Məlumat

DNTP-nin rənglənməsi üçün asan və ucuz üsul tapmaq

DNTP-nin rənglənməsi üçün asan və ucuz üsul tapmaq


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

dNTP konsentrasiyasını bilmək üçün OD ölçmək istəyirəm. DNTP-ni ən ucuz qiymətə və ən asan yolla boyamaq fikri varmı?


Belə bir boya ola bilər, amma mən bundan xəbərsizəm. dNTP-ləri və ümumiyyətlə nuklein turşularını ölçməyin standart yolu 260 nm-də absorbansdır. Bu məqalədə dNTP-lər üçün molar sönmə əmsalları cədvəli verilmişdir (Cədvəl 10.2). Onlar

dalğa uzunluğu molyar sönmə əmsalı dATP 259 nm 15.200 dCTP 280 nm 13.100 dGTP 253 nm 13.700 dTTP 267 nm 9.600

DNT ilə gündəlik iş üçün praktikada siz 260 nm istifadə edə bilərsiniz və 1 udma qabiliyyətinin [DNT] = 50 µg ml-ə uyğun olduğunu qəbul edə bilərsiniz.-1. Cədvəldəki dəyərlərin ortalamasından istifadə edərək və bunların əslində fərqli dalğa uzunluqlarında olmasını nəzərə almadan və təqribi orta dNTP MW 500 istifadə edərək, 50 µg ml üçün absorbans hesablayıram.-1 bütün 4 dNTP-nin həlli 1.3 olaraq, bu mənim etdiyim bütün fərziyyələri nəzərə alaraq ağlabatan bir razılaşmadır.

DNT-ni ölçmək üçün istifadə edilə bilən flüoresan boyalar var, lakin bunlar yığılmış əsasların mövcudluğuna əsaslanır, buna görə də pulsuz dNTP-lər üçün faydalı deyil.

Beləliklə, UV spektrofotometriniz yoxdursa, pis xəbər. Lego və bir neçə optoelektronik komponentdən istifadə edərək sadə spektrofotometrlərin qurulması üçün planlar mövcuddur. Bunlar işıq mənbəyi kimi LED-lərdən istifadə edirlər, lakin UV LED-lərin olub-olmadığını bilmirəm.


Bir DIY təcrübəsi etdiyinizi nəzərə alsaq, dNTP-ləri fərqləndirmək üçün tələb olunan dalğa uzunluğunun həlli səviyyəsinə nail olmaq çətin olacaq. Yalnız çox dəqiq spektrofotometrlər buna nail ola bilər və onlar bahalıdır.

Sınaya biləcəyiniz başqa bir üsul nazik təbəqə xromatoqrafiyasıdır (TLC). Ucuzdur və asanlıqla DIY edə bilərsiniz. Ancaq NTP, NDP və NMP-ni fərqləndirmək üçün standartlara ehtiyacınız var; sonuncu ikisi təcrübə zamanı deqradasiyaya görə yarana bilər. İnsanlar ümumiyyətlə nükleotidlərin parçalanmasını minimuma endirmək üçün anti-oksidantlar və qoruyucu maddələrdən ibarət kokteyldən istifadə edirlər.

Bunun üçün bir strategiya fosfatazdan istifadə edərək fosfatı çıxarmaq və sonra Nukleozidlərlə (olduqca sabit olan) TLC etməkdir.

Bu rəyi nuklein turşusu TLC-də yoxlaya bilərsiniz.


Biologiya üçün Elektroforez praktiki giriş

İşlədiyim laboratoriya mayadan model orqanizm kimi istifadə etməklə əsas bioloji proseslərin mexanikası ilə maraqlanır.

Təlim və peşəyə görə yaxşı bir dost, fizik və texnologiya marketinqi meneceri, ümid edirəm ki, laboratoriyada mənə qoşulacaq. Bunlar mənim ona qeyri-rəsmi qeydlərimdir ki, onu laboratoriyamız üçün praktiki şəkildə sürətləndirsin, əsas diqqəti qızıl-köhnə klassik üsullara yönəltsin. Ümid edirəm ki, o və biolaboratoriyaya belə bir karyera keçidi etməkdə maraqlı olan başqaları bu praktiki girişi də faydalı tapacaqlar.


Mücərrəd

Bu işdə biz sulu məhlulda sintetik flavilium duzunun kinetik davranışının öyrənilməsi üçün flaş fotoliz texnikasını tətbiq etdik. Ümumi kamera flaşının işıq impulsunun yaratdığı kinetik proseslər, bir qədər dəyişdirilmiş, kompüter tərəfindən idarə olunan spektrofotometr vasitəsilə izlənilir. İşıq geri qaytarıla bilən absorbsiya dəyişikliklərinə səbəb olur və sistemin tam bərpasından əvvəl iki müxtəlif keçici növ sübut olunur. Keçici növlərin kinetik davranışı və spektrləri haqqında məlumat verilir. Təklif olunan təcrübə ucuz və asandır və bütün səviyyələrdə olan tələbələrə keçici çürümə kinetikası və zamanla həll olunan spektrlər anlayışları ilə tanış olmağa imkan verir.


Sintetik Biologiya ilə Boyama Prosesinin Yenidən Düşünülməsi

Yer kürəsinin suyun çirklənməsinin 20%-i tekstil emalından qaynaqlanır və bir cüt mavi cins şalvar hazırlamaq üçün 1800 gallon su tələb olunur. Bu, tək bir paltar tikmək üçün tələb olunan inanılmaz miqdarda şirin sudur –, lakin sənaye dəyişmək üzrədir.

Böyük Britaniyada yerləşən Colorifix mikrobların bioloji imkanlarından istifadə edərək boyama prosesi boyunca su israfını azaltmaq istəyir.

"Kembric Universitetinin rəhbərlik etdiyi arsen biosensor layihəsinin bir hissəsi olaraq, komandamız prototip biosensorumuzla Cənubi Asiyaya getdi, insanlara bunun necə işlədiyini izah etdi və sonra insanlardan izləməyə dəyər hesab etdikləri kimyəvi maddələrin siyahısını istədi" dedi. Dr. Orr Yarkoni, Colorifix-in həmtəsisçisi və baş direktoru.

“Biz [Böyük Britaniyaya] qayıdıb ev tapşırığını yerinə yetirəndə aşkar etdik ki, kimyəvi maddələrlə bağlı bunların əksəriyyəti toxuculuq sənayesindəndir və boyama həm su, həm də kimyəvi istifadə üçün əsas günahkardır” dedi. boyaları istehsal etmək və çirkləndiriciləri azaltmaq üçün sintetik biologiyadan istifadə etmək, sadəcə onlara nəzarət etmək əvəzinə.

Dr. James Ajioka və Dr. David Nugent ilə bir neçə illik araşdırmadan sonra, Colorifix 2016-cı ildə buraxıldı. Elmi tərəqqi sürətlə getdi və komanda tez bir zamanda tekstil sənayesinin ətraf mühitə vurduğu ziyanı azaltmağın yollarına baxdı. boyaların istehsalı.

Dr. Nugent (solda) və Ajioka (sağda) İngiltərənin Norviç şəhərindəki Colorifix laboratoriyasında. Şəkil Colorifix-in izni ilə.

“Adətən, [parçanın üzərinə boya qoyulması] kimyəvi maddələrlə və ya bioloji yolla əldə edilən birləşmələrlə, lakin bioloji agent olmadan edilir. Piqmenti həm istehsal etmək, həm də lifə yerləşdirmək üçün hüceyrələrin özlərini istifadə edirik, buna görə də bütün proses üçün biologiyadan istifadə edirik. Bunu etmək bizə su və enerjiyə qənaət etməyə və kimyəvi maddələri çıxarmağa imkan verir. Biz bu piqmentləri və boyaları lifə köçürmək üçün biologiyadan istifadə edirik” deyə Yarkoni izah edir.

İndiyədək Colorifix hər biri təbii piqmentlərdən əldə edilən rənglər dəsti hazırlayıb.

“Bu gün piqmentlərimizin əksəriyyəti həşəratlardan, bəzi mikrobioloji piqmentlərdən, quşlardan və s. Bəli, biz hazırda hər yerdə piqmentlər axtarırıq. Biz sualtı orqanizmlərdən də bir neçə piqment hazırladıq” deyən Yarkoni deyir ki, Colorifix-in əsl faydası bio-əsaslı piqmentlərin istehsalından daha çox onların unikal rəngləmə prosesidir.

Vogue Australia ilə əvvəlki müsahibəsində Yarkoni vurğulamışdı ki, onların boyanma prosesində 10 dəfə az su istifadə olunur və 20 faiz daha az enerji sərf olunur, çünki şirkət piqment istehsal edən mikrobları qidalandırmaq üçün şəkər əlavə məhsulu olan bəkməzdən istifadə edir və fiksasiyanı əvəz edir. biologiyanın özü olan kimyəvi maddələr. Normal toxuculuq boyama prosesi çox vaxt çox yüksək temperaturda baş verir - 100 dərəcədən çox Selsi - bu, çox enerji sərf edir. Colorifix-in mikrobları 37 dərəcədə boyaya bilər və sonra 100 dərəcədən aşağı istilikdə təsirsiz hala gətirilə bilər ki, bu da enerjiyə qənaət edir. Lakin şirkət bununla kifayətlənməyi planlaşdırmır.

Colorifix-in bio-əsaslı boyama prosesindən rəngli tekstil nümunəsi. Şəkil Colorifix-in izni ilə.

Yarkoni, "Su ilə əlaqədar olaraq, yalnız duzlu sudan istifadə edərək həm fermentasiya, həm də rəngləmə prosesini uğurla sınaqdan keçirdiyimizi söyləməkdən məmnunuq, ona görə də bu prosesdə təzə suya toxunmağa ehtiyacımız yoxdur" dedi.

Bu, toxuculuq sənayesi üçün böyük bir sıçrayışdır və boyama prosesi boyunca minlərlə gallon şirin suya qənaət edə bilər. Ən yaxşı tərəfi odur ki, bu enerji və suya qənaətə baxmayaraq, tekstilin rənglənməsi prosesi əsasən dəyişməz qalır.

Yarkoni boyanı ləkələmək üçün istifadə edilən kimyəvi maddələrin sulu məhluluna istinad edərək deyir: "Bizim boya mayemiz mahiyyətcə mövcud boyama maşınına daxil olur - onların hamısı uyğundur –) paltar. “Yalnız fərq ondadır ki, [boyama qurğusu] bütün digər kimyəvi maddələrdən xilas ola bilər, çünki orqanizm boyanı bərkidir və həmin kimyəvi maddələr olmadan parçanı ləkələyir.”

Denimdən tutmuş boyalara və bunların arasında olan hər şeyə qədər sintetik biologiya şirkətləri israfçı sənayedən gələn zənglərə cavab verir. Tinctorium, PILI və Colorifix kimi şirkətlər əlavə toksiklik, kimyəvi maddələr və çirklənmə olmadan istehlakçıları cəlb edən eyni canlı rənglər istehsal etmək üçün alternativ yollar tapırlar.

Bioloji əsaslı, davamlı alternativlərin yeni dəb olacağı moda sənayesində mühüm məqama daxil oluruq.

Niko Makkarti

Niko Kaliforniya Texnologiya İnstitutunda Biomühəndislik üzrə PhD tələbəsidir. O, əvvəllər Fulbrayt təqaüdçüsü kimi London İmperial Kollecində Sistemlər və Sintetik Biologiya üzrə Magistr dərəcəsini bitirmişdir.


NƏTİCƏLƏR

DocMF sisteminin icmalı və optimallaşdırılması

Yeni DocMF sistemi, DNT hədəflərini ehtiva edən DNB-lərlə zülalın qarşılıqlı təsirindən əvvəl və sonra çipdə ardıcıl görüntüləmə vasitəsilə flüoresan siqnal dəyişikliyini tədqiq etməklə zülal-DNT qarşılıqlı təsirini ölçür (Şəkil 1 və film S1). DNB-lər zülal bağlama yerlərinin tam spektrini əhatə etmək üçün ardıcıllıq adapterlərindən və təsadüfi ardıcıllıq əlavələrindən ibarətdir. Yüz milyonlarla DNB əvvəlcə naxışlı massivdə BGISEQ500 çiplərinə yüklənir və daxiletmə bölgələri DNBSeq iş axınından istifadə edərək sabit uzunluqda ardıcıllıqla sıralanır (16). Hər bir DNB üçün unikal ardıcıllıq məlumatını əldə etdikdən sonra, biz ardıcıllıqla sintez edilmiş boya ilə etiketlənmiş zəncirdən ayrılaraq tək zəncirli DNB-ləri (ssDNBs) islahat edirik. Sonradan, yerli tamamlayıcı zəncir dsDNT yaratmaq üçün yenidən sintez edilir və sonda flüoresan boyalarla etiketlənir. DNT-ni parçalayan zülallar üçün fərdi DNB-lərin yerini və siqnal intensivliyini qeyd etmək üçün ilk görüntü əldə edilir, yəni oxunur. Maraqlanan zülal öz dsDNA hədəflərinə bağlanır və müvafiq DNB-ləri parçalayır, görüntünün ikinci raundu zamanı bu DNB-lərin siqnalın azalmasına və ya aradan qaldırılmasına gətirib çıxarır (Şəkil 1A). Xüsusi motivlər siqnal aradan qaldırılması və ya azaldılması həddən artıq olan seçilmiş DNB-lərin ardıcıllığından müəyyən edilə bilər (Şəkil 1B) və sonrakı molekulyar analizlərdə yoxlanılır. Zülal-DNT bağlama üstünlüklərini xarakterizə etmək üçün bir az dəyişdirilmiş DocMF iş axını istifadə olunur. Bu protokolda, DNB-lər ilkin siqnal intensivliyi üçün son etiketli dsDNA-nı DNT bağlayan zülallarla inkubasiya etdikdən sonra ilk dəfə təsvir edilir. Növbəti mərhələdə, etiketlənmiş ipi əvəz etmək üçün MDA adlı əlavə polimeraza reaksiyası həyata keçirilir. MDA əncirdə göstərildiyi kimi ikinci görüntüləmə addımı zamanı siqnal itkisinə səbəb olur. S1. Bununla belə, maraq doğuran zülal öz DNT hədəflərinə bağlanarsa və MDA-nı inhibə edərsə, tərkibində zülal bağlama yerləri olan DNB-lərdən gələn siqnal dəyişməz qalacaq və ya zülal inkubasiyasını daxil etməyən, lakin digər addımları saxlayan nəzarət zolağından daha az təsirlənəcək. .

Ardıcıl təsvirin mümkünlüyünü təmin etmək üçün soyma addımının məkan məlumatlarına təsir etməməsi və ya DNB strukturuna zərər verməməsi çox vacibdir. Bu təcrübədə istifadə olunan BGISEQ500 çipləri naxışlı massivlərdir. Buna görə də, ardıcıl görüntüləmə DNB yerlərinin qeydiyyatına Miseq çiplərindən istifadə edən CHAMP metodunun təsir etdiyi dərəcədə təsir göstərmir (11). Bundan əlavə, biz müxtəlif soyma buferlərini sınaqdan keçirdik və formamid tamponunun DNB bütövlüyünə ən az təsir göstərdiyini, DNB sabitliyinə təsir etmədən və ya DNB-ləri səthdən ayırmadan yalnız dsDNA arasındakı hidrogen bağlarını pozduğunu aşkar etdik. Şəkil S2 göstərir ki, Q30 (92,83-ə qarşı 90,32), Lag (0,15-ə qarşı 0,15) və RunOn (0,15-ə qarşı 0,12) daxil olmaqla ardıcıllıq keyfiyyəti balları formamid tamponu ilə soyulduqdan sonra təsirsiz qalıb. Müqayisə üçün, NaOH ilə soyma tamponu Q30-u 90%-dən 0-a qədər əhəmiyyətli dərəcədə azaldıb.

Zülal-DNT qarşılıqlı əlaqəsindən əvvəl və sonra iki görüntü əldə etdikdən sonra hər bir DNB-nin xam siqnal intensivliyinin qat dəyişməsini birbaşa müqayisə etdik. Əgər zülal DNT-ni parçalayırsa, əhəmiyyətli siqnal azalması olan DNB-lər əldə edilə bilər (Şəkil 1B) və müvafiq ardıcıllıqlar motivin müəyyən edilməsi üçün təhlil edilir (Materiallar və Metodlar). Protein-DNT bağlayan qarşılıqlı təsirləri ölçmək üçün biz nəzarətlə müqayisədə siqnal qatının minimal dəyişməsi ilə bu DNB-lərdən bağlama ardıcıllığı məlumatını əldə etdik.

DocMF geniş spektrli endonükleaz məhdudlaşdırma sahələrini (RS) xarakterizə edə bilər.

Sistem qurulduqdan sonra biz müxtəlif RS xüsusiyyətləri ilə altı məhdudlaşdırıcı endonükleazı (Eco RI, Bpu 10I, Age I, Nme AIII, Mlu I və Bgl I) sınaqdan keçirdik. II tip məhdudlaşdırıcı fermentlər DNT-ni tanınma məntəqələrinə bitişik və ya onların daxilində parçalayır (21), geniş şəkildə öyrənilmişdir. Seçilmiş fermentlər 6 ilə 11 bp arasında dəyişən və normal palindromik ardıcıllıqlardan, qeyri-palindromik ardıcıllıqlardan və degenerativ əsaslardan ibarət məhdudlaşdırma sahələrini (RS) ehtiva edir. DNB kitabxanasında uzunluğu 50 nt olan sintetik təsadüfi DNT fraqmentləri hovuzu var. Bu təsadüfi ardıcıllığın 50 nukleotidindən 40-ı BGISEQ-500RS Yüksək Ötürmə Sequencing Set (SE100) istifadə edərək oxundu. Şəkillər 2 saat və ya gecə ərzində bu fermentlərin çip üzərində inkubasiyasından əvvəl və sonra çəkilmişdir. Motifləri yoxlamaq üçün FFI > 2 həddi (müsbət oxunuş) olan DNB-lər müəyyən edilmişdir (bax: Materiallar və Metodlar).

Məhdudiyyət yerlərinin dəqiq uzunluğu (RS) (L) “toxum yığma” üsulu ilə əldə edilmişdir (Materiallar və Metodlar). Sonra bütün saytların tariflərini hesabladıq L-müsbət oxunuşlar arasında mers (Materiallar və Metodlar). Bu metoddan istifadə edərək, bu altı məhdudlaşdırıcı endonükleazın hər biri üçün biz hamısının sayt dərəcələrini əldə etdik L-mers (L RS-in proqnozlaşdırılan uzunluğudur) və üçün qutu qrafası çəkdi L-ilk 50 ən böyük sayt dərəcələri ilə mers (Şəkil 2A). Qutudakı kənar göstəricilərə uyğun gələn motivlər (Şəkil 2A-da narıncı rəngli), bu kənar göstəricilərin sayt tezliyinin cəmi (Şəkil 2A-da yaşıl rəngdədir) >80% olan, DocMF tərəfindən proqnozlaşdırılan məhdudiyyət sahələri (RS) kimi qəbul edilmişdir. . Beləliklə, Eco RI, Bpu 10I, Age I, Nme AIII və Mlu I üçün biz onların məhdudlaşdırma sahələrini (RS) Şəkil 2A-da göstərilən kənar göstəricilərdən əldə etdik, çünki bu kənar göstəricilərin sayt dərəcəsi cəmi 80%-dən çox idi. . Bununla belə, Bgl I üçün, kənar göstəricilərin sayt dərəcəsi cəmi cəmi 7,65% təşkil etmişdir ki, bu da DocMF-dən istifadə edərək məhdudlaşdırma saytları (RS) kimi proqnozlaşdırmaq üçün çox kiçikdir. Beləliklə, Bgl I üçün biz məhdudlaşdırma saytlarını (RS) proqnozlaşdırmaq üçün 11-mers (çünki 11 RS-in proqnozlaşdırılan uzunluğudur) ilə ən yaxşı 372 ən böyük sayt tarifindən istifadə etdik. % (Şəkil 2B). ardıcıllıq (19) bu 372 ardıcıllığın təsviri (Şəkil 2C) Bgl I üçün RS-nin bildirilmiş RS ilə razılaşan GCCNNNNNGGC olduğunu aşkar etdi. Bu nəticələr göstərdi ki, sistemimiz optimallaşdırılmış bioinformatika metodu ilə birlikdə müxtəlif növ məhdudlaşdırıcı fermentlər üçün DNT-nin tanınma yerini etibarlı şəkildə müəyyən edə bilər.

(A) Üst 50 log olan motivlər üçün qutu sahələri10(sayt tarifləri). Outliers' DNT ardıcıllığı (narıncı) və outliers' site rates cəmi (yaşıl) göstərilir. (B) Bgl I. üçün məcmu sayt tarifləri (C) Bgl I üçün 372 motivin ardıcıl loqo təsviri.

DocMF SpCas9-un 5′-NGG-3′ PAM-ını dəqiq müəyyən edə bilər

CRISPR-Cas effektorları, DNT bağlama siqnalı kimi PAM-dan istifadə edən RNT ilə idarə olunan endonükleazlardır. PAM CRISPR-Cas sisteminin hədəf DNT-sinin (protospacer adlandırılan) yaxınlığında yerləşən, adətən 7 bp-dən az olan qısa DNT ardıcıllığıdır.22, 23). Geniş istifadə olunan bir PAM identifikasiyası yanaşması təsadüfi PAM ardıcıllığını daşıyan plazmidləri transformasiya edir. E. coli CRISPR-Cas lokusunun mövcudluğu və ya olmaması. Cas zülalı olduqda funksional PAM ardıcıllığının tezliyi əhəmiyyətli dərəcədə aşağı olur (24).Beləliklə, bu PAM tükənməsi analizi (24) 5′ və ya 3′ PAM identifikasiyası və müvafiq mənfi nəzarət üçün iki dəst kitabxana tələb edir. Kitabxananın ölçüsü də PAM ardıcıllığının əksəriyyətini, hətta hamısını əhatə etmək üçün böyük olmalıdır. Bundan əlavə, plazmid tükənməsinin təhlili (24) vaxt aparan və aşağı ötürmə qabiliyyətidir. Bunun əksinə olaraq, DocMF sistemi eyni vaxtda PAM-lar üçün həm 5′, həm də 3′ ardıcıllıqlarını bir təcrübədə yoxlaya bilər və bu, ənənəvi metoddan daha çox miqyaslı əhatə dairəsi yarada bilər. Zülal tərəfindən tanınmayan iki PAM bölgəsindən biri daxili mənfi nəzarət kimi istifadə olunur.

Konsepsiya sübutu tədqiqatında biz ən çox istifadə edilən CRISPR-Cas sistemi olan SpCas9-un PAM tələblərini qiymətləndirərək DocMF-nin düzgünlüyünü qiymətləndirdik. S. pyogenes. SpCas9 müvafiq RNT-yə bağlandıqdan sonra dsDNT-ni parçalayır və bu parçalanmanın PAM tükənməsi analizlərindən 5′-NGG-3′ PAM ardıcıllığından asılı olduğu bildirilir (25). DocMF-də istifadə olunan PAM DNB kitabxanası Şəkil 3A-da göstərilmişdir. Sintetik oliqo bölgəsində hər biri 15 təsadüfi nukleotid olan 5′ və 3′ PAM bölgələri ilə əhatə olunmuş (Şəkil 3A-da yaşıl rəngli) məlum 23 nt SpCas9 protospacer ardıcıllığı (Şəkil 3A-da narıncı rəngli) var. Hər iki PAM bölgəsinin ardıcıllıq məlumatı 50 nt-lik bir uclu ardıcıllıqla əldə edilmişdir.

(A) PAM DNB kitabxanasının hazırlanması təsviri. Sintetik oliqo bölgəsində hər biri 15 təsadüfi nukleotid (yaşıl) olan 5′ və 3′ PAM bölgələri ilə əhatə olunmuş məlum 25 nt SpCas9 protospacer ardıcıllığı (narıncı) var. Hər təsadüfi PAM-flanked protospacerin yüzlərlə nüsxəsi hər DNB-yə daxil edilir və yalnız surəti nümayiş etdirilir. (B) SpCas9 üçün həm 5′ sonunda, həm də 3′ sonunda nisbi oxunma tezliyi. The X ox, azalan qaydada iki uc arasındakı fərqə görə çeşidlənmiş 7-nt ardıcıllığın bütün birləşmələridir. (C) SpCas9 üçün PAM ardıcıllığı.

Siqnal qatının dəyişməsi 4 saat ərzində SpCas9 on-chip inkubasiyasından əvvəl və sonra müqayisə edildi. 494,866,059 oxunuşdan (DNB) biz 3-dən çox qat dəyişikliyi nümayiş etdirən və SpCas9 tərəfindən potensial olaraq parçalana bilən 366,913 DNB əldə etdik. Həm 5′, həm də 3′ PAM bölgələrindəki 7-nt ardıcıllığı əlavə təhlil üçün bu DNB-lərdən götürüldü. Həm 5′, həm də 3′ PAM üçün bütün 16,384 (4 7) PAM birləşməsinin tezliyi hesablanmış və Şəkil 3B-dəki fərdi ardıcıllıqla müqayisə edilmişdir. SpCas9 endonükleazının yalnız hədəf ardıcıllığının 3′ ucuna bağlandığı bildirildi. Buna görə də, daxili mənfi nəzarət kimi 5′-təsadüfi 7-nt ardıcıllıqlarından istifadə edilmişdir. Üç siqma qaydasını tətbiq etdik (26) müsbət PAM siqnallarının kəsilməsini müəyyən etmək üçün 5′ ardıcıllığına. Başqa sözlə, 0,11-in kəsilməsində, 5′ PAM bölgəsindən alınan məlumatların təxminən 99,7%-i fon səs-küyünə düşdü. Bu statistik kəsmə, tercihen SpCas9 tərəfindən kəsilmiş 944 3′ PAM ardıcıllığı ilə nəticələndi. Ardıcıllıq loqosu (19) ardıcıllıqların təqdimatı SpCas9-un 5′-NGG-3′ motivinə üstünlük verdiyini, baxmayaraq ki, təxminən 5,8% (944-dən 55-i) 5′-NAG-3′ və 1,6% (944-dən 15) 5′-NGA- 3′ də tanına bilər (Şəkil 3C), bu da əvvəlki tapıntılara uyğundur (2729).

DocMF müxtəlif CRISPR-Cas sistemlərində PAM-ların həssas in vitro aşkarlanmasına imkan verir

PAM ardıcıllığını tapmaqda DocMF-nin faydasını daha da nümayiş etdirmək üçün biz tədqiqatımızı əvvəllər xarakterik olmayan iki CRISPR-Cas sisteminə, VeCas9-a genişləndirdik. Veillonella cins və BvCas12-dən Butiricimonas virosa (24). VeCas9 1064 amin turşusundan ibarət Cas9 effektor zülalına malikdir və BvCas12 zülalının uzunluğu 1245 amin turşusudur. Hər iki zülal Əlavə Materiallar və Metodlarda təsvir olunduğu kimi ifadə edildi və təmizləndi. VeCas9-un crRNA və tracrRNA-sı kiçik RNT ardıcıllığı ilə müəyyən edildi, halbuki BvCas12-nin crRNA-sı əvvəllər bildirilmiş Cas12a/Cpf1 ortoloqları əsasında silisiumda proqnozlaşdırılıb (şək. S3). Onların PAM ardıcıllığının müxtəlifliyini sorğulamaq üçün biz SpCas9 tədqiqatında istifadə edilən eyni DNB PAM kitabxanasından (Şəkil 3A) istifadə edərək VeCas9 və BvCas12-də DocMF apardıq. VeCas9 təcrübələri üçün biz üç fərdi gRNA dizaynını daxil etdik, crRNA:tracrRNA, SpCas9 strukturlu sgRNA-1 və kəsilmiş sgRNA-2 (şək. S3).

DocMF istifadə etməzdən əvvəl, PAM tükənməsi analizi (24) ilk dəfə metodologiyanın müqayisəsi üçün VeCas9-da həyata keçirilmişdir (Əlavə Materiallar və Metodlar). Şəkildə göstərildiyi kimi. S4 (A və B), 4,62 Gb ardıcıllıq məlumatı ilə biz 3 həddi olan 508 ardıcıllığı müşahidə etdik. Alicyclobacillus acidoterrestris C2c1 (AacC2c1), tükənmə analizində müsbət nəzarət və bildirilmiş PAM, 5′-TTN-3′ (24). Bununla belə, VeCas9 üçün daha çox ardıcıllıq məlumatları (7,33 Gb) ilə, müvafiq olaraq 3 və 0,8 hədləri olan 0 və 74 fərqli ardıcıllıq tapıldı (şək. S4, C və D). VeCas9 üçün nəticələr mənfi nəzarət dəstlərimizə (məlumatlar göstərilmir) olduqca oxşar idi və beləliklə, ənənəvi tükənmə metodundan istifadə edərək VeCas9 üçün düzgün PAM ardıcıllığını aşkar edə bilmədik. Uğursuzluq VeCas9 zülalının zəif ifadəsi və ya funksiyası ilə əlaqələndirilə bilər E. coli hüceyrələr. Bundan əlavə, aşağı həssaslıq (

Hər 7-nt PAM ardıcıllığı üçün 20 × əhatə dairəsi). E. coli tükənmə təhlili yalnız problemləri daha da ağırlaşdıra bilər.

DocMF istifadə edərək, eşikdən yuxarı siqnal qat dəyişikliyi olan DNB-lər əlavə təhlil üçün seçildi. Oxunma tezliyi planında (Şəkil 4, A və B), VeCas9-un 5′ PAM bölgəsi (sgRNA-1 ilə) və BvCas12-nin 3′ PAM bölgəsi heç bir zülal bağlama nümunəsi göstərmədi və onların müvafiq 3 SD (0.09 üçün) VeCas9 və BvCas12 üçün 0,075) kəsmə xətlərini təyin etmək üçün istifadə edilmişdir. Nəticədə, 4947 və 5580 unikal PAM ardıcıllığının müvafiq olaraq VeCas9 və BvCas12 tərəfindən parçalandığı müəyyən edildi. Hər iki CRISPR-Cas sistemi konsensus ardıcıllığı və ardıcıllıq loqosu, iki ümumi PAM hesabat sxemində (Şəkil 4, C-dən E və G) təsvir edildiyi kimi böyük PAM ailələrini çatdırdı (Şəkil 4, C-dən E-yə qədər).22, 23). VeCas9-un konsensus ardıcıllığı 5′-NNARRNN-3′ və ya tezlik planına görə daha dominant PAM ardıcıllığı dəsti üçün NYARRMY kimi aşkar edildi (Şəkil 4C), ardıcıllıq loqosu isə 5′-NNNRR-3′ PAM ardıcıllığını bildirdi (şək. 4C). Şəkil 4E). Digər gRNA-larla VeCas9 oxşar nümunə göstərdi (şək. S5). Qısa sgRNA-2 olan PAM-ların 99%-dən çoxu digər iki RNT-dən ən azı biri ilə tapılmışdır ki, bu da bu DocMF metodunun yüksək reproduktivliyini göstərir. PAM hesabat üsulları arasında BvCas12-nin PAM-da cüzi fərq də müşahidə edildi. Konsensus ardıcıllığı və ardıcıllıq loqosu müvafiq olaraq 5′-TYTN-3′ (Şəkil 4D) və ya YYN (Şəkil 4G) məlumat verdi. Bununla belə, bu iki hesabat sistemi bütün yeddi mövqe arasındakı korrelyasiyaya məhəl qoymadı və hər bir mövqe təsadüfi birləşdirilərsə, bəzi yanlış aktiv PAM-lar təqdim edə bilər.

(A) VeCas9 üçün həm 5′ sonunda, həm də 3′ sonunda nisbi oxunma tezliyi. (B) BvCas12 üçün həm 5′ sonunda, həm də 3′ sonunda nisbi oxunma tezliyi. VeCas9 üçün bütün aşkar edilmiş 7-nt ardıcıllığı ilə tezlik planı üzrə konsensus PAM ardıcıllığı (C) və BvCas12 (D). Bütün aşkar edilmiş 7-nt ardıcıllıqla yaradılan VeCas9 üçün ardıcıllıq loqosu ilə PAM ardıcıllığı (E) və FET analizindən ən yaxşı 1000 7-nt ardıcıllıqla (F). Bütün aşkar edilmiş 7-nt ardıcıllıqlar tərəfindən yaradılan BvCas12 üçün ardıcıllıq loqosu ilə PAM ardıcıllığı (G) və FET analizindən ən yaxşı 1000 7-nt ardıcıllıqla (H). (I) VeCas9 PAM ardıcıllığının in vitro validasiyası. Doqquz 7-nt ardıcıllığı hər kəsin yuxarısında/aşağıda seçilmişdir. FET sıralama nömrələri qırmızı rənglə göstərilir. NC, mənfi nəzarət. (J) BvCas12 PAM ardıcıllığının in vitro validasiyası. Kəsikdən yuxarı beş 7 nt ardıcıllıq və kəsikdən aşağıda iki 7 nt ardıcıllıq seçildi.

Hər bir PAM-ın nisbi fəaliyyətini sorğulamaq üçün iki üsul tətbiq edildi, FET və PAM çarxı. FET, PAM ardıcıllığını çeşidləmək üçün təqdim edildi. FET iki qrup arasındakı fərqin əhəmiyyətli olub olmadığını müəyyən etmək üçün geniş istifadə olunan bir testdir. Buna görə də, daha kiçik olan xüsusi bir PAM P FET-ə görə dəyər, onun nisbi oxuma tezliyi və ya kəsmə səmərəliliyinin daha böyük olanı ilə müqayisədə daha əhəmiyyətli olduğunu göstərdi P dəyər. PAM-ları sıra ilə sıraladıqdan sonra biz ilk 1000 ardıcıllıq üçün konsensus PAM ardıcıllığını araşdırdıq (Şəkil 4, F və H). Bir az fərqli PAM konsensus ardıcıllığı, VeCas9 üçün 5′-NNARR-3′ və BvCas12 üçün 5′-TTTN-3, tezlik planının nəticələri ilə daha yaxşı əlaqəli olan bu ciddi seçim meyarları altında müşahidə edildi (Şəkil 4, C və D ). FET proqnozunu daha da təsdiqləmək üçün təsadüfi seçilmiş PAM ardıcıllığı ilə in vitro nukleaz analizi aparıldı. Fərdi PAM-ları və ümumi protospaceri ehtiva edən PCR məhsulları Cas9 və ya Cas12/Cpf1 zülalları ilə 1 saat ərzində 37°C-də inkubasiya edilmişdir. 50 ng giriş ilə reaksiyalar TAE gellərində aparıldı və qalan giriş miqdarı parçalanma səmərəliliyini hesablamaq üçün istifadə edildi. Şəkil 4-də (G və H) göstərildiyi kimi, daha yüksək FET sıralama nömrələri olan PAM-larda (qırmızı rəngdə) daha az giriş qalıb və bu, daha yaxşı kəsmə səmərəliliyini göstərir. Ən az sıralanan PAM, həssaslığı NGS-dən bir neçə dərəcə aşağı olan agaroz gellərində məhsulu demək olar ki, görünməyən minimal kəsmə verdi. Ardıcıllıq, in vivo gen redaktəsi üçün ən aktiv PAM-ları seçmək üçün FET proqnozumuzdan istifadə edə biləcəyimizi təklif etdi.

PAM ardıcıllığını və onların əsas asılılığını hərtərəfli başa düşmək üçün PAM çarxından da istifadə edilmişdir. İnteraktiv Krona planlarından əldə edilən PAM çarxı fərdi PAM ardıcıllığını və onların nisbi fəaliyyətini, o cümlədən aşağı zənginləşdirilmiş (20). Ardıcıllıqların bir hissəsini daha yaxşı görmək və bu PAM-ların funksiyasını öyrənmək üçün onu təkərin istənilən sektorunda genişləndirmək olar. Şəkil 5 (A və B) VeCas9 və BvCas12 üçün müvafiq PAM təkərlərini təsvir edir. VeCas9 üçün 3-cü və 4-cü mövqe arasında güclü baza asılılığı var. Əgər 3-cü mövqedə R (A və ya G) bazası varsa, 4-cü mövqedə R (>80% şək. S6) və kiçik, lakin nəzərə çarpan C səviyyəsi ( >0%). 3-cü mövqe Y (T və ya C) olarsa, 4-cü mövqe yalnız R-ə üstünlük verir (

99%). T 4-cü və ya 5-ci mövqedə ən az üstünlük verilən bazadır ki, bu da Şəkil 5C-dəki in vitro kəsmə nəticələrinə uyğun gəlir (9 və 10-cu zolaqlar). Gel həmçinin nümayiş etdirdi ki, NYARRMY (Şəkil 4C-də ən dominant konsensus ardıcıllığı 1-ə əsaslanan konsensus PAM), NNARRNN (2-dən 4-ə qədər zolaqlar) və ACAAGCC (müsbət nəzarət zolağı 11 kimi 58-ci sıralama) daha effektiv şəkildə kəsildi. NNCRRNN (zolaq 5), NNTRRNN (zolaq 6) və ya NNGRRNN (zolaq 7), bu, nə üçün A-nın 3-cü mövqedə 47%-i, digər üç əsasın isə hər birinin 16-19% arasında olduğunu izah edir (Şəkil 5A və şəkil S6). ). Şəkil 5B-də göstərilən BvCas12 PAM çarxı üçün −2 və −3 mövqelərinin hər ikisi Y (T/C) olduqda −4 mövqeyinin təsadüfi olduğunu gördük. Beləliklə, PAM YYN Şəkil 5D-də (1 və 2-ci zolaqlar) YRN-dən daha çox kəsmə məhsulları yaratdı. Bununla belə, −2 və ya −3 mövqelərindən biri Y deyilsə, −4 mövqeyi T olmağa meylli idi. Nəticədə, −2 və −3 mövqelərinin hər biri olduğu zaman −4 mövqeyində V ilə müqayisədə T ilə bir qədər çox kəsmə müşahidə etdik. RY və ya YR (Şəkil 5D zolaqları 7-10). −2 mövqeyində R eyni zamanda −3 mövqeyinin Y olacağını diktə etdi (100% şək. S6). Şəkil 5D-də göstərildiyi kimi, BvCas12 sistemi 5′-TTTN-3′ və ya TYTN-də aydın kəsmə nümayiş etdirdi (Şəkil 5D). Bizim məlumatlarımız həm VeCas9, həm də BvCas12-nin DocMF tərəfindən hərtərəfli ələ keçirilmiş bir sıra rahat PAM ardıcıllığına malik olduğunu irəli sürdü.

(A) VeCas9 üçün PAM çarxı. Yuxarı sarı qutu PAM ardıcıllığının hər bir mövqeyi haqqında göstəriş verir və ox hər bir bazanın istiqamətini göstərir. Müəyyən bir mövqedə bir baza üçün halqa sektorunun sahəsi onun bu mövqedəki tezliyini təmsil edir. (B) BvCas12 üçün PAM çarxı. (C) VeCas9 PAM təkərinin nəticələrinin in vitro təsdiqi. NYARRMY mövqe tezliyinə əsaslanan konsensus ardıcıllığıdır, ACAAGCC isə müsbət nəzarət kimi daxil edilmiş 58-ci FET sıralamasıdır. (D) BvCas12 PAM təkərinin nəticələrinin in vitro təsdiqi. NNNTTTN və ya NNNTYTN mövqe tezliyinə əsaslanan konsensus ardıcıllığıdır, AATTTTG isə müsbət nəzarət kimi daxil edilmiş 70-ci FET sıralamasıdır. NC (mənfi nəzarət): müvafiq zülal ilə inkubasiya edilmiş, lakin heç bir sgRNA olmadan müsbət PAM-lar.

DocMF protein bağlayan yerləri dəqiq müəyyən edə bilir

Protein-DNT qarşılıqlı təsirləri mikroarraylar, HT-SELEX və CHAMP (4, 11). Zülal-DNT bağlayan motivləri aşkar etmək üçün yuxarıda qeyd olunan DocMF iş prosesinə dəyişiklik etdik. Təbii tamamlayıcı zəncir 50-bp dsDNA yaratmaq üçün yenidən sintez edilənə və flüoresan boyalarla etiketlənənə qədər addımlar dəyişməz qaldı. Maraqlanan zülalı öz dsDNA hədəflərinə bağladıqdan və hər hansı artıqlığı yuduqdan sonra siqnal intensivliyini qeyd etmək üçün ilk şəkilləri əldə etdik. Bu ilk görüntüləmədən sonra ssDNB-ni şablon kimi istifadə edərək ikinci tamamlayıcı ipi sintez etmək üçün 30°C-də 30 dəqiqə ərzində MDA reaksiya tamponu, dNTP-lər və güclü ip yerdəyişməsi olan polimeraza ilə çip üzərində inkubasiya aparıldı (şək. S1). Nəticə etibarilə, orijinal flüoresan zəncir dəyişdiriləcək və DNB-lərdən kənarlaşdırılacaq, bu da MDA-nın qarşısını almaq üçün zülal bağlaması olmadıqda siqnalın azalmasına səbəb olacaqdır. Bu fikri sınamaq üçün biz yaxşı tədqiq edilmiş dCas9 zülalından istifadə etdik və onun endonükleaz aktivliyi HNH və RucV endonükleaza domenlərindəki nöqtə mutasiyaları vasitəsilə aradan qaldırdıq.17). D10A və H840A nöqtə mutasiyaları endonükleaza fəaliyyəti üçün iki mühüm qalığı dəyişdi və nəticədə onun deaktivasiyası ilə nəticələndi. dCas9 endonükleaz aktivliyinə malik olmasa da, o, gRNA və hədəflənən DNT zəncirinə bağlana bilir, çünki bağlanma onun REC1, BH və PI domenləri vasitəsilə həyata keçirilir.30). Bundan əlavə, dCas9 əvvəllər PAM (NGG) olmadıqda hədəf ardıcıllığına bağlanmadığı göstərilmişdir (31). Yuxarıdakı tədqiqatlardan fərqli olaraq, flüoresan qat dəyişikliyi eşikdən aşağı olan oxunuşlar müsbət hesab edildi, bu dCas9-un tanıya və bağlaya biləcəyi DNB-ləri göstərir. Bundan əlavə, eyni prosesə dCas9 inkubasiyası olmayan mənfi idarəetmə zolağı daxil etdik, çünki BGISEQ-500 bir çipdə iki zolağa malikdir. Mənfi idarəetmə zolağından cəmi 253 milyon oxunuşun təxminən 95%-i siqnal intensivliyinin yarısını itirdi (məlumatlar göstərilmir). Biz eşik olaraq 0,5-də siqnal dəyişikliyini seçdik (şəkil 2/şəkil 1) və eksperimental və nəzarət zolaqlarından müvafiq olaraq 335,497,075 oxunuşdan 14,371,289 və 337,529,837 oxunuşdan 15,647,574-ü əldə etdik. Hər 7-nt ardıcıllığı üçün bağlama gücünü qiymətləndirmək üçün etibarlı nisbi bağlama gücü konsepsiyasını təqdim etdik. Eynilə, normal paylanmaya uyğun gələn 5′ sonundakı məlumatlar fon səs-küyü kimi qəbul edildi və kəsilməni 0,135 səviyyəsində müəyyən etmək üçün üç siqma qaydası qəbul edildi. Səsləri çıxardıqdan sonra, əvvəlki tapıntılara uyğun olaraq, NGG ardıcıllığının dCas9-un bağlanması üçün vacib olduğunu müşahidə etdik (Şəkil 6). Bu onu göstərir ki, dəyişdirilmiş DocMF ilə iş axınları DNT bağlama motivlərini müəyyən etmək üçün ümumi alət kimi istifadə edilə bilər.

(A) dCas9 üçün həm 5′ ucunda, həm də 3′ ucunda nisbi bağlanma gücü. The X ox 7-nt ardıcıllığın bütün birləşmələridir və Excel-dən istifadə edərək avtomatik olaraq hərflə çeşidlənir. (B) dCas9 üçün ardıcıllıq loqosu ən yüksək nisbi bağlanma gücünə malik olanlara əsaslanan bütün aşkar edilmiş 7-nt ardıcıllıqlar tərəfindən yaradılmışdır.


Maya üzərində Metil Mavi Boyanma

Metilen mavisinin rənglənməsi proseduru, metilen mavisinin hüceyrələrə daxil olacağı və metilen mavisini parçalayan fermentləri istehsal edən canlı maya hüceyrələri tərəfindən parçalanacağı və hüceyrələri rəngsiz qoyacağı ehtimalına əsaslanaraq maya canlılığını ölçmək üçün istifadə olunur. Yaşamayan hüceyrələr bu fermenti (və ya fermentləri) istehsal etmir və buna görə də hüceyrələrə daxil olan metilen mavisi parçalanır və hüceyrələrin rəngli qalmasına səbəb olur (oksidləşmiş forma hüceyrədaxili konsentrasiya olur).

Rəngli və rəngsiz hüceyrələr daha sonra hemositometrdən istifadə edilərək hesablanır və müəyyən bir ərazidə canlı və qeyri-həyata hüceyrələrin sayı müəyyən edilir, nəticə daha sonra orijinal nümunədəki hüceyrələrin sayını təxmin etmək üçün istifadə olunur.

Bu, bir sıra səbəblərə görə ən yaxşı üsul olmasa da, nümunədə mövcud olan canlı maya miqdarını təyin etmək üçün asan, tez və ucuz üsuldur. A major reason is that methylene blue rapidly becomes toxic to the yeast and as such preparations should be examined within 10 minutes of preparation.

The older the cells become, the less likely that they are to take up the methylene blue dye from solution since as the yeast age, they deposit lipid and/or sugar in their cell membrane (in the form of free sterols[predominantly ergosterol and zymosterol with minor portions of lanosterol and fecosterol] and phospholipids[phosphotidylcholine and phosphotidylethanolamine with minor portions of phosphotidylinositol, phosphotidylserine and phosphotidyl-glycerol]) as a survival mechanism to protect their internal mechanisms from the buildup of waste in the external environment.

This means that cells which are not viable would not take up the dye and due to their age and not their ability to break down the methylene blue (as a result of their viability) would remain colourless and be determined to be viable (a false positive). The test itself is also not very accurate since yeast might not be evenly distributed in the original sample and depending on the sample taken for determination , may yield higher or lower viability counts than are really present in the original sample.

This viability count and cell count is absolutely essential since the yeasts are the producers of the ethanol through the breakdown of sugars (catabolism of sugars by glycolysis to pyruvate, which is then converted to CO2 and ethanol) present in the wort/must (the pitching rate is a measure of the number of viable yeast present in a particular stock being used for fermentation). These processes can only be performed by viable yeast cells and consequently the greater the umbers of viable yeasts in the sample, the higher the rate of ethanol production. The expected yield of ethanol (alcohol) can also be calculated based on the number of viable yeast present in a particular stock being used for fermentation (along with the sugar present in the wort). This is very important in industrial alcohol production to determine the required alcohol content of the final product and the viability of the yeast pitched must be greater then 85% or it is not used.


Pioneering technique paves way for fast and cheap fabrication of rapid medical diagnostic tools

Example 100-micron wide 3D-printed microchannel scaffolds, shown next to a 20p coin - the cost to print 1000 of these channels. Credit: University of Bristol

New technology developed by the University of Bristol has the potential to accelerate uptake and development of on-chip diagnostic techniques in parts of the world where rapid diagnoses are desperately needed to improve public health, mortality and morbidity.

Microfluidic devices underpin lab-on-a-chip (LOC) technologies which are developed to provide the rapid diagnoses at that are needed at point of care (POC) for the swift and effective treatment of many diseases.

Researchers at Bristol have developed a fast, reliable and cost-effective alternative for producing the soft-lithographic moulds used for fabricating microfluidic devices, published in the journal PLOS ONE. This discovery means fabrication of microfluidic devices (with channel dimensions

width of a human hair) is now both accessible and affordable using simple, low-cost 3-D-printing techniques and the open-source resources developed by the team.

"Previously, techniques for producing the soft-lithographic scaffolds/moulds (microfluidic channel patterns) were time-consuming and extremely expensive, while other low-cost alternatives were prone to unfavourable properties. This development could put LOC prototyping into the hands of researchers and clinicians who know the challenges best, in particular those in resource-limited settings, where rapid diagnostics may often have the greatest impact," said lead author of the study, Dr. Robert Hughes.

Dye-mixing inside a microfluidic chip made using 3D-printed interconnecting channel scaffolds. Credit: University of Bristol

"This technique is so simple, quick & cheap that devices can be fabricated using only everyday domestic or educational appliances and at a negligible cost (

0.05% of cost of materials for a single microfluidic device). This means researchers and clinicians could use our technique and resources to help fabricate rapid medical diagnostic tools, quickly and cheaply, with minimal additional expertise or resources required," said co-author, Mr Harry Felton.

"The simplicity and minimal cost of this technique, as well as the playful click-and-connect approach developed, also makes it suitable for hobbyists and educational use, to teach about microfluidics and the applications of lab-on-a-chip technology," said co-author Ms Andrea Diaz Gaxiola.

"It is our hope that this will democratise microfluidics and lab-on-a-chip technology, help to advance the development of point-of-care diagnostics, and inspire the next generation of researchers and clinicians in the field," said Dr. Hughes.

Simplified flow-diagram of the low-cost technique for fabricating microfluidic devices. Resulting channels can be applied directly to a glass surface with no additional treatment. Credit: University of Bristol

The next step for the team is to identify potential collaborators in both research and education to help demonstrate the impact this technology could have in both settings by developing and supporting outreach activities and applications for on-chip diagnostic testing.


Science works in strange ways. The experiment, which requires a few basic metal materials and a small digital clock, also calls for an uncooked spud and America's least expensive coin -- the penny. After setting up an electrical circuit with the objects, the potato's natural acidity interacts with the penny's copper to complete one half of this natural "battery's" circuit.

Science fair students, like real scientists, should work to gain consent from people before including them in an experiment.


Əlaqələr

Department of Microbiology, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, 19104, USA

Scott Sherrill-Mix, Young Hwang, Aoife M. Roche, Abigail Glascock, Susan R. Weiss, Yize Li, Louis J. Taylor & Frederic D. Bushman

Department of Medicine, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, 19104, USA

Scott Sherrill-Mix, Jevon Graham-Wooten & Ronald G. Collman

Department of Genetics, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, 19104, USA

Leila Haddad, Peter Deraska, Caitlin Monahan, Andrew Kromer & Arupa Ganguly

Department of Emergency Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, 19104, USA

Department of Biochemistry and Biophysics, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, 19104, USA


Be safe and follow some simple rules

  • Never use the same pots and utensils for dyeing that you use for cooking.
  • Wear rubber gloves and use a face mask when measuring mordants and dyes.
  • Work in a well ventilated area.
  • Dispose of used mordants and dye baths safely.

Well there you have it. A simple and practical guide to the use of mordants and fixitives in your natural dyeing products!

Whilst all this talk may seem a little off-putting at first, hopefully you now see how simple and fun the whole affair really is!

But… if you’re still feeling a bit shell shocked, do consider my Natural Dyeing Bootcamp. I cover 4 stunning natural dyeing projects in detail that don’t require mordants or fixatives at all!

Not sure where to get started? Check out my 30 day Natural Dyeing Boot Camp! Try It Now


Videoya baxın: طريقة سهلة و ذكية للقضاء على حشرة الارضة النمل الابيض (Sentyabr 2022).


Şərhlər:

  1. Yozshuk

    Analoqları varmı?

  2. Edorta

    Sorry if not there, but how to contact the site administrator?

  3. Finneen

    İçində bir şey var.Bu sualda köməyə görə təşəkkür edirəm, sizə necə təşəkkür edə bilərəm?

  4. Sam

    Sizin səriştənizin səviyyəsini qiymətləndirmək mənim üçün olduqca çətindir, lakin siz bu mövzunu çox dərin və məlumatlı şəkildə açdınız.

  5. Fenyang

    Belə bir şey çıxmaz heç bir şey

  6. Kellach

    Üzr istəyirəm, bu tam lazım olan şey deyil. Başqa kim təklif edə bilər?



Mesaj yazmaq