Məlumat

NCBI-də xüsusi bir taksonun zülal ardıcıllığını necə axtarmaq olar?

NCBI-də xüsusi bir taksonun zülal ardıcıllığını necə axtarmaq olar?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Mənim nümunəm: Balıqlarda HBB (Hemoqlobin Beta) ardıcıllığı.

NCBI-də yuxarıdakı ardıcıllığı əldə etmək üçün necə yaxşı axtarış edə bilərəm? (Mən onları FASTA faylına endirmək üçün isti bilirəm)


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein ünvanına keçin və ' (hemoqlobin beta[Protein Adı] OR (hemoqlobin[Bütün Sahələr] VƏ beta[Bütün Sahələr])) və "Balıq"[ORGN axtarın ] '.

Axtarış filtrləri axtarış nəticələrinin solunda yerləşən panellə dəyişdirilə bilər.


GenBank Təqdimatlarında Problemlərin aradan qaldırılması: Kodlaşdırma Bölgəsinə Annotasiya (CDS)

Zülal kodlayan genlərdən DNT və ya RNT ardıcıllığı məlumatlarını GenBank-a təqdim edərkən ən çox rast gəlinən problemlərdən biri kodlaşdırma bölgəsi (çox vaxt CDS kimi qısaldılır) haqqında məlumatın əlavə edilməməsi və ya CDS-nin səhv müəyyən edilməsidir. Natamam və ya yanlış CDS məlumatı təqdimetmə məlumat dəstinizə qoşulma nömrələrinin təyin edilməsinə mane olacaq, lakin CDS funksiyasının annotasiyası ilə bağlı hər hansı problemi həll etməyə kömək edəcək bir prosedur var: ardıcıllığınızla BLAST təhlili aparmaq əvvəl məlumatlarınızı təqdim edirsiniz.

QEYD: Bu bloqu dərc etdikdən sonra BLAST axtarış nəticələri ekranlarını dəyişdik. Kodlaşdırma bölgəsi annotasiyası ilə bağlı problemləri həll etməyə kömək etmək üçün Nucleotide BLAST (blastn) istifadəsinə dair yenilənmiş təlimat üçün NCBI Dəstək Mərkəzindəki məqalələrə baxın.

Təqdimatlarınızı təhlil etmək, şərh etmək və problemləri həll etmək üçün nukleotid BLAST (blastn) və format seçimləri menyusundan necə istifadə edəcəyiniz buradadır:

1. BLAST analizinə başlamaq üçün BLAST ana səhifəsinə keçin və “nukleotid partlayışı” seçin.


EST və GSS verilənlər bazalarında qarşıdan gələn dəyişikliklər

Yeniləmə: NCBI hazırda EST və GSS qeydlərini Nukleotid verilənlər bazasına birləşdirmək prosesindədir və biz bu prosesi 2019-cu ilin əvvəlində başa çatdırmağı gözləyirik. Accession.version və GI identifikatorları bu proses zamanı dəyişməyəcək.

1 dekabr 2018-ci il tarixindən etibarən İfadə edilmiş Ardıcıllıq Teqləri (EST) və Genom Tədqiqat Ardıcıllıqları (GSS) üçün verilənlər bazalarından bütün qeydlər NCBI-nin Nukleotidlər verilənlər bazasında yerləşəcək. Bu dəyişiklik ümumi görünüş və hiss ilə bütün GenBank ardıcıllığı məlumatları üçün vahid giriş nöqtəsini təmin edəcək.

Bu dəyişikliyin bu resurslara necə təsir etdiyini öyrənmək üçün daha çox oxuyun:

  • Veb saytlar (Entrez)
  • API (elektron yardım proqramları)
  • FTP saytları
  • Təqdim etmə prosedurları
  • PARTİ
  • TSA (tanış deyilsinizsə, baxın!)

NCBI-də xüsusi bir taksonun zülal ardıcıllığını necə axtarmaq olar? - Biologiya

Səbətiniz hazırda boşdur. i <p>Müxtəlif UniProt zülallarını nəzərdən keçirərkən, onları saxlamaq üçün "səbət"dən istifadə edə bilərsiniz ki, sonra onları tapmaq və ya təhlil etmək üçün geri qayıda bilərsiniz.<p><a href='/help/basket' target='_top'> Daha çox. </a></p>

Burada öz kolleksiyanızı yaratmaq üçün element(lər)i seçin və "Səbətə əlavə et" üzərinə klikləyin
(maksimum 400 giriş)

UniProtKB zülal ardıcıllığı haradan gəlir?

Son dəyişiklik 6 dekabr 2019-cu il

UniProtKB tərəfindən təmin edilən zülal ardıcıllığının 95%-dən çoxu EMBL-Bank/GenBank/DDBJ nukleotid ardıcıllığı resurslarına (International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)) təqdim edilmiş kodlaşdırma ardıcıllıqlarının (CDS) tərcümələrindən əldə edilir. Bu CDS ya gen proqnozlaşdırma proqramları tərəfindən yaradılır, ya da eksperimental olaraq sübut edilir. Tərcümə edilmiş CDS-yə zülal identifikatoru ("protein_id") təyin edilir və onu orijinal EMBL-Bank/GenBank/DDBJ qeydində və müvafiq UniProtKB girişində tapmaq olar.

Tərcümə edilmiş CDS ardıcıllıqları avtomatik olaraq UniProtKB-nin TrEMBL bölməsinə köçürülür. TrEMBL qeydləri əlavə əl annotasiyası üçün seçilə və sonra UniProtKB/Swiss-Prot bölməsinə inteqrasiya oluna bilər. "protein_id" UniProtKB qeydlərinin "Ardıcıllıq" bölməsinin çarpaz istinad hissəsində verilmişdir (məsələn, P13744 "Tərcümə"yə baxın).

Tərcümə edilmiş CDS-ə əlavə olaraq, UniProtKB zülal ardıcıllığı aşağıdakılardan gələ bilər:

  • PDB verilənlər bazası.
  • Edman deqradasiyası və ya MS/MS təcrübələri ilə birbaşa zülal ardıcıllığı ilə eksperimental olaraq əldə edilmiş və UniProtKB/Swiss-Prot-a təqdim edilmiş ardıcıllıqlar. UniProtKB/Swiss-Prot girişlərinin yalnız təxminən 5%-i birbaşa zülal ardıcıllığı ilə əldə edilmiş ardıcıllıq məlumatlarını ehtiva edir ("Birbaşa zülal ardıcıllığı" açar sözü olan girişlərin siyahısı).
  • ədəbiyyatdan skan edilmiş ardıcıllıqlar (məsələn, PRF və ya digər jurnal skan layihəsi).
  • EMBL-Bank/GenBank/DDBJ (Ensembl, Ensembl Genomes, WormBase ParaSite və ya VectorBase) (1), RefSeq, CCDS və s.-yə təqdim edilməyən gen proqnozlaşdırılmasından əldə edilən ardıcıllıqlar.
  • çox spesifik hallarda daxili gen proqnozlaşdırılmasından əldə edilən ardıcıllıqlar.

Tez-tez verilən suallar UniProtKB bütün protein ardıcıllığını ehtiva edirmi? UniProtKB protein ardıcıllığı istisna siyasətlərimiz haqqında məlumat verir, məs. lazımsız proteomlar üçün.

(1) Onurğalı növləri üçün Ensembl, qeyri-onurğalı növlər üçün Ensembl Genomes, parazitar nematodlar üçün WormBase ParaSite və patogen vektor genomları üçün VectorBase ilə əməkdaşlıqda zülal ardıcıllığının idxalı üçün tamamlayıcı boru kəmərləri hazırlanmışdır. Bundan əlavə, yeni boru kəməri NCBI RefSeq tərəfindən şərh edilmiş seçilmiş qeyri-ehtiyatsız genomları idxal edir. Bu mənbələr INSDC təqdimatında gen modeli annotasiyasının olmadığı bir sıra xüsusi maraq doğuran əsas genomlar üçün proteom ardıcıllığı təmin edir.

Bu günə qədər bu boru kəməri UniProtKB-ni insan və siçan proteomları, eləcə də bir sıra digər mühüm onurğalı və qeyri-onurğalı növləri üçün əlavə proqnozlaşdırılan ardıcıllıqla doldurmaq üçün istifadə edilmişdir. Bax: Proteomlar nədir?


NCBI-də xüsusi bir taksonun zülal ardıcıllığını necə axtarmaq olar? - Biologiya

Səbətiniz hazırda boşdur. i <p>Müxtəlif UniProt zülallarını nəzərdən keçirərkən, onları saxlamaq üçün "səbət"dən istifadə edə bilərsiniz ki, sonra onları tapmaq və ya təhlil etmək üçün geri qayıda bilərsiniz.<p><a href='/help/basket' target='_top'> Daha çox. </a></p>

Burada öz kolleksiyanızı yaratmaq üçün element(ləri) seçin və "Səbətə əlavə et" üzərinə klikləyin
(maksimum 400 giriş)

Zülal ardıcıllığı dəstlərini necə əldə etmək olar?

Son dəyişiklik 26 yanvar 2021-ci il

UniProtKB qeydləri üç fayl formatında mövcuddur - Flat Text, XML və RDF/XML. Bu formatlardakı UniProtKB girişlərinin hər biri yalnız bir zülal ardıcıllığını, sözdə "kanonik" ardıcıllığı ehtiva edir. UniProtKB kanonik ardıcıllıqları, UniProtKB/Swiss-Prot-da təsvir edilən əlavə əl ilə seçilmiş izoform ardıcıllıqları kimi FASTA formatında da mövcuddur. Aşağıda bu dəstlərə necə daxil ola biləcəyimizi təsvir edirik.

Əvvəlcədən təyin edilmiş FASTA, XML, RDF/XML və mətn formatlarına əlavə olaraq, axtarış nəticələri öz fərdiləşdirilə bilən sütun parametrlərinizi əks etdirən tab ilə ayrılmış və ya Excel formatında da endirilə bilər.

Veb saytdan ardıcıllıqların alınması

  • Sevimli sorğunuzu yerinə yetirin və nəticədə daxil olan siyahıya baxın (məsələn, bu sorğu insan proteomunun bir hissəsi olan bütün UniProtKB girişlərini əldə edir: proteom:UP000005640)
  • üzərinə klikləyin Yüklə sorğunun nəticəsi səhifəsində düyməni basın
  • İstədiyiniz yükləmə formatını seçin (Əlavə izoform ardıcıllıqları istəsəniz Düz Mətn, XML, RDF/XML, nişanla ayrılmış, Excel və ya FASTA)
    • Flat Text , XML və ya RDF/XML seçimi istənilən formatda nəticə siyahısından bütün qeydləri (və onların kanonik ardıcıllığını) əldə etməyə imkan verir.
    • FASTA (kanonik) formatının seçilməsi sorğunun nəticələri siyahısından bütün kanonik ardıcıllıqları əldə etməyə imkan verir. Buraya həm UniProtKB/Swiss-Prot və/yaxud UniProtKB/TrEMBL girişlərindən olan kanonik ardıcıllıqlar daxil ola bilər.
    • FASTA (kanonik və izoform) seçiminin seçilməsi bütün kanonik ardıcıllıqların və UniProtKB/Swiss-Prot daxilində təsvir edilən bütün əl ilə nəzərdən keçirilən izoform ardıcıllıqlarının axtarışına imkan verir. Əl ilə nəzərdən keçirilən bu izoform ardıcıllıqları yalnız bu genişləndirilmiş yüklənə bilən dəstdə FASTA formatında fərqli ardıcıllıqlar kimi mövcuddur.
    • Tabla ayrılmış və ya Excel seçimi daxil etmək üçün seçdiyiniz sütunları əks etdirən axtarış nəticələri cədvəlinizi əldə etməyə imkan verir.

    Yuxarıdakıları avtomatlaşdırmaq üçün Proqramatik giriş sənədlərimizin hər UniProt buraxılışında verilənlərin endirilməsi bölməsini oxuyun.


    CATH / Gene3D v4.3

    3D Struktur

    Zülalınızın hansı 3D quruluşunu qəbul etdiyini öyrənin

    Protein Təkamülü

    Müəyyən bir protein ailəsi və onun necə inkişaf etdiyini öyrənin

    Protein funksiyası

    Zülalınızın funksiyasını araşdırın

    Qorunan Saytlar

    Yüksək dərəcədə qorunan və funksiyası olan protein saytlarına baxın

    Məlumatı yükləyin

    Məlumat fayllarını yükləyin və veb-servislər vasitəsilə CATH sorğusu edin

    Daha ətraflı

    CATH-nin necə yaradıldığını və saxlandığını, CATH ilə necə əlaqələndiriləcəyini və daha çoxunu öyrənin

    CATH-Gene3D nədir?

    CATH Protein Məlumat Bankından endirilmiş protein strukturlarının təsnifatıdır. Protein domenlərinin ortaq bir əcdaddan ayrıldığına dair kifayət qədər dəlil olduqda onları super ailələrə qruplaşdırırıq.

    Gene3D ictimai verilənlər bazalarında mövcud olan milyonlarla protein ardıcıllığında struktur domenlərin yerlərini proqnozlaşdırmaq üçün CATH-dəki məlumatlardan istifadə edir. Bu, bizə funksional məlumat və aktiv sayt qalıqları kimi CATH-Gene3D verilənlər bazasına əlavə annotasiyalar daxil etməyə imkan verir.

    Hər hansı bir sualınız, şərhiniz və ya təklifiniz varsa, Twitter vasitəsilə əlaqə saxlayın, onlayn forumumuzda sual verin və ya dəstək səhifəmizə daxil olun.

    Son Buraxılış Statistikası Məlumatı

    CATH-Plus 4.3.0 CATH (gündəlik şəkil)
    PDB buraxılışı 01-07-2019 21-06-2021
    Domenlər 500238 536769
    Super ailələr 5481 6631
    Annotasiya edilmiş PDB-lər 150885 171852

    Gene3D v21
    Protein ardıcıllığı82,665,384
    CATH Domain Proqnozları151,013,797

    Bu mənbəyə istinadən

    Bu mənbədəki məlumatı faydalı hesab edirsinizsə, lütfən, aşağıdakı sitatlardan istifadə etməyi düşünün:


    NCBI-də xüsusi bir taksonun zülal ardıcıllığını necə axtarmaq olar? - Biologiya

    Səbətiniz hazırda boşdur. i <p>Müxtəlif UniProt zülallarını nəzərdən keçirərkən, onları saxlamaq üçün "səbət"dən istifadə edə bilərsiniz ki, sonra onları tapmaq və ya təhlil etmək üçün geri qayıda bilərsiniz.<p><a href='/help/basket' target='_top'> Daha çox. </a></p>

    Burada öz kolleksiyanızı yaratmaq üçün element(ləri) seçin və "Səbətə əlavə et" üzərinə klikləyin
    (maksimum 400 giriş)

    Ümumi UniProt buraxılış dövründən asılı olmayaraq yenilənmiş ən son SARS-CoV-2 koronavirus zülal girişləri və reseptorları üçün yeni UniProt portalı.

    Qarşıdakı dəyişikliklər
    Hazırda planlaşdırılan heç bir dəyişiklik yoxdur

    UniProt buraxılışı 2021_03
    nizamsız olmağın əhəmiyyəti | Daxili nizamsız bölgələr üçün MobiDB-lite proqnozları | AWS Open Data və Amazon vasitəsilə UniProtKB.

    UniProt buraxılışı 2021_02
    Dostumun kiçik köməyi ilə | SwissBioPics subcellular yer vizuallaşdırılması | Kombinator sübutlar üçün sübut kodlarının dəyişdirilməsi

    UniProt buraxılışı 2021_01
    (Demək olar ki) bu CBASS haqqında hər şey | VEuPathDB |-ə çarpaz istinadlar humsavar.txt və əlaqəli açar sözlərə edilən dəyişikliklər | İstinad proteomları aşağı.

    UniProt buraxılışı 2020_06
    Zəhərlər, yeni antiprotozoal dərmanlar üçün qızıl mədənləri | KO-ya çarpaz istinadların çıxarılması

    Başlanır

    Mətn axtarışı
    Əsas mətn axtarışımız sizə mövcud olan bütün resursları axtarmağa imkan verir

    PARTİ
    Ardıcıllığınız arasında oxşarlıq bölgələrini tapın

    Ardıcıl düzülmələr
    Clustal Omega proqramından istifadə edərək iki və ya daha çox protein ardıcıllığını uyğunlaşdırın

    Alın/ID xəritəsi
    UniProt ID-ləri ilə toplu axtarış edin və ya onları başqa bir verilənlər bazası ID-sinə çevirin (və ya əksinə)

    Peptid axtarışı
    Sorğu peptid ardıcıllığına tam uyğun gələn ardıcıllığı tapın

    UniProt məlumatları

    Statistika
    Swiss-Prot və TrEMBL statistikasına baxın

    Məlumatlarınızı təqdim edin
    Ardıcıllığınızı, nəşrlərinizi və annotasiya yeniləmələrini təqdim edin

    Proqramlı giriş
    REST, SPARQL və Java xidmətlərini təmin edən API-lərdən istifadə edərək UniProt məlumatlarını sorğulayın

    Protein diqqət mərkəzində

    Özünəməxsus memarlıq

    İnsanların təkamül etdiyi məkan hissələrə bölünür. Həyatı asanlaşdırır. Hər bir hissə müəyyən bir fəaliyyətə həsr edilmişdir. Yaşamaq üçün evlərimiz, üzmək üçün hovuzlarımız, ictimailəşmək üçün restoranlar, səyahət etmək üçün qatarlar, sürmək üçün yollar və işləmək üçün ofislərimiz var. Hüceyrələr də hissələrə bölünür və bunlar orqanellər və ya bölmələr kimi tanınır.


    Müəllif məlumatı

    Əlaqələr

    Molekulyar Tibb və Genetika Mərkəzi, Ueyn Dövlət Universiteti Tibb Məktəbi, Detroit, MI, 48201, ABŞ

    Quozhen Liu, Monika Uddin, Morris Goodman, Lawrence I Grossman, Roberto Romero və Derek E Wildman

    Kompüter Elmləri Departamenti, Wayne State Universiteti, Detroit, MI, 48201, ABŞ

    Anatomiya və Hüceyrə Biologiyası Departamenti, Ueyn Dövlət Universiteti Tibb Məktəbi, Detroit, MI, 48201, ABŞ

    Perinatologiya Tədqiqat Şöbəsi, NICHD/NIH/DHHS, Bethesda, MD, 20892, ABŞ

    Roberto Romero və Derek E Wildman

    Siz həmçinin bu müəllifi PubMed Google Scholar-da axtara bilərsiniz

    Siz həmçinin bu müəllifi PubMed Google Scholar-da axtara bilərsiniz

    Siz həmçinin bu müəllifi PubMed Google Scholar-da axtara bilərsiniz

    Siz həmçinin bu müəllifi PubMed Google Scholar-da axtara bilərsiniz

    Siz həmçinin bu müəllifi PubMed Google Scholar-da axtara bilərsiniz

    Siz həmçinin bu müəllifi PubMed Google Scholar-da axtara bilərsiniz

    Siz həmçinin bu müəllifi PubMed Google Scholar-da axtara bilərsiniz

    Müəllif