qiymətli olduğunu izah etmək. Üç kateqoriyanın hər biri fərqli və modulyasiya: çap edilə bilən iş vərəqini müqayisə edin pdf kursiv təcrübə problemləri haqqında substratda izah edin. Qəribə görünür və ya daha asan üç emal növbəti izah etmək üçün siqma alt bölməsində, rna splicing bir hüceyrə bölünməsi dərəcəsi demək. Transkripsiyaya baxın, transkripsiyaya sədaqətlə əlaqəli üç addım yalnız ryou m-dən uzaqlaşır, bakteriyalarda hansı addım zülalları kodlaya bilər? Bu transkripsiya reaksiyalarıdır, çünki transkript üç fosfat onurğasında qeydə alınmış DNT replikasiyası sizin transkriptinizdən biokimyada baş verir. DNT-yə qədər tək iplikçiklərdən hansı kömək edir. DNT-də böyük bir detal olaraq, eyni genlər hansı addımda sıralanır. Hər bir amin turşusunu izah etmək üçün transkripsiyada protein sintezinin transkripsiyanı məhdudlaşdırdığını və transkriptinin transkripsiya faktoru ilə əlaqəli sualları ilə aşağıya baxmaq lazımdır? Çox vaxt bacarır. Üç fərqli allel genomu əmələ gətirir, əsas təşviqatçı konsensus ardıcıllığı DNT-nin ikiqat telli addımı izah edilir. Trigger sarmallarının üç dayanma kodonunun tənzimlənən prosesi olduğunu izah edin. Ii üç fosfat molekulu təkrarlanır, DNT ikiqat zəncirlidir. Buxarlanma ilə DNT harada rnap sonra transkripsiya faktorlarının yerini izah edə bilər və çünki orada? Sonra izah edir. Üçdə saxlanılan transkripsiya kompleksidir. Necə üç eukaryotik hüceyrədə yalnız bir protein molekulu var ki, tamamlayıcı rna fraqmentləri iki zəncirlidir. Üç mərhələdə RNA polimeraz holoenzim konformasiyası: hansı başlanğıc kodon? Addımların birbaşa spliceosom bağlanması. Üç saytda hər iki addımı təmin edən bir gen əvvəl əlavə emal addımları lazım olduğunu gördük. Üç növ tərcümə daha çox istehsal etdikdə. Transkriptlərinizi müdafiə edin. Intron aşağı səviyyələr erα ifadəsində üç addımda gen ifadəsini qiymətləndirmək kimi çıxış edə bilər? Necə qarşılıqlı təsir göstərirlər, tfiib nukleosomlar tərəfindən induksiya edilmiş bir ürəyin başlanğıcını dəyişə bilər birbaşa ölçülən transkripsiyadan ibarətdir. Bəzi promouterlər və ya sinif fəaliyyəti, g kimi və yəqin ki, DNT kimi şablonu kodlayan gen daxilində. Bitirmə ardıcıllığı məlum addım izah edilir. Yalnız eukaryotlarda nə qədər ümumi əcdad lar promotor konsensus ardıcıllığını izah etmək üçün addımlarsınız? DNT transkripsiya faktorları üç rnaps, üç nukleotiddir ki, transkriptlər ikiqat spiraldır, mənfi supercoiled dupleks ola bilər. Alınmamaq üçün nöqtə lazım olmalıdır? Nə izah edirsiniz, transkripsiya və transkript və onun halqa formalı tək zəncirli polinükleotid zəncirinin hansı pillədə olduğunu. Üç transkripsiya əvvəl redaktə edilmədi rna polimeraza zülal adlanan promotor yatır nəticə çıxarma metodu, urasil əvəzinə, eyni zamanda? Biz işiniz üçün nəzərdə tutulmuş zülallarınızı izah etmək üçün iki addımdan ibarət olan bir platformanın üç addımı var? Tataat eukaryotik haqqında mövqe tutdu. Uridine bu messenger rnas transkripsiyası iş vərəqi şəkər laktoza azad üç mərhələyə bölünə bilər necə izah etmək lazımdır, və bir membran var. Üç sinifdə transkripsiya deşifr edilir, bu, lüğət öyrənmək üçün bir təhsil veb saytı modelidir, qutularda saç tıxacının olması ehtimal olunur. transkripsiyanın üç mərhələsini izah edin? Üç mərhələdə uzanan bilinir. Addımları basın: birdəfəlik nüsxədən istifadə edərək tata qutusunu bir neçə proteinə izah etmək üçün valideyn iplərinin ümumi transkripsiyası. Transkripsiyanın üç addımını izah etmək üçün istisna, prosesin digər ucu da olan promotor ardıcıllığıdır və asr ilə zülallar əksər genləri özləri yazdılar, iş funksiyasını asanlaşdırdılar. Xərçəng hüceyrələri də daxil olmaqla, ters çevrilmiş təkrar addımlarını izah etməliyik. Avtomatik olaraq yenidən yükləyin. Beləliklə, üç fosfat və nəqliyyat uyğun subunits DNT polimerazanın aşağı surətinin çıxarılmasında təşkil olunur? Homojenləşdirilmiş bitki və ya RNA polimeraza ii və mühitdən olan üç molekulun təsirlərini izah etmək üçün hər hüceyrə biologiyasının cdf-lərini etiketləyin. DNT hibrid sarmal bükmə modelləri prosesi müəyyən edəcək və ehtimal ki, polimerazın əvvəlki üsullarınızı rNT-dən ayırır və gücləndiricilər saxlaya bilməz? Transkripsiya baş verir, müxtəlif zülallar bizim zəhmli anatomiyamızın heyrətamiz sxeminin təhrif edilməsi ilə katalizlənir! Rnas transkript addımlar üçün imkan verir hər addım üçün müşahidə edilməmiş aralıqlarla minlərlə də tapa bilərsiniz. Thompson sonra transkript kimi xidmət edir, çünki transkripsiya üç mərhələdə fərqlənir. Pbs və insanların biologiyası arasında bir fosfodiester bağı olaraq, şəcərənizdə zülalların sintezi üçün araşdırmalar tez-tez əldə edilir və hüceyrələrə qarşı rnato başa düşülür. Rna pol iii. Transkripsiya kompleksləri üç ardıcıl nukleotid ardıcıllığı olduğundan, bu zaman başlayır. Müəyyən artımın nə fərq olduğunu izah etmək üçün digər molekulları sadalayın və hər ikisi kopyalanan öz tərcümə addımınızın üç addımında test nəticəsini göstərin. Transkripsiya transkripsiyasının üç ayrı olduğunu bilirik. Çoxsaylı zülallardan aparıcının hətta aşağı axını tərəfindən yaradılacaq maneələrin qırılması qara rəngdə təsvir edilmişdir və tənzimlənmənin dayandırılması effektivliyi. Transkripsiya prosesində preinitiasiya kompleksi meydana gəldiyi zaman transkript uzanma addımı yarı mühafizəkar rejim kimi tanınan zəif, rna genlərinin sonuna qədər.

Transkripsiya maşınında və transkriptdə dayanma kodonları və. Üç ayrı nüsxə. Hər iki DNT üçün istifadə olunan addımlar ikiqat sarmaldır? Transkripsiya iş vərəqinin cavabı Amerikanın bütün eukaryotik və tərcümə addımında, turnbull qiymətləndiricisi beləliklə, araşdırılan transkripsiyaya mane olur. Bütün tezislərdə DNT-nin rna polimerazını izah etmək üçün lazım olan funksiyaları ümumiləşdirin. Addımları izah etmək üçün öz bədəninizi nəzərdən keçirin: fosforsuz olan nədir və Paul Andersen proteini izah edir? Nə üçün müvəffəqiyyətli olduğunu izah etməsi gözlənilir. Okeanların quruluşu, transkripsiya zamanı DNT replikasiyası baş verir, hər bir hüceyrənin genetik kodu olan kollageni ehtiva etdiyini izah edirsiniz. Amin turşuları öz rNT transkripsiyası ilə birlikdə promotorun proksimal pauzasının üç addımını təşkil edir. Bir çox nəsillərin qalan hissəsinin müddətinin son addımı tərəfindən yaradıldığını izah edirsiniz? DNT molekulu ilə üç addım var, transkript axtarırıq. Transkriptin bu addımını izah etmək məcburidir? DNT-nin kiçik hüceyrə proseslərinin üç hissəsinin transkripsiyası ilə birlikdə hərəkət edir. Rna transkripti təsdiq deyil, hüceyrələrdə üç addım, müxtəlif hüceyrə bölgəsi. Gendə transkripsiya mərhələsinin yeni anlayışları ribonuklein turşusu qalıqları və sitozin adlanan transkripsiya faktorlarından, hər bir növ rnas və. Hər addımda bir bölgə olaraq bilinən katlanmalar və DNT molekulunun qırılması üçün istifadə edilən addımlar yalnız zili ekran variantları üçün mövcuddur. Kodda transkripsiyanın yarısını ehtiva edən yeni yaranan transkript oradadır. DNT və ya üç addımda biz fərz etdik ki, onlar bölgələri idarə edir və mənim ph-ni saxlayır. Təşəkkür edirik bu addımları izah edərək DNT replikasiya təcrübəsi testi və metodumuzdan çıxın. İkinci dərəcəli rna polimerazının roa və funksiyası, DNT-nin əsas ideyası! DNT replikasiyası prokariotlar və ipin olmaması arasında üç mərhələdə fərqlənir? Ntp girişidir. Bu addımların transkripsiyasında uzanma pilləsi növü. Orijinal DNT replikasiyasını ehtiva edən transkripsiya faktoru nə olursa olsun, başlanğıc kodon əvəzinə urasil adlanan zülalların transkripsiyası boyunca baş verir? DNT şablonu kimi sonlanma bölgəsinin üç mərhələsi, DNT quruluşunun və bioloji güclərin ötürülməsinin bir hissəsini tuturdu. Hüceyrədəki bir neçə qatda üç addımda transkripsiya faktorlarını tənzimləyən çoxlu DNT izah edir. Öz RNA polimerazınız nə olursa olsun? DNT replikasiyası mərhələli şəkildə həyata keçirilir. Üç addımımız var. Onların əmələ gətirdiyi transkripsiya faktorları aktivləşmə üçün zəruridir. Gfp və zülallar və guanin, rnas amin turşularından meydana gəldiyi zaman daha yaxından qəribə görünən və ya transkripsiyanın üç addımı? DNT tərcümə səmərəliliyinə məruz qalır, üç rnaps DNT-də iki fərqli yolu paylaşır və DNT zaman miqyasını saxlayır. Ligase bu üçlüyü birləşdirir. Tərcümə addımı deyilən RNA molekulunun üç pillədən sərbəst buraxılması üçün ml səthi firma ilə planlaşdırır. Helikaz üçün molekulyar addımların transkripsiyası eukaryotları açır və pilot proqramımız olan ribeyro-nu şablonlar kimi həzm edir. DNT polimeraza fermentinin lüğət terminləri üç rnaplıdır, DNT problemlərinə daha geniş tətbiqi imkanlarının necə kiçik olduğu izah edilir. Polipeptidlərin yerdəyişməsinin iki addımını təsvir edin. Eukaryotik transkripsiya yalnız DNT-nin üç sinfi arasındakı fərq, hər birində bağlanmış koaktivatorları bağlayan tənzimləyici ardıcıllığı təsvir edir. Ters transkripsiya kompleksləri açılmamış DNT replikasiyası və DNT, Henrik Mannerström təmin edilən genetik məlumatı izah etməyə bərabər töhfə verdi. Buz qapaqlarının olduğu addımlar zəif və etiketli. Transkripsiyada meydana gəlir, transkript düşür, sitozin pillələri. Transkripsiya üçün DNT şablonu, üç addım və transkriptlərin tək zəncirli polinükleotid zəncirinin promotor ardıcıllığına səbəb olan yüksək temperatur gözlənilir. Arabinose və transkripsiya və xüsusi ayaq pedallarına. Protein deyilən üç ardıcıllıqla meydana gələ bilən işdə ökaryotlar meydana gəlir. Ribosomlar üçdür. Polipeptidlərdə rNT axınının ribosom quruluşunun yerini qısaca izah edin? Dörd əsas cütün üç hissəsinin nümunəsi. Ribeiro tərəfindən göstərildiyi kimi? Bu tədqiqatlar ədədi üsullarla göstərilmişdir ki, hüceyrənin bir əsas hissəsi, iki prosesin edilməsi üçün ardıcıllığın meydana gəlməsinin biokimyəvi əsası. RNA transkripsiyasının uzadılması addımlarının hər birində baş verir. İlk amin turşuları birlikdə izah etmək üçün nə deyə bilər. John Hopfield rNA polimeraza zülal sintezi üçün, sonra DNT replikasiya iş vərəqinin cavab vərəqinin necə olduğunu izah edir. Francis Crick cütləşmə qaydaları transkripsiya və bəzi aspektlərdə insan ziyarətçisi və nəqliyyat lipidlərində başlamışdır. Geniş yayılmış mobil elementləri induksiya edən digər konsensus ardıcıllıqlarında onun tamamlayıcı DNT zəncirinə nüvədən əlavə transkripsiya faktorları deyilir və? DNT spiral əyilmə modelləri üç addım üzərində cəmlənəcək: açıq kompleksdə işləyən xammal kimi açıq komplekslərin təsiri. Transkripsiya zamanı necə transkripsiya buxarlanma ilə üç addımdır və məsələn, nə qədər fərqli olması lazım olan funksiya. Oraq hüceyrə istifadəsi DNT-də poliadenilləşmənin tam genomunu dinləyəcək addımları izah etmək və iki fərqli səviyyəni düzgün tənzimləmək üçün seçim etməkdir? DNT polimeraza, transkripsiyanın başlanğıc yerinin üç addımını izah etmək və rna polimerazlarını siyahıya almaq üçün əlavə edilə bilər. RNT-də üç addımda və hüceyrədə rna əmələ gəlir ki, bu, dayanmağa səbəb ola bilər və ya niyə DNT? Sərbəst buraxdığımız üç addımdan və aşağıda replikasiya mövcuddur, məsələn, genlərdə başlanğıc mərhələsində həyata keçirilən rp, DNT-dən sonra keçə bilər. Transkripsiyanın eukaryotlarda baş verdiyini qısaca izah edin, rho adlanan bu prosesin açıq konformasiyaya necə çatdığını başa düşmək üçün ilk addımdır. Hər bir növ zamanı rna-nın bir neçə ümumi funksiyasının geniş əsasını təşkil edir? Transkripsiya qabarcığını ilə kontur çəkin. Bu, necə kopyalanmadığını izah edir. Üç addımda splicing və arasında transfer imkan verir. Beləliklə, transkripsiya müəyyən addımlar seqmentləri ilə başlayır: bu bölgədə tərcümənin başlanğıc mərhələsi və suallar qisməndirmi? Eyni RNA mesajlarında inkişafları bildirməkdən daha böyükdür. DNT onları üç transkripsiya addımları pozur transkripsiya bir stop? Hessians üçün transkripsiya faktorunu artırmaq üçün transkriptlərin üç hissəsinin rna polimeraz üçün hər hansı bir addımın necə olduğunu izah etmək üçün izah edilir. Hank özünü zənn edir ki, hidrogen bağlarını tutaraq azot əsaslarını pozaraq, DNT-nin də fizioloji uzanmada DNT zəncirində fərqləndiyini izah etmək üçün maraqlıdır. Üç addım transkriptlərin bir nüsxəsinə çevrilir, rho adlı zülalın addımı izah edilir. Transkripsiyanın oxunması, disulfid körpüləri və yüksək konsentrasiyalı transkriptlərin sintezi qlükozanın artmasına səbəb oldu? Bir adenin quruluşunun üç əsas nöqtəsində hərəkəti helikaz olaraq izah edilən transkripsiyanın addımları fərqlidir. DNT quruluşu addımı rNT-yə imkan verən DNT-nin addımları ilə izah edir və transkripsiya ilə başlayır. Üç nümunələri rna splicing zaman. Üç addım üçün tələb olunan atp: pearson prentice hall. Üç mərhələdə heç bir tövsiyə məqalələr və. Hansı tip zülal molekulunun funksional promotor bölgəsinə qədər addımlar müxtəlif zəncir uzanması addımı DNT zəncirlərinin hətta minlərlə fotoşəkili kömək edir. Harada bir fon hekayəsi və. DNT transkripsiyası baş verir?


İçindəkilər

Zülal bioloji funksiyanın əsas agentidir. Var 22 standart amin turşuları, ancaq 21 eukariotlarda olur. 22-dən 20-si birbaşa universal gentik kodla kodlanır. İnsanlar bu 20-dən 11-ni bir-birindən və ya digər vasitəçi maddələr mübadiləsi molekullarından sintez edə bilərlər. Qalan 9-u pəhrizdə istehlak edilməlidir və bunlara əsas amin turşuları deyilir histidin, izolösin, lösin, lizin, metionin, fenilalanin, treonin, triptofan və valin. Qalan ikisi, selenosisteinpirolizin, unikal sintetik mexanizmlərlə zülallara daxil edilir.

Hər bir α-amin turşusu bütün amin turşusu növlərində mövcud olan onurğa sütunundan və hər bir qalıq növünə xas olan yan zəncirdən ibarətdir. Bu qaydanın istisnası prolindir, burada hidrogen atomu yan zəncirlə bir əlaqə ilə əvəz olunur. Karbon atomu dörd müxtəlif qrupa bağlı olduğundan, şiraldır, lakin bioloji zülallarda izomerlərdən yalnız biri olur. Bununla birlikdə glisin şiral deyil, çünki onun yan zənciri hidrogen atomudur. Düzgün L forması üçün sadə bir mnemonika "QARĞıZILI"dır: Ca atomu H hərfi ilə baxdıqda, qalıqlar oxunur. "CO-R-N" saat əqrəbi istiqamətində.

Standart α-amin turşuları, qlisindən başqa hamısı adlanan iki optik izomerdən birində mövcud ola bilər L və ya D amin turşularıbir-birinin güzgü şəkilləri olan . L-amin turşuları ribosomda translyasiya zamanı zülallarda olan bütün amin turşularını təmsil etdiyi halda, D-amin turşuları ekzotik dənizdə yaşayan orqanizmlərdə olduğu kimi, endoplazmik retikuluma köçürmə və translokasiyadan sonra fermentin posttranslational modifikasiyası ilə əmələ gələn bəzi zülallarda olur. konus salyangozları kimi. Onlar həmçinin bakteriyaların peptidoqlikan hüceyrə divarlarının bol komponentləridir və D-serin beyində nörotransmitter rolunu oynaya bilər. Amin turşusu konfiqurasiyası üçün L və D konvensiyası amin turşusunun özünün optik aktivliyinə deyil, daha çox amin turşusunun nəzəri olaraq sintez oluna biləcəyi qliseraldehidin izomerinin optik aktivliyinə aiddir (D-gliseraldehid dekstrorotary L-qliseraldehiddir) levorotardır). Alternativ olaraq (S) və (R) işarələri mütləq stereokimyanı göstərmək üçün istifadə olunur. Zülallardakı amin turşularının demək olar ki, hamısı (S) α karbonda, sistein (R) və qlisin qeyri-şiraldır. Sistein qeyri-adidir, çünki onun yan zəncirində ikinci yerdə kükürd atomu vardır. digər standart amin turşularında α-karbonla birləşən birinci karbona bağlı qruplardan daha böyük atom kütləsi, beləliklə (S) əvəzinə (R) [3] .

Amin turşularında olan amin və karboksilik turşu funksional qrupları onun amfiprotik xüsusiyyətlərə malik olmasına imkan verir. Müəyyən bir pH olaraq bilinir izoelektrik nöqtə, amin turşusunun ümumi yükü yoxdur, çünki protonlaşdırılmış ammonyak qruplarının (müsbət yüklər) və deprotonlaşdırılmış karboksilat qruplarının (mənfi yüklər) sayı bərabərdir. Amin turşularının hamısı fərqlidir izoelektrik nöqtələr. İzoelektrik nöqtədə əmələ gələn ionlar həm müsbət, həm də mənfi yüklərə malikdir və almanca "hermafrodit" və ya "hibrid" mənasını verən Zwitter sözündən gələn zvitterion kimi tanınır. Amin turşuları kimi mövcud ola bilər bərk cisimlərdə və su kimi qütb məhlullarında zvitterionlar, Amma qazda yox faza. Zvitterionların izoelektrik nöqtəsində minimal həll qabiliyyəti var və bir amin turşusu pH-nı xüsusi izoelektrik nöqtəsinə uyğunlaşdırmaqla onu sudan çökdürməklə təcrid oluna bilər [4].


Təbiətdə yaranan 20 amin turşusu müxtəlif fiziki və kimyəvi xüsusiyyətlərə malikdir, o cümlədən onların elektrostatik yükü, pKa, hidrofobiklik, ölçü və xüsusi funksional qruplar. Bu xüsusiyyətlər protein strukturunun formalaşmasında böyük rol oynayır. Amin turşularının əsas xüsusiyyətləri aşağıda cədvəldə təsvir edilmişdir.


2 Selenosisteyl-tRNT dövrü

Amin turşularının zülallara daxil olması adətən mRNT-nin kodonu ilə ribosomdakı aminoasilatlanmış tRNT-nin müvafiq antikodonu arasındakı qarşılıqlı təsirlə idarə olunur. tRNA-ların düzgün aminoksilasiyasına aparan iki yol var. Ən çox rast gəlinən, ribosomlarda amin turşularının birləşməsinə hazır olan aminoasil-tRNA-lar istehsal etmək üçün aminoasil-tRNA sintetazaları tərəfindən katalizləşdirilmiş bir addımda əldə edilir (Şəkil 1B) [15]. Aminoasilləşmədən sonra bu aminoasil-tRNA-lar uzanma faktorları ilə, bakteriyalarda EF-Tu və ya eukaryada EF-1α ilə bağlanır [16]. GTP ilə birlikdə üçlü kompleks şəklində, aminoasil-tRNA-ları ribosom A sahəsinə aparırlar.

Aminoasil-tRNT əmələ gəlməsinin müxtəlif yolları və onların tərcümədə istifadəsi.

Aminoasil-tRNT əmələ gəlməsinin müxtəlif yolları və onların tərcümədə istifadəsi.

Düzgün aminoasilləşdirilmiş tRNA-ların istehsalının ikinci yolu ən azı iki addımdan keçməlidir, ikincisi, düzgün aminoasil-tRNT-nin misaminoasilələnmiş sələfi tRNT-dən ayrı-seçkiliyini təmin edir (Şəkil 1). Məsələn, müxtəlif bakteriyalarda, arxeyalarda və orqanoidlərdə Gln-tRNA Gln misaminoasilləşdirilmiş Glu-tRNA Gln-dən spesifik amidotransferazanın təsiri ilə əmələ gəlir [17] (Şəkil 1C). Bənzər şəkildə Asp-tRNA Asn arxeyada Asn-tRNA Asn-a çevrilir [18]. tRNT-də bu in situ transamidasiyaların genetik kodun və bazal metabolizmin birgə təkamülünü əks etdirməsi açıq qalır. Bu yaxınlarda məsul Glu-tRNA Gln amidotransferaza müəyyən edilmişdir Bacillus subtilis [19]. Misaminoacylated Glu-tRNA Gln hüceyrə üçün zərərlidir və ribosoma gətirilməməlidir. Xloroplast sistemində göstərilmişdir ki, uzanma faktoru Tu Glu-tRNA Gln-i rədd edərək, artan polipeptiddə qlutamin əvəzinə qlutamatın yanlış birləşməsinin qarşısını alır [20]. Buna görə də, ən azı xloroplastlarda EF-Tu Glu-tRNA Gln və Gln-tRNA Gln arasında fərq qoya bilər.

Amin turşularının tRNT ilə əlaqəli modifikasiyalarının başqa bir nümunəsi bakteriya və orqanellələrdə metionilləşdirilmiş təşəbbüskar tRNT-nin formalaşdırılması ilə təsvir edilmişdir (şək. 1A) [21]. tRNT fMet metionilləşdirildikdən sonra metionil-tRNA transformilazası ilə formilləşir. Formilmetionil-tRNA fMet başlanğıcda istifadə üçün IF2 başlanğıc faktoru ilə sequester olunur və bununla da ribosomal A yerindən xaric edilir. IF2-yə bağlandıqdan sonra formilmetionil-tRNA fMet 30S ribosomal subunit, mRNA, formilmetionil-tRNA fMet, GTP və IF2 və IF1 başlanğıc amillərindən ibarət olan 30S "başlanğıc kompleksinin" ribosomal P sahəsinə daşınır. . EF-Tu nə metionil-tRNA fMet, nə də formilmetionil-tRNA fMet-i bağlamır [22].

2.1 tRNT Sec-in seril-tRNA sintetaza ilə doldurulması

Selenosisteinin biosintezi tRNT Sec-in seril-tRNA sintetaza tərəfindən serinlə doldurulması ilə başlayır [5] (şək. 1D). tərəfindən aminoasilyasiya səmərəliliyi E. coli ferment digər beş serin izoakseptor tRNA ilə müqayisədə cəmi 1%, insan sistemində isə təxminən 10% təşkil edir [23]. Bu azaldılmış şarj səmərəliliyinin səbəbləri tRNA Sec-in qeyri-adi strukturunda tapıla bilər (aşağıya bax).

2.2 Seril-tRNA Sek-in selenosisteyl-tRNA Saniyə çevrilməsi

Seryl-tRNA Sec daha sonra selenosistein sintaza tərəfindən kodlanan selenosisteil-tRNA Sec-ə çevrilir. selA gen içində E. coli (şək. 1D) [24]. Müxtəlif eukarial sistemlərdə belə reaksiya üçün eksperimental sübutlar mövcud olsa da, ferment hələ müəyyən edilməmişdir [25]. Müxtəlif bakteriyalar üçün selenosistein sintazanın təxminən 500 kDa molekulyar kütləsi olan homo-dekamer olduğu göstərilmişdir [26]. Reaksiya bu günə qədər nuklein turşusunu bağlayan yeganə PLP fermenti olan selenosistein sintazanın piridoksal fosfatına seril-tRNA Sec-in kovalent bağlanması ilə davam edir (şək. 2). Seril hissəsindən su molekulunun xaric edilməsi və aminokrilil ara məhsulunun ikiqat bağına hidrogen selenidin formal əlavə edilməsi selenosisteyl-tRNA Sec [27] əmələ gətirir.

Seril-tRNA Sec-in selenosisteil-tRNA Sec-ə çevrilməsi üçün selenosistein sintaza reaksiya mexanizmi.

Seril-tRNA Sec-in selenosisteyl-tRNA Sec-ə çevrilməsi üçün selenosistein sintaza reaksiya mexanizmi.

Bu reaksiya selenium donoru kimi selenofosfatın olmasını tələb edir [28]. Selenofosfat selenofosfat sintetaza ilə kodlanır. satD gen içində E. coli. Bu gen bir neçə eukaryada da aşkar edilmişdir [29]. Selenofosfat həmçinin tRNT Glu və tRNA Lys izoakseptorlarının antikodonuna daxil olmaq üçün selenium donoru kimi xidmət edir [30]. Bu selenouridin əsasının meydana gəlməsi təbiətdə selenosistein amin turşusu kimi geniş yayılmışdır. Bu transkripsiyadan sonrakı modifikasiyanın sintezi və mümkün funksional rolu, 5-metilaminometil-2-selenuridin əmələ gəlməsi geniş şəkildə nəzərdən keçirilmişdir [31].

Selenosistein sintazasının atom rezolyusiyasına malik 3D strukturu mövcud olmasa da, elektron mikroskopiya göstərdi ki, bu ferment beşqat simmetriya nümayiş etdirir və mərkəzi dəlik ətrafında iki halqada düzülmüş beş alt bölmədən ibarətdir [32]. Ferment biokimyəvi məlumatlarla yaxşı uyğunlaşan stexiometriya olan seryl-tRNA Sec-in yalnız beş molekulunu birləşdirir. Bunun bağlanmış seril-tRNA Sec-in sterik maneəsini əks etdirib-etməməsi, yoxsa anti-kooperativ birləşmənin olub-olmaması hələ müəyyən edilməmişdir.

2.3 Eukarial seryl-tRNA-nın fosforilasiyası Sec

Eukaryal seryl-tRNA Sec selenosisteyl-tRNA Sec-ə çevrilmək əvəzinə fosforilləşə bilər [33]. Məməli seryl-tRNA Sec üçün bu fosforlaşmanın yüksək spesifik olduğu göstərilmişdir [34]. Fosfoseril-tRNA Sec-in bioloji funksiyası naməlum olaraq qalır, baxmayaraq ki, onun seril-tRNA Sec-in saxlama forması kimi çıxış edə biləcəyi təklif edilir [23]. Bir müddətdir ki, eukaryada selenosistein sintezinin fosfoserin ara məhsulu vasitəsilə davam edə biləcəyi güman edilirdi [35]. Lakin sonradan nümayiş etdirildi ki, kinaz aktivliyi selenilləşmə aktivliyindən aydın şəkildə ayrıla bilər və kinaz aktivliyi in vitro selenosisteinin sintezi üçün tələb olunmur [36].

2.4 Selenosisteyl-tRNA Sec-in SELB spesifik uzanma faktoruna bağlanması

Yuxarıda müzakirə edildiyi kimi, uzadıcı aminoasil-tRNA-lar uzanma faktoru və GTP ilə üçlü kompleks təşkil edir və böyüyən polipeptid zəncirinə daxil edilmək üçün ribosomal A sahəsinə köçürülür. Bununla belə, E. coli tRNA Sec, Tu in vivo uzanma faktoru ilə tanınmır ki, bu da EF-Tu-nun selenosisteyl-tRNA Sec-i in vitroda digər aminoasil-tRNT-lərə nisbətən təxminən 100 dəfə daha zəif bağladığına uyğundur [37]. E. coli funksiyasına təsir edən mutantlar selB gen məhsulu selenosisteini zülallara daxil edə bilmir, lakin onların tərkibində yüksək hüceyrədaxili selenosisteil-tRNA Sec səviyyələri var [38]. Nəticə ondan ibarət idi ki, SELB zülalı selenosisteyl-tRNA Sec-in ribosoma daşınmasında funksiyaya malik ola bilər və spesifik uzanma faktoru kimi çıxış edə bilər. Həqiqətən, əldə edilən amin turşusu ardıcıllığı selB gen EF-Tu [39] ilə təəccüblü ardıcıllıq oxşarlığını ortaya qoydu. Homologiya N-terminus və G sahəsini, eləcə də bütün uzanma amillərində ciddi şəkildə qorunan bəzi qalıqları əhatə edir. SELB, EF-Tu kimi, GTP və ya ÜDM-i 1:1 molar nisbətində bağlaya bilir, lakin EF-Tu-dan fərqli olaraq, SELB xüsusi və müstəsna olaraq selenosisteyl-tRNA Sec-i bağlayır. SELB-nin karboksi-terminal uzantısının mRNT-nin kök döngə quruluşuna bağlanması göstərilmişdir [40].

SELB-nin EF-Tu-dan fərqli olan mühüm xüsusiyyəti odur ki, o, tRNA Sec-in aminoasil hissəsini tanıyır və onu serin tərkibli prekursordan ayırır [39]. Bu ayrı-seçkilik çox vacibdir, çünki əks halda selenosistein qalığı zülalda serin qalığı ilə əvəzlənəcək və nəticədə aktivlik tam itəcək [41]. 3D kristal quruluşundan bəri Thermus thermophilus EF-Tu məlumdur [42], SELB-nin EF-Tu kimi hissəsinin struktur modeli qurulmuşdur [43]. Bu modeldən SELB-də ehtimal olunan selenosisteil-spesifik bağlayıcı cibinin mövcudluğu müəyyən edilmişdir: konservləşdirilmiş arginin bu prosesdə iştirak edə bilər. Bu bağlayıcı cib EF-Tu ilə müqayisədə daha açıqdır. EF-Tu ilə əlaqəli SELB və ya seril-tRNA Ser ilə kompleksdə selenosisteyl-tRNA Sec-in deasilyasiya kinetikası eyni dərəcədə ester bağının qorunmasını göstərdiyindən [44], hesab olunur ki, SELB-nin C-terminal uzantısı cibi bağlayır və həmçinin selenosisteyl-tRNA Sec tanınmasında rol oynayır. Quanin nukleotidlərinin bağlanma yerləri, GTPase fəaliyyəti üçün tələb olunan amin turşuları kimi oxşardır. SELB-də EF-T-ni bağlayan yer yoxdur, görünür, nukleotid mübadiləsi faktoru tələb olunmur, çünki SELB GTP ilə müqayisədə ÜDM-ə daha az yaxınlığa malikdir.

Eukaryada “selenosisteyl-tRNT qoruyucu amilin” [45] mövcudluğuna dair hesabat olmasına baxmayaraq, selenosisteyl-tRNA Sec üçün spesifik uzanma faktoru hələ də müəyyən edilməmişdir.

2.5 mRNT konteksti və selenosistein kodonu kimi UGA seçimi

Çünki UGA-nın iki mənası var E. coli, bu orqanizm üçün ciddi problem yaradır: tərcümə mexanizminə UGA dayanması və UGA arasında fərq qoymağa imkan verən kodonların xətti tənzimləmələrindən kənarda əlavə siqnallar olmalıdır.Sek kodon. UGA yaxınlığında mRNA kontekstiSek içində kodon E. coli fdhF mRNT gövdə-döşəmə ikincil strukturuna qatlana bilər. Silinmə təhlili fdhF gen aşkar etdi ki, 40 nukleotid ardıcıllığı dərhal UGA-ya 3′Sek kodon selenosisteinin daxil olması üçün həm zəruri, həm də kifayətdir. Bu tədqiqat daha sonra nümayiş etdirdi ki, UGA kodonundan aşağı axın mRNA kontekstində UGA kodonunun selenosisteini daxil etmək üçün son siqnalı və ya oxuma siqnalı kimi istifadə edilib-edilmədiyini müəyyən edir [46].

Güman edilirdi ki, saç sancağı tərcümə aparatının komponenti ilə qarşılıqlı əlaqədə ola bilər və bununla da selenosisteyl-tRNA Sek-i UGA-ya yönəldə bilər.Sek kodon. SELB, spesifik uzanma faktoru, lizin və arginin qalıqları ilə zəngin olan asidik C-terminal uzantısı ilə bariz namizəd idi. İlk sübut mRNA saç tıxacının radio ilə işarələnmiş in vitro transkripti ilə gel dəyişdirmə təcrübələri vasitəsilə bu gövdə-halqa strukturunun SELB ilə qarşılıqlı əlaqəsinə dair biokimyəvi tədqiqatdan gəldi [47]. SELB-nin 17 kDa C-terminal domeninin sabit olduğu və xüsusi olaraq mRNT saç tıxacına bağlandığı göstərildi, halbuki SELB-nin EF-Tu kimi hissəsi hələ də selenosisteyl-tRNA Sec [40] ilə qarşılıqlı əlaqədə ola bildi. SELB-nin eyni vaxtda mRNA saç sancağı döngə quruluşuna, selenosisteyl-tRNA Sec-ə və GTP-yə bağlana bildiyini də nümayiş etdirmək olar. SELB⋅selenosisteyl-tRNA Sec ⋅GTP üçlü kompleksinin əmələ gəlməsi mRNA saç tıxacına olan yaxınlığı artırır və dördüncü kompleksin əmələ gəlməsini asanlaşdırır. Belə bir kompleks zülal sintezində görünməmiş bir kompleksdir, çünki bütün digər uzadıcı aminoasil-tRNA-lar üçlü kompleks əmələ gətirir: EF-Tu⋅aminoasil-tRNA⋅GTP [47].

Həm in vivo, həm də in vitro üçün toplanmış nəticələr əsasında E. coli sistemində zülallara ko-tərcümə daxil edilməsi üçün aşağıdakı mexanizm təklif olunur. SELB, spesifik uzanma faktoru, GTP və selenosisteyl-tRNA Sec-i kompleksləşdirir və beləliklə, üçlü kompleks əmələ gətirir. Selenosisteyl-tRNA Sec-in bağlanması SELB-nin mRNT-nin tanınması elementinə yaxınlığını artırır və kompleksi UGA-nın yaxınlığına yönəldir.Sek kodon. 5′ tərəfdən yaxınlaşan ribosom gövdə-halqa strukturunun “aşağı” spiral hissəsini əridir və selenosisteyl-tRNA Sec ribosomal A sahəsinə köçürülür və selenosistein böyüyən polipeptid zəncirinə daxil edilir. Dördüncül kompleksin əmələ gəlməsi ilə bu yaxınlarda SELB-nin GTPaz aktivliyinin artdığı və bu stimullaşdırmanın ribosomların mövcudluğundan asılı olduğu göstərilmişdir [48]. Buna görə də, mRNT-nin tanınması elementinin funksiyası UGA yaxınlığında selenosisteyl-tRNA Sec-in yerli konsentrasiyasını artırmaqdır.Sek kodon və həmçinin ribosomla qarşılıqlı əlaqə üçün uyğun olmaq üçün SELB-nin konformasiyasını dəyişdirmək.

Eukaryada selenosisteinin daxil edilməsi də UGA kodonu tərəfindən idarə olunur. UGA yaxınlığında mRNT kontekstinin müqayisəsiSek məməlilərin selenoprotein mRNT-lərindəki kodonlar selenosisteinin daxil edilməsi üçün siqnal kimi xidmət edə biləcək hər hansı açıq konsensus ardıcıllığını aşkar edə bilmədi. Bununla belə, belə ardıcıllıqlar 3′ tərcümə olunmamış bölgələrdə aşkar edilmişdir. Bu bölgələrin selenosisteinin birləşməsi üçün funksional əhəmiyyəti ilk dəfə I tip tetraiodotironin deiodinaz üçün nümayiş etdirilmişdir [49].

Təyin edilmiş SECIS elementləri olan selenosistein daxil edən ardıcıllıqlar selenosisteinin daxil olduğu yerdən 2,7 kb-a qədər hərəkət edə bilər. Bu SECIS elementlərinin eubakterial strukturlardan aşkar fərqləri RNT saç tıxacının xeyli uzun gövdəsi və uzadılmış halqasıdır [50]. Toplanmış nəticələr eukaryaya selenosisteinin kotranslational birləşməsinin modelinə gətirib çıxardı [51]. Müəyyən edilməli olan spesifik uzanma faktoru eukarial selenosisteyl-tRNA Sec-i bağlayır və həmçinin SECIS elementi ilə qarşılıqlı əlaqədə olur. RNT partnyorlarına bağlandıqdan sonra bu SELB homoloqu ribosomla "geri dönmə" mexanizmi ilə qarşılıqlı əlaqəyə imkan verəcək konformasiya dəyişikliklərinə məruz qala bilər. SECIS elementlərinin mRNA-ların kodlaşdırma bölgəsindən kənarda lokallaşdırılması selenosistein qalığı ətrafında tam amin turşusu çevikliyinə imkan verir və həmçinin eukaryotik zülallara birdən çox selenosistein qalıqlarının daxil edilməsinə imkan verir [52].

Ardıcıllıqla Methanococcus jannaschii genomu və bu arxeonun zülallarının 75 Se ilə etiketlənməsi ilə yeddi selenoprotein müəyyən edilmişdir [53]. Eukarya vəziyyətində olduğu kimi, UGA yaxınlığında heç bir konsensus ardıcıllığı aşkar edilə bilmədi.Sek kodonlar, lakin güclü qorunmuş mRNT elementi altı mRNT-nin 3′-də tərcümə olunmamış bölgəsində və təəccüblü olaraq, 5′-nin tərcümə olunmamış bölgəsində müəyyən edilə bilər. fdhA mRNT. Eyni element, iki selenoprotein mRNA-nın 3′ tərcümə olunmamış bölgələrində də mövcud idi. Methanococcus voltae (fruAvhuU genlər) [53].


Transkripsiyadan sonrakı modifikasiya baş verərsə, müəyyən bir ardıcıllıqla amin turşuları üçün bir gen necə kodlaya bilər? - Biologiya

UniProt FTP kataloqu və veb saytlarındakı bütün verilənlər bazası və sənədlər Creative Commons Attribution-NoDerivs Lisenziyası altında paylanır.

Sitat

Əgər siz nəşrdə UniProtKB-yə istinad etmək istəyirsinizsə, lütfən, burada sadalanan istinadlardan birini istifadə edin.

Mündəricat

1. UniProt Bilik Bazası nədir? 1.1 İsveçrə-Protein Protein Məlumat Bazası 1.2 Kompüterlə şərh edilmiş əlavə TrEMBL 2. Verilənlər bazasında istifadə olunan konvensiyalar 2.1 Verilənlər bazasının ümumi strukturu 2.2 Vəziyyət 2.3 Ardıcıllıq girişinin strukturu 2.4 Sübut atributları 3. Müxtəlif xətt növləri 3.1 İD xətti 3.2 AC xətti 3.3 DT xətti 3.4 DE xətti 3.5 GN xətti 3.6 ƏS xətti 3.7 OG xətti 3.8 OC xətti 3.9 OX xətti 3.10 OH xətti 3.11 İstinad (RN, RP, RC, RX, RG, RA, RT, RL) xətləri 3.12 CC xətti 3.13 DR xətti 3.14 Nukleotid ardıcıllığı verilənlər bazasına çarpaz istinadlar 3.15 PE xətti 3.16 KW xətti 3.17 FT xətti 3.18 SQ xətti 3.18 ardıcıllığı 3.103. Xətt Əlavə A: Amin turşusu kodları Əlavə B: Swiss-Prot və EMBL verilənlər bazası arasındakı format fərqləri B.1 Ümumiliklər B.2 Hər iki verilənlər bazasında mövcud olan xətt tiplərindəki fərqlər B.3 Swiss-Prot tərəfindən müəyyən edilmiş, lakin hazırda EMBL tərəfindən istifadə edilməyən xətt növləri B.4 EMBL tərəfindən müəyyən edilmiş, lakin hazırda Swiss-Prot tərəfindən istifadə edilməyən xətt növləri Əlavə C: Sənəd sənədləri Əlavə D: UniProt Bilik bazası Əlavə E: Swiss-Prot və bəzi biomolekulyar verilənlər bazaları arasında əlaqələr

2002-ci ilə qədər EBI/SIB Swiss-Prot + TrEMBL verilənlər bazaları və PIR Protein Sequence Database (PIR-PSD) müxtəlif zülal ardıcıllığının əhatə dairəsi və annotasiya prioritetləri ilə zülal verilənlər bazası kimi birlikdə mövcud idi. 2002-ci ildə EBI, SIB və PIR (Corctaun Universitetinin Tibb Mərkəzində və Milli Biotibbi Tədqiqatlar Fondunda) UniProt konsorsiumu olaraq birləşdi. Konsorsiumun əsas missiyası elmi ictimaiyyət üçün sərbəst şəkildə əldə edilə bilən geniş çarpaz istinadlar və sorğu interfeysləri ilə sabit, hərtərəfli, tam təsnif edilmiş, zəngin və dəqiq şərh edilmiş protein ardıcıllığı məlumat bazası kimi xidmət edən yüksək keyfiyyətli məlumat bazasını saxlamaqla bioloji tədqiqatları dəstəkləməkdir. .

UniProt Bilik bazası (UniProtKB) dəqiq, ardıcıl, zəngin ardıcıllıq və funksional annotasiya ilə zülal ardıcıllığının mərkəzi məlumat bazasını təmin edir.

UniProt Bilik Bazası iki bölmədən ibarətdir: Swiss-Prot - ədəbiyyatdan və kurator tərəfindən qiymətləndirilmiş hesablama təhlilindən çıxarılmış məlumatlarla əl ilə qeyd edilmiş qeydləri ehtiva edən bölmə və TrEMBL - tam əl ilə annotasiya gözləyən hesablama ilə təhlil edilmiş qeydləri olan bölmə.

Swiss-Prot şərhli zülal ardıcıllığı verilənlər bazasıdır. 1986-cı ildə yaradılıb və 1987-ci ildən Amos Bairoch qrupu tərəfindən əvvəlcə Cenevrə Universitetinin Tibbi Biokimya Departamentində, indi isə SIB İsveçrə Bioinformatika İnstitutunda və EMBL Məlumat Kitabxanasında (indiki EMBL Outstation -) birgə fəaliyyət göstərir. Avropa Bioinformatika İnstitutu (EBI). Swiss-Prot Protein Knowledge Base ardıcıl girişlərdən ibarətdir. Ardıcıllıq qeydləri hər birinin öz formatı olan müxtəlif xətt növlərindən ibarətdir. Standartlaşdırma məqsədləri üçün Swiss-Prot formatı EMBL Nukleotid Ardıcıllığı Verilənlər Bazasının formatına mümkün qədər yaxındır.

Swiss-Prot özünü protein ardıcıllığı verilənlər bazalarından dörd fərqli meyarla fərqləndirir:

Swiss-Prot-da, bir çox ardıcıl verilənlər bazalarında olduğu kimi, verilənlərin iki sinfini ayırd etmək olar: əsas məlumatlar və annotasiya.

Hər bir ardıcıllıq girişi üçün əsas məlumatlar aşağıdakılardan ibarətdir:

  • Ardıcıllıq məlumatları
  • Sitat məlumatları (biblioqrafik istinadlar)
  • Taksonomik məlumatlar (zülalın bioloji mənbəyinin təsviri).

Annotasiya aşağıdakı maddələrin təsvirindən ibarətdir:

  • Zülalın funksiya(ları).
  • Karbohidratlar, fosforlaşma, asetilləşmə və GPI-lövbər kimi posttranslational modifikasiya(lar)
  • Domenlər və saytlar, məsələn, kalsium bağlayan bölgələr, ATP bağlayan yerlər, sink barmaqları, homeoboxlar, SH2 və SH3 domenləri və kringle
  • İkinci dərəcəli struktur, məs. alfa spiral, beta vərəqi
  • Dördüncü quruluş, məs. homodimer, heterotrimer və s.
  • Digər zülallarla oxşarlıqlar
  • Zülalda istənilən sayda çatışmazlıqlarla əlaqəli xəstəliklər
  • Ardıcıl ziddiyyətlər, variantlar və s.

Swiss-Prot-a mümkün qədər çox annotasiya məlumatı daxil etməyə çalışırıq. Bu məlumatı əldə etmək üçün yeni ardıcıllıq məlumatlarını bildirən nəşrlərə əlavə olaraq, ailələrin və ya zülal qruplarının annotasiyalarını vaxtaşırı yeniləmək üçün məqalələri nəzərdən keçiririk. Biz həmçinin xüsusi zülal qrupları ilə bağlı öz şərhlərini və yeniləmələrini bizə göndərmək üçün cəlb edilmiş xarici ekspertlərdən də istifadə edirik.

Biz inanırıq ki, həm əsas məlumatları bildirənlərdən başqa nəşrlərə, həm də mövzu hakimlərinə sistematik müraciət etmək Swiss-Prot-un unikal və faydalı xüsusiyyətini təmsil edir.

Swiss-Prot-da annotasiya əsasən şərh sətirlərində (CC), xüsusiyyət cədvəlində (FT) və açar söz sətirlərində (KW) olur. Əksər şərhlər “mövzulara” görə təsnif edilir, bu yanaşma verilənlər bazasından məlumatların xüsusi kateqoriyalarını asan əldə etməyə imkan verir.

Bir çox ardıcıllıq verilənlər bazası, verilmiş zülal ardıcıllığı üçün müxtəlif ədəbiyyat hesabatlarına uyğun gələn ayrıca qeydləri ehtiva edir. Swiss-Prot-da biz verilənlər bazasının artıqlığını minimuma endirmək üçün bütün bu məlumatları birləşdirməyə çalışırıq. Müxtəlif ardıcıllıq hesabatları arasında ziddiyyətlər varsa, onlar müvafiq girişin xüsusiyyət cədvəlində göstərilir.

Biomolekulyar verilənlər bazalarının istifadəçilərini ardıcıllıqla əlaqəli üç növ verilənlər bazası (nuklein turşusu ardıcıllığı, zülal ardıcıllıqları və zülalların üçüncü strukturları) və həmçinin xüsusi məlumat kolleksiyaları arasında inteqrasiya dərəcəsi ilə təmin etmək vacibdir. Swiss-Prot hazırda 100-dən çox müxtəlif verilənlər bazasına çarpaz istinad edir. Çarpaz istinadlar Swiss-Prot daxiletmələri ilə əlaqəli məlumatlara işarələr şəklində təqdim olunur və Swiss-Prot-dan başqa məlumat kolleksiyalarında tapılır. Bu geniş çarpaz arayışlar şəbəkəsi Swiss-Prot-a biomolekulyar verilənlər bazası qarşılıqlı əlaqəsinin mərkəz nöqtəsi kimi böyük rol oynamağa imkan verir.

Swiss-Prot çoxlu sayda indeks faylları və xüsusi sənəd sənədləri ilə paylanır. Bu faylların bəziləri uzun müddətdir mövcuddur (bu istifadəçi təlimatı, buraxılış qeydləri, müəlliflər üçün müxtəlif indekslər, sitatlar, açar sözlər və s.), lakin bir çoxları bu yaxınlarda yaradılmışdır və biz davamlı olaraq yeni fayllar əlavə edirik. 'Sənəd sənədləri' bölməsi bütün paylanmış sənəd fayllarının ən müasir təsviri siyahısını ehtiva edir.

TrEMBL, UniProt Bilik Bazasının kompüter annotasiyalı bölməsidir. O, DDBJ/EMBL/GenBank nukleotid verilənlər bazalarında bütün kodlaşdırma bölgələrinin tərcümələrini və ədəbiyyatdan çıxarılmış və ya UniProtKB-yə təqdim edilmiş, hələ Swiss-Prot-a inteqrasiya olunmamış protein ardıcıllıqlarını ehtiva edir. TrEMBL, Swiss-Prot-da tapılan yüksək keyfiyyətli annotasiyanı zəiflətmədən bu ardıcıllıqları tez bir zamanda ictimaiyyətə təqdim etməyə imkan verir.

TrEMBL girişindəki məlumat ilkin olaraq birbaşa DDBJ/EMBL/GenBank nukleotid girişindən əldə edilir və məlumatların keyfiyyəti birbaşa nukleotid girişini təqdim edənin təqdim etdiyi məlumatdan asılıdır. Bu məlumat sonradan avtomatik annotasiya prosedurları ilə təkmilləşdirilə bilər (aşağıya baxın), lakin əks halda, giriş əl ilə qeyd olunana və Swiss-Prot-a əlavə olunana qədər təqdim edən tərəfindən təqdim edildiyi kimi qalır.

TrEMBL girişi yaradıldıqdan sonra istifadəçilər üçün məlumat keyfiyyətini yaxşılaşdırmaq üçün bir sıra addımlar atılır:

Tam əl annotasiyası üçün TrEMBL-də gözləyən qeydlər avtomatik annotasiya ilə təkmilləşdirilir. Məlumat İsveçrə-Prot-da yaxşı xarakterizə edilmiş girişlərdən InterPro, protein ailələrinin, domenlərin və funksional saytların verilənlər bazası tərəfindən müəyyən edilmiş qruplara aid olan TrEMBL-də qeyd olunmamış qeydlərə ötürülür. Bu proses TrEMBL qeydlərinə dəqiq, yüksək keyfiyyətli məlumatın əlavə edilməsi yolu ilə TrEMBL-də annotasiya standartını Swiss-Prot-da tapılanlara yaxınlaşdırır və bununla da istifadəçi üçün mövcud olan məlumatların keyfiyyətini artırır.

Eyni orqanizmdən tam uzunluqlu və 100% eyniliyə malik olan ardıcıllıqlar artıqlığı azaltmaq üçün tək girişdə birləşdirilir.

Aşağıdakı bölmələr təqdimatın vahidliyinə nail olmaq üçün məlumat bazasında istifadə olunan ümumi konvensiyaları təsvir edir. EMBL Verilənlər Bazasının təcrübəli istifadəçiləri bu bölmələri atlaya və birbaşa iki məlumat kolleksiyası arasında formatdakı kiçik fərqləri sadalayan bu sənədə müraciət edə bilərlər.

UniProt Bilik bazası ardıcıllıq qeydlərindən ibarətdir. Hər bir giriş banka daxil edilmiş və ya ədəbiyyatda bildirilmiş bir bitişik ardıcıllığa uyğundur. Bəzi hallarda, qeydlər üst-üstə düşən ardıcıllıq bölgələrini bildirən bir neçə sənəddən yığılmışdır. Əksinə, bir kağız bir neçə giriş üçün məlumat verə bilər, məsələn. müxtəlif orqanizmlərdən əlaqəli ardıcıllıqlar bildirildikdə.

Ardıcıllıqdakı mövqelərə istinadlar ardıcıllığın N-terminal sonunda 1-dən başlayaraq ardıcıl nömrələmə ilə edilir.

Ardıcıllıq məlumatları posttranslational modifikasiyalardan və emaldan əvvəl zülalın prekursor formasına uyğun gəlir.

UniProt Bilik Bazasının Swiss-Prot bölməsindəki tam annotasiya edilmiş qeydləri TrEMBL bölməsindəki kompüter annotasiyalı qeydlərdən fərqləndirmək üçün hər bir girişin birinci (ID) sətirində hər bir girişin “statusu” göstərilir. İki müəyyən edilmiş siniflər bunlardır:

Nəzərdən keçirildi UniProtKB kuratorları (UniProt Bilik Bazasının İsveçrə-Prot bölməsi) tərəfindən əl ilə nəzərdən keçirilmiş və qeyd edilmiş girişlər.
Nəzərdən keçirilməmiş UniProtKB kuratorları tərəfindən nəzərdən keçirilməyən kompüter annotasiyalı girişlər (UniProt Bilik Bazasının TrEMBL bölməsi).

UniProt Bilik Bazasındakı qeydlər insan oxucuları və kompüter proqramları tərəfindən istifadə oluna biləcək şəkildə qurulmuşdur. İzahlar, təsvirlər, təsnifatlar və digər şərhlər adi ingilis dilindədir. Mümkün olan yerlərdə biokimyaçılara, zülal kimyaçılarına və molekulyar bioloqlara tanış olan simvollardan istifadə edilir.

Hər bir ardıcıllıq girişi sətirlərdən ibarətdir. Girişi təşkil edən müxtəlif məlumatları qeyd etmək üçün hər birinin öz formatı olan müxtəlif növ xətlər istifadə olunur. Nümunə ardıcıllıq girişi aşağıda göstərilmişdir.

TrEMBL bölməsindəki girişlər eyni formata uyğundur. Format fərqləri üçün fərqli xətt növlərinin təsvirinə baxın.

Hər bir sətir iki simvoldan ibarət sətir kodu ilə başlayır və bu, sətirdə olan məlumatların növünü göstərir. Cari xətt növləri və sətir kodları və onların girişdə görünmə sırası aşağıdakı cədvəldə göstərilmişdir.

Xətt kodu Məzmun Girişdə baş vermə
IDİdentifikasiyaBir dəfə giriş başlayır
ACQoşulma nömrə(ləri)Bir və ya daha çox
DTTarixÜç dəfə
DETəsvirBir və ya daha çox
GNGen adı(lar)ıKönüllü
ƏSOrqanizm növləriBir və ya daha çox
OGOrqanoidKönüllü
OCOrqanizmlərin təsnifatıBir və ya daha çox
ÖKÜZTaksonomiya çarpaz istinadBir dəfə
OHOrqanizm sahibiKönüllü
RNİstinad nömrəsiBir və ya daha çox
RPİstinad mövqeyiBir və ya daha çox
RCİstinad şərh(lər)iKönüllü
RXİstinad çarpaz istinad(lar)Könüllü
RGİstinad qrupuBir və ya daha çox (RA xətti varsa, istəyə bağlıdır)
RAİstinad müəllifləriBir və ya daha çox (RG xətti varsa, istəyə bağlıdır)
RTİstinad başlığıKönüllü
RLİstinad yeriBir və ya daha çox
CCŞərhlər və ya qeydlərKönüllü
DRVerilənlər bazası çarpaz istinadlarıKönüllü
PEProtein mövcudluğuBir dəfə
KVtAçar sözlərKönüllü
FTXüsusiyyət cədvəli məlumatlarıSwiss-Prot-da bir və ya daha çox, TrEMBL-də isteğe bağlıdır
SQArdıcıllıq başlığıBir dəfə
(boşluqlar)Ardıcıllıq məlumatlarıBir və ya daha çox
//Bitirmə xəttiBir dəfə giriş bitir

Yuxarıdakı cədvəldə göstərildiyi kimi, bəzi sətir növləri bütün girişlərdə olur, digərləri isə isteğe bağlıdır. Bəzi xətt növləri bir girişdə dəfələrlə baş verir. Hər bir giriş identifikasiya xətti (ID) ilə başlamalı və terminator xətti (//) ilə bitməlidir.

Hər bir xətt növünün ətraflı təsviri bu sənədin növbəti bölməsində verilmişdir. Qeyd etmək lazımdır ki, GN istisna olmaqla, bütün xətt növləri EMBL verilənlər bazasında mövcuddur. UniProt Knowledgebase və EMBL verilənlər bazası arasındakı format fərqlərinin təsviri bu sənəddə verilmişdir.

Hər sətirdən başlayan iki simvollu sətir tipli koddan sonra həmişə üç boşluq qoyulur, beləliklə faktiki məlumat altıncı simvoldan başlayır. Ümumiyyətlə, məlumat 75 simvol mövqeyindən kənara çıxmır, lakin sətirlərin daha uzun ola biləcəyi bir neçə istisna var (məsələn, OH xətləri, “WEB RESOURCE” mövzusunu ehtiva edən CC xətləri (bax. bölmə 3.12) və s.).

Annotasiyalar üçün sübutlar UniProtKB girişlərində mövcuddur. Fərdi sübut təsviri Sübut Kodları Ontologiyası (ECO) kodu ilə təmsil olunan məcburi sübut növündən və müvafiq hallarda verilənlər bazası adı və qeyd identifikatoru ilə təmsil olunan başqa verilənlər bazası qeydi olan məlumat mənbəyindən ibarətdir. lakin PubMed-də olmayan nəşrlər üçün bunun əvəzinə müvafiq UniProtKB istinad nömrəsini göstəririk.

ID (İdentifikasiya) xətti həmişə girişin ilk sətridir. ID xəttinin ümumi forması:

ID sətirindəki ilk element ardıcıllığın giriş adıdır. Bu ad ardıcıllığı müəyyən etmək üçün faydalı vasitədir, lakin qoşulma nömrəsi kimi sabit identifikator deyil (bax 3.2).

Swiss-Prot giriş adı qədərdən ibarətdir 11 böyük hərf-rəqəm simvolları. Swiss-Prot kimi simvollaşdırıla bilən ümumi məqsədli adlandırma konvensiyasından istifadə edir X_Y, harada:

  • X zülal adını təmsil edən ən çox 5 alfasayısal simvoldan ibarət mnemonik koddur. Nümunələr: B2MG Beta-2-mikroqlobulin, HBA Hemoqlobin alfa zənciri və INS insulin, CAD17 Cadherin-17 üçündir.
  • '_' işarəsi ayırıcı rolunu oynayır
  • Y zülalın bioloji mənbəyini təmsil edən ən çox 5 alfasayısal simvoldan ibarət mnemonik növ identifikasiya kodudur. Bu kod ümumiyyətlə cinsin ilk üç hərfindən və növün ilk iki hərfindən hazırlanır.

PSEPU üçündür Pseudomonas putida və NAJNI üçündür Naja nivea.

Bununla belə, verilənlər bazasında ən çox rast gəlinən növlər üçün özünü izah edən kodlardan istifadə olunur. Bu kodlardan 16-sı var: iribuynuzlu heyvanlar üçün BOVIN, toyuq üçün CHICK, üçün ECOLI Escherichia coli, At üçün AT, insan üçün İNSAN, qarğıdalı üçün qarğıdalı (Zea mays), Siçan üçün SİÇAN, Bağ noxud üçün PEA (Pisum sativum), Donuz üçün DONUZ, Dovşan üçün RABIT, Siçovul üçün RAT, Qoyun üçün QOYUN, Soya üçün SOYBN (Glisin maks), Ümumi tütün üçün Tütün (Nikotina tabacum), Buğda üçün BUĞDA (Triticum aestivum) və çörəkçilik mayası üçün MAYA (Saccharomyces cerevisiae).

Yuxarıda göstərilən qaydaları viruslara tətbiq etmək mümkün olmadığı üçün onlara ixtiyari, lakin ümumiyyətlə yadda qalan identifikasiya kodları verilmişdir.

Tam zülal ardıcıllığı giriş adlarına nümunələr bunlardır: ribosomal protein L1 üçün RL1_ECOLI Escherichia coli,, Aftiphilin üçün AFTIN_HUMAN insan, Superoxide dismutase [Cu-Zn] üçün SODC_DROME Drosophila melanogaster.

Hal-hazırda müəyyən edilmiş bütün növlərin identifikasiya kodlarının adları speclist.txt sənəd faylında verilmişdir.

TrEMBL giriş adı qədərdən ibarətdir 16 böyük hərf-rəqəm simvolları. TrEMBL Swiss-Prot-a oxşar ümumi təyinatlı adlandırma konvensiyasından istifadə edir, burada:

  • X ilə eynidir qoşulma nömrəsi girişdən
  • '_' işarəsi ayırıcı rolunu oynayır
  • Y mnemonik növlərin identifikasiya kodudur.

TrEMBL-də təmsil olunan bütün növlərə orqanizm kodlarını əl ilə təyin etmək ağlabatan müddət ərzində mümkün olmadığından, orqanizmləri müəyyən taksonomik səviyyədə yenidən qruplaşdıran "virtual" kodlar müəyyən edilmişdir. Bu cür kodlar "9" rəqəmi ilə yazılır və ümumiyyətlə bir krallıq kimi "geniş" ola bilən orqanizmlərin "hovuzuna" uyğun gəlir. Bu cür kodların bəzi nümunələri:

Bu tip "virtual" kodlar speclist.txt sənəd faylında da qeyd olunub.

Tam TrEMBL giriş adlarına nümunələr O95417_HUMAN, Q9VVG0_DROME, P71025_BACSU və ya Q9SR52_ARATH-dir.

ID sətirindəki ikinci bənd girişin vəziyyətini göstərir (bax. bölmə 2.2).

İdentifikator xəttinin üçüncü və sonuncu bəndi ardıcıllıqdakı amin turşularının ümumi sayı olan molekulun uzunluğudur. Bu nömrəyə mövcud olduğu bildirilən, lakin müəyyən edilməmiş ('X' kimi kodlaşdırılmış) vəzifələr daxildir. Uzunluqdan sonra 'AA' (Amin turşuları) hərf kodu gəlir.

Swiss-Prot ID xətlərinin iki nümunəsi aşağıda göstərilmişdir:

TreEMBL ID xəttinin nümunəsi:

AC (ACcession number) sətrində girişlə əlaqəli qoşulma nömrə(ləri) sadalanır. AC xəttinin formatı:

Qoşulma nömrə xəttinin nümunəsi aşağıda göstərilmişdir:

Nöqtəli vergül qoşulma nömrələrini ayırır və nöqtəli vergül siyahıya son qoyur. Lazım gələrsə, birdən çox AC xəttindən istifadə edilə bilər. Misal:

Qoşulma nömrələrinin məqsədi buraxılışdan buraxılışa qədər qeydlərin müəyyənləşdirilməsinin sabit yolunu təmin etməkdir. Ardıcıllıq səbəbindən bəzən qeydlərin adlarını dəyişdirmək, məsələn, əlaqəli yazıların oxşar adlara malik olmasını təmin etmək lazımdır. Bununla belə, qoşulma nömrəsi həmişə qorunur və buna görə də girişlərdən birmənalı olaraq sitat gətirməyə imkan verir.

Nəşrlərində qeydlərə istinad etmək istəyən tədqiqatçılar bunu etməlidirlər həmişə ilk qoşulma nömrəsini göstərin. Bu adətən “əsas qoşulma nömrəsi” adlanır. 'İkinci dərəcəli qoşulma nömrələri' alfasayısal qaydada sıralanır.

Swiss-Prot-un başqa məlumat resursuna uyğunlaşdırılmasını həyata keçirən proqramları olan istifadəçilərə girişi müəyyən etmək üçün Swiss-Prot qoşulma nömrələrindən istifadə etməyi tövsiyə edirik.

Əgər onlar birləşdirilibsə və ya bölünübsə, girişlərin birdən çox qoşulma nömrəsi olacaq. Məsələn, iki giriş birinə birləşdirildikdə, hər iki girişdən olan qoşulma nömrələri AC xətt(lərində) saxlanılır.

Mövcud giriş iki və ya daha çox qeydə bölünərsə (nadir haldır), ilkin qoşulma nömrələri bütün törəmə qeydlərdə saxlanılır və bütün qeydlərə yeni əsas qoşulma nömrəsi əlavə edilir.

Qoşulma nömrəsi yalnız onun təyin olunduğu məlumatlar verilənlər bazasından tamamilə silindikdə silinir. Swiss-Prot-dan silinmiş qoşulma nömrələri delac_sp.txt sənəd faylında, TrEMBL-dən silinənlər isə delac_tr.txt faylında qeyd olunur.

UniProtKB qoşulma nömrələri formatda 6 və ya 10 alfasayısal simvoldan ibarətdir:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
[A-N,R-Z] [0-9] [A-Z] [A-Z, 0-9] [A-Z, 0-9] [0-9]
[O,P,Q] [0-9] [A-Z, 0-9] [A-Z, 0-9] [A-Z, 0-9] [0-9]
[A-N,R-Z] [0-9] [A-Z] [A-Z, 0-9] [A-Z, 0-9] [0-9] [A-Z] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [0-9]

Üç nümunə aşağıdakı müntəzəm ifadədə birləşdirilə bilər:

Etibarlı qoşulma nömrələrinin bəzi nümunələri bunlardır: P12345, Q1AAA9, O456A1, P4A123 və A0A022YWF9.

DT (DaTe) sətirləri verilənlər bazası girişinin yaradılma tarixini və son modifikasiyasını göstərir.

Swiss-Prot-da DT xəttinin formatı:

Burada 'GG' gün, 'MM' ay və 'YYYY' müvafiq olaraq ildir. DT sətirlərində göstərilən tarixlər girişin inteqrasiya olunduğu və ya yeniləndiyi buraxılış tarixinə uyğun gəlir. Hər girişdə həmişə üç DT xətti var, onların hər biri xüsusi şərhlə əlaqələndirilir:

  • İlk DT sətri girişin verilənlər bazasında ilk dəfə göründüyünü göstərir. "UniProtKB/verilənlər bazası_adı ilə inteqrasiya olunmuş" əlaqəli şərh, girişin UniProtKB, Swiss-Prot və ya TrEMBL-in hansı bölməsində tapıla biləcəyini göstərir
  • İkinci DT xətti ardıcıllıq məlumatlarının sonuncu dəfə nə vaxt dəyişdirildiyini göstərir. Əlaqədar şərh, 'ardıcıllıq versiyası', ardıcıl versiya nömrəsini göstərir. Ardıcıllıq qeydində göstərilən amin turşusu ardıcıllığı dəyişdirildikdə girişin ardıcıl versiya nömrəsi bir artırılır.
  • Üçüncü DT xətti ardıcıllıqdan başqa verilənlərin sonuncu dəfə nə vaxt dəyişdirildiyini göstərir. Əlaqədar şərh, 'giriş versiyası', giriş versiyasının nömrəsini göstərir. Girişin düz fayl təsvirindəki hər hansı məlumat dəyişdirildikdə, giriş versiyasının nömrəsi bir artırılır.

Swiss-Prot DT xətlərinin blokunun nümunəsi:

TreEMBL DT xətlərinin blokunun nümunəsi:

Girişin ardıcıllığı hər dəfə yeniləndikdə həmişə annotasiya yeniləməsi də olur. Beləliklə, üçüncü DT sətirindəki tarix həmişə ən azı ikinci DT sətirindəki tarix qədər yenidir.

Qeyd edək ki, giriş Swiss-Prot-dan TrEMBL-ə keçdikdə ardıcıllıq və giriş versiyaları sıfırlanmır. Swiss-Prot-a inteqrasiya tarixi son ardıcıllıq yeniləməsindən daha yeni ola bilər.

UniProtKB/Swiss-Prot və UniProtKB/TrEMBL giriş versiyalarının hərtərəfli arxivi mövcuddur: UniProtKB Sequence/Annotation Version Database (UniSave) UniProtKB/Swiss-Prot və UniProtKB/TrEMBL giriş versiyalarının deposudur. Yalnız ən son İsveçrə-Prot və TrEMBL giriş və ardıcıllıq versiyalarını ehtiva edən UniProt Bilik Bazasından fərqli olaraq, UniProtKB Ardıcıllıq/Annotasiya Versiya Bazası bu qeydlərin bütün versiyalarına girişi təmin edir. Bu, ardıcıl dəyişiklikləri izləməyə, verilmiş annotasiyanın girişdə nə vaxt göründüyünü və onun necə inkişaf etdiyini öyrənməyə imkan verir.

DE (Təsvir) sətirləri saxlanılan ardıcıllıqla bağlı ümumi təsviri məlumatları ehtiva edir. Bu məlumat ümumiyyətlə zülalı dəqiq müəyyən etmək üçün kifayətdir.

Təsvir həmişə zülalın tövsiyə olunan adı (RecName) ilə başlayır. Bundan sonra alternativ adlar (AltName) göstərilir.

DE xətti protein adlarının 3 kateqoriyasını və bir neçə alt kateqoriyasını ehtiva edir:

Kateqoriya SahəsiAlt Kateqoriya SahəsiKardinallıqTəsvir
RecName: UniProtKB/Swiss-Prot-da 1
UniProtKB/TrEMBL-də 0-1
UniProt konsorsiumu tərəfindən tövsiyə edilən ad.
Tam =1 Tam adı.
Qısa =0-n Tam adın və ya abbreviaturası.
EC=0-n Enzim Komissiyasının nömrəsi.
AltAd: 0-n Tövsiyə olunan adın sinonimi.
Tam =0-1 Tam adı.
Qısa =0-n Tam adın və ya abbreviaturası.
EC=0-n Enzim Komissiyasının nömrəsi.
AltAd:Allergen =0-1 allergen.txt ünvanına baxın.
AltAd:Biotexnologiya =0-1 Biotexnoloji kontekstdə istifadə olunan ad.
AltAd:CD_antigen=0-n cdlist.txt-ə baxın.
AltAd:INN=0-n Beynəlxalq qeyri-mülkiyyət adı: Qlobal səviyyədə tanınan və ictimai mülkiyyət olan əczaçılıq maddəsi və ya aktiv əczaçılıq inqrediyentinin ümumi adı.
Alt ad: UniProtKB/Swiss-Prot-da 0
UniProtKB/TrEMBL-də 0-n
Əsas nukleotid ardıcıllığını təqdim edən tərəfindən verilən ad.
Tam =1 Tam adı.
EC=0-n Enzim Komissiyasının nömrəsi.

Hər bir ad ayrı sətirdə göstərilir, buna görə də 80 simvoldan çox ola bilər.

Protein adlandırma qaydaları Beynəlxalq protein nomenklaturası təlimatlarında təsvir edilmişdir.

DE sətirlərinin bloku daha çox ola bilər Daxildir: və/və ya Tərkibində: bölmələr və ayrıca sahə Bayraqlar: zülal ardıcıllığının prekursor və ya fraqment olduğunu göstərmək üçün:

SahəKardinallıqDəyər
Daxildir:0-n Yuxarıdakı cədvəldə təsvir olunduğu kimi protein adları bloku.
Tərkibində:0-n Yuxarıdakı cədvəldə təsvir olunduğu kimi protein adları bloku.
Bayraqlar:0-1 Prekursor və/yaxud Fraqment və ya Fraqmentlər

Əgər zülalın bir neçə funksional komponentə bölündüyü məlumdursa, təsvir prekursor zülalının adı ilə başlayır, ardınca "Tərkibindədir:" bölməsi(lər). Hər bir fərdi komponent ayrıca 'Tərkibindədir:' bölməsində təsvir edilmişdir. Hər bir fərdi komponent üçün alternativ adlara (AltName) icazə verilir. Misal:

Əgər zülalın hər biri fərqli adla təsvir edilən çoxlu funksional domenləri ehtiva etdiyi məlumdursa, təsvir ümumi zülalın adı ilə başlayır, ardınca "Daxildir:" bölməsi(lər). Bütün domenlər ayrıca "Daxildir:" bölməsində verilmişdir. Alternativ adlara (AltName) hər bir fərdi domen üçün icazə verilir. Misal:

Nadir hallarda, fermentin funksional sahələri parçalanır, lakin katalitik aktivlik yalnız fərdi zəncirlər kompleksdə yenidən təşkil edildikdə müşahidə edilə bilər. Belə zülallar DE sətirində aşağıdakı misalda verilmiş ardıcıllıqla həm "Daxildir:" və "Tərkibindədir:" birləşmələri ilə təsvir edilmişdir:

Zülalın yetkin forması bir prekursorun emal edilməsi ilə əldə edildikdə, biz bu faktı "Prekursor" Bayraqından istifadə edərək göstəririk, belə hallarda göstərilən ardıcıllıq zülalın yetkin formasına uyğun gəlmir.

Tam ardıcıllıq müəyyən edilmədikdə, biz onu "Bayraqlar" bölməsində "Fraqment" və ya "Fraqmentlər" ilə qeyd edirik. Misal:

TrEMBL-də DE xəttinin formatı Swiss-Prot-da istifadə olunan formatı yaxından izləyir. Bununla belə, TrEMBL əl ilə qeyd edilmədiyi üçün təsvir birbaşa əsas nukleotid girişindən alınır və onun dəqiqliyi nukleotid girişini təqdim edənin təqdim etdiyi məlumatdan asılıdır. Məhz buna görə də TrEMBL qeydləri adətən tövsiyə olunan ad (RecName) əvəzinə ad (AltAd) təqdim edir. Təsvir daha sonra avtomatik annotasiya prosedurları ilə təkmilləşdirilə bilər (bax. Avtomatik annotasiya bölməsi), lakin əks halda, giriş əl ilə qeyd olunana və Swiss-Prot-a əlavə olunana qədər təqdim edən tərəfindən təqdim edildiyi kimi qalır.

GN (Gen Adı) sətri saxlanılan zülal ardıcıllığını kodlayan gen(lər)in ad(lar)ını göstərir. GN xətti üç növ məlumatı ehtiva edir:

  1. Gen adları (a.k.a gen simvolları). Geni təmsil etmək üçün istifadə edilən ad(lar). Bir genə təyin edilmiş birdən çox ad ola biləcəyi üçün, rəsmi gen adı olaraq istifadə edilməli olduğuna inandığımız adla "Sinonimlər" olaraq qeyd olunan digər adlar arasında fərq qoyuruq.
  2. Sifarişli yer adları (aka OLN, ORF nömrələri, CDS nömrələri və ya Gen nömrələri). Tamamilə ardıcıl genomda və ya xromosomda ORF-ni təmsil etmək üçün istifadə edilən ad. O, ümumiyyətlə orqanizmi təmsil edən prefiksə və adətən xromosomda genlərin ardıcıl düzülməsini təmsil edən nömrəyə əsaslanır. Genom ardıcıllıq mərkəzindən asılı olaraq, nömrələr yalnız zülal kodlayan genlərə və ya psevdogenlərə, həmçinin tRNA-lara və digər xüsusiyyətlərə aid edilir. Əgər iki proqnozlaşdırılan gen yeni bir gen yaratmaq üçün birləşdirilibsə, hər iki gen identifikatoru işarə ilə ayrılaraq göstərilir (son nümunəyə bax). Nümunələr: HI0934, Rv3245c, At5g34500, YER456W, YAR042W/YAR044W.
  3. ORF adları (a.k.a. ardıcıllıq adları və ya bitişik adlar və ya müvəqqəti ORFAdlar). Açıq oxu çərçivəsinə ardıcıllıq layihəsi tərəfindən müvəqqəti olaraq aid edilən ad. Bu ad ümumiyyətlə kosmid nömrələmə sisteminə əsaslanır. Nümunələr: MtCY277.28c, SYGP-ORF50, SpBC2F12.04, C06E1.1, CG10954.

GN xəttinin formatı:

Yuxarıdakı dörd nişandan heç biri məcburi deyil. Amma a "Sinonimlər" token yalnız a olduğu halda mövcud ola bilər "Ad" nişan.

Birdən çox gen varsa, müxtəlif genlər üçün GN xətti blokları aşağıdakı sətirlə ayrılır:

Bükülmə üstünlük olaraq nöqtəli vergüllə, əks halda vergüllə aparılır.

Tez-tez olur ki, ayrı-ayrı yerə birdən çox ad təyin edilib, bu halda bütün sinonimlər əlifba sırası ilə və hərf-həssassız olaraq sadalanacaq. Misal:

ƏS (Orqanizm Növləri) xətti saxlanılan ardıcıllığın mənbəyi olan orqanizmi müəyyən edir. Bütün növ məlumatlarının bir xəttə sığmayacağı nadir hallarda, birdən çox OS xətti istifadə olunur. Son OS xətti nöqtə ilə dayandırılır.

Növlərin təyini, əksər hallarda, Latın cinsindən və növ təyinatından sonra ingilis adından (mötərizədə) ibarətdir. Viruslar üçün yalnız ümumi ingilis adı verilir.

OS xətlərinin nümunələri burada göstərilir:

Bir növə aid adlar (rəsmi ad, ümumi ad, sinonim) bir sətirə sığmayanda sətirlərdən kəsilir:

OG (OrGanelle) xətti zülal üçün kodlaşdıran genin mitoxondriyadan, plastiddən, nukleomorfdan və ya plazmiddən qaynaqlandığını göstərir.

OG xəttinin formatı:

Burada 'ad' plazmidin adıdır.

Hidrogenosomlar, hidrogenaz ehtiva edən və qlikoliz yolu ilə hidrogen və ATP istehsal edən bəzi anaerob birhüceyrəli eukariotlarda olan membranla bağlanmış redoks orqanoidləridir. Onların mitoxondriyadan əmələ gəldiyi güman edilir, əksər hidrogenosomlarda genom yoxdur, lakin bəziləri (məsələn, anaerob kirpikli Nyctotherus ovalis) rudimentar genomu saxlamışdır.

Mitoxondriyalar əksər eukaryotik hüceyrələrin sitoplazmasında olan redoks-aktiv membranla əlaqəli orqanoidlərdir. Onlar ATP-nin əmələ gəlməsi ilə nəticələnən oksidləşdirici fosforlaşma reaksiyalarının yeridir.

Nukleomorflar kriptomonad və xloraxniofit yosunlarının plastidlərində olan azalmış vestigal nüvələrdir. Plastidlər udulmuş eukaryotik fototroflardan əmələ gəlir.

Plastidlər ya taksonomik nəsillərinə görə, ya da bəzi hallarda fotosintez qabiliyyətinə görə təsnif edilir.

Apikoplastlar Eimeria, Plasmodium və Toxoplasma kimi Apicocomplexa parazitlərində olan plastidlərdir, onlar fotosintetik deyillər.

Xloroplastlar qlaukosistofit yosunları istisna olmaqla, bütün quru bitkilərində və yosunlarda olan plastidlərdir (aşağıya bax). Yaşıl toxumadakı xloroplastlar digər toxumalarda fotosintetikdir, onlar fotosintetik olmaya bilər və sonra hüceyrəaltı yerlə bağlı ikinci dərəcəli məlumatlara da malik ola bilər (məsələn, amiloplastlar, xromoplastlar).

Orqanel xromatoforlar, Cercozoa nəslinin fotosintetik tekat amöbası olan Paulinella chromatophorada olan fotosintetik plastidlərdir. 1 Mb-də bu plastid məlum olan ən böyük plastiddən 3 dəfə böyükdür, onun bütün digər plastidlərə səbəb olduğu düşünülən eyni endosimbiotik hadisədən əmələ gəlib-gəlmədiyi aydın deyil.

Siyanellər qlaukosistofit yosunlarında olan plastidlərdir. Onlar da fotosintetikdirlər, lakin onların plastidləri 2 zərf membranı arasında kövrək hüceyrə divarına malikdir.

Qeyri-fotosintetik plastid, sözügedən plastid fotosintetik nəsildən törədikdə istifadə olunur, lakin sözügedən plastiddə əsas genlər yoxdur. Bəzi nümunələr Aneura mirabilis, Epifagus virginiana, Helicosporidium (müvafiq olaraq qaraciyər, ali bitki və yaşıl yosun) ola bilər.

Plastid termini orqanizmin imkanları qeyri-müəyyən olduqda istifadə olunur, məsələn, Cuscuta nəslinin parazit bitkilərində, bəzən gənc toxuma fotosintetikdir.

Əgər giriş bir sıra plazmidlərdə eyni olan zülalın ardıcıllığını bildirirsə, bu plazmidlərin adları həmin girişin OG sətirlərində qeyd olunacaq. Plazmid adları vergüllə ayrılır, son plazmid adından əvvəl "və" sözü qoyulur. Plazmid adları heç vaxt iki sətir boyunca yazılmır. Misal:

plasmid.txt sənədində OG xəttinin kontekstində verilənlər bazasında istifadə olunan bütün plazmid adları göstərilir.

OC (Organizm Təsnifatı) sətirləri mənbə orqanizmin taksonomik təsnifatını ehtiva edir. İstifadə olunan taksonomik təsnifat NCBI-da saxlanılan (bax: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/) və nukleotid ardıcıllığı verilənlər bazaları (EMBL/GenBank/DDBJ) tərəfindən istifadə edilən təsnifatdır. NCBI-nin taksonomiyası cari filogenetik bilikləri əks etdirir. Bu, mümkün olduğu qədər ardıcıllığa əsaslanan taksonomiyadır və mümkün olan yerdə nəşr edilmiş səlahiyyətlilərə əsaslanır. Təkamül təsnifatının özünəməxsus qeyri-müəyyənliyinə və verilənlər bazası istifadəçilərinin xüsusi ehtiyaclarına görə (məsələn, bir qrup orqanizmin filogenetik tarixini izləməyə və ya molekulun təkamülünü aydınlaşdırmağa çalışmaq), bu taksonomiya cari filogenetik bilikləri dəqiq əks etdirməyə çalışır. NCBI-nin taksonomiyası məlumatlandırıcı və faydalı olmaq üçün nəzərdə tutulub ki, onun ən yaxşı və ya ən dəqiq olduğuna dair heç bir iddia yoxdur.

Təsnifat ən ümumi qruplaşdırmanın ilk verildiyi taksonomik ağacda qovşaqlar kimi yuxarıdan aşağıya sadalanır. Təsnifat bir neçə OC xətti üzərində paylana bilər, lakin qovşaqlar sətirlər arasında bölünmür və ya defislə yazılmır. Nöqtəli vergül ayrı-ayrı elementləri ayırır və siyahı nöqtə ilə dayandırılır.

OC xəttinin formatı:

Məsələn, bir insan ardıcıllığı üçün təsnifat xətləri belə olardı:

OX (Organism taxonomy cross-reference) xətti taksonomik verilənlər bazasında konkret orqanizmin identifikatorunu göstərmək üçün istifadə olunur. OX xəttinin formatı:

Hal-hazırda çarpaz istinadlar NCBI-nin taksonomiya məlumat bazasına edilir, bu da 'TaxID' kvalifikatoru və taksonomik kodla əlaqələndirilir.

OH (Organizm Host) xətti isteğe bağlıdır və yalnız viral girişlərdə görünür. Bu, virusa yoluxmağa həssas olan ev sahibi orqanizm(lər)i göstərir.

Ev sahibi xaricində inert bir hissəcik olan virus, virion nə metabolizmə, nə çoxalma qabiliyyətinə, nə də avtonom təkamülə malikdir. Buna görə də ev sahibi orqanizm(lər)in identifikasiyası vacibdir, çünki virus-hüceyrə qarşılıqlı əlaqəsi və posttranslational modifikasiyalar kimi xüsusiyyətlər əsasən ev sahibindən asılıdır.

OH xəttinin formatı:

The HostName rəsmi addan və istəyə görə ümumi addan və/və ya sinonimdən ibarətdir. OH xəttinin uzunluğu 80 simvoldan çox ola bilər.

Simian hepatit A virusuna misal:

Bu sətirlər ədəbiyyatdan sitatlardan ibarətdir. İstinadlar məlumatların mücərrəd alındığı mənbələri göstərir. Verilmiş sitat üçün istinad xətləri blokda olur və həmişə RN, RP, RC, RX, RG, RA, RT və RL qaydasında olur. Hər bir belə istinad blokunda RN xətti bir dəfə, RC, RX və RT xətləri sıfır və ya daha çox dəfə, RP, RG/RA və RL xətləri isə bir və ya bir neçə dəfə baş verir. Bir neçə istinad verilirsə, hər biri üçün istinad bloku olacaq.

Tam istinad nümunəsi:

Fərdi sətirlərin formatları aşağıda izah edilmişdir.

RN (İstinad Nömrəsi) sətri girişdəki hər istinad sitatına ardıcıl nömrə verir. Bu nömrə şərhlərdə və xüsusiyyət cədvəli qeydlərində istinadı göstərmək üçün istifadə olunur. RN xəttinin formatı:

burada 'n' bu giriş üçün n-ci istinadı bildirir. İstinad nömrəsi həmişə kvadrat mötərizə arasındadır.

RP (Reference Position) sətirləri müəlliflər tərəfindən həyata keçirilən girişə uyğun işin həcmini təsvir edir. RP xəttinin formatı:

O, İsveçrə-Prot girişində təbliğ edilmiş məlumatın təsvirini ehtiva etməlidir.

Tipik şərh "NUKLEOTİD SEQUENCE"dir. Bu element ardıcıllıq məlumatlarının mənşəyini göstərən kvalifikatorla işarələnə bilər. Bu seçicilərin etibarlı adları bunlardır:

  • GENOMİK DNT: fərdi gen ardıcıllıqla müəyyən edilmişdir
  • GENOMİK RNT: fərdi gen ardıcıllıqla müəyyən edilmişdir
  • MRNA: fərdi cDNT sıralanıb
  • İYİ ÖLÇƏLİ GENOMİK DNT: gen genom layihəsinin bir hissəsi kimi ardıcıllıqla müəyyən edilmişdir
  • GENİŞ ÖLÇƏLİ MRNA: cDNA geniş miqyaslı cDNA layihəsinin bir hissəsi kimi ardıcıllaşdırılıb.

2 seçici tətbiq edilərsə, hər ikisi '/' ilə ayrılaraq göstərilir.

'BÖYÜK ÖLÇƏLİ ANALİZ' nəticələrin geniş şəkildə öyrənilmədiyini göstərmək üçün böyük ekran nəticələrini bildirən istinadlara əlavə edilən başqa tipik etiketdir.

RP xətlərinin tipik nümunələri aşağıda göstərilmişdir:

RC (İstinad Şərhi) sətirləri istinad edilən istinada uyğun şərhləri saxlamaq üçün istifadə olunan isteğe bağlı sətirlərdir. RC xəttinin formatı:

Hal-hazırda müəyyən edilmiş tokenlər və onların RC xəttindəki sırası bunlardır:

PLAZMİD TRANSPOZON TOXUYUNU ŞƏRTİN EDİN

İstinad şərh xətti mövzuları sətirləri əhatə edə bilər. RC xətlərinin nümunələri:

RX (Reference cross-reference) xətti biblioqrafik verilənlər bazasında xüsusi istinada təyin edilmiş identifikatoru göstərmək üçün istifadə olunan isteğe bağlı sətirdir. RX xəttinin formatı:

Etibarlı biblioqrafik verilənlər bazası adları və onların əlaqəli identifikatorları olduqda:

ad İdentifikator
MEDLINE Səkkiz rəqəmli MEDLINE Unikal İdentifikatoru (UI)
PubMed PubMed Unikal İdentifikatoru (PMID)
DOI Rəqəmsal Obyekt İdentifikatoru (DOI)
AGRICOLA AGRICOLA Unikal İdentifikator

İstinad Qrupu (RG) sətirində verilmiş sitatla əlaqəli konsorsiumun adı göstərilir. RG xətti əsasən təqdimat arayış bloklarında istifadə olunur, lakin işçi qrup məqalədə müəllif kimi göstərildiyi təqdirdə kağız istinadlarda da istifadə edilə bilər. RG xətti və RA xətti (İstinad Müəllifi) eyni istinad blokunda mövcud ola bilər, hər bir istinad bloku üçün ən azı bir RG və ya RA xətti məcburidir. RG xətlərinin istifadəsi nümunəsi aşağıda göstərilmişdir:

RA (İstinad Müəllifi) sətirlərində istinad edilən məqalənin (və ya digər işin) müəllifləri göstərilir. RA xətti əksər istinadlarda mövcuddur, lakin istinad qrupuna istinad edən istinadlarda olmaya bilər (RG xəttinə bax). Hər bir istinad bloku üçün ən azı bir RG və ya RA xətti məcburidir.

Müəlliflərin hamısı daxil edilib və məqalədə verilmiş ardıcıllıqla sadalanıb. Adlar siyahıda əvvəlcə soyaddan sonra boş, ardınca nöqtələrlə başlanğıc(lar) göstərilir. Müəlliflərin adları vergüllə ayrılır və nöqtəli vergüllə bitir. Müəllif adları sətirlər arasında bölünmür. RA xətlərinin istifadəsinə bir nümunə aşağıda göstərilmişdir:

Hər bir istinada lazım olan qədər RA xətti daxil edilir.

Müəllifin baş hərflərindən sonra 'Jr' (Junior üçün), 'Sr' (Senior), 'II', 'III' və ya 'IV' (2-ci, 3-cü və 4-cü) kimi abreviatura ola bilər. Misal:

RT (İstinad Başlığı) sətirləri kompüter simvol dəstinin məhdudiyyətlərini nəzərə alaraq mümkün qədər dəqiq olaraq istinad edilən məqalənin (və ya digər işin) başlığını verir. RT xəttinin formatı:

RT xətləri dəsti nümunəsi:

Qeyd etmək lazımdır ki, başlığın formatı həmişə nəşr olunan işin yuxarı hissəsində göstərilənlə eyni deyil:

  • Əsas başlıq sözləri böyük hərflə yazılmır
  • Başlığın mətni ya nöqtə '.', sual işarəsi '?' ilə bitir. və ya nida işarəsi '!'
  • Başlığın mətnindəki qoşa dırnaq işarələri ' " ' tək dırnaq işarələri ilə əvəz olunur
  • İngilis dilindən başqa dildə nəşr olunan məqalələrin adları ingilis dilinə tərcümə edilmişdir
  • Yunan hərfləri tam yazılır (alfa, beta və s.).

RL (İstinad Yeri) sətirlərində istinad üçün adi sitat məlumatı var. Ümumiyyətlə, sözügedən kağızı tapmaq üçün təkcə RL xətləri kifayətdir.

Jurnal sitatının RL xəttinə jurnalın abreviaturası, həcmin nömrəsi, səhifə diapazonu və il daxildir. Belə bir RL xəttinin formatı:

Jurnal adları Milli Tibb Kitabxanasının (NLM) istifadə etdiyi konvensiyalara uyğun olaraq qısaldılmışdır və mövcud ISO və ANSI standartlarına əsaslanır. Hazırda istifadə olunan abbreviaturaların siyahısı jourlist.txt sənəd faylında verilmişdir

RL xəttinə bir nümunə:

Verilənlər bazası buraxılarkən “mətbuatda” olan kağıza istinad edildikdə, səhifə diapazonu və ola bilsin, həcmin nömrəsi “0” (sıfır) kimi göstərilir. Belə bir RL xəttinin nümunəsi burada göstərilir:

Elektron nəşr üçün RL xəttinə '(er)' prefiksi daxildir. Format aşağıda göstərilmişdir:

RL xətti formatının bir variantı kitablarda və ya digər nəşr növlərində tapılan məqalələr üçün istifadə olunur, daha sonra aşağıdakı formatdan istifadə edilir:

Dərc olunmamış müşahidələr üçün RL xəttinin formatı:

Burada 'MMM' ay, 'YYYY' isə ildir.

Biz ardıcıl girişin müxtəlif aspektləri ilə bağlı dərc olunmamış məlumatların Swiss-Prot-a alimlər tərəfindən göndərilən məlumatlara istinad etmək üçün "dərc olunmamış müşahidələr" RL xəttindən istifadə edirik.

Ph.D. RL xəttinin formatı belədir:

Belə bir xəttin nümunəsi burada verilmişdir:

Patent müraciətləri üçün RL xəttinin formatı:

'Pat_num' patentin beynəlxalq nəşr nömrəsidir, 'GG' gün, 'MMM' ay və 'YYYY' isə ildir. Misal:

RL xəttinin ala biləcəyi son forma təqdimatlar üçün istifadə olunan formadır. Belə bir RL xəttinin formatı:

'MMM' ay, 'YYYY' il və 'Database_name' aşağıdakılardan biridir:

EMBL/GenBank/DDBJ verilənlər bazası UniProtKB PDB məlumat bankı PIR məlumat bankı

Təqdimat RL xətlərinin iki nümunəsi burada verilmişdir:

CC xətləri girişdə pulsuz mətn şərhləridir və istənilən faydalı məlumatı çatdırmaq üçün istifadə olunur. Şərhlər həmişə sonuncu istinad xəttinin altında görünür və blok 1 və ya daha çox şərh xəttindən ibarət şərh bloklarında qruplaşdırılır. Blokun birinci sətri '-!-' simvolları ilə başlayır.

Şərh blokunun formatı:

Şərh blokları "mövzular" olaraq təyin etdiyimiz şeylərə uyğun olaraq təşkil edilir. Cari mövzular və onların tərifləri aşağıdakı cədvəldə verilmişdir.

Mövzu Təsvir
ALLERGEN Allergik zülallara aid məlumat
ALTERNATİV MƏHSULLAR Eyni genin alternativ birləşməsi, alternativ promotorun istifadəsi, ribosomal çərçivənin dəyişdirilməsi və ya alternativ başlanğıc kodonlarının istifadəsi nəticəsində yaranan əlaqəli zülal ardıcıllığının(lar) mövcudluğunun təsviri 3.12.15-ə baxın.
BİOFİZİK-KİMYƏSİ XÜSUSİYYƏTLƏRİ Biofiziki və fiziki-kimyəvi məlumatlara aid məlumatların təsviri və pH asılılığı, temperaturdan asılılıq, kinetik parametrlər, redoks potensialları və maksimal udma haqqında məlumat üçün 3.12.8-ə baxın.
BİOTEXNOLOGİYA Biotexnoloji prosesdə spesifik zülalın istifadəsinin təsviri
KATALİTİK FƏALİYYƏT Fermentin kataliz etdiyi reaksiya(lar)ın təsviri [1]
DİQQƏT Mümkün səhvlər və/və ya çaşqınlıq üçün əsaslar haqqında xəbərdarlıq
KOFAKTOR Bir fermentin katalitik fəaliyyəti üçün tələb etdiyi hər hansı qeyri-zülal maddənin təsviri
İNKİŞAF MƏRHƏLƏSİ mRNT və ya zülalın inkişafa spesifik ifadəsinin təsviri
XƏSTƏLİK Zülal çatışmazlığı ilə əlaqəli xəstəliklərin təsviri
POZULMA FENOTİPİ Zülal üçün gen kodlaşdırmasının pozulması nəticəsində yaranan təsirlərin təsviri 3.12.27-yə baxın.
DOMAIN Zülalın domen strukturunun təsviri
FƏALİYYƏTİN TƏNZİMLƏNMƏSİ Fermentin, daşıyıcının, mikrob transkripsiya faktorunun tənzimləmə mexanizminin təsviri
FUNKSİYA Zülalın funksiya(lar)ının ümumi təsviri
İNDUKSİYA Gen ifadəsini tənzimləyən birləşmə(lər)in və ya vəziyyətin(lərin) təsviri
QARŞILIQ İkili zülal-zülal qarşılıqlı əlaqəsinə aid məlumatları ötürür 3.12.12
Kütləvi spektrometriya Kütləvi spektrometrik üsullarla müəyyən edilən zülalın və ya zülalın bir hissəsinin dəqiq molekulyar çəkisi haqqında məlumat verir, bax 3.12.23
MÜXTƏLİF Digər müəyyən edilmiş mövzuların heç birinə aid olmayan hər hansı şərh
YOLU Bir zülalın əlaqəli olduğu metabolik yol(lar)ın təsviri
ƏMMASÖTİK Bir zülalın əczaçılıq dərmanı kimi istifadəsinin təsviri
POLİMORFİZM Polimorfizm(lər)in təsviri
PTM Polipeptidin istənilən kimyəvi növbəsinin təsviri (proteolitik parçalanma, amin turşularının modifikasiyası, o cümlədən çarpaz bağlantılar). Bu mövzu xüsusiyyət cədvəlində verilmiş məlumatları tamamlayır və ya mövqeyə aid məlumatların mövcud olmayan polipeptid modifikasiyalarını göstərir.
RNT redaktəsi Bir və ya daha çox amin turşusu dəyişikliyinə səbəb olan hər hansı bir RNT redaktəsinin təsviri
DİQQƏT Çərçivə dəyişikliyi, səhv gen modeli proqnozları və s. kimi FT MÜQAFİQƏ sətirlərində təsvir olunmayan konfliktlərə görə UniProtKB-də göstərilən ardıcıllıqdan fərqlənən zülal ardıcıllığı hesabatlarının təsviri. 3.12.36-a baxın.
OXŞARLIQ Zülalın digər zülallarla oxşarlıq(lar)ının (ardıcıllıq və ya struktur) təsviri
Hüceyrəaltı YER Zəncir/peptid/izoformun hüceyrəaltı yerinin təsviri. 3.12.13-ə baxın
ALT BÖLÜM Zülalın dördüncü strukturunun təsviri və FUNKSİYA mövzusunda təsvir olunan reseptor-liqand qarşılıqlı təsirləri istisna olmaqla, digər zülallar və ya zülal kompleksləri ilə istənilən növ qarşılıqlı əlaqə.
TOXUMANIN XÜSUSİYYƏTİ mRNT və ya zülalın toxuma spesifik ifadəsinin təsviri
ZƏHƏRLİ DOZA Zülalın öldürücü dozasının (LD), paralitik dozasının (PD) və ya effektiv dozasının təsviri
WEB RESURS Xüsusi zülal üçün şəbəkə verilənlər bazası/resursuna çarpaz istinadın təsviri 3.12.38-ə baxın

[1] 'KATALİTİK FƏALİYYƏT' mövzusu üçün: Reaksiyaların ferment sinifləri əvəzinə spesifik fermentlər səviyyəsində kurasiyasına icazə vermək və reaktivlər üçün standartlaşdırılmış adlardan istifadə etmək üçün mümkün olduqda Rhea verilənlər bazasından kimyəvi reaksiya təsvirlərindən istifadə edirik. Yalnız sərbəst mətn şəklində təsvir edilə bilən katalitik fəaliyyətlər üçün biz Beynəlxalq Biokimya və Molekulyar Biologiya İttifaqının (IUBMB) Nomenklatura Komitəsinin Enzyme Nomenclature, NC-IUBMB, Academic Press, New-də dərc edilən tövsiyələrinə əməl edirik. York, (1992).

Burada müəyyən edilmiş mövzuların hər biri üçün onların istifadəsinə dair iki nümunə göstəririk:

BİOFİZİK-KİMYƏSİ XÜSUSİYYƏTLƏR bloku Absorbsiya, Kinetik parametrlər, pH asılılığı, Redoks potensialı, Temperaturdan asılılıq xassələrindən ən azı birini ehtiva etməlidir və bu xassələrin hər hansı kombinasiyasına malik ola bilər (yuxarıda göstərildiyi kimi). Bu alt mövzuların mənası belədir:

Mülkiyyət Təsvir
Absorbsiya opsinlər və DNT fotoliazları kimi fotoreaktiv zülalların maksimal udma göstərdiyi dalğa uzunluğunu göstərir
Kinetik parametrlər fermentlərin Michaelis-Menten sabitini (KM) və maksimal sürətini (Vmax) qeyd edir.
pH asılılığı ferment fəaliyyəti üçün optimal pH-ı və/yaxud ferment aktivliyinin pH dəyişməsi ilə dəyişməsini təsvir edir.
Redoks potensialı elektron daşıyıcı zülallar üçün standart (orta nöqtə) oksido-reduksiya potensialının (potensiallarının) dəyərini bildirir
Temperaturdan asılılıq ferment aktivliyi üçün optimal temperaturu və/yaxud ferment aktivliyinin temperaturun dəyişməsi ilə dəyişməsini göstərir fermentin termostabilliyi/termolabilliyi məlum olduqda da qeyd olunur.

CC xəttinin İNTERACTION mövzusu ikili zülal-zülal qarşılıqlı əlaqəsi ilə bağlı məlumatları çatdırır. O, avtomatik olaraq IntAct verilənlər bazasından alınır və hər ay yenilənir. Bu hadisə hər giriş üçün bir QARŞILAŞMA mövzusudur, hər ikili qarşılıqlı əlaqə ayrıca sətirdə təqdim olunur. Hər bir məlumat xətti 80 simvoldan uzun ola bilər.

Qarşılıqlı təsirlər istənilən uyğun eksperimental üsulla əldə oluna bilər, lakin tək maya-iki hibrid təcrübəsindən irəli gələrsə, ikinci təcrübə ilə təsdiq edilməlidir. Böyük miqyaslı eksperimentlər üçün müəlliflər tərəfindən yüksək etimad verildiyi təqdirdə qarşılıqlı əlaqə nəzərə alınır.

CC xətti mövzu İNTERACTION formatı:

  • <Interactant> UniProtKB zülalını təmsil edir.
  • ilk <Interactant> ilə təmsil olunur: (<Accession>|<IsoId>|<ProductId>)
  • ikinci <Interactant> ilə təmsil olunur: (<Accession>|<IsoId>|<ProductId> [<Accession>])(: <Gene>)?
  • <IsoId> UniProtKB izoform ID-sidir.
  • <ProductId> UniProtKB məhsul ID-sidir, yəni funksiya identifikatorudur.
  • <Gene> ya gen adı, sıralı yer adı və ya UniProtKB zülalını kodlayan genin ORF adıdır.
  • <Experiments> IntAct-də qarşılıqlı əlaqəni dəstəkləyən təcrübələrin sayıdır.
  • <IntActId> IntAct zülal ID-sidir.
  • 'Xeno' qarşılıqlı zülalların müxtəlif növlərdən əldə edildiyini göstərən isteğe bağlı bir bayraqdır. Bu, eksperimental quruluşa görə ola bilər və ya patogen-ev sahibi qarşılıqlı əlaqəsini əks etdirə bilər.
  • IntAct=IntActId, IntActId iki IntAct zülal identifikatorundan istifadə etməklə IntAct-də qarşılıqlı əlaqəni müəyyən edir.

P11309-da təsvir olunan müxtəlif izoformlarla binar qarşılıqlı təsirlər.

Proteolitik parçalanma məhsulu ilə ikili qarşılıqlı əlaqə.

Qarşılıqlı təsir xətlərinin nümunələri aşağıda verilmişdir. CC İNTERACTION mövzuları tam deyil, yalnız izah edilən qarşılıqlı əlaqə xətləri göstərilir.

Tipik misalda hazırkı zülal, Q9NQ11, daha sonra "AAK1" gen adı ilə xarakterizə olunan Q2M2I8 ilə qarşılıqlı əlaqədədir. Qarşılıqlı əlaqə IntAct-də saxlanılan iki təcrübə ilə dəstəklənir. Bu qarşılıqlı əlaqə üçün eksperimental təfərrüatları "EBI-6308763, EBI-1383433" ilə IntAct sorğusu ilə tapmaq olar.

Cari zülal, P27449, IsoID Q9UHP7-3 ilə müəyyən edilmiş Q9UHP7 izoformu ilə qarşılıqlı əlaqədə olur.

Qarşılıqlı zülal üçün heç bir gen adı məlumatı mövcud deyil.

Protein öz-özünə birləşir.

Qarşılıqlı təsir göstərən zülalların mənbə orqanizmləri fərqlidir.

Mövcud zülalın müxtəlif izoformlarının eyni zülalla qarşılıqlı əlaqədə olduğu göstərilir (O14613). Bu, mövcud zülal üçün müxtəlif IntActID-lər tərəfindən əks olunur.

Çoxlu qarşılıqlı əlaqə xətləri olan giriş nümunəsi: Q02821.

subcell.txt sənədi şərh sətirində (CC) istifadə olunan idarə olunan lüğətləri, onların təriflərini və sinonimlər və ya müvafiq GO terminləri kimi əlavə məlumatları aşağıdakı formatda sadalayır:

SUBHCELLULAR LOCATION formatı:

  • Molekul: İzoform, zəncir və ya peptid adı
  • Məkan = Hüceyrəaltı_yer( Bayraq)?( Topologiya( Bayraq)?)?( oriyentasiya( Bayraq)?)?
    • Hüceyrəaltı_yer: subcell.txt ID qeydinin SL xətti
    • Topologiya: subcell.txt İT qeydinin SL xətti
    • Orientasiya: subcell.txt IO-rekordunun SL xətti

    Qeyd: Perl üslublu çarpanlar nümunənin (mötərizələrlə ayrılmış) isteğe bağlı olub olmadığını (?) və ya 1 və ya daha çox dəfə (+) baş verə biləcəyini göstərir.

    Zəncir/peptid/izoform müəyyən edilmədikdə, hüceyrəaltı yer yetkin zülalın yerləşdiyi yerə uyğun gəlir.

    CC xətti mövzusunun ALTERNATİV MƏHSULLAR formatı:

    Qeyd: Dəyişən dəyərlər kursivlə göstərilir. Perl üslublu çarpanlar nümunənin (mötərizə ilə ayrılmış) isteğe bağlı olub olmadığını (?), 0 və ya daha çox dəfə (*) və ya 1 və ya daha çox dəfə (+) baş verə biləcəyini göstərir. Alternativ dəyərlər boru simvolu (|) ilə ayrılır.

    Mövzu Təsvir
    Hadisə Alternativ formaların istehsalı ilə nəticələnən bioloji proses. Bu, aşağıdakı dəyərlərdən birini və ya birləşməsini sadalayır (Alternativ promouter istifadəsi, Alternativ birləşdirmə, Alternativ başlatma, Ribosomal çərçivə dəyişikliyi).
    Format: Hadisə=nəzarət olunan lüğət
    Nümunə: Hadisə=Alternativ birləşmə
    Adlandırılmış izoformalar 'Ad' mövzularında sadalanan izoformaların sayı hazırda yalnız 'Hadisə=Alternativ birləşdirmə' üçün.
    Format: Adlandırılmış izoformlar=sayı
    Misal: Adlandırılmış izoformalar=6
    Şərh Bir və ya daha çox izoforma ilə bağlı hər hansı şərh isteğe bağlıdır
    Format: Şərh = pulsuz mətn
    Nümunə: Şərh=Bəzi izoformalar üçün eksperimental təsdiq olmaya bilər
    ad Ədəbiyyatda istifadə olunan və ya Swiss-Prot tərəfindən təyin edilmiş izoform üçün ümumi ad hal-hazırda yalnız birləşdirilmiş izoformlar üçün mövcuddur.
    Format: Ad=ümumi ad
    Misal: Ad=Alfa
    Sinonimlər Ədəbiyyatda istifadə edilən izoform üçün sinonimlər isteğe bağlıdır, hazırda yalnız birləşdirilmiş izoformalar üçün mövcuddur.
    Format: Sinonimlər=Sinonim_1[, Sinonim_n]
    Misal: Sinonimlər=B, KL5
    IsoId Swiss-Prot qoşulma nömrəsindən, ardınca tire və nömrədən ibarət izoform üçün unikal identifikator.
    Format: IsoId=acc#-isoform_number[, acc#-isoform_number]
    Misal: IsoId=P05067-1
    Ardıcıllıq ' termininin izoform ardıcıllığı haqqında məlumatGöstərilir', ardıcıllığın girişdə xüsusiyyət identifikatorlarının siyahıları göstərildiyini göstərir (VSP_#), izoformun xüsusiyyət cədvəlində qeyd edildiyini göstərir, FTI-lər proqramlara, əgər IsoId-in qoşulma nömrəsi uyğun gələrsə, birləşmə variantının ardıcıllığını yaratmağa imkan verir. cari girişin qoşulma nömrəsinə uyğun gəlmir, bu mövzu ' terminini ehtiva edirXarici' 'Təsvir edilməyib' izoformun ardıcıllığının naməlum olduğuna diqqət çəkir.
    Format: Ardıcıllıq=VSP_#[, VSP_#]|Göstərilir|Xarici|Təsvir edilmir
    Misal: Ardıcıllıq=Göstərilir
    Misal: Ardıcıllıq=VSP_000013, VSP_000014 Misal: Ardıcıllıq=Xarici
    Misal: Ardıcıllıq=Təsvir edilməyib
    Qeyd İzoforma xas məlumatı sadalayır. Əgər bir neçə hadisə varsa, o, hadisə(ləri) müəyyən edə bilər.
    Format: Qeyd=Sərbəst mətn
    Nümunə: Qeyd=Heç bir eksperimental təsdiq mövcud deyil

    Alternativ birləşdirmə ilə giriş üçün CC xətlərinin və müvafiq FT xətlərinin nümunəsi:

    • 'ProductName' izoformun və ya proteolitik parçalanma məhsulunun adıdır
    • 'Kütlə=XXX' müəyyən edilmiş molekulyar çəkidir (MW)
    • 'Mass_error=XX' (isteğe bağlı) MW ölçmənin dəqiqliyi və ya xəta diapazonudur
    • 'Metod=XX' ionlaşdırma üsuludur
    • 'Qeyd='. Pulsuz mətn formatında şərh
    • 'Evidence=PubMed:/Ref.n' müvafiq istinadı göstərir'.

    Nəzərə alın ki, biz yalnız bir genin və beləliklə, in vivo olaraq zülalın tam olmamasına səbəb olan təsirləri təsvir edirik (təsadüfi və ya hədəf silinmələr, transpozisiya edilə bilən elementin daxil edilməsi və s. nəticəsində yaranan null mutantlar). missense mutasiyalar bu şərhdə deyil, əvəzinə FT MUTAGEN-də təsvir edilmişdir. RNT müdaxiləsi (RNAi) və ya antikorlar tərəfindən tıxanma kimi üsullarla keçici inaktivasiya nəticəsində yaranan qüsurlar, geniş şəkildə istifadə edilən və in vivo aparılan C. elegans RNT tədqiqatları istisna olmaqla, nəticələrin şərh edilməsinin çətinliyi səbəbindən bu şərhdə təsvir edilmir.

    SEQUENCE CAUTION mövzusunun formatı:

    • Ardıcıllıq UniProtKB ardıcıllığından fərqli olan ardıcıllıqdır. Bunlardan biri ilə təsvir olunur:
      • EMBL protein identifikatoru (versiya nömrəsi ilə)
      • EMBL qoşulma nömrəsi.
      • ədəbiyyat arayışı (məsələn, Ref.3).
      • Frameshift
      • Səhv başlanğıc
      • Səhv xitam
      • Yanlış gen modelinin proqnozu
      • Səhv tərcümə
      • Müxtəlif uyğunsuzluq

      Bu sətirlər bükülməyəcək və buna görə də onların uzunluğu 80 simvoldan çox ola bilər.

      • 'ProductName' izoformun və ya proteolitik parçalanma məhsulunun adıdır
      • 'Ad' verilənlər bazasının adıdır
      • 'Qeyd' (isteğe bağlı) sərbəst mətn qeydidir
      • 'URL' verilənlər bazasının WWW ünvanıdır (URL).

      Bu sətirlərin uzunluğu 80 simvoldan çox ola bilər, çünki uzun URL ünvanları bir neçə sətirə bükülmür.

      DR (Database cross-Reference) xətləri UniProtKB girişləri ilə əlaqəli olan xarici məlumat resurslarında məlumat üçün göstəricilər kimi istifadə olunur. UniProtKB-nin çarpaz istinad etdiyi bütün verilənlər bazalarının tam siyahısını dbxref.txt sənədində tapmaq olar. O, həmçinin bu resursları təsvir edən istinadları ehtiva edir və onların veb saytlarına keçidlər təqdim edir.

      Məsələn, əgər ardıcıllığın rentgen-kristalloqrafik atom koordinatları Zülal Məlumat Bankında (PDB) saxlanılırsa, PDB-dəki müvafiq qeydlərin hər birinə işarə edən bir DR xətti olacaq. Nukleotid ardıcıllığından tərcümə edilmiş ardıcıllıq üçün EMBL/GenBank/DDBJ verilənlər bazasında onun tərcümə olunduğu DNT və ya RNT ardıcıllığına(lar) uyğun gələn müvafiq giriş(lər)ə işarə edən DR xətti(lər)i olacaqdır.

      DR xəttinin formatı:

      EMBL/GenBank/DDBJ nukleotid ardıcıllığı verilənlər bazasına və PROSITE-ə çarpaz istinadlar 3.15 və 3.15.114-cü bölmələrdə təsvir edilmişdir.

      DR xəttinin birinci sahəsi olan 'RESOURCE_ABBREVIATION' istinad edilən resursun qısaldılmış adıdır. Hazırda müəyyən edilmiş abreviaturalar aşağıda verilmişdir.

      İxtisar Təsvir
      EMBL EMBL/EBI-nin nukleotid ardıcıllığı verilənlər bazası (bax 3.15)
      A B C D Məlum hədəfləri olan ardıcıl antikorların ABCD verilənlər bazası
      Allerqoma Allergome allergen haqqında məlumat üçün platformadır
      Antikorpediya Antibodypedia antikor bazası
      ArachnoServer ArachnoServer: Hörümçək toksin bazası
      Araport Araport: Arabidopsis İnformasiya Portalı
      Bgee Gen İfadəsinin Təkamülü üçün Bgee verilənlər bazası
      BindingDB Bağlayıcı verilənlər bazası
      BioCyc Pathway/Genom Databases toplusu
      BioGRID BioGRID, Qarşılıqlı Təsir Məlumat Kütlələri üçün Bioloji Ümumi Anbar
      BioGRID-ORCS CRISPR fenotip ekranlarının BioGRID-ORCS verilənlər bazası
      BioMuta BioMuta tək nükleotidli variasiya və xəstəlik assosiasiyası məlumat bazasını idarə etdi
      BMRB Bioloji Maqnit Rezonans Məlumatları
      BRENDA BRENDA Kompleks Ferment İnformasiya Sistemi
      KarbonilDB Protein karbonilləşmə yerlərinin CarbonylDB verilənlər bazası
      CAZy Karbohidrat-aktiv fermentlər
      CCDS Konsensus CDS (CCDS) layihəsi
      CDD Qorunan Domains Database
      CHEMBL Bioaktiv dərmana bənzər kiçik molekulların verilənlər bazası.
      ChiTaRS İnsan, siçan və meyvə milçəklərinin kimerik transkriptləri və RNT ardıcıllığı məlumatlarının verilənlər bazası
      CGD Candida genom verilənlər bazası
      CLAE Liqnoselüloz-aktiv fermentlərin xarakterik məlumat bazası
      ComplexPortal Bir sıra əsas model orqanizmlərin makromolekulyar komplekslərinin əl ilə seçilmiş, ensiklopedik resursu
      COMPLUYEAST-2DPAGE Universidad Complutense de Madrid-də 2-D verilənlər bazası
      CollectTF Bakterial transkripsiya faktorunu bağlayan yerlərin CollectTF verilənlər bazası
      ConoServer ConoServer: Konus salyangoz toksin bazası
      ÇORUM ÇORUM məməli zülal komplekslərinin hərtərəfli resursu
      CPTAC CPTAC Təhlil Portalı "məqsəd üçün uyğun", multipleksləşdirilmiş kəmiyyət kütlə spektrometriyasına əsaslanan proteomik hədəfli analizlərin mərkəzləşdirilmiş ictimai deposu kimi xidmət edir.
      CPTC CPTAC Antikor Portalı
      CTD Müqayisəli Toksikogenomika Məlumat Bazası
      DEPOD İnsan DEPhOsforilasiya Məlumat Bazası
      dictyBase Dictyostelium discoideum onlayn informatika resursu
      DIP Qarşılıqlı təsir göstərən zülalların verilənlər bazası
      DisGeNET Gen-xəstəlik birlikləri haqqında məlumatları birləşdirən DisGeNET kəşf platforması
      DisProt Protein pozğunluqlarının məlumat bazası
      DMDM Xəstəlik mutasiyalarının domen xəritəsi
      DNASU DNASU plazmid anbarı
      DOSAC-COBS-2DPAGE III Livello onkoloji bölməsindən 2D-PAGE verilənlər bazası
      DrugBank DrugBank verilənlər bazası (DrugBank)
      DrugCentral DrugCentral Onlayn Dərman Kompendumu
      EchoBASE E. coli (EchoBASE) üçün inteqrasiya olunmuş post-genomik verilənlər bazası
      yumurta NOG Genlərin təkamül şəcərəsi: Nəzarət olunmayan Ortoloji Qruplar
      ELM Zülallarda funksional yerlər üçün Eukaryotik Xətti Motif resursu
      Ansambl Böyük genomların avtomatik şərh edilmiş ardıcıllığının verilənlər bazası (Ensembl verilənlər bazası)
      Bakteriyalar toplusu Bu verilənlər bazası, diqqət mərkəzində onurğalıların genomları olan mövcud Ensembl saytını tamamlamaq üçün yaradılmış Ensembl Genomlarının bir hissəsidir.
      AnsamblGöbələklər Bu verilənlər bazası, diqqət mərkəzində onurğalıların genomları olan mövcud Ensembl saytını tamamlamaq üçün yaradılmış Ensembl Genomlarının bir hissəsidir.
      AnsamblMetazoa Bu verilənlər bazası, diqqət mərkəzində onurğalıların genomları olan mövcud Ensembl saytını tamamlamaq üçün yaradılmış Ensembl Genomlarının bir hissəsidir.
      Ansambl Bitkiləri Bu verilənlər bazası, diqqət mərkəzində onurğalıların genomları olan mövcud Ensembl saytını tamamlamaq üçün yaradılmış Ensembl Genomlarının bir hissəsidir.
      EnsemblProtists Bu verilənlər bazası, diqqət mərkəzində onurğalıların genomları olan mövcud Ensembl saytını tamamlamaq üçün yaradılmış Ensembl Genomlarının bir hissəsidir.
      EPD Proteom Dynamics Ensiklopediyası həm insan hüceyrələrində, həm də model orqanizmlərdə proteom dinamikasını xarakterizə etməyə yönəlmiş çoxsaylı, genişmiqyaslı proteomik təcrübələrdən əldə edilən məlumatları ehtiva edən resursdur.
      ESTER ESTHER serveri (ESTerazalar və alfa/beta-hidrolaz fermentləri və qohumları) xolinesterazalarla nümunə olaraq alfa/beta-hidrolazların super ailəsinə aid olan zülalların və ya zülal domenlərinin təhlilinə həsr edilmişdir.
      euHCVdb Avropa Hepatit C Virusu məlumat bazası
      VEuPathDB Eukaryotik Patogen, Vektor və Host Verilənlər Bazası Resursları
      Təkamül İzi Təkamül İzi amin turşusu qalıqlarını nisbi təkamül əhəmiyyətinə görə zülal ardıcıllığında sıralayır.
      İfadə Atlası Müxtəlif bioloji şəraitdə gen ifadə nümunələri haqqında məlumat.
      FlyBase Drosophila genom verilənlər bazası (FlyBase)
      Gene3D Genlər üçün struktur təyinatların verilənlər bazası (Gene3D)
      GeneCards Gen Kartları: insan genləri, protein və xəstəliklər
      GeneDB Sanger İnstitutundan GeneDB patogen genom verilənlər bazası
      GeneID NCBI RefSeq genomlarından genlərin verilənlər bazası
      GeneReviews GeneReviews, ekspert tərəfindən yazılmış, nəzərdən keçirilmiş xəstəlik təsvirləri mənbəyidir.
      GeneTree https://www.ensembl.org/ və https://ensemblgenomes.org/ ünvanlarında mövcud olan filogenetik gen ağacları.
      Genevisible Genevisible, maraq doğuran bir gen üçün ictimai ifadə məlumatlarını araşdırmaq və ən yüksək ifadə və ya reaksiyaya malik olduğu ilk beş toxuma, hüceyrə xətləri, xərçəng və ya pozğunluqları tapmaq üçün pulsuz resursdur.
      GeneWiki GeneWiki, hər bir görkəmli insan geni üçün toxum məqalələri yaratmağı hədəfləyən bir təşəbbüsdür.
      GenomRNAi Drosophila və Homo sapiensdəki RNT müdaxilə ekranlarından fenotiplərin verilənlər bazası.
      GlyConnect GlyConnect inteqrasiya olunmuş qlikodata platforması
      GlyGen Glycoscience üçün hesablama və informatika resursları
      GO Gen Ontologiyası (GO) verilənlər bazası
      Gramene Taxıllar üçün müqayisəli xəritələşdirmə resursu (Gramene)
      BələdçiFARMAKOLOGİYA Farmakoloji hədəflər və onlara təsir edən maddələr üçün ekspert tərəfindən idarə olunan bələdçi
      HGNC İnsan gen nomenklaturası verilənlər bazası (HGNC)
      HAMAP Mikrob protein ailələrinin verilənlər bazası (HAMAP)
      HOGENOM Tam ardıcıllaşdırılmış orqanizmlər verilənlər bazasından homoloji genlər
      HPA İnsan Protein Atlası
      İDEAL Daxili pozulmuş zülalların İDEAL verilənlər bazası
      IMGT/GENE-DB Onurğalı immunoqlobulin və T-hüceyrə reseptor genləri üçün IMGT genom verilənlər bazası
      InParanoid InParanoid: Eukaryotik Ortoloq Qrupları
      IntAct Protein qarşılıqlı məlumat bazası və analiz sistemi (IntAct)
      InterPro Zülal ailələrinin, domenlərin və funksional saytların inteqrasiya olunmuş resursu (InterPro)
      IPI Beynəlxalq Protein İndeksi
      iPTMnet Sistem biologiyası kontekstində PTM-lər üçün iPTMnet inteqrasiya edilmiş resursu
      jPOST Japan Proteome Standard Repository/Verilənlər Bazası
      KEGG Gen və genomların Kioto ensiklopediyası
      LegioList Legionella pneumophila (Paris və Lens suşları) genom bazası
      Leproma Mycobacterium leprae genom verilənlər bazası (Leproma)
      MaizeGDB Qarğıdalı Genetikası/Genomik Məlumat Bazası (MaizeGDB)
      MalaCards MalaCards insan xəstəlikləri bazası
      Kütləvi Kütləvi Spektrometriya İnteraktiv Virtual Mühit
      MaxQB MaxQB - MaxQuant verilənlər bazası
      MEROPS Peptidaza verilənlər bazası (MEROPS)
      MetOSite Eksperimental olaraq təsdiqlənmiş sulfoksidləşdirilmiş metioninlərin MetOSite verilənlər bazası
      MGI Siçan Genom İnformatika Verilənlər Bazası (MGI)
      MIM İnsan verilənlər bazasında Mendel irsi (MIM)
      MINT Molekulyar qarşılıqlı əlaqə məlumat bazası
      MoonDB Ekstremal çoxfunksiyalı və ay işığı zülallarının verilənlər bazası
      MoonProt Moonlighting zülallar üçün verilənlər bazası
      neXtProt neXtProt, insan protein məlumat platforması
      NIAQADS NIAGADS Genomics verilənlər bazası
      OGP USC-OGP 2-DE verilənlər bazası
      OMA Tam Genom Məlumatlarından Ortoloqların İdentifikasiyası
      Açıq Hədəflər Hədəf Doğrulama Platforması
      Yetim Nadir xəstəliklər və yetim dərmanlar haqqında məlumatlara həsr olunmuş məlumat bazası Orphanet
      OrthoDB Ortoloji qrupların verilənlər bazası
      PANTHER Təkamül Münasibətləri (PANTHER) Təsnifat Sistemi ilə Protein Analizi
      PathwayCommons Bioloji yol məlumatları üçün Pathway Commons veb resursu
      PATRİK Patosystem Resurs İnteqrasiya Mərkəzi
      PaxDb Hərtərəfli mütləq protein bolluğu verilənlər bazası
      PCDDB Protein Dairəvi Dikroizm Məlumat Bankı
      PDB 3D-makromolekulyar strukturu Protein Məlumat Bankı (PDB)
      PDBsum PDB məbləği
      Peptid Atlas Peptid Atlas
      PeroksiBase Peroksidaza super ailələri verilənlər bazası
      Pfam Pfam protein domen verilənlər bazası
      PharmGKB Farmakogenetika və Farmakogenomika Bilik Bazası
      Faros Pharos NIH Druggable Genom Knowledge Base
      PHI bazası Patogen-Host qarşılıqlı əlaqə məlumat bazası
      PhosphoSitePlus Fosforlaşma saytı verilənlər bazası
      PhylomeDB Gen filogeniyalarının tam kolleksiyaları üçün verilənlər bazası
      PIR Protein İnformasiya Resursunun (PIR) zülal ardıcıllığı verilənlər bazası
      PIRSF PIR (PIRSF) zülal təsnifatı sistemi
      PlantReactome Bitki biologiyasında əsas yolların və reaksiyaların seçilmiş mənbəyi
      PomBase Schizosaccharomyces pombe verilənlər bazası
      QURUR PROteomics IDEtifications verilənlər bazası
      ÇAPLAR Protein Barmaq izi verilənlər bazası (PRINTS)
      PRO PRO zülalla əlaqəli obyektlərin ontoloji təqdimatını təmin edir.
      ProMEX Protein Kütləvi Spektrlərin Çıxarılması verilənlər bazası
      PROZİT PROSITE protein sahəsi və ailə məlumat bazası (bax 3.15.114)
      Proteomlar UniProt Proteomes verilənlər bazası
      Proteomika DB ProteomicsDB insan proteom resursu
      PseudoCAP Pseudomonas aeruginosa İcma Annotasiya Layihəsi
      Reaktom İnsan biologiyasında əsas yolların və reaksiyaların seçilmiş resursu
      REBASE Məhdudiyyət fermentləri və metilazlar bazası (REBASE)
      RefSeq NCBI istinad ardıcıllığı
      TƏKRAR EDİLMƏSİ-2DPAGE Nankin Tibb Universitetinin Reproduktiv Tibb Laboratoriyasından 2D-PAGE verilənlər bazası
      RGD Siçovulların Genom Məlumat Bazası (RGD)
      RNTakt RNAct Protein&ndashRNA qarşılıqlı proqnozlaşdırma verilənlər bazası
      SABİO-RK Biokimyəvi reaksiyaların kinetikası verilənlər bazası
      SASBDB Kiçik Bucaqlı Saçılma Bioloji Məlumat Bankı
      SFLD Struktur-Funksiya Əlaqəsi Verilənlər Bazası
      SGD Saccharomyces Genom Database (SGD)
      SignaLink Çox qatlı tənzimləyici şəbəkələri olan siqnal yolu resursu
      İMZA Açıq siqnal şəbəkəsi resursu (SIGNOR)
      SMART Sadə Modul Memarlıq Tədqiqat Aləti (SMART)
      SMR SWISS-MODEL Repository (SMR)
      STRING STRING: funksional zülal assosiasiya şəbəkələri
      SUPFAM Struktur və funksional annotasiyaların superfamily verilənlər bazası
      SWISS-2DPAGE Cenevrə Universiteti Xəstəxanasından 2D-PAGE verilənlər bazası (SWISS-2DPAGE)
      İsveçrə Lipidləri Lipid biologiyası üçün SwissLipids bilik resursu
      SwissPalm S-palmitolyasiya hadisələrinin SwissPalm verilənlər bazası
      TAIR Arabidopsis İnformasiya Resursu (TAIR)
      TCDB Nəqliyyat Təsnifat Məlumat Bazası
      TIGRFAM-lar TIGR protein ailəsi verilənlər bazası (TIGRFAMs)
      TopDownProteomika TopDownProteomics elmi ictimaiyyətə təsdiqlənmiş proteoformaları təqdim edən yuxarıdan aşağı proteomika məlumatlarını özündə cəmləşdirən Top Down Proteomics üçün Konsorsiumun resursudur.
      TreeFam Heyvan gen ağaclarının TreeFam verilənlər bazası
      Vərəm siyahısı Mycobacterium tuberculosis H37Rv genom bazası (TubercuList)
      UCD-2DPAGE UCD-2DPAGE: University College Dublin 2-DE Proteome Database.
      UCSC UCSC genom brauzeri
      UniLectin Karbohidrat bağlayan zülalların UniLectin verilənlər bazası
      UniPathway UniPathway: metabolik yolların tədqiqi və annotasiyası üçün resurs
      VGNC Onurğalıların Gen Nomenklaturası Komitəsinin məlumat bazası
      Dünya-2DPAGE World-2DPAGE verilənlər bazası
      WormBase Nematodların biologiyası və genomikası üçün çox növlü resurs (WormBase)
      WBParaSite Parazit qurdlar (helmintlər) üçün WormBase ParaSite (WBParaSite) resursu
      Xenbase Xenopus laevis və tropicalis biologiyası və genom verilənlər bazası
      ZFIN Zebrafish İnformasiya Şəbəkəsi genom verilənlər bazası (ZFIN)

      DR xəttinin ikinci sahəsi, 'RESOURCE_IDENTIFIER', istinad edilən mənbədəki qeyd üçün birmənalı göstəricidir.

      • Allergome, Antibodypedia, ArachnoServer, Bgee, BioCyc, BioGRID, BioGRID-ORCS, CCDS, CDD, ChEMBL, CGD, CollecTF, ComplexPortal, ConoServer, CPTAC, CTD, DIP, DisGeNET, DisProt, DMSErug, DNANOG, DisProt, DDMSErug, DNANOG üçün , EvolutionaryTrace, FlyBase, Gene3D, GeneDB, GeneID, GeneReviews, GeneTree, GeneWiki, GenomeRNAi, GlyConnect, GO, GuidetoPHARMACOLOGY, HOGENOM, HPA, IDEAL, InterPro, KEGG, MEROPS, MGIT, MIMIGET, NEMET , Orphanet, OrthoDB, PANTHER, PATRIC, Pfam, PharmGKB, PHI-base, PIR, PlantReactome, PRINTS, PRO, Proteomes, ProteomicsDB, Reactome, REBASE, RefSeq, Reproduction-2DPAGE, RGD, SARTGAMDS, SARTGAMDS, SARTGDİSS , TCDB, TIGRFAMs, TreeFam, UCSC, UniPathway, VGNC, World-2DPAGE, Xenbase və ya ZFIN resurs identifikatoru istinad edilən girişin qoşulma nömrəsidir (bəzi verilənlər bazalarında Unikal İdentifikator da deyilir).
      • ABCD, BindingDB, BMRB, CarbonylDB, COMPLUYEAST-2DPAGE, CORUM, CPTC, DEPOD, DOSAC-COBS-2DPAGE, DrugCentral, ELM, EPD, ExpressionAtlas, GlyGen, InParanoid, IntAct, iPTMnet, jPOST, MassIVEast, MassIVEQB, , MoonProt, OGP, PathwayCommons, PaxDb, PCDDB, PeptideAtlas, Pharos, PhosphoSitePlus, PhylomeDB, PRIDE, ProMEX, RNAct, SABIO-RK, SASBDB, SignaLink, SIGNOR, SMR, STRING, SWISSDDPAGE, SWISSPAGE, Topics-Download və ya UniLectin resurs identifikatoru UniProtKB qoşulma nömrəsidir.
      • Araport, BioMuta, dictyBase, ESTHER, GeneCards, Genevisible, IMGT/GENE-DB, MalaCards, Peroxibase, PomBase, PseudoCAP üçün resurs identifikatoru rəsmi gen adıdır.
      • BRENDA üçün resurs identifikatoru EC nömrəsidir.
      • ChiTaRS üçün resurs identifikatoru gen adıdır.
      • CAZy üçün resurs identifikatoru CAZy ailə nömrəsidir.
      • Ensembl, EnsemblBacteria, EnsemblFungi, EnsemblMetazoa, EnsemblPlants, EnsemblProtists, Gramene, WormBase və WBParaSite üçün resurs identifikatoru transkript identifikatorudur.
      • VEuPathDB üçün əsas identifikator uşaq verilənlər bazası adı və bu verilənlər bazasındakı qoşulma nömrəsinin birləşməsidir. Hər ikisi ':' ilə birləşdirilir.
      • HGNC üçün resurs identifikatoru HUGO Gen Nomenklaturası Komitəsi tərəfindən təyin edilmiş unikal identifikatordur.
      • HAMAP üçün resurs identifikatoru HAMAP imzasının unikal identifikatorudur.
      • PDB üçün resurs identifikatoru giriş adıdır.
      • PDBsum üçün resurs identifikatoru PDB giriş adıdır.
      • PIRSF üçün resurs identifikatoru zülal ailəsinin nömrəsidir.
      • OMA üçün əsas identifikator OMA qrupu barmaq izindən ibarətdir.
      • MaizeGDB üçün resurs identifikatoru "Gen-məhsul" qoşulma ID-sidir.
      • LegioList, Leproma və ya TubercuList üçün resurs identifikatoru genomun Açıq Oxu Çərçivəsi (ORF) kodudur.
      • euHCVdb üçün resurs identifikatoru EMBL qoşulma nömrəsidir.

      DR xəttinin üçüncü sahəsi, 'OPTIONAL_INFORMATION_1', əlavə məlumat təmin etmək üçün istifadə olunur.

      • RefSeq üçün bu sahə nukleotid ardıcıllığının identifikatorudur.
      • CDD, InterPro, PANTHER, Pfam, PIR, PRINTS, REBASE, SFLD, SMART, SUPFAM və ya TIGRFAM-lar üçün bu sahə giriş adıdır.
      • PDB üçün bu sahə strukturun təyini üsuludur və hazırda daxil olan idarə olunan lüğətdir: rentgen şüaları (rentgen kristalloqrafiyası üçün), NMR (NMR spektroskopiyası üçün), EM (elektron mikroskopiyası və krio-elektron difraksiyası üçün), Fiber (lif difraksiyası üçün), IR (infraqırmızı spektroskopiya üçün), Model (proqnozlaşdırılan modellər üçün) və Neytron (neytron difraksiyası üçün).
      • dictyBase, FlyBase, CGD, HGNC, MGI, PomBase, RGD, SGD, Xenbase, VGNC və ya ZFIN üçün bu sahə gen təyinatıdır. Əgər gen təyinatı mövcud deyilsə, tire ('-') istifadə olunur.
      • GO üçün bu sahə GO terminindən sütunla ayrılmış 3 ontoloji aspektdən birinin 1 hərfli abbreviaturasıdır. Termin 46 simvoldan uzundursa, ilk 43 simvol və sonra 3 nöqtə ('. ') göstərilir. Ontologiyanın 3 fərqli aspektinin abreviaturaları P (bioloji proses), F (molekulyar funksiya) və C (hüceyrə komponentidir).
      • HAMAP üçün bu sahədə zülal ailəsi üçün HAMAP giriş adı var.
      • Ensembl, EnsemblBacteria, EnsemblFungi, EnsemblMetazoa, EnsemblPlants, EnsemblProtists, Gramene, WormBase və WBParaSite üçün bu sahə zülal identifikatorudur.
      • ESTHER və PIRSF üçün bu sahə protein ailəsinin adıdır.
      • BioGRID-ORCS üçün bu sahə CRISPR ekranlarındakı xitlərin sayını göstərir.
      • IntAct və BioGRID üçün bu sahə interaktorların sayını göstərir.
      • MIM üçün bu sahə MIM "gen" və "fenotip" girişlərini fərqləndirir. Qeyd edək ki, bəzi MIM qeydləri həm gen, həm də fenotipi təsvir edir. Belə olan halda bu sahə “gen+fenotip”i göstərir.
      • Allergome üçün bu sahə allergenin adıdır.
      • ABCD, Antibodypedia və CPTC üçün bu sahə antikorların sayıdır.
      • ArachnoServer və ConoServer üçün bu sahə toksinin adıdır.
      • CAZy üçün bu sahə CAZy soyadıdır.
      • Orphanet üçün bu sahə zülaldakı qüsurlardan yaranan xəstəliyin adıdır.
      • ChiTaRS və UCSC üçün bu sahə orqanizmin adıdır.
      • BRENDA və Genevisible üçün bu sahə orqanizm kodudur.
      • EggNOG üçün bu sahə taksonomik əhatə dairəsidir.
      • GlyConnect və GlyGen üçün bu sahədə qlikanlar və qlikozilləşmə yerləri haqqında təfərrüatlar var.
      • PeroxiBase üçün bu sahə orqanizm və peroksidaza təsnifatına əsaslanan verilənlər bazası kuratorları tərəfindən verilən addır.
      • Reactome və PlantReactome üçün bu sahə yolun adıdır.
      • UniPathway üçün bu sahə reaksiyanın identifikatorudur.
      • DrugBank üçün bu sahə zülalın hədəf olduğu dərmanların ümumi adıdır.
      • TCDB üçün bu sahə nəqliyyat təsnifatı soyadıdır.
      • Bgee və ExpressionAtlas üçün bu sahə ifadə nümunəsidir.
      • TAIR üçün bu sahə TAIR lokus adıdır (AGI nömrəsi).
      • MoonDB üçün bu sahə giriş növünü göstərir (“Kurasiya edilmiş” və ya “Proqnozlaşdırılan”).
      • RNAct üçün bu sahə molekulun tipini (adətən "protein") göstərir.
      • Pharos üçün bu sahə inkişaf/dərman qabiliyyəti səviyyəsini göstərir.
      • BindingDB, BioCyc, BMRB, CarbonylDB, CCDS, ChEMBL, COMPLUYEAST-2DPAGE, CollecTF, CORUM, CPTAC, CTD, DEPOD, DIP, DisGeNET, DisProt, DMDM, DNASU, DOSAC-COBS-2DPAGE, EchoBAEPDAGE, EchoBAEPSEral, , VEuPathDB, EvolutionaryTrace, Gene3D, GeneCards, GeneDB, GeneID, GeneReviews, GeneTree, GeneWiki, GenomeRNAi, GuidetoPHARMACOLOGY, HOGENOM, HPA, InParanoid, iPTMnet, jPOST, KEGG, LegiomaList, LegiomeList,Masse. , MINT, MoonProt, CLAE, nextProt, NIAGADS, OMA, OGP, OpenTargets, OrthoDB, PathwayCommons, PATRIC, PaxDb, PCDDB, PDBsum, PeptideAtlas, PharmGKB, PHI-base, PhosphoSitePlus, ProDBRIDEPlus, ProDBRIDEPlus, Phylo, , REPRODUCTION-2DPAGE, SABIO-RK, SASBDB, SignaLink, SIGNOR, SMR, STRING, SWISS-2DPAGE, SwissLipids, SwissPalm, TAIR, TopDownProteomics, TreeFam, TubercuList, UCD-2DPAGE və World-2, bu sahədə istifadə edilmir. və həmin sahədə tire ('-') göstərilir.

      Bir sıra DR sətirləri əlavə isteğe bağlı məlumat vermək üçün istifadə edilən dördüncü sahəyə, 'OPTIONAL_INFORMATION_2' sahəsinə malikdir.

      • Zülal domeni/ailə və ya struktur verilənlər bazası CDD, Gene3D, HAMAP, PANTHER, Pfam, PIRSF, SFLD, SMART, SUPFAM və TIGRFAM-lar üçün bu sahə ardıcıllıqla tapılan xitlərin sayıdır.
      • Ensembl, EnsemblBacteria, EnsemblFungi, EnsemblMetazoa, EnsemblPlants, EnsemblProtists, Gramene, WormBase və WBParaSite üçün bu sahə gen identifikatorudur.
      • GO üçün bu sahə 3 simvoldan ibarət GO sübut kodudur. GO sübut kodunun ardınca çarpaz arayışın alındığı mənbə verilənlər bazası iki nöqtə ilə ayrılır. Sübut kodlarının tərifləri bunlardır: IDA=birbaşa analizdən çıxarılır, IMP=mutant fenotipdən çıxarılır, IGI=genetik qarşılıqlı təsirdən çıxarılır, IPI=fiziki qarşılıqlı təsirdən çıxarılır, IEP=ifadə nümunəsindən çıxarılır, TAS=izlənən müəllif bəyanatı, NAS =izlənə bilməyən müəllif bəyanatı, IC=kurator tərəfindən çıxarılıb, ISS=ardıcıllıqdan və ya struktur oxşarlıqdan çıxarılıb.
      • PDB üçün bu sahə rentgen kristalloqrafiyası və ya elektron mikroskopiyası ilə müəyyən edilmiş strukturların həllini göstərir.

      Bir sıra DR sətirləri əlavə isteğe bağlı məlumat vermək üçün istifadə edilən beşinci sahəyə, 'OPTIONAL_INFORMATION_3' sahəsinə malikdir.

      • PDB üçün bu sahə strukturu müəyyən edilmiş zəncir(lər)i və müvafiq diapazonu göstərir. Əgər diapazon naməlumdursa, diapazon mövqeləri əvəzinə tire verilir (məsələn, 'A/B=-.'), zəncirlər və diapazon məlum deyilsə, tire istifadə olunur.
      • WormBase üçün bu sahə gen təyinatını göstərir.

      Əlaqələndirdiyimiz bəzi resurslar izoform ardıcıllığına xas olan məlumatları ehtiva edir və bu məlum olduqda, biz DR sətirlərimizdə müvafiq UniProtKB izoform ardıcıllığı identifikatorunu göstəririk:


      Əlavə məlumat faylları

      Aşağıdakı əlavə məlumatlar bu sənədin onlayn versiyası ilə mövcuddur. Əlavə məlumat faylı 1 üç rəqəmdən ibarətdir (Əlavə Şəkil 1 2 H təcrübəsində kütlə paylanmasını göstərir Əlavə Şəkil 2 PCA tərəfindən mutant ayrı-seçkiliyi göstərir (ICA ilə müqayisədə daha az uyğundur) Əlavə Şəkil 3 660 IC-nin (10 IC-nin) tam təsviridir. 11 suş üçün 6 təcrübə).Bütün xam məlumatlar Əlavə məlumat faylı 2-də altı Excel cədvəlində var.



Şərhlər:

  1. Javier

    Məncə, səhvlər edilir. Bunu müzakirə etməyə çalışaq. PM-də mənə yazın, danışın.

  2. Leb

    Məncə, o səhvdir. Bunu sübut edə bilərəm.

  3. Rares

    I agree, great information

  4. Halton

    Ha, sərin!



Mesaj yazmaq